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阴阳五行学说，是我国古代的一种哲学学说。这个学说在春秋战国时期到秦汉之际十分盛行。当时的医学家们采用这一学说来解释人体的生理功能、病理变化，并指导着临床的诊断和治疗。气功医师和养生学家也不例外，将它应用于气功锻炼和防病治病，使之成为中医学理论及气功学理论的重要组成部分。对医学气功理论的形成和发展，有着深远的影响。
中医学的经典著作《内经》中提到“清阳为天，浊阴为地。地气上为云，天气下为雨”，以此来说明世界本身是阴阳二气对立统一的结果。实际上，宇宙间任何事物都包含着阴与阳相互对立的两个方面。如日月、昼夜、寒暑、男女、内外、上下、动静、虚实等。从事物属性来看，天为阳，地为阴；火为阳，水为阴。从事物的运动变化来看，静者为阴，动者为阳；气为阳，血为阴。即谓“阳化气，阴成形”。由于阴阳两个方面的对立而又统一，推动了事物的发展变化。这一规律，则贯穿于中医学的理论研究和探讨、生理与病理之因以及诊断治疗的过程之中。所以说：“阴阳者，数之可十……然其要一也”。它的基本内容有：
阴阳对立，是说自然界相互关联的一切事物或现象，都存在着相互对立的阴阳两个方面，而阴阳之间具有相互斗争、相互抑制与相互排斥的关系。相互对立的阴阳双方，其中的任何一方对另一方均可起到抑制、约束和排斥的作用。正是由于阴阳的对立斗争、相互抑制与相互排斥，才能推动事物发生变化，促进事物不断发展，才使事物取得了统一，即阴阳的相对协调平衡。在自然界，则可表现为季节气候的正常变化规律。在人体，则体现为正常的生命活动。可见，人体内的阴阳，并不是平平静静各不相犯共处于一个统一体中，而是在对立中互相斗争着，及至达到“阴平阳秘”的动态平衡。所谓“阴胜则阳病，阳胜则阴病”。类似这种情况，就是阴阳相互对立从生理走向病变的现象。
阴和阳既相互对立，又相互依存。所谓依存，就是依靠和存在。阴和阳的任何一方，都不能脱离对方而单独存在。这种相互依存的关系，称为互根，即“阴根于阳，阳根于阴”，每一方都以另一方为存在条件。互根的理论依据，是“阴在内，阳之守也；阳在外，阴之使也”。这里的阴阳，主要是指人体内的物质与功能。阴代表着物质，阳代表着功能。物质属于体内，所以说“阴在内”；功能表现于体外，所以说“阳在外”。在外的阳，是内在物质的运动表现，所以说“阳为阴之使”；在内的阴，是产生功能的物质基础，所以说“阴为阳之守”。简单地说，属于物质的阴，在内藏守，给阳做供应；属于功能的阳在外循环，做阴的护卫。这在中医学与气功学中，主要是说明气与血之间的关系。
相互对立而又相互依存的阴阳双方，它们之间不是处于静止不变的状态，而是经常处于互为消长的运动变化之中。从自然界来说，四季气候的变化，从寒冬到春夏，为阴消阳长；由炎夏到隆冬，为阳消阴长。从人体生理活动来说，气血运行的功能活动必然要消耗一定的营养物质，为阳长阴消；食物的消化吸收又必然要消耗一定的活动功能，为阴长阳消。这种阴阳消长，是正常现象。如果这样消长的过程超过一定的限度而不能保持相对的平衡时，就会出现阴阳某一方面的偏盛偏衰。此种现象，谓之为消长失调。
相互对立的阴阳，当其发展到一定的阶段，可以各自向着相反的方向转化。阳可以转化为阴，阴也可以转化为阳。此时，就会出现所谓“重阳必阴，重阴必阳”和“寒极生热，热极生寒”的现象。在临床上，主要表现在疾病的变化，即阳症与阴症的转化。具体来说，就是热证与寒证的转化，实证与虚证的转化，表证与里证的转化。
综上所述，阴阳学说的基本内容主要有阴阳对立、阴阳互根、阴阳消长与阴阳转化等几个方面。阴阳的对立与互根，阐明事物的对立统一关系。阴阳的消长与转化，是事物运动变化的基本形式。阴阳的对立统一，是在阴阳的不断消长和转化过程中实现的。而阴阳的消长与转化，是以阴阳对立互根为基础的。阴阳的消长，是在阴阳对立与互根基础上表现出的量变过程。阴阳的转化，是在量变基础上的质变。阴阳之间的这些关系，既互相区别，又相互联系，不可分割。
