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1964年，因成绩优秀，阎孝诚先生大学毕业后，分配到当时的中国中医研究院西苑医院儿科工作，一直到1982年调离，在西苑医院长达18年的实践锻炼是其人生重要的一段经历。这期间又以1979年为界，之前主要是跟随赵心波先生学习，以总结、继承赵老的学术思想为工作重心。1979年赵老去世以后，则以实践中运用赵老的学术思想为主，同时开始相关的临床与基础研究。
1964年9月，领导安排阎孝诚先生拜赵心波先生为师。赵老是北京市著名的儿科专家，1954年中国中医研究院成立时，作为有影响的知名专家被调入，担任西苑医院儿科主任。拜赵老为师之后，赵老非常高兴，当天就在家中招待闫孝诚先生，交给他三份材料：一张赵老开业时的处方签，告诉他看病处方的方法。一份手写的“婴幼儿消化不良讲稿”，讲稿详细讲述了婴幼儿消化不良的病因证候、辨证论治、预防和调护，还介绍了针灸疗法；讲稿引经据典和自己的临床经验告诉他如何认识小儿疾病。还有一份赵老在“北京中医学会预备会员学会”上的讲稿，全面讲述了儿科常见病诊治，还重点讲解了新生儿护理和婴幼儿诊断；讲稿内容丰富、实用，有不少赵老的临床经验。
在跟随赵老看门诊、查病房期间，对于赵老看的每一个病人他都登记在案，一个病例一个病例总结，不懂就问，勤于思考，至1972年他积累了20多个病种几百例病案。1973年赵老生病，尿中带血，他与儿科同事们商量给赵老总结经验，在儿科全体医护人员努力下，将儿科开院以来收治的近2000个病案找出来，逐例筛查，选出其中51个病种记录完整且有治疗结果的98个案例进行了总结分析，撰写完成了“赵心波医案”。1977年春，赵老因病情加重住进医院，阎孝诚先生每天到医院去听赵老口述“儿科常见病症治疗”，师徒密切合作将病症治疗与医案合并为《赵心波儿科临床经验选编》，共13万字，由人民卫生出版社于1979年正式出版，发行十余万册，影响很大。阎孝诚先生在继承整理过程中深刻认识到，赵老治疗神经系统疾病经验尤为丰富，疗效突出，为此他又专门整理总结了《赵心波神经系统疾病验案选》，共31个病例，3万多字，1980年由宁夏人民出版社出版发行。
除了学习继承赵心波先生学术思想之外，阎孝诚先生在西苑医院的临床与科研工作，最主要的有三方面：其一是运用赵老的学术思想，探索癫痫的辨治规律；其二是积极研究小儿肺炎的诊疗理论，同时开展相关的临床研究；其三是响应党的号召，到农村去，参加巡回医疗，在实践中锻炼与提高。
（1）专攻癫痫 1979年赵老逝世后，西苑医院儿科在当时马若飞主任带领下成立了神经系统疾病专病门诊，重点诊治智障、脑瘫、癫痫，用赵老的经验进行治疗，阎孝诚先生专治癫痫，传承赵老的学术经验。1979年，他撰写了《中医中药治疗40例癫痫初步分析》一文，发表于《中级医刊》1979年第4期。文中，根据癫痫抽搐的强弱、次数，意识丧失的深浅，并结合病程、脉舌和兼症，将40例癫痫分成肝风偏盛、痰火偏盛、正气偏虚3型，提出了治疗癫痫常用的息风止痉法、活血凉血法、平肝镇惊法、行气化痰法、清热泻火法、益气补血法等6大治法，总结了常用于临床的治痫一号方、治痫二号方、化痫饼、化风锭等验方的组成与适应证，初步对癫痫的辨治规律进行了总结。1981年，又撰写了《应用赵心波老中医经验治疗32例小儿癫痫的临床观察》一文，发表于《中医杂志》1981年第2期，进一步明确了癫痫的辨证分型规律和处方用药规范。阎孝诚先生对癫痫的临床与科研工作，一直贯穿了其后的学术生涯，1989年他撰写了《小儿癫痫的中医治疗》，长达2万余字，连续4期在《中级医刊》发表。