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明代南京作为南方政治、经济中心，是典型的古代大都会。应天府城中，军民无论贫富，杂居一城之中。在应天府城中聚集着各阶层人士，既有世袭罔替的贵胄，又有主政南直的官僚群体，还有拱卫南都的大量驻军，以及流动的商贾，更多的是社会底层的普通民众。南都复杂的社会结构和特殊的城市地位，在充满各种机会、诱惑的同时，各种社会矛盾也无处不在。在应天府城中，既有被商业发展及大都市诱惑所吸引来的大量流动人口，又有因贫困等原因铤而走险，从事不法行为的居民，还有特权阶层庇护下形成的地方黑恶势力，治安形势相对江南其他地区更为复杂。针对应天这样特殊的城市，明政府的社会管控模式也进行了适当的调整，形成了从基层组织到南京三法司这样一个多层次的管控模式，多头并举，维持南京社会有序运行。
从永乐迁都到正统六年（1441）两京体制确立，直至明亡，南京中枢军政机构的管辖范围仅限于南直隶，就社会治安领域而言，这就使南直隶地区出现了职能重叠，多重管理的问题。如果没有一个明确的分工，必然出现权力边界模糊，越权执法、越权行政或推诿扯皮，行政效率低下的后果。以应天府为例，南京锦衣卫在迁都后已经失去了皇帝内卫的职能，但维护南都社会治安的职能，则依然在其权力范围之内。除南京锦衣卫外，南京城内留守军卫皆有巡防城市、维护治安的职能。南京“五城兵马司防捕之官，设于都城之内外”
，其管辖范围为应天府城及其周边地区，这就与应天府及其上元、江宁二附郭县的治安管辖范围完全重叠。如果单纯从表面上看，似乎存在一个五级（南京军卫、兵马司、府、县、字铺或保甲）防控的体系，然而在实际操作中，以京师为例，王天有先生认为“五城兵马指挥司掌管巡捕盗贼、疏通街道沟渠及囚犯、火禁之事，地位相当于宛、大知县，但不属于顺天府尹管理，而隶属于巡城御史”。“可见京师五城之权已不属于顺天府，顺天府权力多在京师城外”
。京师如此，南京亦然。“南京五城兵马指挥司各司职掌巡捕及街道沟渠囚犯等事，皆与五城兵马司同”
。应天府府城内的日常治安巡防工作则是由各巡城御史分管下的各城兵马司来进行，军卫只是起协防作用。如此一来，应天府城内的治安管辖权由南京都察院系统掌管，南京锦衣卫及其他留守军卫则继续执行军事纠察、武装捕盗、秘密侦查的职能。而应天府和上元、江宁二县的治安职能，很大程度上要在城外实行。
从成化八年（1472）南京巡城御史将捕获人犯移交本院山东道，结果引发南京都察院高官不满的事例，可以看出两京中枢机构受理都城案件的流程：
南京巡城御史郑节将犯人郭泰参送南京山东道问理，时都察院参称，北京一应大小词状例该通政司受送各衙门施行，至于等项巡视御史纵有分内当行词状，俱发该城兵马司转送刑部问理，其各衙门未尝敢受片纸词讼，系是定例。今南京巡视御史各有擅受词状，径送该道问理，未免事体不一，人难遵守，今后凡有一应词状，俱由通政司受送各衙门断理，其御史照北京政体，各要本分行事，一体遵行。
从上面的记述可知，按照京师的案件受理流程，都城内的各类案件均由通政司按照案件性质、情节不同，分发到相关机构审理、执行。如果是巡城御史因处理突发事件，或当场抓捕现行违法犯罪人员，应及时移交事发地的兵马司预审，再由兵马司移交刑部审理，不能由都察院系统直接处理。之所以都察院不愿意直接受理都城治安、刑事案件，可能是由于两京都察院事权过大，不直接受理普通治安、刑事案件，既能避擅权、越权之嫌，又能摆脱琐事困扰，减轻庶务压力。然而到了晚明，此规已成一纸空文。“南都之事，有一至大而且要者尚未裁正。盖祖宗之法，特设三法司，凡各衙门之事，干系刑名者，即参送法司，而各衙门不得擅自定罪。无非详刑慎狱之意。今各衙门尚参送，而巡城有事，径发兵马司取供，此则道中之新例，而非祖宗之成法矣。然事关科道，谁敢言之”
