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法显所生活的东晋十六国时期，正是佛教在我国发展的第一个高潮期。东晋十六国时期（317—420年）的中国，南北分立，南方为东晋，北方则由匈奴、鲜卑、氐、羌、羯等民族或先或后地建立了五凉、四燕、三秦、两赵、一夏、一成等大小十六个政权。当时，无论北方还是南方，很多统治者都大力提倡佛教。
北方十六国的佛教，发轫于西域沙门佛图澄在后赵的弘法。后赵（319—351年）是羯族人石勒建立的政权，先都襄国（今河北邢台），后都邺城（今河北临漳），全盛时期基本上统一北方，疆域东滨大海，西至河西，北接燕代，隔淮河与东晋形成对峙。佛图澄（232—348年）为西域龟兹（今新疆库车）人，于西晋永嘉四年（310年），以年近八十的高龄来到西晋都城洛阳传法，然而时值前赵刘渊、刘聪父子攻打洛阳，洛阳及周边地区惨遭战争破坏，于是潜居草野，静候时局变化；后看准石勒是能成气候之人，以神异方术，获得了石勒的信任。佛图澄经常劝解石勒少行杀戮，使很多即将被杀的人得以豁免一死。东晋咸和五年（330年），石勒称帝，尊称佛图澄为“大和上”，有事必定咨询后方才施行。石勒养子石虎即位后，对佛图澄更加推重，下诏称佛图澄为“国之大宝”，将其奉为国师，并敕令王公大臣定时前往探视。由于“二石”的尊崇，佛图澄在后赵大兴佛教，他道行高深，又精通医术，深受世人崇拜。教化所及，民众竞相信佛。所经州郡，兴建大小佛寺达八百九十三所，门下授业追随者常有数百，前后门徒累计达万人之多，其中道安、僧朗、法雅、法和、法汰、法首等均为一代高僧。
继后赵之后，北方佛教最盛的区域是前秦。前秦（351—394年）由氐人苻洪所创立，376年曾一度统一北方地区，疆域东至海，西抵葱岭，北极大漠，唯东南一隅与东晋形成对峙，可惜兵败于383年的淝水之战，原先归附的各民族纷纷乘机独立，北方地区再次陷入分裂。前秦创立者苻洪原本为石虎的部下，在后赵尊崇佛图澄的氛围下，自然而然会受到影响。前秦第二代君主苻坚笃好佛教，他在位时佛教很是兴盛。苻坚先是礼遇在泰山金舆谷修行的僧朗，想征请其出山，被以年事已高、不便走动为理由婉拒；遗憾之余，却得到了更加名重天下的高僧道安。
道安（314—385年），俗姓卫，常山扶柳（今河北冀州）人，十二岁出家，受具足戒后云游天下，至邺城（今河北临漳）时师事佛图澄长达十几年，深受佛图澄的器重，经常辅助佛图澄讲学。在佛图澄去世后，道安离开邺城，继续在河北一带云游，凡“移居九次”，每到一处，便聚徒讲学，宣扬佛法。很多人受其影响而信佛，信徒几乎“中分河北”。大约在四十五岁时，道安回到邺城，但当时石虎已死，后赵政权岌岌可危，不久冉闵作乱，河北一带陷入纷争之中。东晋兴宁三年（365年），道安受到名士习凿齿的邀请，和弟子慧远等五百余人来到时属东晋管辖的襄阳，在这里一住十五年，成为当时中国南方的佛教领袖，受到东晋荆州刺史桓豁、襄阳镇守朱序、宣威将军郗超等人的高度礼遇外，东晋孝武帝还专门下诏褒奖，并以王公俸禄的标准予以优待。东晋太元四年（379年），襄阳被前秦军队攻陷，道安也被送往前秦的都城长安。由于道安当时已经是名重天下的高僧，因此受到笃信佛教的苻坚的高度礼遇，并被视为“神器”，成为当时中国北方的佛教领袖。道安在长安期间，居住在城内的五重寺，主持数千人的大道场，并组织人才进行佛典传译，直至去世。道安是佛图澄之后，当时北方中国最为知名的高僧，一生弘法不止，在各地宣法传教，培养了众多的弟子，其中的慧远，便是继他之后的东晋佛教领袖。道安组织翻译、整理和阐述经典，创立以“本无”为宗旨的学派，还制定了僧尼仪轨，决定沙门同以“释”为姓，定僧律，规范僧尼赴请、礼忏等仪式，为后来佛教丛林制度奠定了初步基础。
