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五军都督府是明最高军事指挥机构，统领除上十二卫之外的全国武装力量。执行军法官员称五军断事官。洪武十三年（1380）“改都督府为五军都督府，分领在京各卫所，在外各都司、卫所，以中军都督府断事官为五军断事官。（洪武）十五年，置五军十卫参军府，设左、右参军。（洪武）十七年，五军各设左、右断事二人，提控案牍一人，（洪武）二十三年，升五军断事官为正五品，总治五军刑狱。分为五司，司设稽仁、稽义、稽礼、稽智、稽信五人，各理其军之刑狱”
。五军断事官在建文帝时期一度革除，“刑名俱归法司问理”，成祖靖难后，恢复洪武旧制，但断事官一职并未恢复，改置为“五军都督府经历司”，由“其断事官分理事务”
，军队中枢系统的司法管辖权被分割到由文官构成的三法司。各都司断事官虽未废除，但其司法权限在一定程度上被抑制。至于锦衣卫拥有侦查、预审、纠察、检察、监察诸多权力的问题，因锦衣卫为特殊军事机构，其相关职能，将在本节第四部分进行讨论。
京营军、上值军的最主要职能是拱卫京师，武装保卫都城安全。洪武三年（1370）二月，设置“留守卫指挥使司。国初尝设都镇抚司总领禁卫，后隶大都督府，秩从四品，统领各门千户所，寻改宿卫镇抚司。至是，升为卫，专领军马，守御各城门及巡警皇城与城垣造作之事”
。洪武二十七年（1394）十月，朱元璋以圣旨的形式重申京军的治安职能：“设置军卫专一防奸御侮，保安良善。其管军人员镇守各处者，务在设法守御，机无暇时，倘有草窃，即时扑灭，使一方宁靖。”
京军具体治安职能为守卫京师九门，紫禁城武装保卫。其组建的巡捕武装或独立，或协助锦衣卫、五城兵马司维护京城治安；担负或协助地方武装力量执行或参与京畿，甚至是直隶地区的武装捕盗、剿匪，镇压城乡暴动、起义等任务。
五城兵马司是明代两京的治安管理机关，官修《明史·职官志》认为兵马司并非军事机关，故将其与太常寺、光禄寺等中枢机构归在一卷。兵马司虽然在建制上隶属军方，兵员最初也由都督府调拨、补给，其后南北两京兵马司的主要兵员来自两京城内应役的火甲。火甲均为民户，不属于军方管辖。兵马司担负“京城巡捕之职”，负责“巡捕盗贼，疏理街道沟渠及囚犯、火禁之事”，“境内有游民、奸民则逮治。若车驾亲郊，则率夫里供事”
，“讥察奸伪。夜发巡牌，旗士领之，核城门扃鐍及夜行者”，其管辖范围“南抵海子，北抵居庸关，西抵卢沟桥，东抵通州”
。南京五城兵马司与京师五城兵马司治安职能完全一致，其管辖范围为应天府府城及附郭上元、江宁二县，大致为今南京市主城区范围。从兵马司的职能而言，其职责为管理和维护两京治安。早在洪武元年（1368）年底，兵马司一度管理京城市场。太祖“诏中书省，命在京兵马指挥司并管市司。每三日一次校勘街市斛斗秤尺，稽考牙侩姓名。时，其物价在外府州各城门，兵马一体兼领市司”
。此举似可视为明政权初建，京师市场尚处于军管状态的写照。此外，从其归属看，五城兵马司并非由五军都督府统领，而是由都察院系统的巡城御史指挥。从其兵员构成看，明初至中叶，两京五城兵马司兵员由都督府调拨，类似于承担内卫职能的武装警察部队。晚明时期，两京五城兵马司的士卒基本来自当地火甲，由服徭役的民户充任，故从其兵员身份而言，晚明的兵马司已蜕变为治安联防队、保安队的性质。