？何良俊的意思是，在最初的制度设计中，刑事案件必须由三法司受理，而非其他行政部门。而巡城御史直接发兵马司处理案件的行为是都察院系统不合法的“土政策”，但是由于事关科道，无人敢指责，以致习惯成自然，不合程序的行为成了约定俗成的惯例。
万历时期，王樵在其文集中多次记述巡城御史直接受理案件，再移交刑部各司审理的事例。例如万历二十年（1592），苏州府吴县发生一起因夫妻纠纷引发丈夫自缢身亡的案件。事发后“总甲武祐具呈巡视李御史处，参送贵州司审检明白”，南京刑部拟定罪名和量刑后，将判决结果“送南京大理寺审允”。如果说此夫妻纠纷导致一方自杀的案件属于京外案件，那么同是万历二十年（1592）发生的朝天宫道士王清义伙同民户孔心旸、沈三等殴死窃贼贾万春案和南京广洋卫军户何应举殴打邻居陈盛致死案，则完全为应天府城内发生的刑事案件。王清义等殴死窃贼案，由死者之弟贾万钟“具告巡视张御史处”，“蒙参送四川司审检明白”，拟定罪名并量刑后，将判决结果“送南京大理寺审允”。何应举殴死邻居案，由死者之兄陈连“具告巡视李御史，参送浙江司审检明白”，也是由南京都察院系统的巡城御史进行预审后，移交南京刑部，由刑部拟定罪名并量刑后，将判决结果“送南京大理寺审允”
。所谓“参送”，即案件侦查主体（巡城御史）责成五城兵马司将预审结果（“参语”）连同案犯一同移送刑部相关司，由刑部相关司对案犯进行审判，类似于今公安机关侦查终结。是时，王樵任职为“南京刑部署部事、南京大理寺卿”，是南京最高职务的理刑官，从他对这些案件的记述看，他并未认为巡城御史先行预审，再将案件移送刑部各司审理是越权违制之举，而是认为各受理案件巡城御史的行为是完全合理合法的司法程序。
吴元年（1367）朱元璋即创设了御史台，洪武十五年（1382）御史台改组成都察院。在明代的制度设计中，都察院被赋予行使监察权，执行的是监察职能，而非警察、检察和审判职能。然而在制度实际运行过程中，都察院的事权不断扩大，各地督、抚、按无不出自都察院，河道管理、漕运管理也均由都察院负责。中期以降直至明亡，都察院佥都御史以上的官员又被赋予提督军务的权力，无论是边防军备还是对内、对外作战，都察院官员的身影无处不在。都察院所辖“十三道各协管两京、直隶衙门；而都察院衙门分属河南道，独专诸内外考察”
。所谓“协管”，已不仅仅是单纯意义的监察职能，而是行使行政管理职能。都察院的河南道还负责内外考察，权力尤大。
南京都察院“凡刷卷、巡仓、巡江、巡城、屯田、印马、巡视粮储、监收粮斛、点闸军士、管理京营、比验军器，皆叙而差之。清军，则偕兵部、兵科。核后湖黄册，则偕户部、户科”。提督操江一人，“领上、下江防止事”
。可见，南京都察院事权极大，南都各类事务几乎无所不包，无所不管。
社会治安的具体管理，从古至今都是遵循属地化原则，即治安主要职责由基层政府的相关机构来执行。南京作为一个拥有留都地位的特殊城市，在应天府城中存在着三级治安管控模式，即留守中枢机关、应天府、附郭县，三者都拥有治安管辖权。应天府城内的治安管理主要由巡城御史指挥下的五城兵马司与地方火甲负责，附郭县的治安管理职能更多体现在城外。即便如此，在治安、刑事案件的处置上，也会出现多头管理。例如张澄欲诬陷谢良栋伤人，是去巡抚衙门报案，再由巡抚衙门批转六合县审理。刘世延家人薛继松、佘秋芳敲诈客店店主查继宗，诬陷查继宗故意窝藏强盗，而查继宗不堪被讹诈，去操江衙门报案，此案由提督操江御史批转应天府理刑厅受理