后秦的佛教比前秦更有过之而无不及。后秦（384—417年）是由羌人姚苌在前秦因淝水之战失利而分裂后所创立的政权，统治地区大约包括今陕西、甘肃东部和河南部分地区。后秦第二代君主姚兴也笃好佛教，精研佛法，在吞并后凉时，得到一代高僧鸠摩罗什，倾全力支持鸠摩罗什组织僧团、设立译场、翻译佛经，使后秦佛教繁盛一时。
鸠摩罗什（344—413年）为天竺人，父亲鸠摩罗炎出生于天竺世代为相的望族，母亲为龟兹王妹。鸠摩罗什生于龟兹（今新疆库车），七岁随母出家，广究小乘大乘，尤精于般若性空的教义，在西域名重一时。前秦苻坚听闻其名，想得到他，于东晋太元七年（382年）派遣将军吕光等攻下龟兹。但是，当吕光带着鸠摩罗什及大量奇珍异宝经过凉州（今甘肃武威）时，苻坚兵败淝水，继而被姚苌所杀。吕光于是在东晋太元十一年（386年）以凉州为根据地，建立了后凉政权。鸠摩罗什也随之在凉州居留了十余年之久，这也为他学习汉语，熟悉汉文化创造了条件。后秦弘始三年（东晋隆安五年，401年），姚兴出兵攻灭凉州，鸠摩罗什才被迎至长安，姚兴待之以国师之礼。当时上至王公贵族、下至平民百姓大多信奉佛法，鸠摩罗什的到来可谓恰逢其时，受到热烈欢迎。鸠摩罗什在长安城的西明阁和逍遥园，开始了规模空前的佛典翻译工作。在鸠摩罗什之前，佛经翻译多不成系统，加之译者或语言不精，或对教义理解不透，译出的佛经往往朴拙粗劣，鸠摩罗什则精通佛理，又通晓汉、梵两种文字，因此他的翻译不仅能够准确表达梵文本意，而且行文流畅、语句达雅。经过十多年的努力，鸠摩罗什一共译出《大品般若》《法华经》《维摩诘经》《金刚经》《阿弥陀经》《大智度论》等佛经三百余卷，成为中国佛教史上的一次盛举。在译经的同时，鸠摩罗什的门下，四方的僧众一时云集，累计达五六千人之多，其中僧肇、道生、道融、僧睿等都是十分著名的高僧。
前秦、后秦的佛教是中国佛教发展史上极为重要的一页，道安和鸠摩罗什的活动对后来佛教的发展有极为深远的影响。前秦、后秦的都城长安，因处于中原与西域之间的要冲之地，在前有道安、后有鸠摩罗什的影响下，也一度成为当时北方的佛教中心。
南方东晋在长达一个多世纪的统治时间内相对稳定，佛教传播中心主要集中在都城建康（今江苏南京）。早在三国时期，高僧支谦和康僧会，便已先后来到都城建业（今江苏南京）弘法。支谦本为大月氏人，至父辈始定居中土，他于孙吴黄武年间（222—228年）至武昌（今湖北鄂州），黄龙年间（229—231年）转至建业，专以译经为务，南方佛教由此而始。康僧会的祖先本为天竺人，其父因经商而移居交趾（今越南），他于孙吴赤乌十年（247年）由交趾经广州北上，来到建业，在孙权的支持下建立了建初寺，此为江南第一座佛寺。康僧会在建初寺弘法译经，最后终老于此。支谦和康僧会，从一北一南来到建业弘法，开佛法在南中国传播之先河。
永嘉之乱，衣冠南渡，立都建康，建立东晋，北方地区的名僧如帛尸梨蜜多罗、康僧渊、康法畅、支愍度、于法开、于道邃、竺法汰、竺法深等皆先后南下，将中原洛阳的佛法带到建康。建康的佛教由此而兴盛，并逐渐发展成能与北方洛阳、西安齐名的佛教中心。在北方战乱，洛阳、长安一度衰落的时候，建康在相对稳定的政权下继续发展，成为佛法在中国传播的重镇。
