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孔子先世是宋国公族，而宋是殷人的后代，因此孔子常常说：“予始殷人也。”（《史记·孔子世家》）又说：“丘也，殷人也。”（《礼记·檀弓上》）据《史记·宋微子世家》记载，周公平定武庚之乱后，“乃命微子开代殷后，奉其先祀，国于宋”。微子是纣王的庶兄，著名的殷商三贤之一。微子开卒，立其弟衍，是为微仲，后来宋国的公族都是微仲的后代。关于孔子先世的世系，可靠的资料主要有以下几则。
唐孔颖达《毛诗正义商颂那疏》引《世本》云：
宋湣公生弗甫何，弗甫何生宋父，宋父生正考甫，正考甫生孔父嘉，为宋司马，华督杀之而绝其世，其子木金父降为士，木金父生祁父，祁父生防叔，为华氏所逼奔鲁，为防大夫，故曰防叔，防叔生伯夏，伯夏生叔梁纥，叔梁纥生仲尼。
汉王符《潜夫论·志氏姓》云：
闵公子弗父何生宋父，宋父生世子，世子生正考父，正考父生孔父嘉，孔父嘉生子木金父……金父生祁父，祁父生防叔……防叔生伯夏，伯夏生叔梁纥。
《孔子家语·本姓解》：
宋公生丁公申，申公生缗公共及襄公熙，熙生弗父何及厉公方祀，方祀以下，世为宋卿。弗父何生宋父周，周生世子胜，胜生正考甫，考甫生孔父嘉，五世亲尽，别为公族，故后以孔为氏焉。一曰孔父者，生时所赐号也，是以子孙遂以氏族。孔父生子木金父，金父生睪夷，睪夷生防叔，避华氏之祸而奔鲁。防叔生伯夏，伯夏生叔梁纥。
以上三则材料所载世系基本一致，但有几个微小差异需要辨明。首先，《毛诗正义》引《世本》无世子胜一代，后两则都有。世子胜，或作世子士、世子、世父胜。《汉书·古今人表》录有世子士，清梁玉绳《古今人表考》认为此即世子胜，并且认为这是有关世子胜其人的最早记载。而且《潜夫论》和《家语》都有这一世，可见东汉时人们确实普遍认为孔子先世有世子胜其人。另外，孔子先世是从孔父嘉这一代开始得氏立族，而按当时礼制“五世亲尽”方可从公族中脱离出来别为一族，而从弗父何到孔父嘉，必须加上世子胜才足“五世”。因此，可以断定孔氏先祖确有世子胜一世，《毛诗正义》所引《世本》漏脱了这一世。第二，《毛诗正义》所引弗父何之子为宋父，后二则材料则为宋父周，可见《正义》所引脱“周”字。第三，《毛诗正义》所引木金父之子祁父，《家语·本姓解》称“睪夷”，可能名睪夷字祁父。由上述世系可见，孔子先世不可谓不显赫，《家语·本姓解》即称孔子父亲“其先圣王之裔”，孔子小时候便有人称其为“圣人之后”（《左传·昭公七年》）。孔子先世中，出现了不少贤人，如弗父何、正考父、孔父嘉等，而且经历了若干磨难，最终自宋奔鲁，在鲁国发展壮大。
弗父何是孔子十一世祖，大约生活于西周后期。弗父何为后世所知的唯一事迹就是让位。关于弗父何的出身，《毛诗正义》所引《世本》及《潜夫论》皆认为弗父何出自宋愍公，而《家语》认为出自宋愍公弟弟宋襄公
。《史记·宋微子世家》记载“湣公子鲋祀弑炀公而自立，曰：‘我当立’，是为厉公”，但《左传·昭公七年》说：“弗父何以有宋而授厉公。”《史记·孔子世家》同，《毛诗正义》卷三十引服虔云：“弗父何，宋愍公世子，厉公之兄，以有宋言愍公之适嗣当有宋国，而让与弟厉公也。”宋厉公通过弑君夺取君位，他假意让位弗父何，但弗父何迫于形势而放弃君位，而他也因这一点被后世以让德称赞。
从弗父何到孔父嘉五代，都在宋国为卿，地位非常显赫。据《左传·昭公七年》记载，弗父何曾孙正考父曾辅佐戴、武、宣三世，非常谨慎、恭敬，且有鼎铭云：“一命而偻，再命而伛，三命而俯，循墙而走，亦莫余敢侮。饘于是，鬻于是，以糊余口。”可见其在为政中的谦恭、勤勉态度。正考父在学术上的功绩是整理了《诗经》的部分篇章。《国语·鲁语下》载：“正考父校商之名颂十二篇于周太师。”《毛诗·那》小序也称：“微子至于戴公，其间礼乐废坏，有正考甫者，得商颂十二篇于周之大师，以那为首。”正考父整理了《商颂》十二篇，用来祭祀殷商的祖先，后来这十二篇亡佚七篇，今仅存五篇。
正考父之子孔父嘉是宋穆公的大司马。孔父嘉在孔氏先祖史上是一个转折性人物，从弗父何到孔父嘉共五世，意味着此后不再是公族，而另立氏族，后世便以孔父嘉之字孔为氏
