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路德的宗教改革，正处在德意志社会内部萌生新的早期资本主义经济关系之时，因此路德教教义除了代表一种民族国家的要求外，还贯穿一种德意志特有的新教资本主义精神。由于民族运动和社会力量不足以克服封建主义，路德教教义的社会内涵也就发生变化，新教资本主义精神也遭到扭曲和阻遏。这就是为什么路德本人竭力反对农民战争的暴力行为以及城市市民阶级不支持农民起义的深层原因。路德的宗教改革被德意志诸侯所利用，成为他们劫掠和坐收渔人之利的工具。在许多诸侯邦内，仿效萨克森选侯的榜样，组织起本邦新教教会，诸侯则成为本邦教会的首脑，集本邦的国家权力和教会权力于一身，巩固了自己的权力和独立性。教士们在新教邦内成为诸侯的官员和诸侯统治的重要支柱。不仅如此，新教邦诸侯还在教产还俗的浪潮中发了大财，加强了财政实力。
这种诸侯宗教改革的传播，不仅扩大了正统天主教派同宗教改革运动之间的裂痕，也遭到德皇查理五世的反对。查理五世看出，德意志各邦诸侯权力的加强，是对皇帝中央集权计划的巨大威胁。不过当时的政治形势让皇帝抽不出手来，他为了获得意大利的支配权而卷入同法国国王弗朗索瓦一世长达20年的系列战争中。在天主教集团首领皇帝不在的情况下，1522年帝国议会在纽伦堡开会。在萨克森选侯弗里德里希影响下的新教福音派（Evangelium，即路德派）集团不仅公然蔑视教皇及其使臣，而且迫使帝国议会宣布上年的沃尔姆斯敕令不予施行。1525年普鲁士宗教骑士团国家宣布世俗化，把路德教作为领地宗教。1526年黑森伯爵腓力浦与萨克森选侯约翰，加上吕纳堡、普鲁士、马格德堡诸诸侯，形成同情路德教的第一个诸侯组织托尔高联盟，在同年的斯派耶尔帝国议会上否定了奥地利大公提出的施行沃尔姆斯敕令以及禁止宗教改革的意见，通过一些有利于路德派教义的法令：把有关信仰的决定交由各邦自行处理。在天主教阵营中，巴伐利亚公爵和几位来自南德的主教，则与查理五世的弟弟，奥地利亲王斐迪南联合起来。
在1529年召开的斯派耶尔帝国议会上形势陡变。皇帝在同法朗索瓦一世的战争中打了几次胜仗，加强了斐迪南和天主教集团在帝国议会的地位。查理五世的代表宣布，废止1526年斯派耶尔帝国议会的决议，重申沃尔姆斯敕令。会议通过决议：严格执行沃尔姆斯敕令，不得实行宗教改革，不宽容新教各派和再洗礼派，不得剥夺天主教会的财产和权力。路德派群起抗议。帝国议会中的路德派同情者宣布他们不受会议决议的约束。在抗议书上签名的有萨克森选侯、勃兰登堡选侯、黑森伯爵以及斯特拉斯堡、纽伦堡等14个城市的代表。从此以后，路德教的追随者开始被称为抗议宗新教徒（Protestant）。在翌年皇帝亲临的奥格斯堡帝国议会上，抗议宗新教徒用书面形式提出他们的主张和要求，这份冠名《奥格斯堡告白》系由路德的密友和亲信、人文主义者梅兰希通（Philipp Melanchthon，1497—1560）拟就并经路德审定的。《告白》主要强调教会、合法国家和社会制度都应符合上帝的意志，应予尊重和服从；主张基督教各派要宽容、温和与平心静气地协商。路德以往生气勃勃的宗教改革演变成一种官方性的宗教改革。即使如此，《告白》还是受到天主教营垒的攻击。新教徒的努力完全徒劳，帝国议会在路德派缺席的情况下投票表决，废除一切改革。不过皇帝查理五世当时尚明白，他并不能压服路德派，这时又适逢土耳其人围攻维也纳，需要新旧教力量团结对外，乃决定暂时妥协，暂时不实施奥格斯堡决议。但是路德派仍有遭审判和镇压的危险。
