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古人在长期的生活和医疗实践中，总结出人体内脏器的生理活动与病理变化，形成了以五脏为中心的藏象学说。藏象学说是中医各科的基础，对气功亦不例外。
脏腑是人体内脏的总称，即平常所说的五脏六腑。五脏是心、肺、脾、肝、肾，六腑有胆、胃、小肠、大肠、膀胱、三焦。中医学将脏腑的理论称为藏象学说，藏与脏通，就是人体的内脏，象即形象和象征，是指内脏的生理活动与病理变化活动反映到体表的征象。
脏与腑，主要是根据它们功能特点的不同和差异来区分。脏腑的功能，既有共性，又有特性。正如《内经》中所说：“五脏者，藏精气而不泻也，故满而不能实。六腑者，传化物而不藏，故实而不能满也。”这是说明脏腑总的功能，也就是它们的共性。五脏总的功能是“藏精气而不泻”，主要是贮藏精华物质（包括精、气、血、津液）。六腑总的功能是“传化物而不藏”，主要是主管饮用食物的受纳、消化、吸收、传导和排泄。所以五脏以藏为主，故藏而不泻，六腑以通为用，故泻而不藏。这是脏与腑总的区别。
奇恒之腑包括脑、髓、骨、脉、胆、女子胞。奇是异的意思，恒是常的意思。它们有异于正常的五脏，又不同于一般的六腑。但是，它们的生理功能与病理变化，却与脏腑的关系极为密切。相关内容将在有关脏腑章节中介绍。
气、血、津液虽然都不属于脏腑，但是，它们都是脏腑活动的衍生物，都是营养各脏腑的重要物质。藏象学说，不仅说明了各脏腑本身的特点和功能，而且还很重视各内脏之间相互依存和相互制约的关系，以及内脏与体表组织和外窍的关系。
中医学认为，人体是以五脏为主，不论是诊断治疗还是气功锻炼，都必须抓住五脏这个纲。这样，脏腑之间的关系，内脏与体表组织以及其与外窍之间的关系就不难理解了。
心位于胸中，在人体左侧。它的主要功能是主血脉、主神志，开窍于舌，其华在面。
心主血脉，是指心有推动血液在脉管内运行以营养全身的功能。脉是血液的通路。血液运行于脉道之中，有赖于心和脉的相互合作，但起主导作用的却是心。《内经》上说：“心主身之血脉。”这一主血脉的功能，是由心气的作用来实现的。只有血气旺盛，才能推动血液在脉道中沿着一定的方向运行不息，使血液中的营养物质供应给各组织器官以满足其需要。由于心、血、脉三者相互关联，而面部血脉又较为充盈，因此，心气的盛衰，血脉的盈亏变化，可以从面部的色泽和人体的脉搏上反映出来。所以，《素问·六节藏象论》中说：“心者，其华在面，其充在血脉。”比如，经常从事气功锻炼，直至年逾古稀，尽管须发斑白，却面色红润如小儿，即所谓鹤发童颜。这乃是通过气功锻炼增强了人体心血系统的效用之故。
心主神志，也可称“心藏神”，或称“心主神明”。所谓神志，是指人的精神、思维活动，是大脑的功能。中医学虽称“脑为髓之海”“脑为元神之府”，却习惯于用心来代表思维、意识。这方面，惯用的表述词语，有“决心”“用心”等。人体的精血是神志活动的物质基础，心主神志的功能与心主血脉的功能是密切相关的。因为心的气血充盈，则神志清晰，思维敏捷，精神充沛。所以，《素问·六节藏象论》中说：“心者，生之本，神之变也。”张景岳在《类经》注解中说：“心为君主，故曰生之本；心藏神，神明由之变化，故曰神之变。”这里所说的神，是指各种思维活动的具体表现。神在心中，受心的影响。气功锻炼，就是通过意念的守静、躯体的自然放松，使心神不受干扰，来发挥其协调脏腑的功能，使其达到相对的稳定平衡状态。
心的经络上行于舌，所以心的气血上通于舌。如果心有了病变，可以从舌体上反映出来。如心血不足，则舌质淡白；心火上炎或心阴虚时，则舌质红，甚或舌体糜烂；心热或痰迷心窍，则见舌强语謇。故有“心开窍于舌，舌为心之苗”之说。
心与小肠为表里关系。脏为阴，腑为阳。阴主里，阳主表。一脏一腑，一阴一阳，一里一表。它们通过经脉互相络属，相互配合，组成脏腑表里关系。小肠的生理功能是分别清浊，即接受来自胃已经初步消化的食物，吸收其具有营养作用的精华部分（清），再由肺输布到全身，并将其糟粕部分（浊）下移至大肠成为大便，其代谢剩余的水液即下输至膀胱。