，故为孔氏。据《左传》桓公元年、二年及《史记·宋世家》记载，宋穆公的兄长宣公舍弃其子与夷，而把君位传给了穆公，穆公感念兄长之德，于是去世前遗命大司马孔父嘉不要立自己的儿子公子冯，而要立公子与夷为君。穆公去世后，公子与夷即位，即宋殇公，孔父嘉任大司马辅政。孔父嘉的夫人非常漂亮，殇公九年（前711）的一天，其妻外出，遇见了太宰华督，华督为其美色所动，想把她霸占过来，便寻找借口陷害孔父嘉。当时殇公即位已十年，其间发生了十一次战争，国人都有些不堪忍受了，于是华督发布流言，说战争都是孔父嘉怂恿所为，试图引起国人对孔父嘉的不满。第二年，华督伺机攻杀孔父嘉，取其妻，灭其族。殇公怒，华督于是又弑殇公，而迎穆公子冯于郑而立之，是为庄公。孔氏家族经此一难，地位一落千丈，“其子木金父降为士”（《毛诗正义》引《世本》）。按周代的官制，卿大夫是高级官员，由贵族担任，可世袭，而“士”则比较低贱，仅略高于平民，这意味着孔子的先世从木金父起，已失去贵族头衔，由卿大夫降为士阶层。
华氏之乱是孔氏奔鲁的导火索，但关于孔子先世何时奔鲁，史料中有不同记载。上引《世本》及《孔子家语》，均称木金父之孙防叔为避华氏之祸而奔鲁。而李贤注《后汉书·孔融传》引服虔云：“孔子六代祖孔父嘉为宋华督所杀，其子奔鲁也。”现今多数学者认为，以木金父为避华氏之祸奔鲁之说比较可信，因为孔父嘉死后，华督继其位为庄公大司马，闵公时又为太宰，前后执政达二十九年，在这二十九年中，华督在宋国权势显赫，势必对孔氏加以迫害，在将木金父降为士后，当然不会善罢甘休。木金父应是迫于华氏的压力，觉得在宋国已无立足之地，无奈才逃亡到鲁国，而到防叔时，华氏之乱已经过去很久，华督也早已去世，孔氏家族在宋国的威胁已经不那么严峻，没必要此时再出逃。因此，可以推测，木金父当是在华督之乱发生后不久就借机逃到了鲁国，时间约是在公元前711年之后不久。《世本》称防叔“为华氏所逼，奔鲁，为防大夫，故曰防叔”，值得怀疑的是，一个为逃难而由宋奔鲁的士人，怎么会在毫无背景的情况下，在异国他乡当上“大夫”呢？因此，可能木金父是入鲁的第一代，经过两三代人的努力，到防叔的时候，孔氏家族在鲁国站稳了脚跟，相传防叔担任过鲁大夫臧孙氏的家臣，任防邑宰。
孔氏奔鲁之后，大概在鲁国南部防一代生活，因此防叔就成为防地的大夫。防叔生伯夏，伯夏生叔梁纥。叔梁纥就是孔子的父亲，名纥字叔梁，身材高大魁梧，体格威猛强壮，《孔子家语·本姓解》说他“身长十尺，武力绝伦”。换算成今天的长度，一尺是23厘米，十尺就是2.30米。这里面或许有夸张的成分，但无论如何都应该算得上是一个巨人了。叔梁纥为鲁国著名的勇士，据《左传》记载，襄公十年（前563），晋国的荀罃、荀偃、士匄带着诸侯联军进攻逼阳国。四月初九，联军包围逼阳，不能攻克。孟孙氏的家臣秦堇父用人力拉了装备车到达战地，逼阳人打开城门，诸侯的将士乘机进攻。逼阳国内城的人突然把闸门放下，叔梁纥双手撑住门，把已经攻入城里的将士放出来，为部队的撤出争取了时间。孟献子称赞说：“《诗》所谓‘有力如虎’者也。”鲁襄公十七年（前556）秋季，齐灵公攻打鲁国边境，齐将高厚把臧武仲围困在防地，鄹叔纥（即叔梁纥）与臧畴、臧贾率领三百名甲士夜袭齐军，把臧武仲救出后返回防地，齐国不久即退兵，再次显示出其武功才能。叔梁纥的墓地今称梁公林，位于曲阜城东14千米，面对防山，北阻泗水，又称“齐国公墓”“启圣林”“启圣王林”。
孔氏奔鲁，虽然只是一个家族事件，但对儒家和孔子来说却有非常重要的意义，意味着孔家具有综合商周两代文化的先天优势。孔子身上带着殷商的血统，具有强烈的殷商文化基因，孔子“少居鲁，长居宋”，他曾多次回故里宋国考察殷商文化，对宋国有很深的感情。而鲁国是周礼文化的大本营，孔子正是扬弃了殷商文化和周礼文化，才创立了儒家。孔氏家族的经历是春秋时代失势世族命运的最生动、典型的例子。《史记·孔子世家》附记的感言说：“孔子布衣，传十余世，学者宗之。”到孔子的时候，其家族早已由诸侯和贵族降为普通平民，也许正是在这种境遇中，孔子才以出类拔萃的品质、博学多能的才华、化成天下的宏愿，在有限的人生历程中，创立了儒家，开启了中华文化发展的新篇章。