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我国利用真菌防治病虫害的研究从20世纪50年代开始，林伯欣、徐庆丰、李运帷、吕昌仁、林伯欣、曾省和邓庄等相继开展了白僵菌、淡紫拟青霉和玫烟色拟青霉的早期研究。20世纪70年代杀虫真菌的研究主要集中在真菌培养、大量生产和防治害虫等方面。随后二十年，真菌类生物农药的基础研究明显加强，研究内容包括分类和鉴定、侵染致病机制等内容。
进入21世纪后，我国在该领域的基础和应用研究进入分子时代。王成树、夏玉先、冯明光、李增智和陈捷等团队对白僵菌、绿僵菌和木霉菌的资源挖掘、毒力基因鉴定、分子相互作用、遗传改造、应用技术等方面取得了显著的成果，极大地促进了我国真菌农药产业的发展。
经过几十年的发展，在上海交通大学、安徽农业大学、重庆大学、中科院上海植物生理生态研究所、浙江大学、西南大学等团队的努力下，我国在真菌生物农药领域的研究水平处于世界前列。
1969年，国家相关主管部委组织南方各省在广东省新会县召开了利用白僵菌防治松毛虫现场交流会，大力推广新会县“土法生产”白僵菌大面积防治松毛虫的经验。会后，在政府的支持下规模不一的白僵菌厂在各省不断涌现，通过固体发酵大量生产白僵菌粉剂，产品主要是自产自用而无需登记。本次会议大力推动了我国真菌杀虫剂产业的发展，使得我国利用白僵菌防治松毛虫和亚洲玉米螟的应用面积达到了世界第一。
随后二十年，白僵菌、绿僵菌、木霉菌等真菌类生物农药在工业化生产工艺、安全性评价、剂型及企业标准等方面均取得了一定的进展，但始终未能实现工业化生产。1997年5月8日国务院颁发的《农药管理条例》，促进了微生物农药产业的规范化发展。自2000年重庆大学夏玉先、王中康等研制的“杀蝗绿僵菌母粉”及“杀蝗绿僵菌油悬浮剂”是我国第一个获得杀虫真菌类新农药登记的原药和制剂；陈捷团队研发的哈茨木霉等产品相继被山东泰诺、上海大井等企业转化。目前，真菌类生物农药登记的品种有假丝酵母、淡紫拟青霉、木霉菌、厚孢轮枝菌、嗜硫小红卵菌HNI-1、球孢白僵菌、金龟子绿僵菌、大孢绿僵菌等，其中白僵菌、绿僵菌和木霉菌是优势产品。
在生产和应用方面，重庆重大生物技术公司、重庆聚立信生物工程有限公司等均为我国代表性的真菌生物农药生产企业，年产能达到万吨级。山东泰诺也在木霉菌的生产应用中取得了显著的经济和社会效益。