东晋时期，在建康活动的僧人有很多，这里仅举几例。帛尸梨蜜多罗，本是西域人，于西晋永嘉年间（307—313年）来到中国，正值中原大乱，于是随众南下建康，住于建初寺。他与东晋的王公大臣多有交游，丞相王导一见而称奇，称为“吾之徒也”，引为同类，他由此声名大噪，被时人称为“高坐”。当时庾亮、周觊、谢琨、桓彝、卞壸等诸多名士，都与他情趣相投，交往密切。帛尸梨蜜多罗曾在石子冈（今南京雨花台）修头陀行，死后即葬于该地，后来有人在其地建寺，名为“高座寺”。又如康僧渊，也是西域人，出生于长安，东晋成帝时来到江南，常在街头行乞，不为人所知，后与名士殷浩谈论义理，言辞义旨，毫不逊色，于是声名闻达于建康。他长相深目高鼻，丞相王导拿这个与他开玩笑，他回答：“鼻者面之山，目者面之渊，山不高则不灵，渊不深则不清。”机智的应答受到时人的赞赏。再如竺法汰（320—387年），东莞（今山东沂水）人，与道安同学，同师佛图澄，东晋太元三年（378年），襄阳危难之际，在道安的安排下，率弟子前往江南，住建康瓦官寺。东晋简文帝请他讲解《放光般若经》，并亲自聆听，王侯公卿莫不参加，学众千数。
东晋最著名的僧人为支遁。支遁（314—366年），陈留（今河南开封）人，俗姓关，号道林，世称“支公”“林公”。他二十五岁出家，先后在吴（今江苏苏州）、剡山（今浙江嵊州）、石城山（今浙江绍兴）等地创立佛寺，晋哀帝隆和元年（362年），应征前往建康，在东安寺讲经三年，上书请求回山，哀帝应允并给予他极其优厚的馈赠和照顾，一年后（366年）去世。支遁在东晋玄学极盛之时，以僧人身份参与清谈，不仅是一代高僧，更成为一代名士。他一生高朋如星，与谢安、王羲之、孙绰、许询、郗超等社会一等名流均有交往，受到众人的推崇。他以善谈玄理而名噪一时，所注的《庄子·逍遥游》，以佛理解玄，令众人叹服；作《即色游玄论》《释即色本无义》，主张“即色本空”，为般若学“六家七宗”之一。
支遁之外，慧远也是东晋时期一代高僧。慧远（334—416年），雁门楼烦（今山西原平）人。当年道安在太行恒山弘法的时候，声闻河北，他于是前往拜谒，一见而倍加倾心，于是随之出家，跟随道安约二十五年，成为道安得意高足和得力助手。东晋兴宁三年（365年），道安南下襄阳时，他亦追随南游。东晋太元三年（378年），襄阳遭前秦军队攻打，城池危在旦夕之际，慧远在道安的安排下，带着一批僧人往南弘法，至庐山时，见此地清静足以栖息，于是在东晋太元六年（381年），在庐山建造了著名的东林寺。慧远在庐山东林寺一住三十多年，聚众讲学，培养弟子，著述阐义，弘扬佛法。他阐发“因果报应”说和“神不灭”说，调和儒家名教和佛教教义的矛盾，宣扬“儒佛合明”论等，对后来佛教的发展都产生了深远的影响，为南方佛教的流传奠定了雄厚的基础。东晋太元十六年（391年），罽宾（今克什米尔地区）沙门僧伽提婆来到庐山，慧远对他深加推崇，请译《阿毗昙心论》和《三法度论》并分别为之作序，开南方毗昙学之始。东晋隆安五年（401年），一代高僧鸠摩罗什到达长安时，他便立即致书通好，交流学术，就经义往复问答。东晋义熙六年（410年），佛陀跋陀罗到庐山，慧远十分高兴，请他译出《达摩多罗禅经》并为之撰序。慧远的这些举动，有力地推动了佛教禅法、般若学、毗昙学等在南方的广泛流传，庐山也因此成为东晋后期继建康之后的又一佛教中心。