。
刘世延家仆骗女敲诈一案，其侦审流程非常清晰地反映了当时刑事案件的处理过程。季奉被刘世延家仆绑架、敲诈后，心中不甘，去巡城御史处报案。巡城御史“准拘”。案犯鲍凤畏罪潜逃，巡城御史令西城兵马司缉捕鲍凤归案，鲍凤被西城兵马司抓获后，“林御史批仰该城会同东、南二城掌印官查照律例，议拟参送，随该本城会同东城陈兵马、南城王兵马提取徐宾等到官，会审明白，具供呈详，批城参送，前来究审”
。可见南京城内多数重大刑事案件处理流程基本是被害人家属或总甲到巡城御史处报案，巡城御史受理案件后，责令属地兵马司侦办，兵马司抓获嫌疑人后，由巡城御史组织兵马司相关人员进行预审，再由巡城御史根据嫌疑人情节轻重与否，决定是否将嫌疑人移交南京刑部审判。该司法流程与现代司法程序已经非常类似。南京刑部审判结果经大理寺“审允”后，即可视为审判终结，只有涉及死刑案件，才报南京三法司会审复核。这里顺带补充一个案例，万历后期在宫中发生了袭击太子的梃击案，宫中值守人员将行凶案犯张差抓获后，移交给巡城御史刘廷元。刘廷元对张差进行简单预审后，连夜移交刑部羁押。刘廷元的行为，往往被诟病为“甩锅”、推卸责任。其实，作为巡城御史，刘廷元的行为完全是按照司法程序进行。
巡城御史组织兵马司预审后，再将案件及嫌疑人移交刑部，此举或可视为都察院掌握了审查起诉的权力，带有一定的检察色彩。由此可见，晚明南京都察院不仅完全拥有了刑事案件的侦办权、预审权，而且还获得了案件审查起诉权。刑部行使审判权，大理寺行使的则是检察权。大理寺的“审允”并不是“审判”，而是审查同意，类似于法纪监督、审判监督，属于行使检察职能。
由于南京案件受理、侦办呈现多头管理模式，各机构间的权力边界模糊，故经常会出现各司法、行政机构争夺或扩张裁量权的事件，直接导致程序烦琐、效率低下，或造成冤狱丛生，或使违法犯罪人员逍遥法外。
在现代社会，负责社会治安管理的法定机构是公安机关。有学者认为五城兵马司是城市警察机构，因为“五城兵马司既有抓捕、审讯的权力，又设有收监人犯之牢狱，其司法独立性逐渐彰显”
。那么五城兵马司究竟是不是明代的城市警察机构呢？我们可以通过对比现代警察职责与古代治安机构职责进行讨论。
根据2012年修正的《中华人民共和国人民警察法》第二条之规定：“人民警察的任务是维护国家安全，维护社会治安秩序，保护公民的人身安全、人身自由和合法财产，保护公共财产，预防、制止和惩治违法犯罪活动。”
第六条警察履行的职责主要包括：“（一）预防、制止和侦查违法犯罪活动；（二）维护社会治安秩序，制止危害社会治安秩序的行为；（三）维护交通安全和交通秩序，处理交通事故；（四）组织、实施消防工作，实行消防监督；（五）管理枪支弹药、管制刀具和易燃易爆、剧毒、放射性等危险物品；（六）对法律、法规规定的特种行业进行管理；（七）警卫国家规定的特定人员，守卫重要的场所和设施；（八）管理集会、游行、示威活动；（九）管理户政、国籍、入境出境事务和外国人在中国境内居留、旅行的有关事务；（十）维护国（边）境地区的治安秩序；（十一）对被判处拘役、剥夺政治权利的罪犯执行刑罚；（十二）监督管理计算机信息系统的安全保护工作；（十三）指导和监督国家机关、社会团体、企业事业组织和重点建设工程的治安保卫工作，指导治安保卫委员会等群众性组织的治安防范工作；（十四）法律、法规规定的其他职责。”
