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毋庸置疑，尽管我国新农药创制存在投入不足的情况，但我国在农药创新方面，从新化合物的设计与合成、化合物的生物活性筛选以及作用机制等方面进行研究，在农药科技创新基础理论体系和新农药发现平台建立等方面取得成就是巨大的。然而，在发展过程中，或多或少也存在如下一些问题。
我国拥有2000余家农药企业，但只有极少数的企业有能力参与到新农药的创制中来，大多数企业静不下心或不愿投入更多的经费搞新农药的创制研究，而是一味地争抢专利，但由于技术的滞后性使我国农药企业并没有竞争优势。
目前发现的大多结构均是基于国外已有品种的化学结构，许多品种都是经过“me too”的途径获得，真正属于原始创新的结构为数不多，这就在创制过程中带来能否获得知识产权的风险；此外，“me too”得到的结构即使在某些方面比先导结构具有优势，但使用者往往因为“先入为主”，使得这些产品在市场上的竞争力薄弱。
创制品种能够获得登记也是新农药创制研究者期望达到的最终目标。当前尽管已有多个产品具有产业化前景，但由于登记实验费用以及企业对将来市场的“忧虑”，导致与科研院所合作的企业登记工作开展得不积极，企业往往不愿投入更多资金开展登记工作，导致许多临时转正式登记工作没有及时跟上。目前，许多获得过临时登记的产品现在早已经处于无效状态。
从当前我国新农药创制方面取得的成果看来，一些科研院所只注重实验室创制，在此基础上虽然发表了许多优秀的论文，为新农药的创制奠定了基础，也有些科研成果进行了产业转化，但存在不注重后期应用技术开发的现象，特别是不太注重后期推广示范应用，这可能是我国自主产品市场占有率极低的原因之一，进而导致了我国一些具有自主知识产权的品种在获得临时登记后放弃了进一步的“转正登记”。