【附】心包络
心包络，简称心包，又可称“膻中”，是包在心脏外面的包膜，具有保护心脏、代心受邪的作用。心包的形态和部位，古人也有描述。《医学正传》说：“心包络，实乃裹心之包膜也，包于心外，故曰心包络也。”《医贯》亦说：“心之下有心包络，即膻中也，象如仰盂，心即居其中。”心居包络之中，膻中在心之外，所以《内经》比之为心之宫城，如《灵枢·胀论》说：“膻中者，心主之宫城也。”在经络学说中，手厥阴经属于心包络，与手少阳三焦经相为表里，故心包络亦称为脏。但在藏象学说中，认为心包络是心之外围，有保护心脏的作用，所以外邪侵袭于心，首先包络受病。《灵枢·邪客》说：“心者，五脏六腑之大主，精神之所舍也，其脏坚固，邪弗能容也。容之则心伤，心伤则神去，神去则死矣。故诸邪之在于心者，皆在于心之包络。”所以，在温病学说中，将外感热病中出现的神昏、谵语等症，称之为“热入心包”或“蒙蔽心包”。
肺位于上焦胸中，上连喉咙，在五脏六腑中位置最高，故有“华盖”之称。肺主气，司呼吸。肺主音声，肺朝百脉。助心行血，主通调水道。肺藏魄，主悲忧。中医学认为，肺的功能不仅仅是呼吸，而且还与水液的调节、气血的运行，以及与皮肤、卫表的防御功能有关。其主要功能有：肺与大肠相表里。肺合皮，其体在毛，开窍于鼻，其液为涕，其位在胸膺，外于秋天之气相应。
在这方面，《内经》对肺的论述甚多。如：“肺者气之本也”“诸气者，皆守于肺”。又说，“肺脏气”“元气通于肺”。这不仅是说，肺脏有呼吸的作用，是人体内外气体交换的场所，它吸清呼浊，吐故纳新，而且又讲肺脏还具有主持五脏六腑之气的作用。但是，它主要的功能是呼吸。肺主一身之气，其功能是主持和调节全身脏腑经络之气。这一功能体现在两个方面：一是直接影响气的生成。清气是体内气的主要来源之一，而自然界中的清气是通过肺的呼吸运动而吸入的。因而肺的呼吸功能正常与否，直接影响到气的生成。宗气走息道以行呼吸，贯心肺之脉而行气血，故起到主持和调节一身之气的作用。二是有调节全身气机的作用。肺的呼吸运动体现为气的升降出入这一运动过程。肺有节律地呼浊吸清。肺气的宣发肃降，对各脏腑经络之气的运动变化，起着重要的促进与调节作用。因此，有的医学家将肺比喻为“人身之橐龠”（指古代的风箱）。以“巽风”来指呼吸。由于“肺者，脏之长也，为心之华盖也”，即居于五脏之上部，具有“朝百脉”的功能，因此，在气功锻炼中，“呼吸精气”，可与人体血气一起向全身输布。这也就是“气为血之帅”“气行则血行”。气血运行，会使全身气血流畅，能濡养五脏六腑、四肢百骸。
宣发是宣布、发散的意思。对肺气的宣发，《内经》将其概括为：“上焦开发，宣五谷味，熏肤、充身、泽毛，若雾露之溉。”说明从胸中肺气的宣发，将饮食五谷之精微散布到全身。内而脏腑经络，外而肌肉皮毛，无处不到。皮毛为一身之表，是人体最浅表的一层，包括皮肤、汗孔、毛发等组织。它们具有分泌汗液、润泽皮肤、抗御外邪侵袭的功能。这些功能，是显现出的所流布在皮毛的卫气作用。所以说，“肺主一身之卫表”。而卫气之所以能发挥这些作用，主要是靠肺气宣发的力量。肺有内主宣发、外合皮毛的生理作用。这种生理作用，体现在三个方面：一是排出体内浊气；二是通过血脉中的气血运行，将脾传输的水谷精微、津液上行布散于头面，外达体表，以温养肌腠皮毛；三是通过宣发卫气，调节腠理之开阖。正如《灵枢·本脏》中所说：“卫气者，所以温肌肉，充皮肤，肥腠理，司开阖者也。”正是缘于此，可以使气功锻炼者增强抗病力，特别是能增强其对外感的抵抗力。气功对呼吸的调整，使肺气充足。其所宣发的卫气亦足，使皮肤腠理的卫外功能得以正常发挥。因此，起到“邪不可干”的抗病作用。此时，全身体表就有温煦感，甚或有微汗。这正是肺所宣发的卫气达于体表的现象，也是病家自我治疗达到良好状态的征兆。
