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明代南京又称南直隶，其辖区大致为今苏、皖、沪两省一市，治所为应天府，即今南京市。自成祖迁都后，直至正统六年（1441），南京之名始定。南京的职官设置，除内阁外，与京师大体一致。南京各部副职只设右侍郎，无左侍郎。就权力而言，南京吏部尚书、兵部尚书、刑部尚书、都察院右都御史手握一定的实权。
南京吏部尚书掌握南京官员的自主考核权，“凡南京官，六年考察，考功掌之，不由北吏部”
。尽管掌握考核职权，但仍是“事权不属”
。
南京兵部尚书“参赞机务，同内外守备官操练军马，抚恤人民，禁戢盗贼，振举庶务，故其职视五部为特重”
。从《南畿志》记述可知，嘉靖时期，应天府城内驻军达三十七卫，城外驻军二卫，江北驻军十卫
，应天周边兵力约合二十七万四千余人。如此庞大的兵力，由守备太监、守备武臣和南京兵部尚书共同掌控，故南京兵部尚书位高权重。南京五军都督府只有中军都督府掌管城门钥匙，该职能类似城防司令，其余各都督府只是形式上负责所辖南京军卫的日常作训、管理，不过是徒具虚名而已。此外，南京五军都督府所辖各军卫协防南京治安，巡捕官来自各卫千户、牧马所百户，人员由南京兵部“会同外守备及都察院点选定委”，都督府无选用权。巡捕官兵“分为两班更番于城内，分定信地，同各城弓兵及各卫巡捕余丁互相接济”
。但其巡捕人员捕获强盗后，只可以使用拶指、杖刑等“常刑”预审，而且要迅速移交给五城兵马司羁押，由五城兵马司按照案件轻重，在三或五日内移交法司
。无论是都督府巡捕官兵，还是五城兵马司，均无长期羁押和审、检等权力。
南京刑部在迁都后，因“四方刑名俱归北京刑部”，一度形同虚设，直至宣德三年（1428）令南京刑部“止理京城词讼”。弘治元年（1488）将南京刑部司法管辖范围扩大至“附近常、镇等府县，滁州等处卫”，而且受理的京外案件还必须是“干连紧关，人证必须提对者”
。成祖迁都后，对于应处决的重犯，命令南京刑部“连人卷解北京该部审奏裁决，宣德以后免解京，止送南京大理寺审允”
，即可交付执行。故南京刑部只能“分掌南京诸司，及公、侯、伯、五府、京卫所刑名之事”
，虽然无各类案件的终审权，但掌管南都及其周边府县、卫所刑名的权力，亦足使南京官僚不敢对其小觑。
南京都察院受陈瑛、刘观掌院事时的风气影响，官员“效尤成风，赃秽狼藉”。宣德四年（1429），宣宗任命邵玘掌南京都察院事，在给邵玘的敕谕中，宣宗强调“近年南京都察院官萎靡不立，颓坏宪纪，非惟不能纠正诸司，亦致各道御史恬无畏惮。巡仓库者，通同监守纳户，恣为奸弊。巡钞法者，通同市井商贾，滥受货贿。甚者挟制诸司，肆行嘱托，贪利坏法，非止一端”，要求邵玘“务革前弊”，“竭诚尽力，必公必明，纠正权邪，毋有畏避，毋放纵奸宄，毋枉害良善”
。故邵玘到任后“黜其不肖者二十余人，人服其公明”，使南京都察院行政作风“为之一清”
。由于明代都察院事权极大，监察、司法、行政、军事指挥、运输、治水工程等各项权力，几乎无不涉及。明代职官以左为尊，南京都察院无左都御史，实际负责人为右都御史，可见迁都后，明代统治者在制度设计上有意矮化南京都御史地位并弱化其权力。尽管如此，南京都察院仍然拥有包括“凡刷卷、巡仓、巡江、巡城、屯田、印马、巡视粮储、监收粮斛、点闸军士、管理京营、比验军器，皆叙而差之。清军，则偕兵部、兵科。核后湖黄册，则偕户部、户科”，“提督操江”，“领上下江防之事”的权力
。“奉敕提督并巡视九江至镇江、苏、松等处江道、沿江军卫、有司，盗贼之事皆属焉”
。嘉靖时期“总督操江兼管巡江都御史统制诸守备官”，驻扎于江东门外新江口，所辖“操备官旗军一万一千四百八”，“巡下江御史所辖总督备倭都指挥”兵力分别驻于大江南北的金山、扬州诸卫，松江、盐城诸所等十七地，“巡上江御史所辖守备都指挥”各部兵力驻扎于安庆卫等四处
。“凡巡江巡仓等御史，嘉靖二十七年题准受理词讼，查盘仓库，审问囚犯，禁革奸弊等项”
。南京都察院巡城御史统领各城兵马司管辖南京城内社会治安事务，弘治十四年（1501）又赋予了南京巡城御史对“南京权要家人承揽各处官解织造进用缎匹，强分机户银两者，听巡城御史拿问。权要故纵及占吝者，指实参奏”
的纠察权力。南京都察院集军事、司法、监察、治安管理、纠察等各项权力于一身。
此外，南京通政使司“掌收呈状，付刑部审理”
，如同司法部门立案机构，但无案件侦查、检察和审判权力。南京大理寺主要职能与京师大理寺基本相同，但处理南京普通刑事案件时，由南京刑部审理案件的各司拟定刑名，经南京大理寺“审允”后
，方能产生法律效力。南京大理寺“审允”这一司法流程，类似行使司法监督的检察权。
南京礼部职能与京师礼部职能类似，从南京《各寺僧规条例》可知，“凡内外僧官，专一检束天下僧人恪守戒律清规，违者从本司惩治；若犯与军民相干者，从有司惩治”。“在京在外僧道衙门专一检束僧道，务要恪守戒律，阐扬教法，如有违犯清规、不守戒律及自相争讼者，听从究治，有司不许干预。若犯奸盗非为，但与军民相涉，在京中礼部酌审，情重者送问”
。南京礼部的司法管辖范围，虽然号称“专一检束天下僧人”，但实际上只能管辖应天府城内外的寺院、僧侣，以及进入南京的外地僧、道。南京僧人因内部纠纷而产生的普通治安案件，由南京僧录司、南京礼部受理；涉及僧道与其他军民的案件，情节轻微者，可由南京礼部审理；情节严重者，要移送南京司法机构审判，南京礼部无权审理。