锦衣卫是明代的一个特殊的军事组织，集仪仗队、御前侍卫、警备、治安、刑侦、特工、内卫、纠察、监察、工程兵等多项职能于一体，现代各国各军兵种均无法与其对应。
中国自古以来，历代统治者在确保统治秩序的过程中，十分重视以严刑峻法保障其权威和政令的有效运行。就明代而言，建国伊始，北方蒙元残余势力颇大，扰害边塞。南方富民兼并土地，隐匿赋税，部分江浙文人依旧怀有“故国情思”，眷恋蒙元及张士诚统治，不附新朝。很大一部分开国功臣骄奢不法，跋扈自恣。面对内忧外患的局面，明太祖朱元璋在颁行律令敕的谕旨中，表明了自己严于法治的想法。如明太祖在洪武元年（1368）正月十八日《颁行律令敕》中称“今所定律，芟繁就简，使之归一，直言其事，庶几人人易知而难犯，《书》曰‘刑期于无刑’，天下果能遵令而不蹈于律，刑措之效，亦不难致。兹命颁行四方，惟尔臣庶体予至意”
。洪武二年（1369）二月，明太祖又对群臣说：“故今严法禁，但遇官吏贪污蠹害吾民者，罪之不恕”，“苟贪贿罹法，犹行荆棘中，寸步不可移。纵得出，体无完肤矣，可不戒哉？”
明太祖深知，单纯以谕旨劝诫，从道德方面对臣民进行约束，不可能达到效果最大化。只有通过严刑峻法，以刚猛治国，对臣民起到震慑，方能使效果最大化，确立统治秩序，达到事半功倍的作用。
洪武元年（1368），朱元璋即派夏煜、高见贤、杨宪、凌说为检校，不隶属于任何部门。“四人以伺察搏击为事”
，“察听在京大小衙门，官吏不公不法，及风闻之事，无不奏闻”，“惟务劾人，李善长等人畏之”，朱元璋称“此数人譬如恶犬，则人怕见”
。随着政权的逐渐巩固，单纯依靠四位文职检校的秘密侦缉活动去监视臣民、清除异己，显然是不够的。古代君主为了防止大权旁落，常常用身边的近侍或宦官参与国家大政，朱元璋也不例外。由于朱元璋对宦官不甚信任，不委以重任，使宦权处于蛰伏状态，设立侍卫亲军，既能保卫皇帝人身安全，又能侦查臣民，控制臣下，保障统治秩序有效运行，由侍卫亲军组建的特别侦查机构也就应运而生。锦衣卫作为侍卫亲军之一，逐渐被赋予了侦缉、刑讯的权力。
明初设上十二卫为皇帝亲军，不隶属于五军都督府，由皇帝直接指挥，锦衣卫即其中一卫。初为元至正二十四年（1364）朱元璋任吴王时所设的拱卫司，最初品秩仅为七品，隶属于都督府，后改为拱卫指挥使司，品秩升为正三品，很快又改名为都尉司。洪武三年（1370），朱元璋将都尉司改为亲军都尉府，隶属于正五品的仪鸾司。其职能是纠察朝仪时仪仗军士、朝参官员的违规行为，并无侦查、刑讯权力。最终于洪武十五年（1382），撤销仪鸾司建制，改置锦衣卫，秩从三品。洪武十七年（1384），又将锦衣卫指挥使升为正三品，从此遂为定制。“锦衣所掌者，乃卤簿仪仗之事”，“独领校尉力士”，“盖御座则夹陛而立，御辇则扶辕以行，出警而入跸，承旨而传宣，皆在所司，而诏狱所寄，则又重矣”
。锦衣卫拥有巡查、缉捕、理诏狱的权力，是锦衣卫与其他侍卫亲军最大的区别。明代士人陈际泰认为锦衣卫“其任专仪卫卤簿之事，稍予以刑法纠察为兼官，以重其权。盖其本职，则汉执金吾也。其纠察，则司隶也”