这篇文章从病因病机、诊断、治疗原则、辨证论治四个方面对癫痫的诊疗理论进行了全面总结。在辨证论治部分，他结合历代医学典籍所论及自己的实践经验，将癫痫分作胎痫、风痫、惊痫、痰痫、热痫、食痫、瘀痫、狂痫、虫痫、虚痫十类，分别从病因病机、辨证要点、治法方药、病案举例几个方面阐述其辨治规律。既有对古代医家论述的整理，又有赵老相关的经验总结，还包括自己在实践中的体会与拓展，系统地架构了癫痫的诊疗理论，是其在癫痫临床研究过程中的一篇代表作。
（2）研究小儿肺炎 肺炎是儿童常见的疾病，发病率高，20世纪70年代病死率高达15%，腺病毒肺炎甚至高达30%，对儿童的健康威胁极大。阎孝诚先生与西苑医院儿科的同事们在病房开展了小儿肺炎中医临床的研究，1972～1978年共治疗了各种小儿肺炎725例，包括64例腺病毒肺炎，取得了99.6%的治疗效果，病死率仅为0.4%，同时探索中医辨证论治的规律，用事实说明了中医中药治疗儿科肺炎急症有良好效果而且副作用少，非常值得总结与传承。
阎孝诚先生对小儿肺炎的研究可以分成三个阶段。
第一阶段是在临床实践中摸索肺炎的辨治规律，认为其辨证施治既要掌握温病的规律，又要结合脏腑辨证特点，并紧紧把握疾病的发生、发展、变化、转归及病情的轻重来考虑，将小儿肺炎分成“两型、三期、二十一证”。两型指轻型、重型；三期指初期、极期、后期；二十一证则是各型肺炎在三期病程变化中出现的21种证候类型。他不仅总结了肺炎常见证型的辨证要点与治法方药，还在临床实践基础上，总结了肺炎1号、清肺液、肺炎2号、肺炎3号等科室协定处方。
第二阶段是以这些协定处方为基础，开展相关的临床研究。这期间发表了许多相关文章，总结了临床研究成果。比如《中医中药为主治疗小儿肺炎173例临床分析》（《新中医》1979年第5期），《应用中药肺炎1、2、3号方治疗小儿肺炎145例临床分析》（《中级医刊》1980年第1期），《中医中药治疗6个月以下婴儿肺炎28例临床分析》（《新中医》1981年第3期），等等。在这基础上，选择效果可靠的肺炎1号方，在制剂室的帮助下，做成清肺注射液，采用随机配对分组的方法，以抗生素为对照，开展临床研究。研究发现，清肺注射液与抗生素在可比的条件下，分别治疗婴幼儿肺炎44例，总的疗效经统计学处理，除退热时间外，无显著性差异。说明清肺注射液具有较强的广谱抗菌作用，其毒性低、副作用小，不致菌群紊乱和霉菌感染更是其长，故有广泛实用价值。
第三阶段，开展清肺液与清肺注射液的实验研究。相继进行了中药清肺液对小鼠体液免疫影响的观察、中药清肺液对小鼠巨噬细胞系统吞噬功能的观察、清肺液毒性试验、清肺注射液的抗病毒实验等一系列研究。通过这些实验研究，初步阐明了这些中药制剂治疗肺炎的机制，从科学的角度证实了中药治疗肺炎的有效性，也为下一步中药制剂的新药开发奠定了重要基础。
（3）积极到农村实践 在西苑医院工作期间，阎孝诚先生积极响应党的号召，到农村去参加巡回医疗，为农民送医送药、防病治病。1964～1967年，先后到过山西稷山、河南扶沟及江西德兴，参加巡回医疗。1975年，又响应毛主席“六二六”指示，赴西藏阿里地区，为藏民提供医疗服务。巡回医疗期间，他一面抓紧时间认真学习赵老写的儿科讲义，并且通过实践，深入体会赵老诊治儿科病的理论基础和治疗方法。同时也在农村医疗实践中，不断学习总结民间的验方，先后创制多种适合农村用的简便验疗方，如痱毒散、通治胃痛散、治感冒清宣散等。其后他重点研究的验方银马解毒方，也是在这一时期总结、提炼而出，并在临床取得很好的疗效，为其以后的研究奠定了基础。