肃降，就是清肃下降，含有下降、内向收敛的特点。肺居五腑之上。肺气的肃降，能促进气血、津液的输布并使之下降，以保持肺气清净的功能。通调，是输通、调节。水道，是水液运行和排泄的道路。人体水液代谢的调节，是由脾、肺、肾、膀胱和三焦等脏腑共同完成的。而肺的通调水道，乃指肺气有促进和维持水液代谢平衡的作用。这一作用，是由肺气的宣发和肃降来完成的。《内经》中提出：“肺为水之上源。”因为“饮入于胃，游溢精气，上输于脾，脾气散精，上归于肺，通调水道，下输膀胱”。在这一代谢过程中，肺气的清肃下降，使水液下归于肾，再经肾的气化，下达膀胱。其多余的部分，则成为尿液而排出体外。
大肠包括结肠与直肠（古称广肠）两部分。结肠上接阑门，下接直肠。直肠下端为肛门。其经脉络于肺，与肺互为表里。大肠主传导糟粕，承受小肠消化吸收后传送下来的渣滓，继续对水分再作吸收之后，剩余的形成粪便，经肛门排出体外。由于大肠在传导糟粕的过程中，还适当地吸收部分水分，故称“大肠主津”。肺与大肠，在生理和病理上都互相影响。正是由于肺气的清肃下降，大肠才能充分发挥其传导功能。而只有大肠传导通畅，肺气才能顺利清肃下降。如遇肠热便秘，或大肠泻泄，便是肺热移于大肠而引起了两个方面的病变。
气功锻炼与肺有着直接的、极为重要的关系。气功锻炼也是一个“炼气”的过程，能增强人体的气化功能。为什么在进行气功锻炼的实践过程中，由肺吸入的气能起到强健身心、防治疾病的作用呢？因为人们在日常生活中，由呼吸引起体内新陈代谢这一过程所产生的能量，绝大部分都消耗在工作和劳动中，只有少部分储存于体内供不时之需。一旦发生过劳、外伤或病邪感染，则能量消耗加剧，致使能量入不敷出，体内能量平衡遭到破坏，伤及元气，阴阳失调，便导致发病或病情恶化。而通过气功锻炼，却能改变这一状况。其主要因由，是进行气功锻炼时的呼吸功效高于日常进行一般呼吸时的功效。具体因由有二：一是平素呼吸构成肺组织内约七亿五千个肺泡未充分利用，有很大一部分闲置起来，即“开工率”不足，物未尽其用。做气功时，细慢深长的呼吸，特别是深长的呼吸，使肺泡得以充分利用，“开工率”足，就能物尽其用。在能量上，便有一部分盈余。正如金元四大家之一的医学家李东垣所说，“积气以成精”，充养着元气。二是这种呼吸是在体松意静的状态下进行的，机体本身所消耗的能量甚少，愈加促进着能量的储备。由于“五脏藏精而不泻”，达到了“积气以成精，积精以全神”的效果。由此，因病邪或内伤所造成的元气亏虚，也能逐渐得到补偿，从而获得了病愈体健的效益。
脾位于中焦腹腔，是人体消化系统中的主要脏器。它的生理功能是主运化、主生血、主统血，脾藏意、主思，与胃相表里。脾主肌肉及四肢，开窍于口，其华在唇，其液为涎。
脾有运化水谷精微的功能，即消化、吸收、运输营养物质。历代医学家都重视脾的运化功能，称“脾为后天之本”。同时，它还有运化水湿，即促进水液代谢的作用。人体内营、卫、气、血、津、液的产生，都依赖于水谷精微的化生而得。在这方面，脾与胃起着主导作用。脾统血，是指脾不但有生血的功能，而且还有统摄血液循行于脉中使其不外溢的功能。
脾为后天之本，是气血生化之源。全身的肌肉，均依靠脾脏所运化的水谷精微来濡养。脾能健运，全身的营养充沛，则肌肉丰满壮实。所以说，“脾主身之肌肉”。如脾失健运，清阳不布，营养缺乏，则必导致肌肉萎软、四肢倦怠无力。
胃亦位于中焦腹腔。胃上接食道，下通小肠。胃上口为贲门，下口为幽门。贲门部又名上脘，幽门部又名下脘，上脘下脘之间的胃部为中脘，三部统称为胃脘。其主要生理功能，是受纳食物和腐熟水谷。经初步消化，分成清和浊两部分。清者，即津液，由脾来进行吸收和输布，故称脾为胃行其津液。浊者，由胃向下传送到小肠，作进一步的消化。所以，脾与胃都是消化食物的主要器官。在生理活动中，脾主运化，胃主受纳。脾主升，胃主降，是对立而又统一的一对脏腑。
脾与胃，一阴一阳，一脏一腑，互为表里，其功能和作用是共同完成食物的消化吸收和传输。清代名医叶天士说：“纳食主胃，运化主脾，脾宜升则健，胃宜降则和。”升者为清，降者为浊。升降相同，互相协调，以维持机体内饮食消化吸收的生理功能。脾运化水谷精微，是“气血生化之源”，为“后天之本”。所以，李东垣提出了脾胃为元气之本、内伤脾胃则百病由生的观点，来说明脾胃对于健康的重要性。进行气功锻炼时，气的出入升降，大大促进了脾胃的升降功能。
