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基金委员会成立初期，人员来自四面八方，怎样做好工作，大家心中无底。为了使新成立的国家自然科学基金委员会健康发展，师昌绪先生提出两点有战略眼光的发展思路，起到重要作用。
一是明确基金委员会的学术机构性质，为基金委员会组建定调。师先生认为，得到科学家的高度认可和支持，是基金委员会存在和发展的前提，为此必须加强自身建设，努力做好工作。当时基金委员会负责受理、评审项目的机构分属6个科学部的41个学科，学科主任是关键性岗位，直接面对科学家，对其科学素质和人品有较高要求。师先生认为学科主任要认真了解国内基础研究的实力（人才、装备、业绩、学风等），掌握本学科的国内外发展动态，在认真执行唐敖庆主任提出的16字评审原则的同时，又敢于提出自己的见解，防止偏差，保障有效使用基金。1986年是基金委员会组建时期，师先生提出：“基金委员会首先是一个学术机构，而后才是管理，因此学部管理人员必须有学术水平。”为了保证公正性，师先生还大胆建议“学习美国办法，从全国公开招聘学科主任和项目主任，为此要建立一座公寓，以安排外地来的学科主任和项目主任住宿。”这一意见虽因具体国情未能全面实施，但学科主任大部分由科研一线调入，具有较好学术水平，为基金委员会发展奠定了良好基础。
二是国家自然科学基金委员会需要多承担一些任务，触角要伸长些，以有利于基金会的不断发展壮大，争取科学基金的更大作为。
按照最初委领导分工，师先生分管政策局和材料与工程科学部，并不分管综合计划局工作。但师先生不断“争取”来一些新工作，致使他和计划局的工作联系不断增加，先后有国家自然科学奖、高技术新概念新构思探索项目、国家重点实验室评估、自然科学基金成果简介等四项工作由师先生领导、综合计划局牵头、各科学部具体执行。这四项工作都是师先生“争取”来的或由他提出来的，因而由他负责。