从自然界大气和人体气机的升降来说，升为阳，降为阴。气功实践中的调息，也与之相对应。呼为阳，为泻；吸为阴，为补。医学名著《圣济总录》一书中也说：“凡入气为阴，出气为阳。”这一说法，从气功临床的实践中也可证明。阳亢火旺的高血压患者，在练气功时注意呼气，就会感到心胸舒畅，头脑清新。这种感觉，是有余的阳向外散出之效应，故谓之泻。而阳虚气陷的人注意练呼气，则会感到胸腹空虚，头眩心慌。若注意加深吸气，则会感到舒松并有充实感。这是因为阳既不足，自身之气不能再向外散，需纳气以补不足。所以，《景岳全书》一书中这样指出：“阳微者不能呼，阴微者不能吸。”
古代天文学家用地支计时，将一昼夜分为十二个时辰。昼为阳，夜为阴。古代养生学家葛洪等人，强调练功的时间最好安排在六个阳时，即子、丑、寅、卯、辰、巳时，切莫安排在午、未、申、酉、戌、亥六个阴时内练功。他们认为六阳时外界是生气，六阴时外界是死气。他们指出子时即是阳生之时，这时开始练功最能收效。
一年四季，气候变化不同，春温、夏热、秋凉、冬寒。在练功的火候把握上，亦应该有所不同。古代的养生学家根据《内经》中“春、夏养阳，秋、冬养阴”的原则，对此，提出了具体的要求。元代邱处机编写的《摄生消息论》一书为此做了专题阐述。
练功时，为了使人体磁场与地球磁场保持一致，一般应面南背北，也可随日出月升而面东背西。练功的方位，应取阴阳相照为宜。
古代医学家认为，经络系统中贯行于体前体后的任、督二脉，是人体的子午线。前者为阴脉之海，后者为阳脉之纲，为人体的小周天。众所周知的大小周天功法，是根据阴阳消长变化，调节阴阳升降，疏通任、督二脉运行循环。在以意行气时，有文火与武火之分，称之为火候。武火亦称阳息，用于六阳时，谓之进阳火。文火亦称阴消，用于六阴时，谓之退阴符。实际上，意浓气重是武火，意淡气轻是文火。文者为阴，武者为阳。
五脏为阴，六腑为阳。因为五脏的生理功能主要是贮藏精气使血液不外泄，其性向内，所以属阴。六腑是传导化物（消化排泄器官），其性向外，所以属阳。五脏之中又可以再分阴阳，即心、肺属阳（位在膈上），肝、脾、肾属阴（位在膈下）。再进一步，五脏中每个脏也各具阴阳，主要从气、血、精、津、液五个方面来分析。如心阴，包含心血或心液。而心阳，可理解为心气。又如肾阴，包含肾精，然而，肾阳则可理解为肾气。
人体阴阳的物质基础是血和气。阴血的化生和循行，必须依靠阳气的温养；阳气的输布，也有赖于阴血的滋润。如果没有精血，就不能产生阳气。而在生理活动的过程中，由于阳气的作用，又不断化生出阴（精）血。所以《内经》中说：“气为血帅，血为气母。”这也是气功学练精化气的理论根据。
总的来说，五脏之阴，大都指精、血、液等营养物质。五脏之阳，大都指气的活动功能。正如《内经》中所说：“人生有形，不离阴阳。”
中医学常用“八纲辨证”来诊断疾病，就是从阴、阳，从表、里，从寒、热，从虚、实八个方面来分辨。分辨时，以阴、阳为总纲。一般是：表证、热证、实证属阳，里证、寒证、虚证属阴。
在人体病理变化方面，也常用阴阳学说来说明。不过，都是从邪、正两方面着手。在中医学的理论体系中，把人体气血化生的各种活动及抗病功能，称为正气。将各种致病因素，如外感风、寒、暑、热、湿，内伤饮食，或痰、气、瘀血及水湿积聚，称为邪气。在分清邪气与正气时，必须先明白“阴阳偏盛”和“阴阳偏衰”的病理现象，并加以区别。邪盛是病，邪去则病除。气血虚能致病，气血恢复则病愈。比如，阴偏盛（寒、湿），多见恶寒症状。阳偏盛（暑、热），多见发热症状。正如《内经》中所阐述的理论，“阴胜则寒，阳胜则热；阳虚则寒，阴虚则热”。应当指出的是，中医学中，凡是提到“盛”或“胜”的，都是指邪气；凡是提到“虚”和“衰”的，都是指正气。