从脾升胃降这一辨证的生理基础来看，凡内脏下垂（如胃、子宫、肾下垂）、脱肛、大便滑泄、崩漏等症，多因脾气不升反而下陷所致。恶心、呕吐、嗳气、呃逆等症，多为胃气不降反而上逆所致。一般说来，脾易虚而胃多实，所以“实则阳明（胃），虚则太阴（脾）”。这时进行练功呼吸，方法应有变化，应区别不同情况而为。脾气下陷，病情较轻者，可采用逆呼吸法。但是，在每次呼气吐净时，宜停歇片刻，再做下一次吸气。这样，可使下垂脏器在随呼吸升降后，得到短暂静息，有利于其本身功能的恢复。病情较重的，可先采用顺呼吸，待病势好转，机体趋于康复时，再做逆呼吸锻炼。至于胃气上逆者，最好以顺呼吸为宜。若脾失健运，则营养匮乏，形体消瘦，四肢倦怠无力。若脾气虚弱，失去统摄功能，则血离脉道，会出现失血症。最明显的病症，如长期便血、崩漏和紫斑等病症。有上述病症者，练功时应注意将吸气时间稍许放长，使气满中焦，然后缓缓吐出。同时，在吐纳中，宜舌抵上腭，促进津液分泌。因为“脾主津液”“涎为脾液”，历代气功师皆提倡“吞津法”。实践证明，此法可增强脾胃运化功能，对治疗脾虚所致的疾病，以及消化系统疾患很有效用。如对胸腹胀闷、慢性胃炎、胰腺炎、慢性肝炎，以及胃和十二指肠溃疡等病症，皆有一定疗效。
肝位于腹腔横膈之下，在右胁之内而稍偏左。其主要生理功能：主疏泄、藏血、藏魂、主怒。与胆互为表里，与体表组织的关系是主筋，并开窍于目。其华在爪，其液为泪，其位在胁。
疏泄即疏通、畅达的意思。肝主疏泄，是指肝气有疏畅、升发的生理功能。这种功能，与肝气喜条达的特性是分不开的。所谓条达，也是舒展畅达的意思。肝的疏泄功能，具体表现在两个方面：一是情志方面。肝的疏泄功能正常，则人心情舒畅，气血和平。若疏泄功能失常，便会出现性情急躁、易怒、失眠多梦、头晕目眩和耳聋耳鸣等症，中医称之为肝阳过亢。所以说，肝在志为怒，患肝病则易怒，而暴怒则会更伤肝等。二是消化方面。肝的疏泄功能，即可以调畅气机，协助脾胃之气的升降。同时，它又与胆汁的分泌有关。如果肝失疏泄，就会影响到脾胃的消化功能，影响到胆汁的分泌和排泄，从而出现消化功能失调等诸多病症。比如腹胀、腹痛、肠鸣、泄泻，或恶心、呕吐和嗳气等症状。
肝藏血，是指肝脏有贮藏血液和调节血量的功能。当人休息或睡眠时，机体的代谢减少，对血液的需要量也相应减少。这时，通过肝脏的调节，脉管内的血流量减少，多余的血液就会贮藏于肝脏。在劳动或工作时，机体的血液需要量会增加，肝脏就排出所藏之血，使脉管内的血流量增多，以供应机体活动之需。所以，唐代医学家王冰在《素问》一书中注：“肝藏血，心行之，人动则血运行于诸经，人静则血归于肝脏。”
至于肝脏的功能，要分清肝气、肝血、肝阳和肝阴。肝气，生理上指肝的功能，病理上指肝气郁结。肝血，指肝脏所藏的血液。肝阳，生理上也是指肝脏的某些功能方面的变化情况，病理上指肝阳过亢。肝阴，主要是指肝脏的阴血和肝脏的阴精。肝气、肝阳与肝血、肝阴，在正常状况下，是相互依存、相互制约的。由于肝喜条达而易升动，故称肝为刚脏。在病理情况下，肝气、肝阳常有余，肝血、肝阴常不足。与其他脏腑在病理情况下阴阳多表现为不足者，应有所区别。
《内经》中指出：“肝受血而能视”“肝气通于目，肝和则目能辨五色矣”。所以，目之能视，要依赖于肝血的滋养。目虽为肝之外窍，但五脏六腑的精气都上注于目。因此，目与五脏六腑都有内在联系。基于此，要求人们在进行气功锻炼时，要闭目内视，要“返视”内景隧道，以理解和把握这一机理。
肝与胆通过经络的联系，构成表里关系。胆附于肝，其主要功能是贮藏胆汁。胆汁注入肠中，有促进消化食物的作用。此外，又称“胆主决断”，认为胆与人的精神意志活动存在一定关系。
肾位于腰部，在脊柱左右两侧。左右侧各一，故称“腰为肾之府”。中医学对肾的生理功能的论述，与现代医学论述的不完全相同。它包括生殖、泌尿、内分泌及神经系统的部分功能，并关系到营养物质的代谢。如肾藏精，主水、主骨、纳气，肾藏志，主恐。肾与膀胱互为表里，在体合骨，其华在发，开窍于耳及二阴，其液为唾，其位在腰。