。明末士人孙承泽认为“锦衣卫与在京诸卫，即唐人十六卫之遗制”
。清代学者则认为锦衣卫源自五代时期后唐明宗“设侍卫亲军马步军都指挥使，乃天子自将之名”
。锦衣卫作为侍卫亲军，进行侦查、刑讯活动，具有一定的历史传承性，并非朱元璋独创。明代之前，很多朝代都曾存在由皇帝侍卫亲军组建的侦缉、刑讯组织。如汉代“诏狱”、唐代“丽景门”，五代“侍卫司狱”、宋代“皇城司狱”等。
锦衣卫自洪武十五年（1382）正式建立，直至明亡，几乎与整个明王朝相始终。锦衣卫本为皇帝的仪仗部队，最终发展成为集仪仗、护卫、侦缉、刑讯、特工于一体的组织，体现了明代皇权扩张，力图在政治体制上消除一切危及皇权的因素，最大限度地扩张皇权，强化君主专制的特点。朱元璋认为“设五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙门，分理天下庶务，彼此颉颃，不敢相压，事皆朝廷总之，所以稳当”
，充分表现出朱元璋视外廷为皇权首要威胁的思想。因此，在明初的政权结构的设计中，必然产生出以内制外、内外相制、以小制大、相互制衡的权力运行模式。厂卫侦缉职能、巡按御史制度，以及正统之后监、阁并行辅政模式等，均源于朱元璋的这种政权结构设计。
锦衣卫作为皇帝直接控制的国家机器，对巩固皇权，保障皇权有效运行，发挥着重要的作用。明初，锦衣卫侦缉对象以京畿地区的中高级官员为主。明初侦办的大案，多有锦衣卫参与，以打击开国武臣为目的的蓝玉案，起因即“锦衣卫指挥蒋瓛告玉谋反”
。锦衣卫下辖两镇抚司，洪武十五年（1382）设北镇抚司，专理诏狱，“天下重罪逮至京者，收系狱中，数更大狱，多使断治，所诛杀为多”
。而南镇抚司则主要负责管理本卫军匠，也兼理刑狱。洪武后期，统治秩序已稳定，政治格局完全确立，异己及被朱元璋认为有潜在谋反可能的勋臣被诛戮殆尽。同时，朱元璋也认识到了法外用刑的危害，“洪武十九年十二月，命焚锦衣卫刑具。先是天下官民有犯者，俱命属法司，其有重罪逮至京者，或令收系锦衣卫狱，审其情辞，司事者因而非法陵虐。上闻之怒曰：讯鞫者，法司事也，凡负重罪来者，或令锦衣卫审之，欲先得其情耳。岂令其锻炼，而乃非法如是。命取其刑具悉焚之，系囚送刑部审理”
。洪武二十六年（1393）朱元璋再次重申，“诏内外狱毋得上锦衣卫，大小咸经法司”
，在一定程度上缓和了锦衣卫法外用刑、秘密缉捕所造成的政治恐慌气氛。
成祖靖难后，锦衣卫权力得到进一步扩大。就建制而言，明代一般一卫为5600人，辖五个千户所。而锦衣卫在洪武时期就辖两镇抚司十四所，永乐北迁后，除两镇抚司外，下辖十七个千户所，又分领銮舆、擎盖等十司及驯象所，远远超过卫的建制。锦衣卫还拥有“凡本卫军政官员，例免考察”的特权
，这也是其他亲军所没有的特权之一。由于锦衣卫地位尊崇，待遇远高于其他卫的侍卫亲军，故又有众多“恩功寄禄”的冗员
。仅嘉靖初期，即革除寄禄冒衔者2199人，隆庆四年（1570）又清除冒滥官旗者1115人
。