此外，人体中的阴阳，不论任何一方，若虚亏到一定程度，常可导致对方的不足，即所谓“阳损及阴，阴损及阳”。前者是由于阳气虚衰而累及阴精化生不足，后者是由于阴精亏损而累及阳气滋生无源，结果转入阴阳两虚，这是正虚方面的重病之一。
医学家认为，“治病必求于本”。所谓本，就是阴阳。明代医学家张景岳说：“人之疾病……必有所本，或本于阴，或本于阳，病变虽多，其本则一。”在气功锻炼上，阳症宜多动、多放，阴症则应多静、多守。阴阳兼症，更要注意动静调配得当。
五行学说和阴阳学说一样，也产生于古代的朴素唯物观。它用木、火、土、金、水五种物质的抽象概念，来推演宇宙间若干事物的属性。后人便将这五种物质的属性加以抽象推演，用来阐述整个物质世界。医学家与气功学家则借此说明人体的生理、病理、诊断、治疗以及炼丹等方面的相应关系。
古代医学家对事物属性的五行分类，是从自然现象联系到人体。其方法有二：一为比类取象。即按事物的不同性质、作用与形态，分别归属于木、火、土、金、水。如木的特点是生发柔和，凡具有这种特性的，像自然界五季中的春，人体五脏的肝，便比类取象地概括其为木类。火的特点是阳热上炎，凡具有此种特性的，像自然界五季中的夏，人体五脏的心，便比类取象地概括其为火类。土的特点是长养变化，像自然界五季中的长夏（为农历五月底到六月中旬），人体五脏中的脾，便比类取象地概括其为土类。金的特点是清肃下降，像五季中的秋，五脏中的肺，便比类取象地概括其为金类。水的特点是寒润下行，像五季中的冬，五脏中的肾，便比类取象地概括其为水类。二为抽象推演。即按照上述方法，做进一步推想演化，用来说明整个物质世界。以“木”为例，从木推演到五季中的春，五方中的东，五气中的风，五化中的生，五色中的青，五味中的酸等。这种推想演化，大部分是由联想所及。其中有实际意义的，如从五季联想到五气、五化、五色、五味。其推理及方法在医学上是可取的，在临床上是有用的，体现了天人合一的观点。请见下表：
五行类属表
上表按五行类属关系，将自然界的事物和人体的脏腑等归纳起来。表中横排所列称为属，同属的事物之间都存在“相应律”。不仅自然界之间，人体之间，自然界与人体之间都能互相感应，息息相通，存在着内在联系。如自然界的风，发生对人体的侵害，首先会引起人体肝、胆、筋、目等部位的病变。因为它们是同属的东西，能互相感应。《素问》中“阴阳应象大论”这样说：“在天为风，在地为木，在体为筋，在脏为肝。”这几类事物虽然所处的地方不同，但是它们却是同一属性的。反之，肝这一体系发生病变，也可取同属的事物来调治它的偏盛偏衰。如取用味酸、色青之类的药物，就可用来治疗肝病。其他各行同属的事物之间的相互关系，依此类推。表中纵行所列的称为类，同类事物都存在着“共通律”。五行的生克制化等，也同样存在“共通律”这一规律。
古代医学家除了将五行按照五种不同的特性推演归类外，还制定了一套相互联系的方式。这种方式，便是五行间的相生、相克及乘侮关系。
相生。即相互滋生和助长。五行学说借相生的关系，来说明事物有相互协同的一面。它们的程序是：木生火，火生土，土生金，金生水，水生木。依次循环，相促相生。
相克。即相互制约和克制。五行学说借相克的关系，来说明事物有相互抗制的一面。它们的程序是：木克土，土克水，水克火，火克金，金克木。依次循环，相制相克。
相乘及相侮。这些都属于事物发展变化的反常现象。乘有乘虚侵袭之意，侮就是恃强凌弱。相乘，是相克太过，超过正常的制约限度，是事物之间的关系失却正常协调的一种表现。例如：木气偏亢，金又不能对木给以正常的克制，太过的木便会乘土，也就是加倍克土，使土更虚。相侮，是相克的反向，即是反克，是事物之间关系失却正常协调的另一种表现。例如：正常的关系是金克木，如果金（肺气）不足，或木（肝气）偏亢，木就会反过来侮金。
中医学应用五行学说，是将自然界的现象联系到人体的变化，以五行的特性来说明五脏的生理活动及其特点，并运用生克乘侮的规律来解释病理变化，指导临床诊断与治疗。古代通晓气功的医学家，也基于这一理论观念，制定了扶正祛邪的保健方法。
