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从历史文学批评到历史文学理论的建构，其内在的学术理路始终依赖审美经验与理论思辨的有机结合，追求文本、理论、史料三者间的“文史互证”。如果说历史文学研究是吴秀明在不自觉中找到的“学术根据地”，那么从历史文学研究迈向文学史及学科建设，更是他在“找到了‘根据地’之后如何防止它所带来的负面效应、实现理性的超越”
的自觉选择。20世纪90年代以后，吴秀明的学术视野不断扩大，研究重心逐渐转移到当代文学思潮、当代文学史写作以及当代文学学科史的研究，并旁及教育学、生态文学、地域文学研究等领域，开始主动走出了历史文学研究这片自己独立开垦的“学术根据地”。这一新开垦的学术领地，其实也内在地与他历史文学研究的学术理路同步。《转型时期的中国当代文学思潮》《中国当代文学史写真》《中国现当代文学史与生态场》等学术成果正是吴秀明在这一领域的重要收获。面对最近一二十年来整个社会环境、高等教育改革、大学建制、文学学科生态的巨大变化，吴秀明在他的当代文学史及学科建设的实践中融入了中文学科如何守正创新、拓宽内涵与外延，如何处理基础与应用、传统与现代的关系等现实问题的诸多思考，诸多忧思。
自20世纪90年代以来，随着文学观、历史观的变革，当代文学史编写与学科建设呈井喷式的发展态势。“20世纪中国文学”“重写文学史”的讨论引发了关于“新文学整体观”“民间立场”“潜在写作”以及审美、人性、启蒙等话题。这些新的思潮与观念出现，催生了洪子诚的《中国当代文学史》，陈思和主编的《中国当代文学史教程》，杨匡汉、孟繁华主编的《共和国文学五十年》等一批当代文学史的写作。这些文学史著作从原有的苏联模式中摆脱出来，呈现各自不同的文学理念，文学史写作迎来了前所未有的高潮。在诸多文学史中，吴秀明主编的《中国当代文学史写真》等具有相对明确的定位和独特的个性。他的融史著与选本于一体的文学史，是在与学生互动对话中建构的。在众多文学史急于演练自己文学观念时，吴秀明却对文学史编写提出了一个“为谁写”也就是“以谁为本位”的问题。与一味追求理论的创新与学术体系的完备不同，他质疑了教师高于学生的“不平等语境”所带来的所谓“主观性”，主张返回以学生为本位的互动对话的历史建构：“学者们由于掌握了知识权力，在想象中获得一种自我选择的理论自由。为了强调自己的主观情感与理论论断，他们往往在高谈阔论中陈列有利于自己论断的资料，而将不利论断的材料偏废。”
这部属于“描述型”的《中国当代文学史写真》，追求一种开放对话的述史方式。文学史的编写究竟以谁为本位，在以往的各家文学史著述中，大多对此定位不明晰，或含糊其辞。这可能是出于对原有集体编写，千人一面的教科书编写模式的扬弃。但过分追求文学史著者的“主观性”，从著者个人的文学观念出发编写的文学史，虽然凸显了学术个性和创造性，却未免遗忘或疏漏了文学史的功能价值。强调以学生为本位的文学史编写，则将文学史还原到教学参考书的位置，它成了大学教育与学科传承的线索与纲目。
《中国当代文学史写真》打破了传统教材系统阐述的权威面目，淡化个人的主观色彩，突出文献性、原始性、客观性，代之以“你说”“我说”“他说”“大家说”的多元视角；多描述、少判断，不妄下结论，不搞独断式的话语霸权，一切靠史实说话，以史实取胜。其具体内容，主要由以下5个部分组成：（1）作家作品简介；（2）评论文章选粹；（3）作家自述；（4）编者评点；（5）参考文献和思考题。其中“作家作品简介”和“编者评点”尽量少而精，用中性语言描述；而有意突出“评论文章选粹”（精选不同时期或同一时期多位有代表性的评论家相异甚至截然对立的观点）和“作家自述”两个部分（这两个部分约占全书三分之二的篇幅）。在构架和思路上，“强化突出编写的文献性、原创性和客观性，把大部分的篇幅留给原始文献资料的辑录介绍上，自己尽量少讲；即使讲，也是多描述、少判断”
。把当代文学史的学术脉络客观地呈现在学生面前，而将编者的观点就隐含在对这众多观点和材料的选择和编撰上。这样做，一方面可以避免编者在课堂教学中的一元化话语霸权；另一方面，“通过对多种多样甚至矛盾对峙的原典评论的解读和阐释，以平等姿态与编者甚或与评论家展开积极对话，开阔视野，培养他们独立思考的能力和创造性的思维”
。该文学史出版后颇受好评，它曾被一些刊物作为“一线教师投票选出的最有价值、使用率最高的现当代文学史教材”进行过介绍，并于2006年被遴选为国家“十一五”规划教材，先后由浙江大学出版社、北京大学出版社出版。