自成祖时期开始，锦衣卫的法外用刑的权力恢复，除了侍卫亲军的职能外，其执行秘密侦查、情报搜集，维护京城社会治安等权力呈逐步扩大的趋势。例如锦衣卫北镇抚司，其镇抚虽然只是从五品的武官，但权力极大，与巡按御史相类似。二者都是明代制度设计中“以小制大”理念运用于政治实践的产物。在制度上，锦衣卫指挥使是南北镇抚司镇抚的直接上级，但成化十四年（1478），宪宗下令为锦衣卫北镇抚司镇抚“增铸印信”，“凡问刑，悉照旧例，径自奏请，不经本卫，或本卫有事送问，问毕，仍自具奏，不呈堂”
。“一切刑狱毋关白本卫，即卫所行下者，亦径自上请可否，卫使毋得与闻。故镇抚职卑而其权日重”
。“鞫问奸恶重情，得实，具奏请旨发落。内外官员有犯送问亦如之。旧制俱不用参语，成化元年，始令复奏用参语”
。所谓“参语”，即北镇抚司的讯问笔录、预审结果和处理意见。由于锦衣卫北镇抚司所侦审的案件，绕过法定司法机构，直接上报皇帝，而皇帝掌握终审裁定权，故镇抚司的预审结果，直接影响三法司对案件的定罪量刑。北镇抚司按照司法程序将案犯、卷宗移送三法司，三法司也只能按照锦衣卫北镇抚司的“参语”意见来定罪量刑。
世宗即位后，开始了旨在革除正德弊政的嘉靖革新，一度革除正德时期滥授的大量锦衣传奉官和冗员。朝臣以此次革新为契机，纷纷进谏，试图扭转镇抚司法外用刑的局面。刑部尚书林俊言：“专任镇抚，文致冤狱，法纪大坏。更化善治在今日，不宜复以小事挠法。”御史曹怀亦进谏言：“朝廷专任一镇抚，法司可以空曹，刑官为冗员矣。”
二人建议，均未被世宗采纳。世宗为巩固权力，仍放任锦衣卫监控朝臣。世宗之所以如此，是因为大礼议以世宗的全胜告终，并不在于张璁、桂萼等议礼新贵有多大的理论优势——事实上议礼新贵也无理论优势可言，而在于世宗此时已拥有了完全服从自己的武装，并对议礼大臣进行了残酷的暴力镇压，故世宗放任锦衣卫势力发展。嘉靖时期锦衣卫权势愈加膨胀，锦衣佞幸陆炳统领锦衣卫时，“威行宫省，内外惕息，不称官，不称号，惟曰陆堂，至用以止小儿啼云”
。陆炳用事时，“厂权不及卫使陆炳远矣”
。锦衣卫权力达到巅峰。陆炳去世后，虽然卫权不如厂权，但锦衣卫将领并不完全受制于东厂。万历初发生王大臣案时，次辅张居正与司礼大珰冯保勾结，欲借此案族诛高拱。然而，锦衣卫指挥使朱希孝坚决抵制了冯、张欲穷治的要求，权倾一时的冯保、张居正也对其无可奈何。是时虽然“卫犹不大附厂也”
，但已逐渐走向衰落。万历后期，著名的“妖书案”，即完全由东厂独立侦办，整个侦查过程，锦衣卫根本无权过问，在谳审曒生光时，锦衣卫指挥使与东厂提督共同参与，表面上看，厂卫并无高下之分，但万历后期，沈德符听闻卫帅“刘守有每谒首珰必叩头”
，其势已完全在东厂之下。
明末魏忠贤擅权，“东厂番役横行”
。天启时期，锦衣卫指挥使田尔耕、镇抚许显纯成为魏忠贤的打手，完全受制于东厂。崇祯时期，虽然锦衣卫权力仍不及东厂，“听寺人役使”，但在皇帝心中已是“法司、锦衣皆刑官”
，将锦衣卫视同三法司。虽然在明思宗心目中锦衣等同于三法司、虽然皇帝对各类案件拥有终审裁定权，但法定司法程序，即使是独裁的明代皇帝也不能公开违背和破坏，只能在形式上做足姿态。崇祯时期郑鄤案的司法程序很有代表性，思宗一心想杀郑鄤，但由于证据不足，刑部、锦衣卫都不能结案，最后此案移交东厂，由东厂提督曹化淳主持会审，方审出了结果。东厂之所以能结案，并非曹化淳及东厂理刑人员的讯问水平有多么高超，而是因为会审时郑鄤面对其亲弟弟的指证，而“主动”认罪的结果。东厂结案后，将郑鄤移交三法司，最终由三法司拟定郑鄤斩刑，而非由东厂直接定罪量刑。思宗在执行前，又下令加等，改为磔刑
