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在繁忙的管理、临床与科研工作之余，阎孝诚先生笔耕不辍，积极撰写各类学术著作，整理学术经验，促进中医临床诊疗理论的发展。这方面工作主要有：完成了癫痫诊疗学术三部曲（《小儿癫痫证治》《防治癫痫20个须知》《阎孝诚癫痫临证经验集》），主持编写《实用中医脑病学》《中医药理论与实验研究》等。
阎孝诚先生55年对癫痫的中医药临床研究共分4个阶段：第一阶段，如前所论，主要是在西苑医院工作期间，总结赵心波先生的经验。第二阶段，在临床实践基础上，编著《小儿癫痫证治》，1984年由人民卫生出版社出版发行。第三阶段，普及宣传、呼吁政府重视防治癫痫，出版《防治癫痫20个须知》，2009年由中医古籍出版社出版。第四阶段，深入进行临床研究，2017年由中医古籍出版社出版《阎孝诚癫痫临证经验集》。这三本书可以称为其癫痫诊疗学术三部曲，虽然主题都是癫痫，但是内容不同，风格各异，从不同角度揭示癫痫诊疗理论的内容，也体现了阎孝诚先生对于癫痫的学术研究不断精进、不断深入的过程。《小儿癫痫证治》从历代中医对小儿癫痫的认识、病因、病机、诊断、辨证治疗、有效方药选介、合并运用抗癫痫西药原则与方法、护理要点、预防要点、预后十个方面对癫痫的诊疗理论进行了全面的总结。在辨证论治部分，他结合历代医学典籍所论及自己的实践经验，将癫痫分作胎痫、风痫、惊痫、痰痫、热痫、食痫、瘀痫、狂痫、虫痫、虚痫十类，分别从病因病机、辨证要点、治法方药、病案举例几个方面阐述其辨治规律。这本书系统地架构了癫痫的诊疗理论，是其在癫痫临床研究过程中的一部代表作。《防治癫痫20个须知》是一部癫痫的科普著作，他感到目前病人、病人家属缺乏对癫痫病的正确认识和对待：一是“怕”，怕是终生疾病，无药可治；二是“乱”，有病乱投医、乱服药，不接受正规的诊断与治疗。为了消除病人及其家属的“怕”和“乱”，让更多的人能够正确认识癫痫病，所以编写了这本书，目的是普及防治癫痫知识，使医患能够沟通，齐心协力，为战胜顽固癫痫而共同努力。《阎孝诚癫痫临证经验集》是阎孝诚先生晚年癫痫诊治的病案著作。2007年他在中国中医科学院中医门诊部又开始进行中医药治疗癫痫的临床研究，至2017年的10年间共完成了600余例病案，从中选择100例诊断明确、有客观检查依据、资料记录完整、连续治疗观察1年以上的进行总结分析。其中有儿童良性癫痫9例、热性惊厥致癫痫13例、颅脑外伤致癫痫11例、儿童失神癫痫4例，另有特发性癫痫35例、继发性癫痫28例。书中对上述不同案例进行分析总结，重点是诊断依据、中医辨证要点、处方用药规律及预防和预后须知。最后书中对中医治疗癫痫病的理、法、方、药进行全面探讨。本书结束语是一封给政府未寄出的建议书，表达了呼吁政府重视防治癫痫工作的迫切愿望。
《实用中医脑病学》是阎孝诚先生在广安门医院工作期间主持编写的一部著作。中医脑病学是20世纪90年代逐步发展的一门科学，是中医内科学的一个重要分支。它的诞生、成长乃至发展，不仅说明了中医药学是一个伟大宝库，而且也象征着中医药走向世界、走向未来的必然趋势。所以编写这部著作，其理论意义和实践价值十分重大。全书共分上、中、下三篇。上篇是总论，阐述中医脑髓理论的源流和发展、脑的生理、脑病的定义、脑病分类及病因病理、诊断、治疗、养脑在养生中的意义、脑髓理论研究展望等问题。中篇是常见中医脑病证治，阐述中医脑病的辨证论治，共介绍了中风、眩晕、头痛等59种疾病的辨证论治，每一病分为概述、病因病机、诊断要点、诊断与鉴别诊断、辨证论治、临床权变、其他疗法、预防与调护、预后、文献辑要等内容。编写中突出了“辨证论治”和“临床权变”，意在开阔视野，抓要点、重点、难点，以便指导临床。下篇介绍现代医学神经精神疾病辨证论治，共论述了面神经炎、三叉神经痛等53种疾病的诊疗内容，每篇分为概述、病因病理、临床表现、理化检查、诊断与鉴别诊断、主证分析、辨证论治、西医治疗、预防、现代研究进展10项内容。既全面介绍中西医研究成果，启迪读者思路，指导临床运用，也可为科研、教学提供借鉴。就理论意义而言，这部著作为挖掘、整理、继承中医脑髓理论这份宝贵文化遗产，奠定了理论基础，开辟了一个新的探索领域，繁荣了中医学术，填补了中医学科上的一个空白。从实践价值来讲，有利于临床医生在脑髓理论的指导下开展脑病的防治工作，其中包括脑病的确切定义、脑病的诊断及鉴别诊断、脑病的辨证论治等，从而把握脑病的防治规律，提高疗效，造福人民。
《中医药理论与实验研究》是阎孝诚先生在中医基础理论研究所主持工作期间，主持编写的一部所内专家的研究论文集。本书收入《论中医学理论体系》《中医药学研究的前景》《免疫学在中医药学中的研究和应用》等文章40篇，从中医学原理研究、临床诊治的基础理论研究和实验研究三个方面全面展示了中医基础理论研究所在20世纪90年代所取得的科研成绩。
在科研成果转化方面，也取得了可喜的成绩。他在中国中医研究院广安门医院牵头研制的“中国神方（甲）”，治疗肾阳（气）虚阳痿和不育症有良好效果。此课题1991年曾进行了专家评议，专家认为“中国神方（甲）”可以开发为出口新产品报国家科研审批。国家科委评其为国家级新产品，批文号国科新字（93-2856）。曾经山东制药厂生产，专供出口，深受日本、韩国病人的欢迎。他的经验方中国神方（丙），开发为补肾生血胶囊，对治疗地中海贫血有效，现已被广安门医院报批为内部制剂。肺炎1号方，联合中国中医研究院中药所陈复馨专家进行新药开发，转让给河北省兴隆制药厂，1987年获河北省药品监督管理局批准生产，商品名“小儿肺热咳喘冲剂”，该产品已收入《中国药典》，哈尔滨葵花药业集团创制为“葵花牌小儿肺热咳喘口服液”，年销售额多达数亿，为数千万儿童服用。他的经验方银马解毒颗粒，与广西强寿药业集团合作开发，历经10年在2013年获得国家药品监督管理局批文，现转让给江苏扬子江药业集团生产。后该集团联合华西医科大学对该药进行二次开发。