第二十六条规定担任人民警察应当具备下列条件：“（一）年满十八岁的公民；（二）拥护中华人民共和国宪法；（三）有良好的政治、业务素质和良好的品行；（四）身体健康；（五）具有高中毕业以上文化程度；（六）自愿从事人民警察工作。有下列情形之一的，不得担任人民警察：（一）曾因犯罪受过刑事处罚的；（二）曾被开除公职的”。
第二十七条规定：“录用人民警察，必须按照国家规定，公开考试，严格考核，择优选用。”
通过上述《人民警察法》相关条款可知，在现代社会，警察组织负责管控社会治安，处理治安案件，打击各类刑事犯罪。警察拥有在一定时期内羁押嫌疑人的权限，拥有行政处罚权和预审权。警察在预审中视嫌疑人情节轻重，决定是否移交检察机关提起公诉。警察对于非暴力的民事纠纷，只有调解权而无裁判权等。警察的录用非常严格，不仅有文化程度要求，而且强调自愿的原则。
明代弓兵、火甲、衙役等，均属“力役”范畴，是徭役的一部分，晚明时期将徭役改为征银，不愿意服徭役者也可以拿银请人代役。这些在兵马司等机构充当弓兵、火甲等的人员，不仅工作压力大、收入微薄，而且从事此类工作多数并非其自愿行为，一般是不得已而为之的应役或代役。由此可见，兵马司只能视为巡城御史掌管下的巡防机构，且其一线外勤人员构成既不是现役军人，也不是专职警务人员，完全是由地方服徭役或代役人员组成。即使在明代，两京兵马司不仅无行政处罚权，更无刑事裁定权，亦非法定执法机构，兵马司的各项司法权力均由提调兵马司的巡城御史掌控。即使是入流的兵马司军官，其司法权力也是微乎其微，完全听命于提调的巡城御史。兵马司的弓兵、基层政府巡捕人员、地方总甲、火甲等所执行的巡捕职能，最多类似现代社会的辅警、保安、治安联防队的职能而已，绝不应该视为古代警察。（万历）《明会典》载，“凡南京各卫巡捕人员，弘治八年题准，若捕获强盗，止许追本犯赃仗用讯杖，并拶指常刑，及暂送兵马司收监，小事三日，大事五日，径送法司收问，并不许私置监房，滥用夹棍等刑，逼招平人，仍不许将有赃窃盗，不送法司，展转引禀守备衙门发落，违者听南京科道指实举奏”
。即使是留守南京正规军的巡捕武装抓获匪盗，尚且严禁私设公堂、滥用刑罚、随意留置羁押嫌疑人，更何况由火甲构成的兵马司？兵马司确实有设立监狱，但其监狱不过是临时羁押留置场所。如果非要拿五城兵马司的监狱和现代社会的羁押场所进行比较，那么兵马司的监狱最多算拘留所、留置室而已，连看守所都算不上。从小案三日内、大案五日内移交刑部的规定可知，军方巡捕组织和兵马司根本不具备预审权力，即使案件预审，也必须由都察院系统的巡城御史组织实行，而非授权或委托军方、兵马司的总甲、火甲进行。
综上所述，判定古代政府组织是否为警察机构，主要是看该组织人员构成，以及该组织是否具备法定执法权力，对于治安案件、刑事案件是否具备预审权力。明代两京兵马司人员由服徭役的火甲构成，既不具备法定执法权，又不具备预审权力，无法将其认定为警察组织或警察组织雏形。在我国直至晚清引进近代警察制度之前，根本没有真正意义的警察组织。近代之前的警察权不是集中于一个行政或司法组织中，而是被分散到各个职能部门，司法实践中多数时候是政法不分，政府各行政机构只要有相应管辖权，即可以受理案件，甚至可以进行预审，拥有一定的处罚权和执行权。
南京振武营兵变是发生在嘉靖三十九年（1560）二月的一次哗变事件。振武营之所以发生哗变，其原因是按照惯例，南京军卫“月米有妻者一石，无妻者减十之四，春秋二仲月每石予折色银五钱，及马坤为南京户部尚书，奏减折色银为四钱，诸军始怨。懋官性刻削，各月各卫送支册，必诘其逃亡多寡，又奏停补役军丁妻粮，诸军益不堪。是时，坤已召入为户部，代之者尚书蔡克廉病不事事。比岁大侵，米石至银八钱，军中争求复折色原额，不见理。每月常以初旬给各军粮，是月已再旬，懋官犹未支给”
