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关于锦衣卫的相关职能，前文已经进行了概述，在此不再赘论。由于明代政治中心北移，在南京依然保留了锦衣卫的建制。两京制度确立后，留守南京的锦衣卫被称为南京锦衣卫。南京锦衣卫与京师锦衣卫相比，除了不再拥有皇帝警卫的职能外，其余职能与京师锦衣卫基本一致，即使是“理诏狱”的刑讯权力，从法理而言也并未失去，只是在实际运行过程中，南京锦衣卫的实权大幅减少。
迁都后留守的南京锦衣卫与南京其他留守各卫一样，很大程度上已沦为了屯田军，但由于其上十二卫亲军和皇帝近卫军的特殊地位，拥有其他军卫不具备的特权等，在史料中经常能看到官方对南京锦衣卫减免税粮的记载。例如“（嘉靖）十四年，题准南京锦衣卫屯粮内拨五千二百三十一石于滁州仓上纳，补足该卫岁用欠数，遇有闰月及或灾伤，听巡抚衙门径自处补，以省输挽。十五年，题准南京锦衣卫等四十二卫各屯田逃故坍江等项，即与查豁开垦，轻则量为升科以足原额”
。虽然官方对于南京锦衣卫一直有优免政策，但是也从侧面证明了留守南京的锦衣卫等亲军主要以屯种为主业的事实。
南京锦衣卫与京师锦衣卫一样，拥有“凡本卫军政官员，例免考察”的特权
。由于锦衣卫地位尊崇，待遇远高于其他侍卫亲军，所以南京锦衣卫“恩功寄禄”冗员尤多
。正统八年（1443）三月，瓦剌归附的也先土干被任命为“南京锦衣卫副千户，给衣服食米房屋器皿等物”
。正统十二年（1447）十一月，鞑靼归附官员阿儿脱台也被任命为“南京锦衣卫带俸镇抚，给冠带、房舍”
，南京锦衣卫成为归附少数民族军官的“安置点”。成化时期，传奉官众多，南京锦衣卫安置了相当一部分一步登天的传奉官。这些传奉官多数为冒功、乞恩的宦官弟侄，外戚亲眷和杂流等。仅已故太监黄赐家属获锦衣官者就有十余人，还“俱管事”
。弘治元年（1488）被清算的南京锦衣卫指挥佥事章瑾，本是御用监匠人，而且还有“鬻宝石，盗内府财物不可胜纪”的前科劣迹，因其“作奇巧”之物来谄媚宦官梁芳，被传升安置于南京锦衣卫任职
。弘治六年（1493）四月，孝宗认为“太庙配享功臣追封王爵者，俱系辅佐太祖高皇帝平定天下，大有勋劳之人，今其子孙有不沾寸禄，与编民无异，量加恩典，俾奉其祀。于是查取开平王曾孙常复、宁河王玄孙邓炳、岐阳王支孙李璿、东瓯王玄孙汤绍宗赴京，俱受南京锦衣卫指挥，使俾各仅其坟墓，以便奉祀”
。如此，南京锦衣卫成了一些失势开国功臣后裔的“收容所”，这些人虽挂名锦衣卫指挥，但只食禄而不视事，其职责不过是奉祀祖坟而已。南京锦衣卫还是京师政治失意军官、外戚的“集中营”。例如天顺时期，权倾朝野的锦衣卫指挥佥事门达与本卫都指挥使袁彬产生矛盾，门达罗织罪名，构陷袁彬下狱。最终袁彬被谪“调南京锦衣卫，带俸闲住”
，直至英宗去世，门达倒台后，袁彬才重回京师锦衣卫任职。嘉靖时期，弘治、正德两朝不可一世的外戚张氏兄弟失势，昌国公张鹤龄被贬为南京锦衣卫指挥，但不过是“寄禄闲居，实禁锢之”
。嘉靖四十年（1561）三月，“南京锦衣卫指挥徐继勋献白兔，言得之凤阳府凤凰山下，遣成国公朱希忠告太庙，群臣疏贺”
。且不论是时朝堂政治氛围，徐继勋作为南京禁卫指挥使，居然无所事事，用号称中都凤凰山下的白兔作为祥瑞之兆，粉饰太平，去迎合世宗迷信道教的斋醮活动来邀宠。
