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使徒大有能力，见证主耶稣复活，众人也都蒙大恩。
——《使徒行传》4:33
《使徒行传》证实，耶路撒冷最初就有一间强大的教会。但是，这卷书随后开始记载其他一些事件，很少再去讲述这间基督教会后来的历史。新约的其他书卷又提供了一些零散的信息。可是，这些信息主要是关于罗马帝国其他地区的教会生活。然而，若将新约所提供的这些信息与从其他作家那里得来的信息拼凑在一起，我们还是可以大致了解这间最早的基督教会的生活以及它后来的历史。
这间最早的基督教会经常被理想化。彼得在五旬节的坚定与雄辩，往往掩盖了他就如何处理希望加入教会的外邦人这一问题所表现出的犹豫。虽然凡物公用可能值得赞扬，但是它却没有完全消除各个群体之间的紧张关系，因为“有说希腊话的犹太人向希伯来人发怨言，因为在天天的供给上忽略了他们的寡妇”（徒6:1）。
这节经文并不是指犹太人与外邦人之间的冲突，因为《使徒行传》清楚地告诉我们，在当时的教会中还没有外邦人。这节经文记载的是两群犹太人之间的冲突：一群犹太人想要保留自己祖先的习俗与语言，另一群犹太人更愿意接受希腊化。在《使徒行传》中，第一群犹太人被称为“希伯来人”，第二群犹太人被称为“说希腊话的犹太人”。为了解决这场危机，十二使徒召开了一次会议，任命了七位执事来“管理这事”。我们并不完全清楚“管理这事”的确切含义，但毫无疑问的是，这七位执事将承担起管理教会的工作，而十二使徒将继续讲道和教导。不管怎样，这七位执事似乎都是“说希腊话的犹太人”，因为他们都有着希腊人的名字。因此，任命七位执事是尝试给“说希腊话的犹太人”在教会事务中更多的发言权，而全部是“希伯来人”的十二使徒仍是主要的教师与传道人。
《使徒行传》7章讲述了七位执事之一司提反的故事。该章的一处经文暗示，司提反对圣殿的态度并不完全是正面的（徒7:47—48）。但不管怎样，反希腊化的犹太人所组成的犹太公会拒绝听司提反的话，最终将他判处死刑。这与同一个犹太公会对彼得和约翰的处置形成了鲜明的对比：他们在被打之后就被释放了，只是被告诫要停止讲道（徒5:40）。此外，当逼迫最终爆发，基督徒不得不逃离耶路撒冷时，十二使徒却可以留下。当扫罗去大马士革搜查在那里避难的基督徒时，十二使徒仍在耶路撒冷，扫罗似乎对他们视而不见。所有这一切似乎都表明，最早的逼迫主要是针对所谓的“希腊化”基督徒，而“希伯来人”的处境要好得多。后来，我们在《使徒行传》12章中得知，是希律（不是犹太公会）下令处死雅各，逮捕彼得。
就在司提反殉道之后，《使徒行传》开始讲述七位执事中的另外一位：在撒玛利亚建立了一间教会的腓利。后来，彼得和约翰受差遣去监督这个新生教会的生活。就这样，一间教会在犹大境外诞生了。虽然这教会并非由使徒创建，但是它仍然承认使徒的权柄。在新地区建立起来的新教会通常都是采用这种模式。
到了9章，《使徒行传》开始更多关注保罗，耶路撒冷教会的信息越来越少了。当时的情况是，希腊化犹太基督徒正在成为一座通往外邦世界的桥梁，大量的外邦人正在加入教会，以至于他们的数量很快就超过了之前的犹太基督徒。因此，我们这里所讲述的主要是外邦人的基督教，然而我们仍然不应当忘记只是断断续续提到过的最早的耶路撒冷教会。
最早的基督徒并不认为自己是一个新宗教的信徒。他们以前是犹太人，现在仍是犹太人。十二使徒是这样，七位执事是这样，保罗也是这样。他们的信仰并没有否定犹太教，而是相信弥赛亚的时代已经最终到来。根据《使徒行传》的记载，保罗称自己遭受逼迫的原因是为了“以色列人的指望”（徒28:20）——即弥赛亚的到来。最早的基督徒并不否定犹太教，而是相信自己的信仰将结束犹太人历代以来对弥赛亚的长久期盼。
因此，耶路撒冷的基督徒仍在守安息日，仍在圣殿中崇拜。此外，他们还在每个星期的第一天聚会擘饼，庆祝耶稣的复活。这就是早期的圣餐礼拜。早期圣餐礼拜的中心并不是耶稣的受难，而是耶稣的得胜，耶稣的得胜已经开启了一个崭新的时代。几百年以后，基督徒崇拜的中心才转向耶稣的受难。为了庆祝耶稣复活，早期基督徒在圣餐中“存着欢喜诚实的心”擘饼（徒2:46）——“诚实”（generous）一词也许是指分享食物。