这里的精，有广义和狭义两种含义。广义的精，包含精、血、津液。狭义的精，仅指生殖之精。它又有先天与后天之分。先天之精（生殖之精），是构成人体的原始物质，来源于父母，禀受于先天。后天之精（水谷精微），是饮食物质经过消化后，变成水谷的精微物质，是由脾胃所化生。两者都藏于肾。先天之精，使人成形。于出生之前，便为后天之精具备了物质基础。出生之后，后天之精不断供养先天之精，使之得到一定补充。两者相互依存，互相作用。肾精所化之气，是为肾气。肾精之所以能发挥作用，和肾气有关。然而，肾精又是肾气的物质基础。因此，肾精充足，肾气就健旺，肾精不足，肾气也就随之衰退。
肾精属阴，肾气属阳。所以，肾的精气包含着肾阴与肾阳，它概括了肾脏生理功能的两个方面。肾阴又称“元阴”“真阴”，是人体阴液的根本，对各脏腑组织起着濡润和滋养作用。肾阳又叫“元阳”“真阳”，是人体阳气的根本，对各脏腑组织起着温煦和生化作用。肾阴和肾阳相互制约、相互依存，以维持人体生理上的动态平衡。若这一平衡状态遭到破坏，便会形成肾阴虚或肾阳虚的病理变化。肾阴虚常表现为腰膝酸软无力、目眩、健忘等肾阴不足的症状，也可见到阴虚阳亢的潮热盗汗、头晕耳鸣以及男子遗精、女子梦交等虚火妄动的病变。肾阳虚常表现为精神疲惫、腰膝冷痛、形寒肢冷、小便频数等肾阳不足的症状，也可见到男子阳痿早泄、女子宫寒不孕等生殖能力衰退的病变。
肾主水，是指它在调节体内水液平衡方面起着极为重要的作用。肾对水液的代谢，包括两个方面。一是将饮食物中具有濡润组织作用的津液布散到全身，二是将经过各组织器官利用后的水分以尿液形式排出体外。
中医学认为，“肺主呼气，肾主纳气”。肺司呼吸，但其吸入之气，必须下及于肾，由肾气为之摄纳。只有肾气充沛，才能使肺的气道通畅，呼吸均匀。如果肾虚，根本不固，其吸入之气就不能归纳于肾。所谓肾不纳气，就会出现气虚喘促、呼多吸少、动则喘甚等症。
《内经》一书中说：“肾生骨髓。”因肾藏精，精能生髓。髓居于骨中，滋养骨髓。肾精充足，则骨髓生化有源，使骨骼得到髓的充分滋养而更加坚固有力。若肾精虚少，则骨髓的化源不足，会使骨软无力，甚至发育不全。而且，髓有骨髓和脊髓之分。脊髓上通于脑，脑为髓聚而成。故曰“脑为髓之海”“为元神之府”。然而，脑髓有赖于肾精的生化。故肾精亏虚者，除出现腰酸膝软等病症外，还会出现头晕、健忘、失眠和思维迟钝等症状。做气功，运用培补元气功法锻炼，炼精补脑，对治疗上述疾病，增进身心健康，收效甚佳。此功法，与中医临床医家补肾益气的观点不谋而合。只是前者为炼精化气补益肾脏，后者则以药物固肾益精。然而，医家之药只是疗一时之疾，补一时之虚，且药不可久服。唯气功可以强肾蓄精、固本充元、扶正祛邪，且久炼不衰。再者，精与血，是互为滋生的，精足则血旺。“发为血之余”，人体毛发虽有赖于血的润养，但其生机则根于肾气。发为肾之外候，如青壮年肾精充沛，毛发就光泽。老年肾气虚衰，毛发就会变白且还会脱落。所以说，“肾之合骨也，其荣发也”。
肾开窍于耳。因为“肾气通于耳，肾和则耳能闻五音矣”。这主要是因为肾的精气充养于耳，听觉才能灵敏。年老体衰，肾气不足，则会出现耳鸣和听力减退等症状。
此外，肾还开窍于二阴。二阴分指前阴外生殖器和后阴肛门。前阴有排尿和生殖的作用，后阴仅有排泄粪便的功能。这些作用和功能的发挥，都依赖于肾的气化。尿频、遗尿或尿少、尿闭等病症，或阳虚火衰的大便不通，多因肾阳的不足而发生。
膀胱位于下腹部。它有贮尿和排尿的功能，并与肾气有密切的关系。前者属于肾气的固摄作用，后者属于肾气的气化作用。二者均称肾的“开、合”作用。肾气的开与合，控制着尿液下注膀胱，并使膀胱能将尿液贮藏到一定程度而及时排泄。所以，膀胱的气化作用，即是肾的气化作用。肾与膀胱之间，经过经络的联系，构成表里关系。
