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中国近代教育起步阶段（1912—1919），改变较多也较明显的就是教育内容。面向世界、面对现代化，借鉴和吸收西方先进教育思想和方法
，不断摆脱以宋明理学为范本的科举束缚，寻求拯救教育、拯救中国的有效途径。例如，1914年、1915年的全国官吏考试选拔，就剔除了对儒家课文的掌握情况，而考核一般科普知识和官僚政治的一系列技巧。继续留任的原南京临时政府教育部总长蔡元培，遵循资产阶级民主革命的要求，提出了公民道德教育、军国民教育、实利主义教育、世界观教育和美感教育的“五育并举”的教育方针。
针对传统教育和西方教育的整合或取舍，辛亥革命后的主要举措是关注生源、课程、授课方式及指导思想等方面的学制和学校改革。1914年，北洋政府实现了财政表面上的自给自足，但国家百废待兴，各方面都依然要紧缩支出、削减预算，即使是北洋军费也未能完全幸免，唯独教育是一个例外。“凡一国之盛衰强弱，视民德民智民力之进退为衡，而欲此三者程度日增，则必注重于国民教育”
。民国初期颁布的新教育宗旨、学制和教育行政令，推动和建立起一套相对完整、科学、合理而又平等的教育体系，全国学校数和学生人数明显增长。
限于国情现实，在被称为资产阶级教育的短期尝试阶段，教育改革的具体工作主要落实于启蒙发微的基础教育，尤其是推广全部免费的四年制初级小学。国立高等教育要等到1920年代末北伐成功、国内形势趋向稳定后才进入大发展时期。
与此同时，西方各国纷纷吸纳中国学生去留学深造。早在1909年，美国率先退还部分庚子赔款，形成庚款生留美的热潮，其他列强的退返款也要求大部分用于中国教育界。另一方面，1900年以后，新教的传教工作重点也逐渐从劝化个人信仰，转向使中国社会全部基督教化的扩大目标。这意味着为了实现福音书中的“社会含义”，更多的人员和经费被投入到教育、医疗的实际工作方面。包括洛克菲勒在内的许多美国大财团都向中国的教会教育提供资助，输出意识形态并培养亲美精英，传教士和来华洋人积极充当牵线者甚至留学生监督，在中国大力推进西方教育，创办西式学校。据日方资料统计，民国六年（1917），外国机构在华创办的初等学校占中国学校总数的4％，中等学校占11％，高等学校则占80％。可以说，1910—1920年代的中国进步青年多半有教会学校的学历，教会学校造就了城市中新生的爱国者和改革者，以及诸专业领域的职业和学术领袖。
随着学生年级的逐渐增加，许多教会学校从增添大学预科内容，到成立预备学校，逐步升级或直接建立起教会大学。如美国基督教会在华创办的圣约翰大学、东吴大学、长沙雅礼大学（后与文华大学等校合并为华中大学）、岭南大学、华北协和女子大学（后并入燕京大学）、广州夏葛医科大学、沪江大学、北京协和医科大学、元江大学、金陵女子大学、福建协和大学、金陵大学、齐鲁大学、燕京大学等，以及天主教所办的以上海震旦大学为代表的学校。这些大学到1920年代末渐渐淡化传教色彩，之后学校的主要领导职位也都开始由中国人担任，1952年院系调整中很多被裁撤。
金以林的著作《近代中国大学研究1895—1949》中，对中国近代教会大学进行了详细研究，其中基督教（新教）教会大学（13+1所）：
苏州东吴大学，1900年建校，由林乐知创办的上海中西书院和美国教会在苏州创办的博习书院、苏州中西书院等合并组成，美国基督教卫理公会开办。
上海圣约翰大学，原称圣约翰书院，1892年开始设置大学课程，美国圣公会开办。1905年，驻美董事会按照哥伦比亚大学条例改组成完全大学。
杭州之江大学，1901年建校。他的前身是宁波的崇信义塾及其以后的杭州育英义塾。它是美国南、北两长老会联合创办。
成都华西协和大学，又称华西大学，1910年建校。由美、英、加三国的4个教会组织（即卫理公会、浸信会、英美会和公谊会）联合开办，在美国纽约注册立案。
武昌华中大学，是由5所教会大学组合而成。它们是：1906年美国耶鲁布道会创办的长沙雅礼大学、1907年英国循道会开办的武昌博文书院大学部、1907年英国伦敦会创办的汉口博学书院大学部、1909年美国圣公会开办的武昌文华大学、1917年美国复初会创办的岳州湖滨大学。
南京金陵大学，1910年建立。它的前身是由南京汇文书院合并了基督、益智二书院而成，由美国的美以美会、基督会、北美长老会组成的联合托事部负责一切校务。
济南齐鲁大学，1911年建校，其前身是狄考文创办的登州文会馆。该校由英、美、加三国传教士合并了山东原有的数所教会学校而成。
湘雅医科大学，1914年与雅礼大学同期建设，原名湘雅医学专门学校，由湖南省政府与美国雅礼会联合创办。
福州华南女子大学，1914年建校，由美国卫理公会开办，后在美国纽约立案。
南京金陵女子大学，1914年建校。1912年初，美国8个传教会在上海聚集一堂，计划在长江流域开办一所女子大学。1914年11月由美国最大的基督会组成董事会，正式通过成立金陵女子大学。
上海沪江大学，1915年建立，原名浸会大学，后与浸会神学院合并。
广州岭南大学，1916年建立，前身是1888年创办于广州的格致书院。岭南大学虽是由美国传教士创办的，但并不同于其他教会大学，不隶属于任何一个教派或教会联合组织。
北京燕京大学，1916年建立，它是由美国基督教美以美会创办的汇文大学和美国公理会、长老会和英国伦敦会联合创办的华北协和大学合组而成。1902年又将华北协和女子大学并入该校。
福建协和大学，1916年建校。该校由6个在福建传教的基督教会联合开办。1917年，美国纽约州立大学承认该校为合格大学，并授予该校毕业生学士学位。
教会学校的校园规划与建筑设计多倾向于选择其本国建筑师来主持，而且中国“第一代”建筑师尚学成不久。大多中国近代校园由西方建筑师设计，这也将西方规划思想与先进建造技术更直接地引入到中国。墨菲就是这些外来建筑师中的佼佼者，通过耶鲁海外传教会，以及美国长老会、美以美会等组织，墨菲先后承接和完成了大量教会创办的著名学府校园规划与建筑设计，包括长沙雅礼大学（1913—1916）、清华留美预备学校及大学部（1914—1919）、复旦大学（1918—1922）、福建协和大学（1918—1922）、金陵女子大学（1918—1923）、燕京大学（1919—1926）、沪江大学（1919）、岭南大学扩建（1928—1930）
等。