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农药风险评估是指采用科学技术及信息，在特定条件下，就农药对人类健康及生态环境产生不良影响的可能性和严重性进行科学评价。目前具有代表性的风险评估技术体系仍以欧美为主，欧洲以德国、英国、荷兰等国家为代表。发展中国家只有中国建立了一系列农药风险评估方法。我国农药风险评估主要包括膳食风险评估、生态/环境风险评估和健康风险评估，健康风险评估又分为职业健康风险评估和膳食风险评估，主要基于农药的最大残留限量（MRL），估算长期或短期摄入量与毒理学评估数据进行比较。
膳食风险评估在我国农药残留限量标准制定工作的3个阶段逐渐引入应用：①探索发展阶段（1963—1996年），我国于1963年成立农业部农药检定所，主要承担农药登记管理及相关标准制定工作，此时，农药残留管理工作主要集中在高毒有机磷农药的残留检测，制定了一系列包括农药残留限量标准等参数的农药合理使用准则（农药残留限量为推荐性标准）；②快速发展阶段（1997—2008年），我国于1997年颁布实施了《农药管理条例》，强化了农药对农产品和食品安全性要求，而2006年，我国成为国际食品法典农药残留委员会主席国，标志着农药残留膳食风险评估工作在我国农药残留限量标准制定应用的正式开始，并制定和颁布实施了GB 2763—2005《食品中农药最大残留限量》，涉及136种农药478项限量值；③健全阶段（2009年至今），我国2009年实施了《中华人民共和国食品安全法》，规定食品中农药最大残留限量标准是强制执行的标准，标志着我国农药残留标准制定工作进入了快速发展和健全完善阶段。
我国生态/环境风险评估体系从发展到完善主要也经历了3个阶段：①探索阶段（1982—2000年），我国于1982年开始实行农药登记制度，当时的《农药登记规定》要求农药登记申请者提交产品的环境质量影响资料，此阶段环境资料的要求更多为形式上的要求，大部分产品登记时基本属于无生态安全性数据阶段；②发展阶段（2001—2014年），2001年农药登记才正式提出基本的环境影响试验资料要求，包括对蜜蜂、鸟类、鱼类和家蚕的急性毒性资料；2014年GB/T 31270—2014《化学农药环境安全评价试验准则》系列国家标准发布，建立起了一套适合于我国国情的农药环境影响标准试验方法：③完善阶段（2015至今），2016年，NY/T 2882《农药登记环境风险评估指南》发布实施，该指南涵盖了农药施用对水生生态系统，地下水、鸟、家蚕、蜜蜂、非靶标节肢动物以及土壤生物等的风险评估方法和程序，至此，我国农药生态／环境安全评价体系初具雏形。
目前已构建了符合我国基本国情的风险评估模型2个：①China-PEARL模型，主要用于预测中国北方旱作区农药不同施药方式（如土壤表面喷雾、茎叶喷雾和土壤处理等）下淋溶至地下水的暴露水平；②TOP-RICE模型，主要用于预测我国南方水稻田农药淋溶至地下水的浓度，以及通过地表漫溢径流注入天然池塘后塘水中农药暴露浓度。
我国农药健康风险评估近年来刚起步，但发展迅速。与欧美发达国家相比，我国有特殊的施药场景，例如我国农田仍以背负式喷雾器等手动施药方式为主，而蚊香类杀虫剂我国以卧室使用为主，所以我国目前的农药健康风险评估模型是针对我国特殊的施药场景开发的，已建立了健康风险评估的方法，见式（1）、式（2）。
RQ=暴露量/允许暴露量 （1）
RQ 总 =RQ 吸入 +RQ 经皮 +RQ 经口 （2）
式中，RQ为风险商值。RQ 总 ≤1，风险可接受；RQ 总 >1，风险不可接受。
我国农药风险评估技术体系已经在我国农药管理中发挥了重要的作用。在膳食风险评估方面，例如，毒死蜱、三唑磷在甘蓝等蔬菜上残留超标，膳食风险不可接受，停止其在蔬菜上登记使用；乙酰甲胺磷在水稻上使用时，乙酰甲胺磷及其高毒代谢物甲胺磷残留超标，但膳食风险可以接受，所以重新修订了乙酰甲胺磷和甲胺磷在糙米中的残留限量；在生态/环境风险评估方面，2015年我国由于氟苯虫酰胺在对地表水生态系统风险评估不可接受而禁止其在水稻田中使用，2016年美国环保署也基于相同原因取消了氟苯虫酰胺的登记使用。在健康风险评估方面，2013年完成了氯烯炔菊酯等7种有效成分的蝇香产品在室内、室外共5个使用场景的风险评估，结果表明，蝇香室内使用风险不可接受，室外可接受。根据健康风险评估结果，正式禁止蝇香产品登记。氟苯虫酰胺的禁用体现了我国在农药安全化风险管理能力方面与国际同步甚至领跑的地位。