尽管南京锦衣卫多数军官、校尉不务正业，但也不乏正义敢言之士。景泰三年（1452）九月，南京锦衣卫镇抚司军匠余丁华敏不顾自身仅是军匠余丁的卑微地位，愤而上疏，痛斥宦官干政的时弊，并直指宦官对朝政的十大害，其疏所指弊端句句是实。虽然最终朝堂部议结果又是不了了之，其建议未能实行
，但也足见南京锦衣卫普通军匠余丁关心国事、犯颜敢谏的勇气和正义之举。
在政治方面，南京举行武举时，“南京兵部尚书会同南京各府掌印官并南京锦衣卫掌印官于教场各考验”，南京都察院“差御史一员监试”
。“遇皇太子千秋，笺文该差南京锦衣卫指挥一员赍捧”
。南京锦衣卫掌印官与南京兵部尚书、南京五军都督府各府都督一起考核武举生员，以及代表南京武官为皇太子生日奉笺等也是其尊显地位的表现。
在司法领域，“凡南京内官、内使有犯”，“情轻者暂发南京锦衣卫知在”。
南京审录重囚时，“但有该决重囚，会南京五府六部、都察院、通政司、大理寺、锦衣卫堂上官并六科”会审；凡处决重囚十人以上，必须由南京都察院御史和锦衣卫监斩官“赴京复命”；“决囚相视照旧会南京锦衣卫官”
。南京锦衣卫在遇到重大案件时，行使类似检察权的司法监督职能。遇到突发事件，南京锦衣卫的监狱还能作为南京刑部监狱的备用监管场所，集中羁押囚犯。正德后期江西宁王叛乱，“南京戒严，刑部重监、轻监人犯，俱移锦衣卫狱，事宁复初”。之所以启用南京锦衣卫监狱，是因为此监狱“旧有大墙，总括三法司、京畿道在内”，“法司缓急有备，免越狱之虞”
。南京锦衣卫还会同其他驻南京军卫进行沿江保卫，领十六所，其兵力大体为“指挥二十八员，千户三十七员、百户七十九员，吏旗军校匠余二千四百余名”
。南京城内由“锦衣卫、五城兵马司禁约赌博，缉捕盗贼，巡城御史通行提调”，“在京捕盗官兵人等，遇有地方劫杀人财，不行用心缉捕，听锦衣卫堂上官并巡城御史指实参奏拿问”
。在南京的巡防工作中，南京锦衣卫不仅行使侦查、巡逻防控职能，而且还继续行使军事纠察、军法执行等权力。
此外，南京锦衣卫在弘治前还继续保留行使杖刑的权力。官修《明史·刑法志三》认为廷杖是明代刑法“不衷古制”的产物。由于政治中心北迁，使南京锦衣卫缺少了对朝臣行使廷杖的机会。迁都后，南京第一次廷杖大臣发生在成化十八年（1482），是时，宪宗指责南京御史的奏疏中有错字，命令南京锦衣卫在南京午门前将当事人各杖二十。此后二十余年南京再无廷杖事件，以致出现了正德时期刘瑾矫旨杖南京御史李熙，由于“南京禁卫久不行刑”，行刑杖技法早已生疏的情况。尽管南京锦衣卫接旨后，还特意选士兵练习了数日才行刑，仍出现了险些将当事人当场杖毙的事件
。南京锦衣卫之所以在正德时期已不会行刑杖，是因为按照惯例，南京都察院与南京刑部“当杖断罪囚时，例委御史、主事及南京锦衣卫千、百户会同杖断”，由于行刑场所距离南京锦衣卫驻地距离较远，监刑的千户、百户常常不能准时到达，以致执行拖延，负责行刑的锦衣卫校尉则借机敲诈勒索罪囚钱财，而且行杖后，往往天色已晚，犯人无处安置。因此，弘治十年（1497），时任南京都察院右都御史张悦上疏，请求不必再用南京锦衣卫人员行刑、监刑，地方火甲完全能胜任实施刑杖的任务。然而张悦的建议，引发了南京锦衣卫的不满，“南京锦衣卫复以旧例执奏，事下法司再议”
。由此可见，迁都后的南京，虽然鲜有杖刑朝臣的事件，但南京锦衣卫对普通军民实施杖刑的权力依旧保留，而且还不许他人染指。张悦的建议最终得到孝宗同意，南京锦衣卫行杖的权力被地方火甲取代，这也就是成化十八年（1482）南京午门廷杖多位御史时，南京锦衣卫校尉、力士能轮番执行，而至正德时期，新一代校尉、力士已经完全不谙杖刑技法的原因所在。