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如前所论，阎孝诚先生自大学求学期间就对中医经典理论有着浓厚的兴趣。从他的工作经历中，我们发现他两度进出中医基础理论研究所，算是与中医基础理论研究结下不解之缘；从他撰写的文章来看，很多也是关于中医理论的探讨。经过初步整理，大致包括以下几个方面。
阎孝诚先生基于其丰富的实践经验和扎实的理论功底，对中医学术理论宏观上的一些问题，如中医学的发展历程、中医学的医学模式特征、中医学发展过程中要着力解决的问题等，进行了深入的分析，特别是走上领导岗位以后，有了更多这类的思考。《正确认识中医学》《试论“神形自然统一的中医学模式”》《中医理论的形成、发展与再提高》《中医是怎样辨证论治的》等论文就是这一方面论著的代表作。在中医学发展阶段上，他提出了四个阶段的划分，特别总结了新中国成立以后中医学术发展的四个标志。他认为中医学的医学模式特征是“神形自然统一观”，其特点有四：强调“神”对躯体的主宰作用和精神因素对健康的影响；形体的各组成部分是互相联系着的整体；人是自然的产物，人的发展和健康与自然变化息息相关；重视社会因素对人体健康影响。对于中医学未来的发展，他认为重在解决三方面问题：首先，在“系统学习，全面掌握，整体提高”十二字方针指导下，对中医理论的基本内容、形成、演变、特点与缺陷做出较为系统、正确的总结。其次，对新中国成立以来，以中医基本理论为指导所取得的确实可靠的临床疗效，进行实事求是的分析、总结，从而丰富或修正中医理论的内容。最后，充分利用现代科学（包括现代医学）的方法，促使中医诊断的客观化、治疗的规范化、疗效的标准化，并不断总结成功的经验和失败的教训，用科学实验的最新成果发展中医理论。这些思考和阐述，对我们今天认识中医、继承中医、发展中医仍然具有重要的启示意义。
除了对宏观的中医学术问题的思考，对于一些具体的中医理论问题，他也有精辟的论述。如前所论，他在大学时代就关注了李东垣“甘温除大热”的思想，即便到了中年，他仍然关注“气虚发热”的问题，还在撰文发表自己的看法。除此之外，他对中医学的气与气化的概念也做了深入阐发。他认为，“气”与“气化”是两个不同的概念，“气”的属性是物质的，“气化”则是气的运动变化，是阐明具有物质属性的气，通过怎样的运动形式表现出物质的功能特性。就人体内的“气”而言，有元气、水谷之气、宗气、营气、卫气、经络之气，以及五脏六腑之气。诸气皆属于精微的物质，每种物质都有其特殊的功能和运动形式。“气化”规律，就是气的运动变化规律。机体内的诸气时刻不停地、错综复杂地，但又有规律地运动着，构成了机体的根本生存形式。
由于阎孝诚先生长期在儿科临床工作，所以有很多文章是结合自己的实践，总结儿科诊疗的基础理论，如儿科舌诊的方法与意义、如何辨小儿发热、如何辨小儿二便、如何辨小儿的咳痰喘等。儿科素有哑科之称，由于患儿不能很好地表达自己的病痛病史，所以对于客观表现的诊查方法及其临床意义就显得尤为重要。这些文章针对儿科常见的发热、咳喘、消化道症状等，详细论述了诊查的方法、辨证意义及相应的选方用药法度，对于学习儿科的学生与医生都有非常实用的价值。
中医理论植根于历代医家的临床实践经验，在他们的医著当中凝结着重要的学术思想。中医理论正是在一代又一代医家学术思想的不断积淀与发展中，一步步走到今天的。所以阎孝诚先生十分注重从经典著作和名医学术思想中去挖掘中医理论的精华。《试论〈伤寒论〉的逻辑思维》《试探〈傅青主女科〉的治肝法则》《简介〈傅青主女科〉一书的学术思想》《仓公及其在医学上的成就》等文章就是这方面的代表作。在《试论〈伤寒论〉的逻辑思维》一文中，他认为《伤寒论》辨证过程，有两种重要的思维形式——判断和推理，他详细分析了这两种思维形式在《伤寒论》辨证过程中的体现。同时他指出，《伤寒论》中有关“辨证”的内容，充分体现了辩证逻辑的一些思维方法，其中有归纳、演绎、分析、综合、从抽象到理性思维中的具体。张仲景能够继承汉代以前的医学成就，以朴素的辩证唯物主义思想作指导，在长期的医疗实践中，充分运用自己的思维能力，把简单的抽象——症状、脉象，上升到理性思维的具体（抽象）——病或证的高度，从而抓住了疾病的本质，形成了中医诊治疾病的独特方法。也正是由于《伤寒论》中确有不少合乎逻辑的思维形式、方法和规律，所以才具有强大的生命力，历经1700多年，至今仍是中医的经典著作。这些研究从一些新的视角来解读《伤寒论》学术思想，直至今天仍对后学不无启示。
以上，通过整理阎孝诚先生的论文、论著、科研资料，初步以时间维度对阎孝诚先生的学术历程做了一次梳理，同时也将其学术成绩、科研成果、学术观点做了一定的展示，力图从全景展示阎孝诚先生从事中医科研、临床、管理的历程。时间所限，加之我们研究阎孝诚先生学术思想的时间还很短，难免有挂一漏万之处，我们将进一步努力，把研究工作做好，为中医学术的传承与发展做出贡献。