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谶纬研究中存在着不少难以解决的根本问题，如谶纬名义、谶纬起源这样直接影响对谶纬思想的理解、评判的基本问题，虽经历代学者多方探讨
，实际上仍未得到彻底解决。还有一个更为基本而且密切相关的问题——谶纬文献。存世的谶纬文献，零散地引录在唐宋及之前的类书、一些经史子集及其注文之中，明初以后开始有学者辑佚。无论散见于诸书者，还是后世辑佚成书者，实际上都还存在不少疑问。概而言之，主要有两个方面的问题：第一，谶纬篇目的真伪；第二，谶纬佚文的杂乱。前一方面，主要是考察存世谶纬篇目是否出于汉代或汉代以前（至于谶纬篇目往往假托远古圣贤，则古今学者已有共识，不需讨论了）。这个工作，迄今只能说对汉代谶纬的构成框架认识比较清晰了，但存世谶纬篇目的真伪、各篇所属经（谶）等，还有不少需要解决的问题
。后一方面，即对于存世谶纬佚文的错杂混乱之问题，学者或者视而不见、讳而避之，或者简单地表达一种看法，迄今无人对此认真质疑。安居香山曾指出，顾颉刚、陈槃研究谶纬的名义和起源这类基本问题时，过多使用其他历史资料，而不能在谶纬文本中得到有效的证明
。这其实是无奈之事，与存世谶纬佚文的文献形态有关。下面仅就存世谶纬佚文的文献形态及其文献价值，举例作一简要讨论。
第一个专力搜辑谶纬佚文的学者孙瑴，在其《古微书略例》中自道：“是集多得之《十三经注疏》及《二十一史》书志、《太平御览》、《玉海》、《通典》、《通考》、《通志略》诸大部所援引，中或载数段，或数行，或数句。前所见者，俟后续之；后所得者，征前冠之。中有异同者，诘前后络之。……故其首尾都无伦次，正不必苛其端绪、摘其挂漏也。”
由于谶纬佚文留存在古籍的援引之中，其形态如散金碎玉，杂乱无统，固不待言；而古籍援引谶纬文字，又有或精确或随意、或节录或综述、或显明或隐约等多种复杂情形。这是后世搜辑谶纬佚文者都要面对的棘手问题：一条残留的佚文应该摭入何篇，多条佚文之间是何关系，甚至某条佚文是否属于谶纬，在某些情况下（比如较早出处引述不明确，或者几个不同的较早出处引述不一致等），都会成为费思量、考学识的问题。这种实际的状况，客观上就造成了存世谶纬文献的两个特征：其一，零散不成系统（有的篇目佚文极少而且散乱，甚至不知所云）；其二，形态不很确定（不同的辑佚书互异的情形很普遍）。
为了更清晰、有实感地说明上述问题，现仅以存世谶纬佚文中述说“皇”和“帝”的资料为例，作一大略的揭示。