《中国当代文学史写真》较好地避免了“阐释型”文学史易犯的“主观独断”的缺陷，大胆尝试了“描述型”文学史编写范式。而他主编的另一部文学史《当代中国文学六十年》，则基于前后两个“三十年”历时变化的客观事实，以鲜明的学术特色与编史态度尝试解决当代文学史的诸多难题。作为一门只有起点而没有终点的新兴学科，当代文学与当下社会贴得很紧，缺乏必要的“入史”距离，也很难实施行之有效的文学作品“经典化”的筛选机制。以往在苏联模式影响下的诸多当代文学史，就是以意识形态为中心展开文学史叙述，它通过对政治文化的总体把握，以文艺运动与文艺思想斗争为纲，以具体作家作品为目，实现对文学“事实”统一的价值判断。面对“当代文学史有丘陵，没有高山”
的质疑，面对当下文学创作与文学批评的不断浸入，文学史的界限如何划定？经典作家作品如何选择？在划定与选择背后，如何显示文学史著者的文学史观与价值判断？
《当代中国文学六十年》从整体性出发，首先指出了当代文学的“预设”性特点，为我们理解当代文学“前三十年”的乌托邦色彩，理解一体化文学的生产体制与文学实践提供了一个全新而又颇具学理内涵的核心观点。在体例上，对当代文学时间叙述秩序与空间结构形态进行了独到的处理。该教材把当代文学分成“前三十年：走向统一的文学”（1949—1979）、“后三十年：走向开放的文学”（1979—2009）这样两个大的时间跨度，在具体叙述中大量引进“历史事实”和“文本事实”，关注它们彼此的属性及其真实性内涵。在文学史的具体叙述上，“尽可能用较为平和或中性的语言予以道出，而不作褒贬强烈的价值判断”
。《当代中国文学六十年》强调学科规范，在内容选择上主要体现如下理念：（1）理清文学发展的基本脉络，对文学史的基本轨迹进行梳理。以开放的文学史观，站在文学史基本线索与脉络的基础上，还原文学史的原生状态，才能避免当代文学史内部的价值不平衡，也才能给学生提供更为全面、客观的文学史基本史实。（2）对主要或具有代表性的作家作品进行介绍。这里所谓的“主要或具有代表性的”作家作品并不一定是“文学经典”，而是指在文学史发展过程中，在文学史脉络中造成过影响、具有文学史意义的作家作品。因为“文学经典”的认定，必然涉及文学价值的判断。但从文学史叙述的角度来讲，作品的审美价值并不是唯一的取舍标准，历史价值、文化价值从中也同样发挥了重要作用。与其急于用一种或几种文学观念判断经典或急于“经典化”，不如暂时搁置价值判断，用“主要或具有代表性的”作家作品清单来撰史更合适，也更贴近文学史实际。这样也能较好地避免在一元价值判断下，以“文学经典”名义对其他作家作品造成遮蔽。（3）对文学史的价值判断隐含在文学史叙述中，避免下过于霸权、太过刚性的断语。由于当代文学的当代性与开放性，常常不可避免地渗透了研究者的生命体验，在与当代社会的对话中凸显论著者鲜明的艺术观、价值观与历史观。
文学史作为学科传承与文学教育的“历史中间物”，它既是对“文学存在”的反映和概括，也必然因为编者“才”“学”“识”的差异，或隐或显地传达着编者的价值观。当代文学史编写如何在“事实”与“思想”、“客观”与“主观”之间，最大限度地激活这个学科的生命内涵，感受、理解和体会其中的丰富文本和历史过程，达成作家和研究者、文学史教授与传承之间的能动对话，这正是吴秀明对当代文学史编写与学科建设的终极追求。在这些当代文学史编写的实践之上，吴秀明的《中国现当代文学史与生态场》一书对现当代文学史的教材编写与学科建设作了“考镜源流”式的归纳和梳理。“所谓学科，就字源上讲，就是知识的生产和组织的‘操控体系’。”
这一理解既承认文学史是一种权力话语，又肯定其知识的客观性。他将文学研究分为“作家作品—文学思潮—文学史—学科”四个序列。“每个序列都是独立的本体，但同时又含有一定的递进式的关系。正因这样，所以学科总是与文学史、文学思潮和作家作品联系在一起。尤其是文学史和作家作品，更是其中的核心和关键。如果说作家作品（特别是经典或准经典的作家作品）可称之是支撑一个学科的阿基米德点的话，那么文学史则就成为规范和确立一个学科地位的基础工程。”
吴秀明就是这样基于当代文学学科历史与现实境遇，细析其“整体性格”与“矛盾性特征”，剖解“20世纪中国文学”“重写文学史”等理念与修史实践之间的现实落差。如对于整体文学史的写作，空间上“如何通过对大陆及台、港、澳地区文学的分流考察，描述和概括中国当代文学发展的全貌，构建一个能够融合它们彼此文学创造和经验的当代中国文学的整体视野和框架”；时间上又如何避免，用“审美/政治”的二元对立思维，以一种“非意识形态”的“意识形态”，消解当代前三十年“经典”作家作品，虚化弱化延安文学与十七年文学，导致现代文学对当代文学的“收编”，用单向度的“人的文学”取代“人民的文学”，造成另一种观念压抑。从这些严肃的思考出发，他对五四神话的多元多维性、当代文学的体制化、一体化问题都一一做了洞微烛幽的阐发。