。南京振武营为南京兵部尚书张鏊为抗倭而招募的人员，其兵员构成为“淮扬矫捷者”
，“大抵皆恶少游手无赖者”
。不难看出，振武营是为抗倭而招募的雇佣军，且兵员素质极差，而南京户部尚书奏减折色银，士兵要求恢复，却不被南京户部理睬。南京户部侍郎黄懋官不仅“刻削”，而且拖延发放军粮，最终引发振武营哗变。何良俊认为，黄懋官的刻薄是导致哗变的主因，因为黄懋官不仅对士兵苛刻，甚至对体制内的中下级官员都不放过，何良俊自己的禄米都被扣减，“一石只九斗四五升矣”
。需要指出的是，此次哗变虽名为振武营兵变，但带头人并非振武营士兵，而是孝陵卫士兵周山。《南枢志》记述了叛乱始末：
孝陵卫卒周山等首倡乱，以十九日薄暮入城，分布朝阳、通济门内及栢川桥诸要路。至子夜，诸卫卒欲赴营待操，山等各遮留诸卒勿赴营，俱随我至总督府丐月廪。众从之，遂走会同馆傍围懋官居第，鼓噪不已，山等首破关拥入。懋官仓皇出白金四镒遗之，令其解散。诸乱卒闻之，并众拥入。懋官窘迫，逾墙欲自避匿，堕伤殆绝，其妻先亡，诸卒出其尸，掠其含敛及诸橐装而去，复索得懋官群朴，俱下毙之，仍舁至大中桥，缚系坊上。时新江口操卒闻城中乱，亦鼓拥入，四掠商民，复突入内厂，欲刺守备不得。府部诸大臣闻之，急出示谕，不听。诚意伯刘世延谕之，稍戢，仍不解散。翼日，九卿科道大会于守备厅。兵部侍郎李遂抚安之，且议发赈每卒予一金，以补减折粮饷，令赴演武场，受讫乃去。已而闻军中藉藉有言，朝廷将尽诛之。各营兵阴相约，欲叛入海。遂患之，与尚书张鏊议曰：诸叛卒虽从宜抚处，而首恶未诛，非法也。不闻元魏禁军攻统军张彝之事乎？且众尚汹汹，必俟奏报处，万一泄机，奈何乃托病闭阁卧？给各军安家小票各一纸，以安众心。密召坐营官华恩等入卧内受计，令刺访首恶，得周山等二十五人，各掩捕下狱，因驰奏请处分。三月，南京守备太监何绶、魏国公徐鹏举、临淮侯李庭竹、兵部尚书张鏊、侍郎李遂以振武营兵变闻。
在南京的何良俊也目睹了当时南京城内的危机状况：
殛杀黄侍郎懋官，悬其尸于大中桥牌坊上，大众喧哄，憾犹未释，自下攒射之。南京大小九卿集议于中府，大众拥至中府，诸公惶遽无措，逾垣而出，去冠服，僦蹇驴，奔迸逸去，人情汹汹。是日苟不定，若至夜中一放火烧劫，则事不可解，而贻祸于朝廷者不小矣。幸刘诚意招诱至小校场，户部出银四万分给之，众稍定。是日余适携酒于鸡鸣寺，请袁吴门尊尼在寺后冈上，亲望见军士以枪杆击魏国纱帽，诚意慰谕，移时乃稍稍散去。
通过上述两段史料的记载，我们不难看出，由于事发突然，南京留守官员多数手足无措，威风扫地，竟纷纷越墙、骑驴逃窜。只有诚意伯刘世延、南京兵部侍郎李遂二人处变不惊。与惊慌失措的南都公卿相比，刘世延、李遂面对乱兵辱尸，群情激愤，四处劫掠，用枪杆敲击魏国公纱帽示威的危险局面，敢挺身而出，尽力平息哗变。刘世延先在南京中军都督府宣谕乱军，称“尔辈但求赏易耳，能从我，惟尔所欲”！李遂则公开表示向上汇报时，对乱军“不得称叛”，使乱军稍安
。既而刘世延、李遂又亲赴小校场安抚乱军，暂时缓和局面。
