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生态效益、经济效益和社会效益分别是生态系统、经济系统和社会系统的功能的体现，这三者本来就是密切相关、相互依存的。生态农业要达到的根本目的就是生态效益、经济效益和社会效益的协调统一。经济效益是进行生态农业建设的前提，没有经济效益，生态效益和社会效益也就失去了经济目的和动力，就更谈不上建立现代化农业和富裕农村。而生态效益可以保证明天取得更大、更好、更持久的经济效益。社会效益则不但是人类社会可持续发展的需要，也是经济效益和生态效益的保障。因此，在生态农业建设中，在重视经济效益的同时，必须与生态效益和社会效益统一起来，从而推动我国农业生产的持续、稳定发展。
生态农业系统整体中包含着各个部分（子系统），每个子系统内又包含着许多组分和环节，所有这些部分，不是单独、个别地存在和起作用，而是组装、构筑或相互联系、相互协调、相互作用的有机整体，发挥着更大的整体增益效益。生态农业建设是一项综合性、涉及面广的系统工程，这一特点决定了各级政府要加强统一领导，各有关部门互相协调，动员社会各界通力合作，对生态农业区实行统一规划，做好总体布局，合理安排、协调农业内外各部门之间的关系，以期获得三大效益同时增长。
生态农业系统的整体协调和整合主要是指：农业部门，即农、林、牧、副、渔和加工之间的协调和整合；发展生产和开发利用资源以及环境与资源保护之间的协调；城市和乡村一体化、工业和农业一体化的更多宏观的整体协调和整合。这三个层次的协调和整合保证了生态农业系统整体功能的优化。
农业中的所有有机物质包括“废物”（指死体、残体及排泄物）都实行多次利用、多级利用、循环利用和深度加工等。通过种植业、养殖业、加工业（包括食用菌生产）配套，实现植物性生产、动物性生产和腐屑食物链的结合，提高生物能利用率。其中，种植业所需要的基本有机肥源可以从养殖业、加工业中得到补充，林果业、草场为种植业提供原料，养殖业为加工业提供原料，加工业为种养业输出再生产物质及资金，在有条件的地方发展生物质能，促进系统内物质的循环，提高系统的功能效率。
生态农业建设十分强调具体的生态环境、经济条件，所以搞生态农业建设必须从当地的实际情况出发，根据当地的自然资源、社会经济条件等，因地制宜地合理安排农业生产。只有充分考虑了当地的具体情况后制定出的方案和措施，才能真正得到贯彻执行，才能使生态农业建设成为推动生产力发展和生态环境保护的有力工具。
对不需更新的“恒定”资源如太阳能、风能、水能、潮汐能、空气、降雨、地热等资源采取充分利用的原则。因为这些资源不加以充分利用就会自然散失，使系统资源白白浪费。
对可再生资源如森林、牧草、野生动物等资源实行永续利用原则。这些资源有其自然生长和再生增殖的过程，实行永续利用就是合理开发与资源本身自然增长和自身繁殖力同步协调，只有这样才能保证自然资源的再生增殖。
对不可再生资源如煤、天然气、石油、金属矿物等资源实行节约利用原则。因为这类资源经过开发利用不能再生，其数量随资源利用数而递减。
在生态农业建设中，追求经济利益的同时，必须注意与保持水土、防止流失，保护资源、禁止过度开采利用，防治环境污染、改善生态环境等各方面有机联系起来。一定要避免那种牺牲生态环境利益，只追求经济效益的发展模式。
按照系统工程原则和方法以及非平衡系统从无序到有序发展的原理，农业系统本身有着内在的相互联系、协同发展的内在规律。因此，可以对农业生产过程进行合理的计划和规划，并按规划来实施。
我国生态农业正是根据这个原理首先强调制定全面的区域发展规划，然后按照规划实施的。当然，制定生态农业规划也要有相当的灵活性，也要根据情况的变化随时做必要的调整，这样做的目的也是要保证系统的有序运行。
自然界的生物种与种之间存在着极其复杂的相互关系，有竞争、捕食、寄生、抗生等负相互作用和共栖、原始合作和互利共生等正相互作用，所以在农业生产中人们可以利用生物种之间的各种关系，将不同生活型的物种通过间作、混种与混养建成人工复合群体，利用它们之间的互利合作关系，收到增产、增益的效果。在生态农业建设中有效合理地利用物种间的互补原理可以起到以下作用：增强农业生产的抗灾能力，使产量稳定；改善农作物生长条件；提高土壤肥力，复合群体比单一群体有机残落物多，可增加土壤有机物质；减轻病虫草的为害，如由于复合群体的覆盖度大，可抑制杂草生长，又如稻田养鱼，利用鱼捕食稻田中的害虫和杂草，化害为利。