。通过郑鄤案可知，虽然思宗一心想置郑鄤于死地，但苦于没有证据，此案拖了四年才有了判决结果。在晚明没有三法司定罪量刑，即使是最高统治者也束手无策，最多是授意将当事人“瘐死”厂卫狱中而已。皇帝所掌握的司法权是死刑复核等终审裁定，以及加减刑罚等级、宣布特赦的权力，而非直接定罪量刑的权力。
此外，万历时期的“妖书案”，虽由东厂独立侦办，但嫌疑人皦生光最终由三法司判决，而非东厂判决。嘉靖初任刑部侍郎的张璁曾言道：“祖宗设三法司以纠官邪，平狱讼。设东厂、锦衣卫，以缉盗贼，诘奸宄。自今贪官冤狱仍责法司，其有徇情曲法，乃听厂卫觉察。盗贼奸宄，仍责厂卫，亦必送法司拟罪”
。因此，从妖书案、郑鄤案的司法流程可知，无论是锦衣卫还是东厂，厂卫对案件审理只是预审，其预审结果虽然直接报给具有终审裁定权的皇帝，且预审结果能直接影响三法司的定罪量刑结果，但预审完全不等同于司法审判，通俗地说，审判是既有“审”又有“判”，而预审则是有“审”而无“判”。从法理而言，预审最多只是司法建议权，无论古今，预审结果均不等同于审判结果，并无法律实效，不能交付执行。
东厂是明永乐时期建立的一个由宦官指挥的特殊治安司法机构，按官修《明史》记载，东厂的职能为“缉访谋逆、妖言、大奸恶等”
，并负责秘密侦查官府，暗察、监视会审大案，及京内其他琐碎事，“凡中府等处会审大狱，北镇抚司拷讯重犯，本厂皆有人听记。具口词一本，拶打数一本，于本日晚或次日早奏进，每日兵部访看有无进部，有无塘报，京师各门、皇城各门关防出入，俱有事件奏闻。或地方失火，或雷击何物，亦奏闻之。又每月晦日奏报在京杂粮米盐醋面之价，凡禁地人命，亦皆有事件”。“凡各处办事打来事件，皆到内署，先见厂公心腹内官，发司房删润奏之”
。每月月初，东厂厂役通过抽签形式领取任务后，分散京城各处，执行“听记”“坐记”“打事件”等各项秘密侦查、监察任务。特别是“打事件”者，“至东华门，虽夤夜，投隙中以入，即屏人达至尊。以故事无大小，天子皆得闻之。家人米盐猥事，宫中或传为笑谑，上下惴惴无不畏打事件者”
。东厂人员构成：“凡中官掌司礼监印者，其属称之曰宗主，而督东厂者曰督主。东厂之属无专官，掌刑千户一、理刑百户一、亦谓之贴刑，皆卫官。其隶役悉取给于卫，最轻黠獧巧者乃拨充之。”
东厂还有使用关防印章的权力。明人沈德符言道：“自方印颁行之外，事寄稍关钱粮及军务机要者，俱得给关防，用之奏章。用之文移，与方印等。内臣关防之最重要者为东厂。其威焰不必言，即所给关防文曰‘钦差总督东厂官校办事太监关防’，凡十四字。大凡中官出差，所给原无钦差字面，即其署衔，不过曰内官、内臣而已。此又特称太监，以示威重。”“掌厂内直房，又有钦赐牙章一方，凡打进事件奏闻者，用此印钤。盖直至御前，盖得比辅臣之文渊阁印，此亦僭紊极矣”
。东厂掌握关防及御赐牙章，足见其地位显赫，其他宦官机构望尘莫及。