刘世延能挺身而出，应对危机，处理危局，看似勇气和能力远胜留都众多文武，实则不然。刘世延当时只是一个不经世事的袭爵少年，虽然其行为可以善意地理解为初生牛犊不怕虎，但由于刘世延“少年佻脱，轻许至十万金”，其信口开河、随意承诺的行为使南京兵部侍郎李遂面临极大的麻烦。李遂只能软硬兼施，先承诺对乱军不称“叛乱”，又反复强调自己亲眼看见黄懋官跳墙不慎摔死，而非被乱军所杀，稳定住哗变士兵的情绪。李遂之所以如此，是因为按照明律，军队叛乱属于诛九族的重罪，而以下犯上，打死官长，属于“十恶”之中的“不义”行为，亦是不赦之罪。故李遂以此方式来缓和矛盾，稳住哗变军士的情绪。既而李遂发放拖欠银两，而乱军认为刘世延已经许诺重金，李遂发放的钱有些少，因此李遂只能以刘世延“不晓事”，又是待罪“闲住”之身等言语来敷衍。同时，李遂威胁乱军，声称自己平倭寇时编练的三万精兵驻扎在扬州，已经闻讯驰援南京，如果乱军再纠缠不休，四处劫掠，这三万精兵渡江后一定会武力弹压，届时对乱军将很不利，难以收场。李遂又以给“各军安家小票”的形式继续进行安抚，稳定军心。同时，又令坐营官密捕兵变带头士兵二十五人，使参与哗变士兵群龙无首，遂为乌合之众，难成燎原之势，最终平息兵变
。
南京兵变，虽名为振武营之变，但事实上涉及南京诸多军卫，其带头人之一周山也并非振武营士兵。之所以用振武营之名，大概是因为参与哗变者以振武营士卒居多，且振武营为招募士卒组建，而非世袭军卫。史家将这次哗变以振武营命名，可能也是晚明时期士大夫对“祖宗之法”的世袭卫所制度与募兵制孰优孰劣争端的缩影。虽然这次哗变始末缘由并不复杂，但从中我们可以看出，这次哗变是一个量变到质变的过程，不仅是南京军卫积弊的大爆发，更是明代南京治安混乱、应急处理突发事件能力薄弱的真实写照，同时也是南京部分官员刻薄少恩，对南京军民敲骨吸髓、竭泽而渔般搜刮行为的缩影。故何良俊慨叹“此风一长，民何以堪？不但军家杀黄侍郎，百姓亦将操戈矣”
。
迁都后南京防卫、社会治安管理形同虚设之弊由来已久，景泰元年（1450），大理寺右丞李茂言奉命巡视南京兵备，发现“南京兵备实多废弛”，操军竟然“止用纸布盔甲”
。景泰四年（1453）正月，由于南京都察院裁撤巡捕官军，随即发生了“羽林卫千户吴海、曹隆等聚众行劫”的恶劣案件
。是年九月，“南京守备宁远伯任礼、尚书张凤、都督赵伦等不严守卫，致奸人身服黄绢衣擅入皇城至阙右门”。景泰帝对此次奸人混入宫禁事件的处理结果，居然是“诏置不问，但录状以示，如仍怠忽必重罪”
。皇城居然能让社会闲散人员混入，其防控之松弛可见一斑。这种不痛不痒的处理结果，不仅不能整顿南京混乱的防控，反而只能助推守备官员玩忽职守的态度，“南京城中盗出入自如”
，正德六年（1511）又发生了洪武门金兽环在有士卒看守的情况下被盗的恶性案件。南京御史周朝佐明确指出南京“军士占役私门，其把总管队官又皆非材，何以御寇”
？“大小教场并神机营士卒皆为豪门私占”
，训练废弛，战斗力薄弱，守备空虚的状况，在正德初已成常态。
不仅南京城防、皇宫守卫松弛，连戒备森严的南京刑部天牢，在正德七年（1512）、嘉靖二年（1523）竟然也发生了集体越狱事件。迁都后，南京刑部天牢内已无因言获罪的官员，羁押的囚犯基本为恶性刑事犯罪的未决或已决罪犯。关押这类暴力犯罪人员的羁押场所，无论古今，防卫不可谓不严。然而正德七年（1512）六月的一个午后，在押犯韩颜等六七人，越狱上了夹道墙，并抛墙瓦击打追捕者。路过的牧马所军人韩北斗发现后，纵马持弓箭追赶，向越狱犯射箭，这些犯人用木板作为盾牌遮挡，从都察院附近跳河逃跑，韩北斗的马不能过河，只能放弃追捕。这些囚犯过河后，出神策门脱逃。事发于中午，神策门守卫官兵竟然视而不见，让六七个穿囚服的人从城门脱逃，亦可见城门守备形同虚设。越狱者中只有一人因受伤行走不便，躲在城外坟地的棺中养伤，两日后才被搜捕人员抓获，其余越狱人员竟全部成功逃离。事后，当值主事朱表、郎中萧世贤及“司狱官皂各议罪”。