新教诸侯和城市面对这一挑战立即团结起来。他们的代表集会于萨克森西南山城施马尔卡尔登，并于1531年2月结成了施马尔卡尔登同盟。到此时为止，路德新教已传遍全德。加入新教的邦和城市，除萨克森和黑森外，重要的还有安斯巴赫-拜罗伊特，安哈尔特，曼斯菲尔德，不伦瑞克-吕纳堡，石勒苏益格-荷尔斯坦因，东弗里斯兰，勃兰登堡，梅克伦堡，普鲁士，西里西亚部分地区，以及马格德堡、纽伦堡、乌尔姆、罗伊特林根、康斯坦茨、斯特拉斯堡、汉堡、卢卑克、罗斯托克诸城市。从地理上看，美茵河以北广大北德土地和东德的广大平原地区，大部分落入新教手中。而南德地区和奥地利，还是天主教诸侯的堡垒。
不仅如此，新教在欧洲也传播开来。瑞典、挪威和丹麦都已成了新教国家。较路德更激进的宗教改革家慈温格利（Hyldrych Zwingli，1484—1531）和喀尔文（Johann Calvin，1509—1564）的改革已经在瑞士确立起来。1541年喀尔文还在日内瓦建立起他的神权政治国家。喀尔文派在苏格兰扎下了根，在法国和匈牙利形成为重要的少数派，在荷兰成为占优势的新教集团。其他一些新教派别如波希米亚兄弟会等也纷纷出现。欧洲的新教运动已同北德的路德教运动联成一气。当皇帝查理五世在1546年最终战胜法国从而能专注于解决德意志的宗教冲突时，可说为时已晚，无法控制。不仅新教诸侯反对他，天主教诸侯也不支持他。教俗诸侯都已经看到，皇帝反对宗教改革运动，无非是一种重新确立皇帝对于德意志帝国乃至整个欧洲的至高权力的努力。中央集权的统一的德国是同诸侯分离主义利益绝对不相容的。在1538年组成有皇帝参加的天主教同盟，虽然同施马尔卡尔登同盟武装对峙，但两个集团在六、七年间却保持着和平。直到1546年由新教同盟首先发难的施马尔卡尔登战争中，皇帝的意图变得清晰了：他把这场反对德意志新教徒的局部战争，变成一次皇帝同诸侯间最后和决定性的较量，作为将德意志诸侯置于皇帝统治下的最后一次尝试。查理五世的军队取得了军事上的胜利，在米尔贝格战役中击败了萨克森选侯，占领整个萨克森，进而征服维滕贝格，并把萨克森选侯称号给予萨克森阿伯丁家族的莫里斯，一个与皇帝结盟的新教徒。皇帝的西班牙和意大利雇佣军还在南德征服新教城市和地区。但是他的中央集权的政治图谋却遭到失败。同盟者莫里斯选侯首先出来反对，他现在坚决要求保持诸侯的独立性。1551年新教诸侯与天主教诸侯在托尔高结成诸侯同盟，联合起来反对皇帝。他们甚至和教皇以及法国国王结成同盟，不惜把梅斯、图尔、凡尔登、康布雷等城市交给法国，以换取法国的财政支援。1552年春，诸侯联军在南德发起进攻，迫使皇帝逃亡。查理五世在这些力量的迫使下，不得不放弃在施马尔卡尔登战役中所得到的一切，不得不放弃他的中央集权计划，并于1556年退位。
皇位传给他的弟弟斐迪南，统治着德意志帝国，包括奥地利及其领地捷克和部分匈牙利。他的儿子腓力浦则统治西班牙、尼德兰和海外领地。查理帝国分解，形成哈布斯堡王室的两个统治支系。
诸侯宗教改革和反宗教改革较量的结果，是新教诸侯和天主教诸侯在1555年签订了著名的奥格斯堡宗教和约。和约规定，出席帝国议会的各等级有权在信仰路德新教和信仰天主教之间任择其一；新教享有与天主教平等的权利；各邦诸侯和各自由市被授予举行礼拜的自由和邦内实行宗教改革的权利。根据“cuius regio eius religio”（“在谁的邦信谁的教”或译“教随国定”）原则，各邦当局可以规定邦内居民信仰何种宗教。凡邦内信仰其他宗教者有权迁往其他宗教区域，当地官员也有强迫其他信教者改宗信本邦的宗教之权。这样一来，不仅各邦路德新教教会的形成被肯定下来，而且各邦的世俗权力和教会权力都归统诸侯一身的事实也被肯定下来。此外，和约还规定1552年以前已经完俗了的教会产业都保留在诸侯手中。
在路德宗教改革结束的时候，德意志诸侯赢得了完全的胜利。德意志居民分裂成天主教徒和新教徒。德意志帝国政治上的分崩离析实际上进一步加深了。