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明代南京作为南方政治、经济中心，是典型的古代大都会。应天府城中，军民无论贫富，杂居一城之中。在应天府城中聚集着各阶层人士，既有世袭罔替的贵胄，又有主政南直的官僚群体，还有拱卫南都的大量驻军，以及流动的商贾，更多的是社会底层的普通民众。南都复杂的社会结构和特殊的城市地位，在充满各种机会、诱惑的同时，各种社会矛盾也无处不在。在应天府城中，既有被商业发展及大都市诱惑所吸引来的大量流动人口，又有因贫困等原因铤而走险，从事不法行为的居民，还有特权阶层庇护下形成的地方黑恶势力，治安形势相对江南其他地区更为复杂。针对应天这样特殊的城市，明政府的社会管控模式也进行了适当的调整，形成了从基层组织到南京三法司这样一个多层次的管控模式，多头并举，维持南京社会有序运行。
从永乐迁都到正统六年（1441）两京体制确立，直至明亡，南京中枢军政机构的管辖范围仅限于南直隶，就社会治安领域而言，这就使南直隶地区出现了职能重叠，多重管理的问题。如果没有一个明确的分工，必然出现权力边界模糊，越权执法、越权行政或推诿扯皮，行政效率低下的后果。以应天府为例，南京锦衣卫在迁都后已经失去了皇帝内卫的职能，但维护南都社会治安的职能，则依然在其权力范围之内。除南京锦衣卫外，南京城内留守军卫皆有巡防城市、维护治安的职能。南京“五城兵马司防捕之官，设于都城之内外”
，其管辖范围为应天府城及其周边地区，这就与应天府及其上元、江宁二附郭县的治安管辖范围完全重叠。如果单纯从表面上看，似乎存在一个五级（南京军卫、兵马司、府、县、字铺或保甲）防控的体系，然而在实际操作中，以京师为例，王天有先生认为“五城兵马指挥司掌管巡捕盗贼、疏通街道沟渠及囚犯、火禁之事，地位相当于宛、大知县，但不属于顺天府尹管理，而隶属于巡城御史”。“可见京师五城之权已不属于顺天府，顺天府权力多在京师城外”
。京师如此，南京亦然。“南京五城兵马指挥司各司职掌巡捕及街道沟渠囚犯等事，皆与五城兵马司同”
。应天府府城内的日常治安巡防工作则是由各巡城御史分管下的各城兵马司来进行，军卫只是起协防作用。如此一来，应天府城内的治安管辖权由南京都察院系统掌管，南京锦衣卫及其他留守军卫则继续执行军事纠察、武装捕盗、秘密侦查的职能。而应天府和上元、江宁二县的治安职能，很大程度上要在城外实行。
从成化八年（1472）南京巡城御史将捕获人犯移交本院山东道，结果引发南京都察院高官不满的事例，可以看出两京中枢机构受理都城案件的流程：
南京巡城御史郑节将犯人郭泰参送南京山东道问理，时都察院参称，北京一应大小词状例该通政司受送各衙门施行，至于等项巡视御史纵有分内当行词状，俱发该城兵马司转送刑部问理，其各衙门未尝敢受片纸词讼，系是定例。今南京巡视御史各有擅受词状，径送该道问理，未免事体不一，人难遵守，今后凡有一应词状，俱由通政司受送各衙门断理，其御史照北京政体，各要本分行事，一体遵行。
从上面的记述可知，按照京师的案件受理流程，都城内的各类案件均由通政司按照案件性质、情节不同，分发到相关机构审理、执行。如果是巡城御史因处理突发事件，或当场抓捕现行违法犯罪人员，应及时移交事发地的兵马司预审，再由兵马司移交刑部审理，不能由都察院系统直接处理。之所以都察院不愿意直接受理都城治安、刑事案件，可能是由于两京都察院事权过大，不直接受理普通治安、刑事案件，既能避擅权、越权之嫌，又能摆脱琐事困扰，减轻庶务压力。然而到了晚明，此规已成一纸空文。“南都之事，有一至大而且要者尚未裁正。盖祖宗之法，特设三法司，凡各衙门之事，干系刑名者，即参送法司，而各衙门不得擅自定罪。无非详刑慎狱之意。今各衙门尚参送，而巡城有事，径发兵马司取供，此则道中之新例，而非祖宗之成法矣。然事关科道，谁敢言之”
