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为了写一本有关日本的书，黄遵宪一到东京便开始收集有关日本社会、文化等方面的资料。在他看来，将日本介绍给国人是自己的使命。此外，他认为中国人再也不能盲目自大，对外部世界特别是与中国一衣带水的邻邦漠不关心。他指出中国人对日本的认识非常匮乏：
《山海经》已述倭国事，而历代史志，于舆地风土，十不一真。专书惟有《筹海图编》，然所述萨摩事，亦影响耳。唐人以下，送日本僧诗至多，曾不及风俗。日本旧已有史，因海禁严，中土不得著于录。惟朱竹垞收《吾妻镜》一部，故不能详。士大夫足迹不至其地，至者又不读其书，谬悠无足怪也。
黄遵宪指出，相比之下，中国人写的有关日本的著作很少，而日本人写的有关中国的著作数量之多，足足装满一房间。为了向国人提供有关日本的可信资料，他决定编撰《日本国志》。他在序言中自比外交参赞的职责为《周礼》中的“小行人外史氏之职”，即编撰封建诸侯国邦志的官员：
《周礼》小行人之职使适四方，以其万民之利害为一书，礼俗、政事、教治、刑禁之顺逆为一书，以反命于王。其春官之外史氏则掌四方之志。……伏自念今之参赞官，即古之小行人、外史氏之职也。使者捧龙节，乘驷马，驰驱鞅掌王事靡监。盖有所不暇于文字之末，若为之僚属者，又不从事于采风问俗，何以副朝廷咨诹询谋之意？
黄遵宪采用了古代传统的史书编纂形式来编写《日本国志》。像《朝鲜志》《琉球志》《安南志》这样的著作，都是由前往这些朝贡国访问的钦差大臣撰写
。他大致依照这类志书的体例，但其内容与先前这类著作迥异。黄著第一卷《国统志》，就是一个在传统著史语境下对朝贡国进行描述的标准条目。然而，黄遵宪在论述时，不仅讨论了日本历代的沿革，还谈到日本当代的政治史。与传统史学侧重封藩与朝贡不同，他独创《邻交志》替代《朝贡志》，讨论日本与中国及西方国家的关系。此外，还有《天文志》《地理志》《职官志》《食货志》《兵志》《刑法志》《学术志》《礼俗志》《物产志》《工艺志》。这些都是中国史志中标准的类目，但在记载朝贡国的史志中并不常见。黄遵宪在《日本国志》中采用这些标题，表明他以很严肃的态度来研究他所推崇的日本制度及文化。
乍一看，《日本国志》是依照中国传统历史地理书的体例。然而，与先前史书中的朝贡国相比，黄遵宪采用的现代撰述用法令人吃惊。过去朝贡志的编纂者主要关心那些履行了对中国朝贡义务的藩国、他们在儒学方面的进步、礼教上的成就及杰出人物和地方特产等，但黄遵宪试图探讨日本的历史、政治、经济、军事和文化等各个方面，而且他很注重详实的资料。
黄遵宪娴熟地将他对近代日本包括其现代化的考察心得融进了传统志书的框架。在各志的序或结论中增加了他的评论，其风格近似于司马迁在《史记》每一卷末尾附加的评论。正如司马迁以“太史公曰”为开头，黄遵宪开头用这样的短语“外史氏曰”。他的大量评论反映了其现代化观和日本观的珍贵材料。
尽管黄遵宪有中国传统的史书作参考，但日本无此类志书。他抱怨日本史学家从未编撰过类似作品。在他居日本期间，《大日本史》远未完成，仅有《兵志》和《刑法志》。他说，在过去蒲生重章（1768—1813）试图编纂，但凭一己之力无法完成这项工程，新井白石（1657—1725）仅列了一个编纂志书的提纲。因缺少传统的日本史书，黄遵宪的工作面临困难
。他的主要资料来源是日本学者的著作，特别是明治期间用古汉语写成的那些书。他还大量引用政府编纂的统计表及颁布的政策法规。
黄遵宪在为编写《日本国志》作准备期间，利用他为该书收集到的资料写成了另一本书——《日本杂事诗》。该书收有154首以日本为主题的诗作，每首诗都附有评论。所有的诗皆用传统的七言四句写成，主题及结构大致与《日本国志》相近。黄遵宪在解释这些诗作时提醒读者，更为详尽的讨论可以在即将问世的《日本国志》中找到。可以说，《日本杂事诗》是《日本国志》的副产品，是为《日本国志》而准备的一份完备的纲要。数年后，他在回忆写作《日本杂事诗》的情景时说：
既居东二年，稍与其士大夫游，读其书，习其事，拟草《日本国志》一书，网罗旧闻，参考新政。辄取其杂事，衍为小注，丳之以诗，即今所行《杂事诗》是也。
黄遵宪的诗作是诗人见识的精彩体现，他对日本的观察要超过人类学家的报告。他强调，作诗的主要目的是传达有关日本的精确资料，而对其文采倒不太关注。正如他在该书第一版序言中所说：
余素不能为绝句，此卷意在议事。乃仿《南宋杂事诗》《滦阳杂咏》之例，勉强成之。东人见之，不转笑为东施之效颦者几希。
黄遵宪的诗显然是不合常例，也不一定循“绝句”的例则。然而，他以自己的著作完全不同于此前中国人靠道听途说来论述日本而感到骄傲：“余虽不文，然考于书，征于士大夫，误则又改，故非乡壁揣摩之谭也。第不通方言，终虑多谬，愿后来者订正之耳。”