人们大多知道“亡羊补牢，为时未晚”的道理，然而从古至今，这句成语多数时候都被人们停留在口号中，“亡羊”后能真正“补牢”者，却又寥寥无几。正德七年（1512）集体越狱事件的恶劣影响，似乎并未使南京守备官员和司法官员警醒，以致嘉靖二年（1523），南京刑部天牢再次发生了影响更为恶劣的集体越狱事件。
嘉靖二年（1523）七月二十九日夜，羁押在重监的四名囚徒明祥、李升、钟山、李盈四人，打开刑枷，合力顶开山墙望板后出逃。监管人员发现后大声呼喊，值守的提牢主事胡森在禁卒朱谏的帮助下，爬上墙查看情况，又险些被值守警卫人员持刀误伤。另一主事龚亨派皂隶汤寿紧急查点囚犯，但为时已晚，此时四名越狱案犯已从大理寺沿京畿道水洞，翻越紫金山墙逃脱。这四名案犯越过紫金山墙后，竟然肆无忌惮地在墙外池中洗浴后，由红门墙潜入孝陵的乌鸡房，捆绑值守人员，杀鸡做饭，睡了一觉。次日再次作案，于夜二更时潜入孝陵卫指挥家，抢劫财物衣帽，出城逃走。逃出应天后，四人一路作案，流窜至宁国府，又在府城东门继续抢劫店铺，得手后去徽州销赃，最后返回芜湖散伙。除了李盈在休宁县宿娼时，因被乐妇发现杖痂，怀疑其为逃犯，去官府举报而落网外，其余三人均成功脱逃，不知所终。李盈被捕后，被休宁县解送南京刑部，李盈供出实情，四人之所以能成功开枷锁越狱，竟然是内外勾结所致，由看管重监的禁卒马奎私自提供给他们开枷锁的钥匙。虽然最终越狱事件相关人员受到不同程度的处罚，但松散之弊已是积重难返
。
通过上述事例，我们不难看出，南京自迁都后，虽然留守军卫众多，但武备松弛，城防形同虚设，社会治安混乱，防御力量有名无实。驻南京军卫疏于训练，一遇敌情，即成乌合之众。部分官员减少、克扣、拖延发放粮饷，使矛盾愈加激化。南都官员在太平时期，文恬武嬉，缺少应急方略，面对京营哗变这样的突发事件，文武公卿多数狼狈逃窜。魏国公徐鹏举、临淮侯李庭竹虽然没有狼狈逃窜，但却方寸已乱，束手无策。南都有应变能力的官员也仅李遂、刘世延二人。李遂之所以能够迅速平息事件，是因为他能准确判断哗变士兵的诉求和心理活动。如前所述，刘世延在南京中军都督府公开声称“尔辈但求赏易耳，能从我，惟尔所欲”。也就是说，只要离开南京中军都督府，不再闹事，不仅军饷会立即补发，而且还有其他赏赐，刘世延虽然信口开河，胡乱许诺，但他试图最大限度满足哗变士兵的诉求，最终将哗变士兵引出南京指挥中枢——中军都督府。李遂不仅及时补发钱饷，而且还公开表示向上汇报时对乱军“不称叛”，并发放安家票，解除哗变士兵后顾之忧，又密捕哗变带头人，使哗变士兵失去领导和指挥，哗变士兵在基本满足拆求的前提下，偃旗息鼓，事件平息。
时任刑部尚书的郑晓主张严惩乱军，以儆效尤。故三法司对南京兵变的处理意见是将带头的二十五人依律定斩刑。由于郑晓与严嵩关系对立，严嵩“故宽假之”
，在严嵩的一再唆使下，世宗执意推翻三法司的量刑结果，对振武营兵变的最终处理结果竟是“止坐首恶周山等三人，余各以矜疑戍边卫”
。排除严嵩唆使的因素，世宗如此处理也许是想息事宁人，不想牵连过多，打击面过大，引发更大的事端。然而历史事实证明，世宗对哗变的处理方式，实际上是在重蹈大同兵变、辽东兵变处理方式的覆辙。大同兵变、辽东兵变之所以愈演愈烈，就是这种剿抚失当的处理方式造成的。尽管殷鉴不远，但世宗仍固执己见，其因循旧例，假仁假义的做法，不仅未能使士兵感恩，反而更加有恃无恐，助长了骄兵气焰，“诸军矫肆，或矢射部门，或殴骂官长，白昼劫人，恬不为怪”
。不久江北即发生了池河兵变，直至明亡，各地类似的非叛乱性的军队哗变、地方民变事件层出不穷。