？何良俊的意思是，在最初的制度设计中，刑事案件必须由三法司受理，而非其他行政部门。而巡城御史直接发兵马司处理案件的行为是都察院系统不合法的“土政策”，但是由于事关科道，无人敢指责，以致习惯成自然，不合程序的行为成了约定俗成的惯例。
万历时期，王樵在其文集中多次记述巡城御史直接受理案件，再移交刑部各司审理的事例。例如万历二十年（1592），苏州府吴县发生一起因夫妻纠纷引发丈夫自缢身亡的案件。事发后“总甲武祐具呈巡视李御史处，参送贵州司审检明白”，南京刑部拟定罪名和量刑后，将判决结果“送南京大理寺审允”。如果说此夫妻纠纷导致一方自杀的案件属于京外案件，那么同是万历二十年（1592）发生的朝天宫道士王清义伙同民户孔心旸、沈三等殴死窃贼贾万春案和南京广洋卫军户何应举殴打邻居陈盛致死案，则完全为应天府城内发生的刑事案件。王清义等殴死窃贼案，由死者之弟贾万钟“具告巡视张御史处”，“蒙参送四川司审检明白”，拟定罪名并量刑后，将判决结果“送南京大理寺审允”。何应举殴死邻居案，由死者之兄陈连“具告巡视李御史，参送浙江司审检明白”，也是由南京都察院系统的巡城御史进行预审后，移交南京刑部，由刑部拟定罪名并量刑后，将判决结果“送南京大理寺审允”
。所谓“参送”，即案件侦查主体（巡城御史）责成五城兵马司将预审结果（“参语”）连同案犯一同移送刑部相关司，由刑部相关司对案犯进行审判，类似于今公安机关侦查终结。是时，王樵任职为“南京刑部署部事、南京大理寺卿”，是南京最高职务的理刑官，从他对这些案件的记述看，他并未认为巡城御史先行预审，再将案件移送刑部各司审理是越权违制之举，而是认为各受理案件巡城御史的行为是完全合理合法的司法程序。
吴元年（1367）朱元璋即创设了御史台，洪武十五年（1382）御史台改组成都察院。在明代的制度设计中，都察院被赋予行使监察权，执行的是监察职能，而非警察、检察和审判职能。然而在制度实际运行过程中，都察院的事权不断扩大，各地督、抚、按无不出自都察院，河道管理、漕运管理也均由都察院负责。中期以降直至明亡，都察院佥都御史以上的官员又被赋予提督军务的权力，无论是边防军备还是对内、对外作战，都察院官员的身影无处不在。都察院所辖“十三道各协管两京、直隶衙门；而都察院衙门分属河南道，独专诸内外考察”
。所谓“协管”，已不仅仅是单纯意义的监察职能，而是行使行政管理职能。都察院的河南道还负责内外考察，权力尤大。
南京都察院“凡刷卷、巡仓、巡江、巡城、屯田、印马、巡视粮储、监收粮斛、点闸军士、管理京营、比验军器，皆叙而差之。清军，则偕兵部、兵科。核后湖黄册，则偕户部、户科”。提督操江一人，“领上、下江防止事”
。可见，南京都察院事权极大，南都各类事务几乎无所不包，无所不管。
社会治安的具体管理，从古至今都是遵循属地化原则，即治安主要职责由基层政府的相关机构来执行。南京作为一个拥有留都地位的特殊城市，在应天府城中存在着三级治安管控模式，即留守中枢机关、应天府、附郭县，三者都拥有治安管辖权。应天府城内的治安管理主要由巡城御史指挥下的五城兵马司与地方火甲负责，附郭县的治安管理职能更多体现在城外。即便如此，在治安、刑事案件的处置上，也会出现多头管理。例如张澄欲诬陷谢良栋伤人，是去巡抚衙门报案，再由巡抚衙门批转六合县审理。刘世延家人薛继松、佘秋芳敲诈客店店主查继宗，诬陷查继宗故意窝藏强盗，而查继宗不堪被讹诈，去操江衙门报案，此案由提督操江御史批转应天府理刑厅受理