早期基督徒的确为忏悔自己的罪留出了时间，尤其是每周两天的禁食。这是教会所沿用的犹太人的习俗。但是，至少有一部分早期的基督徒开始在星期三和星期五禁食，而不是像犹太人那样在星期一和星期四禁食。这种改变可能是为了纪念耶稣被卖与被钉十字架。
在早期的教会中，权力主要集中在耶稣的十二个使徒（但也有一些学者提出，教会在稍晚一些才开始强调使徒的权力，这只是努力加强教会内部权力体制的一部分）。在耶稣的十二个使徒中，彼得和约翰似乎一直是最重要的，因为《使徒行传》对此有过一些暗示，他们也是保罗在《加拉太书》中所说的教会的两块“柱石”（加2:9）。
可是，教会的第三块“柱石”并不是十二使徒之一。他是主的兄弟雅各。据保罗说，复活的耶稣曾经向雅各显现（林前15:7）。不管是因为与耶稣有着血缘关系，还是因为其他一些原因，雅各很快就成为耶路撒冷教会的领袖。后来，当教会领袖被一致赋予 主教 头衔时，据说雅各是耶路撒冷的第一位主教。虽然被冠以主教头衔明显是讹传，但他可能的确是耶路撒冷教会的领袖。
对基督徒的逼迫很快就愈演愈烈，也愈来愈普遍。大希律的孙子希律亚基帕（Herod Agrippa）下令处死约翰的兄弟雅各——不要将他与耶稣的兄弟、教会领袖雅各混淆。亚基帕的这一举动深受自己臣民的欢迎。后来，他又逮捕了彼得，但彼得逃脱了。公元62年，另一个雅各——耶稣的兄弟——被大祭司杀害，尽管这并不是某些法利赛派所希望的，也有悖于他们的忠告。
此后不久，耶路撒冷教会的领袖决定迁到培拉（Pella）。培拉位于约旦河以北，这里的居民主要是外邦人。这一举动似乎不仅是因为犹太人对耶路撒冷基督徒的逼迫，也是因为罗马人开始怀疑这个新教派的真正性质。当时，犹太人的民族主义情绪达到极点。公元66年爆发了一场起义，这场起义导致罗马军队在四年之后摧毁了耶路撒冷。基督徒声称自己追随的是大卫的子孙，而大卫的这个子孙却因为自称是犹太人的王而被罗马帝国的官员钉死在十字架上。最初，基督徒由被钉死的耶稣的兄弟雅各领导。雅各去世之后，耶稣的另一个亲戚西门成为他们的领袖。为了消除这一切所引起的怀疑，耶路撒冷的教会决定迁到培拉。但是，对基督徒的怀疑仍然存在。最终，西门也被罗马人杀害，尽管我们并不清楚他是死于自己的基督教信仰，还是死于他自称是大卫的后裔。但不管怎样，这一切的后果是，被犹太人与外邦人双双弃绝的古代犹太教会越来越孤立。到了公元135年，尽管许多犹太基督徒回到了耶路撒冷，但他们几乎与其他基督徒没有任何往来，教会的领导权也被迫交给外邦基督徒。
在约旦以北荒无人烟的地区，犹太基督教接触到同样遗弃了正统犹太教的其他各种犹太教派。由于缺少与其他教会的联系，这些犹太基督徒自行发展，经常受到自己周围许多教派的影响。几百年后，当外邦基督徒屈尊为这个已经被遗忘的犹太教会表达一点看法时，他们只是提到这些犹太基督徒的异端邪说与古怪习俗，几乎没有对其做任何积极的评价。公元5世纪时犹太教会逐渐淡出历史。爱任纽（Irenaeus）在公元2世纪写到的伊便尼派（Ebionites），指的可能就是他们当中的一些犹太基督徒。爱任纽写道：
他们行割礼，仍然遵守律法的规定，他们深受犹太教的影响，以至于他们仍将耶路撒冷作为上帝的居所崇拜。
与此同时，教会——现在由外邦人所主导——仍在吸引着全罗马帝国的犹太人。教会仍在宣讲自己的信仰成全了犹太教，因此，犹太人应当信奉基督教。与此同时，一些犹太基督徒——甚至是一些外邦基督徒——总是想要以教会领袖难以赞同的方式追根溯源。此外，当时的一些犹太教派也希望在外邦人中赢得信徒，因此就直接与教会展开了竞争。结果，在教会基本上成为外邦人的教会很久以后，犹太人与基督徒之间的辩论还在继续。许多基督徒撰写论文与讲章驳斥犹太人，其中有许多并不是直接驳斥犹太人，而是针对可能被犹太教所诱惑的基督徒。然而，这些论文和讲章确实在基督徒中激发了反犹太人的情绪，而这种情绪将在以后导致罪恶的后果。