黄遵宪承认，他得到重野安绎、冈千仞、蒲生秀实等人的帮助，他们改正了诗稿中的讹误，黄遵宪说在每一页都有他们写的批注，他自己也对诗稿修改了4次
。
因黄遵宪不懂日语，只得靠古汉语来与日人笔谈。他从日本文人那里学到不少日语词汇，懂得了假名，也能理解日语的基本含义。同时，他觉得对中国人来说学日语很困难，因为句子里的假名很难理解。周作人（1885—1967）在后来有这样的评价：黄遵宪能把日语掌握到这个程度已经很不容易了，黄氏也坦承不能真正理解日语，即便日文看似熟悉的方块字
。尽管黄遵宪阅读日文著作有困难，但他还是将其作为主要的资料来源。他承认，通过与日本笔友的笔谈，补充了资料的不足。无疑，黄遵宪的许多理解难免有不当之处。他的一个日本朋友就曾对他书中的某些误解表示不满，批评他未能完全接受日本朋友的正确建议
。
黄遵宪在《日本国志》中经常引用政府的公报、法规及一些建议书和请愿书等，这些均为日文。如在《刑法志》中，他将整部刑律翻译成中文收在其中。原文为日语的刑律带有汉语的某些特征，但黄遵宪可能不理解他们的确切含义。无疑，为了引用刑律，他请人将其译成了中文。
黄遵宪于1878年秋开始写作《日本杂事诗》，次年春完稿
。为庆祝完稿，特举行了一个埋藏手稿的仪式，而迫切希望得到手稿的大河内向黄遵宪索要诗作的手稿，黄遵宪说：他宁愿效法唐代的刘蜕掩埋手稿，唐代的书法家怀素也曾掩埋自己用过的毛笔。然后，大河内提出愿在他的花园内掘一墓坑埋藏黄遵宪的诗稿。他将黄遵宪的题词“日本杂事诗最初稿冢”刻在四尺高的石碑上。1879年秋，为庆祝碑刻完工，大河内设家宴邀黄遵宪及四位挚友赴饮，他们都喝得酩酊大醉，兴致极高，黄遵宪将手稿装入一只口袋，放置花园角落的坑内。奠基仪式结束后，黄遵宪浇酒祝诗：
一卷诗兮一抔土，诗与土兮共千古。乞神佛兮护持之，葬诗魂兮墨江浒。
大河内也吟诗和唱，其他的参加者轮流吟诗，大河内将这些诗和一篇记述此景的文章刻在碑阴
。
1879年春，黄遵宪刚写完《日本杂事诗》，便将其呈送总理衙门。同年冬，由同文馆出版
。是年春，王韬（1828—1897）应日本文人的邀请访日。黄遵宪参加了为王韬举行的欢迎宴会，两人由此结为好友。在王韬准备离日时，黄遵宪向他展示了《日本杂事诗》的手稿。王韬发现这是一部重要的诗集，请求黄遵宪同意出版。1880年，王韬在香港创办的《循环日报》报馆遂出版了该书
。1880年该书在日本再版，正文由饭岛有年标点，石川英写跋，王韬和洪士伟分别作序。据黄遵宪讲，东京、京都的书肆和中国的中华印务局皆用此版翻刻
。
黄遵宪为写作《日本国志》花费了很长时间，至1879年春完成了14章的初稿
，同年10月他以为有望在年内完稿，但至1882年他离日时还未杀青。黄遵宪在日期间搜集了全部原始资料，但只完成了全书的初稿，直至1887年才在广东的故乡最终完成该书，而出版延宕了很长时间，直至1895年中日战争结束该书才面世。1890年广东富文斋刻印了第一版，但薛福成作的序是在1894年3月于巴黎写成。为解释这一疑窦，黄遵庚认为，尽管富文斋在1890年开始刻印，但到1895年前后才完成
。1898年《日本国志》第二次印刷。黄遵宪在上海出版的新版本中增加了少量的评论。由于他未注明各志及评论的写作时间，除1898年增加的部分外，很难确定其他章节的写作时间。由于该书的酝酿时间较长，在观点上亦有抵牾之处，这说明黄遵宪的思想在变化。
下面在分析黄遵宪的明治维新观时，我主要依靠1880年出版的《日本杂事诗》，同时补充《日本国志》中的有关评论，这些评论要比《日本杂事诗》更为详细
。
黄遵宪希望他的著作能为国人进一步研究日本打下基础，并有新的著作来取代该书。正如他所言：“虽然今之地球，万国风气日开，见闻日广。今之所诧为新奇奥僻者，安知更历数十年，不又视为常故，斥为浅陋乎？则是篇也，谓之为椎轮可也，谓之为刍狗亦可也。”
与黄遵宪的愿望相反，该书在民国期间仍是有关日本的最高水准的著作。南京国民政府的奠基人之一戴季陶（1890—1949）于1928年出版了《日本论》，他说：“除了三十年前黄公度先生著了一部《日本国志》外，未见到有什么专论日本的著作。”
民国时期的著名作家、献身于日本文学研究的周作人，也高度评价了黄遵宪的著作，黄遵宪对日本文化敏锐的洞察力给周作人留下了极深的印象。在他看来，黄遵宪是真正理解日本的第一位中国人
。在中国知识分子中，只有戴季陶和周作人对日本文化作了严肃认真的思考。日本文学评论家竹内好认为，黄遵宪的《日本国志》、戴季陶的《日本论》和周作人的论文是中国人所写的分析日本文化水平最高的著作
。