。
刘世延家仆骗女敲诈一案，其侦审流程非常清晰地反映了当时刑事案件的处理过程。季奉被刘世延家仆绑架、敲诈后，心中不甘，去巡城御史处报案。巡城御史“准拘”。案犯鲍凤畏罪潜逃，巡城御史令西城兵马司缉捕鲍凤归案，鲍凤被西城兵马司抓获后，“林御史批仰该城会同东、南二城掌印官查照律例，议拟参送，随该本城会同东城陈兵马、南城王兵马提取徐宾等到官，会审明白，具供呈详，批城参送，前来究审”
。可见南京城内多数重大刑事案件处理流程基本是被害人家属或总甲到巡城御史处报案，巡城御史受理案件后，责令属地兵马司侦办，兵马司抓获嫌疑人后，由巡城御史组织兵马司相关人员进行预审，再由巡城御史根据嫌疑人情节轻重与否，决定是否将嫌疑人移交南京刑部审判。该司法流程与现代司法程序已经非常类似。南京刑部审判结果经大理寺“审允”后，即可视为审判终结，只有涉及死刑案件，才报南京三法司会审复核。这里顺带补充一个案例，万历后期在宫中发生了袭击太子的梃击案，宫中值守人员将行凶案犯张差抓获后，移交给巡城御史刘廷元。刘廷元对张差进行简单预审后，连夜移交刑部羁押。刘廷元的行为，往往被诟病为“甩锅”、推卸责任。其实，作为巡城御史，刘廷元的行为完全是按照司法程序进行。
巡城御史组织兵马司预审后，再将案件及嫌疑人移交刑部，此举或可视为都察院掌握了审查起诉的权力，带有一定的检察色彩。由此可见，晚明南京都察院不仅完全拥有了刑事案件的侦办权、预审权，而且还获得了案件审查起诉权。刑部行使审判权，大理寺行使的则是检察权。大理寺的“审允”并不是“审判”，而是审查同意，类似于法纪监督、审判监督，属于行使检察职能。
由于南京案件受理、侦办呈现多头管理模式，各机构间的权力边界模糊，故经常会出现各司法、行政机构争夺或扩张裁量权的事件，直接导致程序烦琐、效率低下，或造成冤狱丛生，或使违法犯罪人员逍遥法外。
在现代社会，负责社会治安管理的法定机构是公安机关。有学者认为五城兵马司是城市警察机构，因为“五城兵马司既有抓捕、审讯的权力，又设有收监人犯之牢狱，其司法独立性逐渐彰显”
。那么五城兵马司究竟是不是明代的城市警察机构呢？我们可以通过对比现代警察职责与古代治安机构职责进行讨论。
根据2012年修正的《中华人民共和国人民警察法》第二条之规定：“人民警察的任务是维护国家安全，维护社会治安秩序，保护公民的人身安全、人身自由和合法财产，保护公共财产，预防、制止和惩治违法犯罪活动。”
第六条警察履行的职责主要包括：“（一）预防、制止和侦查违法犯罪活动；（二）维护社会治安秩序，制止危害社会治安秩序的行为；（三）维护交通安全和交通秩序，处理交通事故；（四）组织、实施消防工作，实行消防监督；（五）管理枪支弹药、管制刀具和易燃易爆、剧毒、放射性等危险物品；（六）对法律、法规规定的特种行业进行管理；（七）警卫国家规定的特定人员，守卫重要的场所和设施；（八）管理集会、游行、示威活动；（九）管理户政、国籍、入境出境事务和外国人在中国境内居留、旅行的有关事务；（十）维护国（边）境地区的治安秩序；（十一）对被判处拘役、剥夺政治权利的罪犯执行刑罚；（十二）监督管理计算机信息系统的安全保护工作；（十三）指导和监督国家机关、社会团体、企业事业组织和重点建设工程的治安保卫工作，指导治安保卫委员会等群众性组织的治安防范工作；（十四）法律、法规规定的其他职责。”
