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阎孝诚先生在中学阶段学习成绩一直名列前茅。高考填报志愿时，从同学到老师都认为他要报考理工类大学，可他出人意料地报考了广州中医学院。因他家在农村，他曾亲眼看到中医大夫救治了很多农民兄弟，中医在农民中有很高的信任度。1958年，他被广州中医学院录取，从此步入中医之门。在校6年，他勤奋学习，成绩优秀。不仅如此，他还利用业余时间研读中医经典著作，关注中医理论问题的探索，同时积极跟诊名老中医，丰富临床实践。
甘温除大热是金元时期医家李杲提出的以味甘性温的药物治疗气虚发热的一种治法，自古以来就是中医理论中的一个争论不休的难点。《中医杂志》1961～1962年连续发表了多篇关于这一理论探讨的文章，其中不乏欧阳锜、刘渡舟这样的名家手笔。阎孝诚先生当时只是本科在读，但是对这一理论问题的钻研表现出浓厚的兴趣，而且有了自己的见解。同时他以初生牛犊不怕虎的精神，以“艺勇”笔名于1962年在《中医杂志》发表《关于我也谈谈‘甘温除热’》一文，与欧阳锜先生开展学术争鸣。他指出：“甘温除热是用甘温之药化阳以治其本，阳生自然阴长，阴足其热可退。”他认为：“欧阳先生的甘温除热法只适用于中焦虚阳外越之证的立论，是值得商榷的。中焦虚，阳未有外越之理，只有下陷之机。”他认为这一治法适用于“因为元阳亏损，阳损及阴，阴液受伤，阴虚生热，其本在阳，其标在阴的一切虚劳性发热”。之后，又有文章质疑他的观点，认为混淆了阴虚发热与气虚发热。于是阎孝诚先生再次撰文，从病因、病机、症状、治则几个方面，分析真阴亏损发热与阳损及阴、阴液受伤所致发热之不同，发表于《中医杂志》1963年第4期。在本科就读期间，能于顶级中医期刊发表两篇论文，无论在当时还是现在都是相当难得的，足见其扎实的理论功底和刻苦钻研的求索精神，其出类拔萃的特点于大学时代就已然显现。
在校学习期间，阎孝诚先生深感医学真知出自实践，所以在实习期间，他积极跟随广东名医陈若孔先生学习。陈若孔（1892—1974），广东广州人。新中国成立前曾在广州西关一带行医，颇有名气。1929年，国民党政府欲颁行“废止中医案”，他曾担任主编的《广州卫生旬报》，宣传中医，图存抗争。新中国成立后，先后在广州市第二人民医院、广州市中医院工作，尤善儿科，对小儿疳积颇有研究。1962年被广东省卫生厅命名为第一批名老中医。阎孝诚先生一面虚心学习，同时注重总结陈老的临床经验，并选择经典医案，撰写了《陈若孔医案》一文，发表于1964年第3期的《广东中医》。文中记载了陈老治疗暴发型痢疾合并脑炎、细菌性痢疾、肾炎水肿等3则病案，不仅详细记载了患者发病情况、临床表现，而且对陈老的辨证思路、用药加减进行了分析，也为研究陈老的临证思想保存了重要的资料。通过实践学习，阎孝诚先生的理论水平有了进一步提高，也为将来进入儿科临床工作打下了坚实的基础。