述说气功锻炼，常提到“命门”一词。如“意守命门”“周天命门功”等。命门在哪里？自古以来，各家说法不一。它不同于针灸穴位的命门穴。《内经》里说命门即小心。如《素问·刺禁论》中说：“七节之旁，中有小心。”七节之旁，即两肾所在部位。《难经》中说：“肾两者，非皆肾也。其左者为肾，右者为命门。”还说：“命门者，精神之所舍也。男子以藏精，女子以系胞，其气与肾通。”唐代医学家杨玄操、元代医学家李东垣，他们都认为命门即丹田。明代医学家张景岳指出：“命门为元气之根，为水火之宅，五脏之阴气非此不能滋，五脏之阳气非此不能发。”显然，张氏认为命门的功能，包括肾阴肾阳两个方面的作用。因为，“五脏为人体之本，肾为五脏之本，命门为肾之本，阴精为命门之本”。他还说：“命门之火，谓之元气。命门之水，谓之元精。五液充则形体赖以强壮，五气治则营卫赖以和调，此命门之水火，即十二脏之化源。”历代不少著名医学家在论述肾与命门之关系时，都强调命门对健康的重要性。气功学家们则更加重视，认为是生命之根。《内经》中无丹田之说，丹田乃道家的术语，后被引用于中医著作。但是，命门不等于丹田。总之，按《内经》中的说法，命门在两肾之间。
一般认为，练功时意守命门的作用，与意守丹田相同。但是，前者可能会更好些。命门之火，不仅体现了肾阳的功能，为一身阳气之根本，而且更重要的是“元气寄于命门”（徐灵胎《元气存亡论》）。练气功者，旨在练一身之元气，充实五脏之精气，促进气血运行，以达到补虚扶正祛邪的健身目的。并且，意守命门，还有助于气通周天。
三焦亦为六腑之一。因在人体脏腑之中，唯它最大，且无脏与之表里，故又有“孤府”之称。它主要用于人体部位的划分。今人认为横膈以上为上焦，包括内脏的心与肺。横膈以下到脐为中焦，包括内脏的脾和胃。脐以下为下焦，包括内脏的肝、肾、大小肠和膀胱等。三焦有主持诸气、总司人体气化的功能，为通行元气和水液运行的道路。三焦的功能与脏腑的功能有联系，如上焦主宣发输布，中焦主腐熟水谷，下焦主代谢水液及排泄糟粕。但三焦的实质问题，《难经》中提出了“有名而无形”之说。对此，历来争论甚多且无定论。
气、血、津液是人体生命活动的物质基础。它是依靠脏腑的功能活动而生成和转化的。所以，气、血、津液又是脏腑生理活动的产物。气、血、津液能保证人体新陈代谢的进行。人体脏腑功能的正常活动，依赖于气、血和津液为物质基础。它们之间，互相依存，互为效用。
中医学里，气的概念较为复杂。真气，或称元气，是生理学概念。还有营气、卫气和宗气等均属于此。至于“风、寒、暑、湿、燥、火”等六气，则是病理学概念，两者区别很大。中医生理学所称之气，其含义与气功所练之气相近。而病理学所称之气，与气功所练之气相差甚远。中医生理学所称之气，包括的内容有：受于先天的元气、呼吸的空气（清气）和后天所用的营养谷气。中医学里所说的真气，凡是活着的人中，体内皆有真气存在。人们全身的五脏六腑和四肢百骸中，无所不在，无时不有。即使人们不进行气功锻炼，它也存在。气功之气有别于真气之处，在于气功之气是通过锻炼而获取的“真气”。这是在气功锻炼中，由习练者的意志和其获取的真气融合成的产物，即内气。现代科学研究认为，它是物质、能量和信息三者复杂的有机综合。
中医学中所说的气，主要是指人体内部生命活动所化生出气。这种气种类繁多。据统计，仅在《内经》中提到的气就有60种之多。概括起来，有两个含义：一是指构成人体和维持人体生命活动的精微物质，如水谷之气、呼吸之气等。二是指脏腑组织的生理功能，如脏腑之气、经脉之气等。它们两者又是相互关联的。前者是后者的物质基础，后者为前者的功能表现。在此，将人体之气的分类、生成、功能和运行分述于下。
（1）气的分类与生成
人体的气有多种多样的表现形式。由于人体的气分布于不同的部位，并有不同的来源与功能特点，因而它们有不同的名称。其不同名称分别是：
1）元气
元气亦称原气、真气。《灵枢·刺节真邪》中说：“真气者，所受于天，与谷气并而充身者也。”说明元气禀受于先天，出生后又需水谷精微的滋养和补充。它通过三焦输布全身，由脏腑而至经络。它外达肌肤，无处不到，是生命活动的原动力。它对人体的生长和发育，以及对脏腑功能的发挥，有充养和资助作用。元气充沛，体健神旺而益寿。反之，体弱神衰乃至多病早衰。气功的锻炼，旨在充养元气。所以说，进行气功锻炼是健身之本。