用五行学说，将人体的内脏分别归属于五行。以五行的特点，来说明五脏的生理功能。
肝属木。木性柔和，可曲可直，枝叶条达，有生发的特性。肝在生理上喜条达而恶抑郁，有生发疏泄的功能，象征木。故肝属木。
心属火。火性温热、明亮，其性炎上；心阳内温血脉，外煦肌肉。心主神明，心主行血，象征火。故心属火。
脾属土。土有生化万物的特性。脾居人体中焦，有运化水谷、输布精微、疏导水湿、营养五脏六腑和四肢百骸之功。脾为气血生化之源，象征土。故脾属土。
肺属金。金性清肃、收敛。肺有清肃的功能。肺主肃降，以下行为顺，象征金。故肺属金。
肾属水。水性润下，有寒润、下行、闭藏的特性。肾有主水、藏精等功能，象征水。故肾属水。
在五行配五脏的基础上，根据各组织器官及全身功能活动与五脏的内在联系，进一步划分为以五脏为中心的五个基本系统。
肝（木）系统，是以肝为中心，由属木行的组织器官及功能活动构成的系统。其腑为胆，在体合筋。其华在爪，开窍于目。在液为泪，在志为怒。
心（火）系统，是以心为中心，由属火行的组织器官及功能活动构成的系统。其腑为小肠，在体合脉。其华在面，开窍于舌。在液为汗，在志为喜。
脾（土）系统，是以脾为中心，由属土行的组织器官及功能活动构成的系统。其腑为胃，在体合肉。其华在唇，开窍于口。在液为涎，在志为思。
肺（金）系统，是以肺为中心，由属金行的组织器官及功能活动构成的系统。其腑为大肠，在体合皮。其华在毛，开窍于鼻。在液为涕，在志为忧（或悲）。
肾（水）系统，是以肾为中心，由属水行的组织器官及功能活动构成的系统。其腑为膀胱，在体合骨。其华在发，开窍于耳。在液为唾，在志为恐。
人体的五行系统与自然界的五行系统之间，存在着相互感应与相互贯通的联系。自然界的五方、五时、五气、五味、五色等，也与人体内的脏腑组织器官等联系在一起。这样就把人与自然环境统一起来了，表达了“天人相应”的整体观念。
五脏之间具有相互滋生的关系。例如：肾水之精以养肝，在五行是“水生木”，医学术语叫“水能涵木”。又如：肝藏血以济心，心阳鼓动以温脾，在五行是“木生火”“火生土”。实际上，肝、心、脾，为藏血、主血、统血之脏，有贮藏血液、生化血液、统摄血液的联合作用。再如：脾土化生水谷精微以养肺，肺金清肃下行以资助肾水，在五行是“土生金”“金生水”。实际上，“土生金”是脾脏靠吸取食物的营养以养金，“金生水”是肾的主水液和纳气作用，靠肺脏的出气调节和呼吸升降的帮助来发挥和运行。这就是五脏相互滋生的关系。
五脏相互制约的关系是：肺气清肃下降，可以抑制肝阳上亢，五行术语叫“金克木”。目前运用气功疗法治疗高血压，就是基于这一理论。肝气条达，可以疏泄脾胃的壅滞，五行术语叫“木克土”，其实是性情舒畅，消化健旺。脾土的运化，可以制止肾水的泛滥，五行术语叫“土克水”，实际上是脾运健全，促使肾所主的水液不潴留。肾水的滋润，可以防治心火的上炎，五行术语叫“水克火”，实际上是肾阴摄纳心阳。心火的阳热，可以调节肺金清肃太过，五行术语叫“火克金”，实际上是心阳煦照，使肺气宣达，胸部不窒闷。
梁代医学家陶弘景根据五行学说和五脏的生理与病理特点，首倡“嘘、呵、呼、呬、吹、嘻”六字诀，以气功疗法治疗五脏和三焦所主之病。经后世医学气功家临床验证，又有所发挥，后称之为“祛病延年六字法”。其法以口吐鼻吸，并有动作配合。其总诀为：“肝若嘘时目睁睛（嘘气时用力睁双目），肺知呬气手双擎（呬气时双手托天），心呵顶上连叉手（呵气时两手轮流单举托天），肾吹抱取膝头平（吹气时平坐、双手抱膝），脾病呼时须撮口（撮口呼出气），三焦客热卧嘻宁（平卧或侧卧嘻出气）。”
历代以来，人们还将这六字诀传用于四季养生保健，名曰《四季祛病歌》。此歌的内容是：“春嘘明目木扶肝，夏至呵心火自闲。秋呬定收金肺润，肾吹唯要坎中安。三焦嘻却除烦热，四季长呼脾化餐。切忌出声闻口耳，其功尤胜保神丹。”