官修《明史》认为西厂最初设立于成化十三年（1477），是年“置西厂，太监汪直提督官校刺事”
。《明实录》中西厂第一出现亦是在成化十三年（1477），但《实录》未载西厂设置的具体时间，只言“时西厂行事，旗校以捕妖言图官赏。无籍者多为赝书诱愚民，而后以情告行事者捕之，加以法外之刑，冤死相属，无敢言者”
。从《实录》所记看，似应在成化十三年（1477）以前即已成立西厂。西厂“所领缇骑倍东厂，自京师及天下，旁午侦事，虽王府不免”。“先后凡六年，冤死者相属”。“正德元年杀东厂太监王岳，命丘聚代之，又设西厂，以命谷大用，皆刘瑾党也”。“瑾诛，西厂、内行厂俱革，独东厂如故”。
西厂于成化十三年（1477）、正德元年（1506）两度设立，又于成化十八年（1482）和正德五年（1510）两度革除，共计九年时间。
内行厂为刘瑾用事时期建立，刘瑾“改惜薪司外薪厂为办事厂，荣府旧仓地为内办事厂，自领之。京师谓之内行厂，虽东、西厂皆在伺察中，加酷烈焉”
。从内行厂拥有监控东、西厂的权力而言，内行厂带有一定的内部监察和纠察色彩。刘瑾倒台后，内行厂被撤销，终明之世，再未恢复。内行厂共存在四年。
厂卫相比而言，锦衣卫侦查范围较广，而东厂负责秘密监察的职能较多。厂卫在侦查上有部分职能重合，即在政治类案件侦查方面，厂卫均负责侦缉。东厂更多地负责意识形态方面的案件侦查，如“妖言”之类。从东厂人员构成看，因其外勤侦查人员、情报搜集人员、内勤预审、文书档案管理等中层人员均为锦衣卫抽调的军人，从这个角度可以将东厂（西厂、内行厂）认定为准军事机构。由于“厂”既具有缉捕、预审、参与三法司案件审理权，又拥有对京畿地区各级理刑机构各类案件审理的司法监督权，故亦可以将“厂”认定为司法、治安管理机构。虽然东厂只有预审权力，并无审判、定罪量刑权，但在司法实践过程中，由于东厂地位特殊，其预审意见基本能左右三法司官员拟罪定刑。漫说是普通司法官员，即使在世宗大量清除宦官势力之后，因议礼骤贵的张璁，在朝中“得柄得君，钳制天下”
，“志骄气横，狎视公卿，虽桂萼亦不敢与抗，其余大臣颐指气使，无不如意。百司庶僚莫敢仰视”
。如此不可一世的张璁，在主持复审张福杀母案时，由于此案最初为东厂侦办审结，张璁明知是冤案，却因“事出东厂”，竟然“噤不一发”
，完全不敢与东厂硬碰硬，只能按照东厂的处理意见，依样画葫芦，枉法裁判。张璁之所以如此，是因为“东厂锦衣卫，诏狱所寄，兼有访察之威，人多畏惮。一有所逮，法司常依案拟罪，心知其冤，不敢辨理”
。
此外宦官机构司礼监的提督太监负责“督理皇城内一应仪礼刑名，及钤束长随、当差、听事各役，关防门禁，催督光禄寺供应等事”
，司礼监又是内廷治安司法管理机构。宦官违法犯罪行为均由司礼监审理，嘉靖时期，刑部尚书林俊欲夺回司礼监的司法权，曾上疏称“宫府一体，内臣所犯，宜下法司，明正其罪，不当废祖宗法”
。然而即使是以驭阉严格闻名的世宗，也完全不接受该建议。那思陆先生认为“明代司礼监是皇帝的秘书机关，因亲近皇帝，易受皇帝信任。皇帝授予司礼监批朱权，使其取得政治权力，其中当然也包含司法审判上的权力。这些出于皇帝授予的权力，具有法律效力，可以视其为司礼监有关司法审判的职掌”
。