2）宗气
《灵枢·邪客》中说：“宗气积于胸中，出于喉咙，以贯心脉，而行呼吸焉。”这些说法，说明了它所处的部位及其主要功能。医学家认为，它是由肺吸入的清气与脾所化生的水谷之气结合而成，对呼吸活动和心脏搏动起着推动和调节作用。因此，后人又将它称之为动气。如呼吸的进行、语言的发生、声音的变化、气血的运行和肢体的活动等，都与宗气有关。
3）营气
《素问·痹论》中说：“营者，水谷之精气也，和调于五脏，洒陈于六腑，乃能入于脉也。故循脉上下，贯五脏，络六腑也。”营气，主要是由脾胃中的水谷精微所化生。在营养全身各组织的功用上，它与血液的功用基本相同。并且，两者又同行于血脉之中，可分而又不可离，关系极为密切。所以，在临床上常“营血”并提。同时，它还有化生血液的作用。
4）卫气
《灵枢·本脏》中说：“卫气者，所以温分肉，充皮肤，肥腠理，司开合者也。”医学家认为它是行于脉外之气，主要是由水谷之气所化生，是人体阳气的一部分，故又有“卫阳”之称。卫气具有慓悍滑利的特性，活动能力强而行动快速，故不受脉管的约束而运行于脉外。外而皮肤肌肉，内而胸腹脏腑，遍及全身。其主要功能是：护卫肌表，抗御外邪入侵；控制汗孔的开合，调节体温；温煦脏腑，润泽皮毛等。临床上习惯于把“营卫”并称，认为此二气为后天之气。
总之，中医学是从整体观念来论述气的功能活动。气源于肾精，是为先天之元气，受后天之气，即是脾所运化的水谷之气和肺所吸入的清气的共同充养。元气是生命活动的根本，其余诸气为元气的分支。气生成的多与少，与先天之精气是否充足、饮食营养是否得当，与肺、脾、肾三脏的功能是否正常，均有密切关系。
（2）气的功能
由于气的分布部位不同，其功能各有其特点。依据其生理现象来说，概括起来，气的功能主要有以下几个方面：
1）推动作用
气的活动力很强。人体的生长、发育和新陈代谢，都依赖于气的推动作用。
2）温煦作用
人的体温和能量的转换，都缘于气的温煦作用。
3）防御作用
气有卫护肌表、防御外邪入侵的作用。对外邪来说，气的防御作用属于正气。在发生疾病过程中，正气不断发挥抗病功能。其作用表现为正邪相搏，清除病邪，使健康得以恢复。
4）固摄作用
主要表现为“气能摄血”，使血液循行于脉道而不致溢出脉外。与此同时，还能调控汗液、尿液及其他体液的正常分泌，不致因分泌过多而使津液大量散失。这些，均属于气的固摄作用。
5）气化作用
精、血和津液的化生，水谷精微和津液输布后又转化为汗液、尿液，都属于气的运动变化。一般情况下，都将这种现象称为气化。
6）营养作用
当人体血虚（贫血）精亏时，补气可生血、益气，可御精。古人用独参汤（野山参）急救血脱、脉微症。现代医学认为，补气可以提高细胞灌氧量，可以延长细胞的寿命，从而达到益寿延年的效果。
（3）气的运行
“升降出入”是气运行的基本形式。这种形式，表现广泛，可以说是“无器不有”。人体的各脏器都在进行着“升降出入”活动，这一活动被称为能量运动。升者升其清阳，降者降其浊阴。出者吐故，入者纳新。这是机体进行新陈代谢、维持生命活动的基本过程。进行气功锻炼的过程，正是促进气的升降出入，以此来协调并发挥各个脏腑的功能。如肺的吐故纳新，心火下降，肾水上升。脾主升，胃主降，都是气正常运行的具体表现。
如果气的运行受阻滞，或者升降失调，出入不利，运行逆乱，便会影响脏腑间上下表里的协调统一而产生一些病变。如发生肺失宣降、肾不纳气、肝气郁结、胃气上逆和脾气下陷等病症。
《灵枢·决气》中说：“中焦受气取汁，变化而赤，是谓血。”血，来源于脾胃运化的水谷精气，通过营气与肺的作用而变为血。它由心所主，藏于肝，统于脾，循行于脉中，对人体各脏腑组织具有濡养作用，是人体不可缺少的营养物质。