第二十六条规定担任人民警察应当具备下列条件：“（一）年满十八岁的公民；（二）拥护中华人民共和国宪法；（三）有良好的政治、业务素质和良好的品行；（四）身体健康；（五）具有高中毕业以上文化程度；（六）自愿从事人民警察工作。有下列情形之一的，不得担任人民警察：（一）曾因犯罪受过刑事处罚的；（二）曾被开除公职的”。
第二十七条规定：“录用人民警察，必须按照国家规定，公开考试，严格考核，择优选用。”
通过上述《人民警察法》相关条款可知，在现代社会，警察组织负责管控社会治安，处理治安案件，打击各类刑事犯罪。警察拥有在一定时期内羁押嫌疑人的权限，拥有行政处罚权和预审权。警察在预审中视嫌疑人情节轻重，决定是否移交检察机关提起公诉。警察对于非暴力的民事纠纷，只有调解权而无裁判权等。警察的录用非常严格，不仅有文化程度要求，而且强调自愿的原则。
明代弓兵、火甲、衙役等，均属“力役”范畴，是徭役的一部分，晚明时期将徭役改为征银，不愿意服徭役者也可以拿银请人代役。这些在兵马司等机构充当弓兵、火甲等的人员，不仅工作压力大、收入微薄，而且从事此类工作多数并非其自愿行为，一般是不得已而为之的应役或代役。由此可见，兵马司只能视为巡城御史掌管下的巡防机构，且其一线外勤人员构成既不是现役军人，也不是专职警务人员，完全是由地方服徭役或代役人员组成。即使在明代，两京兵马司不仅无行政处罚权，更无刑事裁定权，亦非法定执法机构，兵马司的各项司法权力均由提调兵马司的巡城御史掌控。即使是入流的兵马司军官，其司法权力也是微乎其微，完全听命于提调的巡城御史。兵马司的弓兵、基层政府巡捕人员、地方总甲、火甲等所执行的巡捕职能，最多类似现代社会的辅警、保安、治安联防队的职能而已，绝不应该视为古代警察。（万历）《明会典》载，“凡南京各卫巡捕人员，弘治八年题准，若捕获强盗，止许追本犯赃仗用讯杖，并拶指常刑，及暂送兵马司收监，小事三日，大事五日，径送法司收问，并不许私置监房，滥用夹棍等刑，逼招平人，仍不许将有赃窃盗，不送法司，展转引禀守备衙门发落，违者听南京科道指实举奏”
。即使是留守南京正规军的巡捕武装抓获匪盗，尚且严禁私设公堂、滥用刑罚、随意留置羁押嫌疑人，更何况由火甲构成的兵马司？兵马司确实有设立监狱，但其监狱不过是临时羁押留置场所。如果非要拿五城兵马司的监狱和现代社会的羁押场所进行比较，那么兵马司的监狱最多算拘留所、留置室而已，连看守所都算不上。从小案三日内、大案五日内移交刑部的规定可知，军方巡捕组织和兵马司根本不具备预审权力，即使案件预审，也必须由都察院系统的巡城御史组织实行，而非授权或委托军方、兵马司的总甲、火甲进行。
综上所述，判定古代政府组织是否为警察机构，主要是看该组织人员构成，以及该组织是否具备法定执法权力，对于治安案件、刑事案件是否具备预审权力。明代两京兵马司人员由服徭役的火甲构成，既不具备法定执法权，又不具备预审权力，无法将其认定为警察组织或警察组织雏形。在我国直至晚清引进近代警察制度之前，根本没有真正意义的警察组织。近代之前的警察权不是集中于一个行政或司法组织中，而是被分散到各个职能部门，司法实践中多数时候是政法不分，政府各行政机构只要有相应管辖权，即可以受理案件，甚至可以进行预审，拥有一定的处罚权和执行权。