生成血液的营养物质，主要来源于脾胃中的水谷精微，其化生的过程，如《灵枢·营卫生会》中所说：“中焦亦并胃中，出上焦之后，此所受气者，泌糟粕，蒸津液，化其精微，上注于肺脉，乃化而为血。”与此同时，还必须有营气的参与。如“营气者，泌其津液，注之于脉，化以为血”，说明在其变化过程中，通过营气的作用，主注于肺脉，经过心的气化，才能变为赤色的血液。此外，尚有精血之间可以互相转化。如《张氏医通》中所说：“气不耗，归精于肾而为精；精不泄，归精于肝而化清血。”《景岳全书》中说：“人之初生，必从精始，精之与血，若乎非类……而血即精之属也。”总之，血的生成是以水谷精微、营气和精髓为物质基础，通过脾、胃、肺、心（脉）、肾等脏器的功能活动来完成。
血的主要功能是营养全身。凡皮毛、筋骨、经络、脏腑等一切组织器官，均由血液供给营养，才能进行各种生理活动。如《素问·五脏生成》中所说：“肝受血而能视，足受血而能步，掌受血而能握，指受血而能摄。”
血液的正常循行，是各内脏共同作用的结果。如心主血脉，即心气的推动是血液循行的基本动力。肺朝百脉，说明循行于周身的血脉，均要汇聚于肺。通过肺气的作用，血液才能布散到全身。血液在脉管内正常运行而不溢出脉外，是由于脾气有统摄血液的作用。肝主藏血，是指血液的储藏和调节皆通过肝部，这也是肝的功能之一。所以，血液的运行，是在心、肺、脾、肝等内脏相互配合之下进行的，其中任何一个脏器的作用失调，都会引起血行的失常。
津液是人体内一切正常水液的总称。它包括胃液、肠液、唾液、泪液、涕液、汗液、尿液等分泌液和排泄液，它们有护养、润滑和排泄等作用。
（1）津液的生成和输布
津液的形成、输布和排泄，与肺、脾、胃、小肠、大肠、膀胱等脏腑的生理活动密切相关。如《内经》中所说：“饮入于胃，游溢精气，上输于脾，脾气散精，上归于肺，通调水道，下输膀胱，水精四布，五经并行。”这是对津液的生成与输布过程作以简要说明，指出津液来源于胃，为受纳水液“游溢精气”而生成。通过脾的运化，将胃中的津液上输于肺并布散到其他各脏，故《内经》中有脾“为胃行其津液”之说。肺的宣发与肃降功能，使水道得以通调，而肾则对全身水液进行蒸腾气化，升清降浊，把多余的水液和废物化成尿液，下注于膀胱而排出体外。饮食物质通过小肠、大肠时，在小肠的泌别清浊和大肠的传化糟粕过程中，也会对津液进行再吸收。所以，《内经》中有所谓“小肠主液”“大肠主津”之说。由此，说明了津液与小肠、大肠也有关系。通过以上各有关脏腑的作用，津液的输布可以外达皮毛、内注脏腑，可以滋灌到全身各个组织器官。这就是所谓“水精四布、五经并行”之道理。
（2）津液的功能
津液主要有滋润、濡养的作用。布散于体表的津液，能滋润皮毛、肌肤。进入体内的津液，能滋润脏腑。输注于孔窍的津液，如泪、涕、唾液等，能濡养眼、鼻、口等孔窍。流入关节的津液，能滑利关节。渗入骨髓的津液，则能填精补髓，滋润和充养骨髓与脑髓。所以，在进行气功锻炼中，有些功法提倡舌抵上腭，或应用“赤龙搅海”（即舌体在口腔内上下左右地转动），以促进津液的分泌，并将分泌出的津液称为“琼浆玉液”，加以吞咽。实践证明，这种“吞津法”对防治疾病，特别是防治消化系统的疾病，具有极其重要的作用。
（3）津液的区分
津液，有时也分别被称为“津”或“液”。这是从它们的性质、部位和功用上来进行区分的。清而稀薄的叫“津”，浊而稠厚的叫“液”。津，多布散于肌表与黏膜，以滋润肌肤、皮毛及眼、耳、口、鼻等孔窍。汗液与尿液均为津所化生。液，多内渗于脏腑，以濡养内脏、骨髓和脑髓，滑利关节，同时也有滋润肌肤的功能。津和液本属一体，都是内脏的正常水液。在环流周身的过程中，它们相互影响，互相转化。因此，在一般情况下，人们都是将津液并称。只有在急重病症发生时，以及在“伤津”和“脱液”的病理发生变化时，医家辨证施治才须有所区分。
气、血、津液是脏腑活动的物质基础，它们的生成与转化，既是脏腑功能联合活动的结果，又是脏腑功能的具体表现。只有脏腑功能正常，气、血、津液才能充盛。气、血、津液充盛，更能满足脏腑功能活动的消耗。两者相辅相成，相互作用，共同维持着人体的正常生理功能和需求。