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全名《德谟克利特的自然哲学和伊壁鸠鲁的自然哲学的差别》（本篇特简称“《博士论文》”），是马克思从1840年到1841年完成撰写并以此被授予博士学位的一篇哲学论文。
谈到《博士论文》的写作背景，就得从19世纪30年代黑格尔哲学的分裂和青年黑格尔运动的兴起开始说起。对于黑格尔体系在德国思想界所产生的影响，恩格斯曾经说过：“正是从1830年到1840年，‘黑格尔主义’取得了独占的统治，它甚至或多或少地感染了自己的敌手；正是在这个时期，黑格尔的观点自觉地或不自觉地大量浸入了各种科学，也渗透了通俗读物和日报，而普通的‘有教养的意识’就是从这些通俗读物和日报中汲取自己的思想材料的。”
正是在黑格尔主义在德国的影响达到顶点的年代，黑格尔哲学发生了分裂：“到30年代末，他的学派内的分裂越来越明显了。”
这种分裂的具体表现就是，在黑格尔主义的体系下出现了相互对立的两派，即老年黑格尔派和青年黑格尔派。老年黑格尔派大多是黑格尔的弟子和朋友，他们的任务就是在黑格尔死后继续编辑黑格尔的遗作，阐述黑格尔的思想。这些人更多关注黑格尔的哲学体系而不是他的辩证法，把黑格尔哲学看作穷尽一切的真理，试图用黑格尔的学说来证明基督教神学。在政治上，他们把普鲁士的封建国家看作世界理性的体现，并因此竭力维护现存制度。而青年黑格尔派主要是当时的青年知识分子，他们抓住了黑格尔哲学中的“自我意识”概念，强调黑格尔的辩证法，反对他的体系，并且试图用各种各样的方法来改造黑格尔哲学。因此，在政治上，青年黑格尔派“在反对虔诚派的正统教徒和封建反动派的斗争中一点一点地放弃了在哲学上对当前紧迫问题所采取的超然态度，……斗争依旧是用哲学的武器进行的，但已经不再是为了抽象的哲学目的；问题已经是直接要消灭传统的宗教和现存的国家了”
。青年黑格尔派的运动，在当时的德国社会产生了重大的影响，它“一方面对一切宗教信仰给予严厉的批评，使基督教的古老建筑根本动摇，同时又提出了德国人从未听到过的大胆的政治原则，并且企图恢复第一次法国革命时期的已故英雄们英雄的荣誉”
。青年黑格尔派运动，肇始于大卫·施特劳斯的《耶稣传》，施特劳斯通过对原始基督教的考察，认为《福音书》中的记载，特别是其中关于耶稣事迹的记载大多是不可靠的，这些内容是原始基督教团体在无意识中所形成的神话创作。这种无意识的集体的神话观念通过《福音书》的传播，获得了历史的外衣。正因为宗教呈现出历史的外观，所以黑格尔才会把耶稣基督作为联系着精神和自然界的具体观念的象征，作为绝对精神发展过程中的一个环节，作为“神—人”之间的中介，并认为这种象征具有普遍性的意义。施特劳斯的《耶稣传》从哲学上指出，正因为基督教的所有一切神迹都不过是无意识附会的结果，耶稣只是一个特殊的、唯一性的现实的历史人物，《福音书》和耶稣所代表的只是无意识的“实体”在历史上一个环节。在施特劳斯看来，世界历史的真正的基础只能是自我运动的实体，实体通过整个人类的一切高级精神活动的总和来实现，人类历史就是实体的自我运动的过程。施特劳斯的观点一出，当然受到了来自正统派的猛烈攻击。但同时，它也遭遇到了来自青年黑格尔派内部的攻击。布鲁诺·鲍威尔认为，虽然施特劳斯批判了基督教，但他的批判是不彻底的，因为施特劳斯理论落脚点的“实体”其实依然是一种泛神论的“类”的概念。鲍威尔沿着施特劳斯的论证思路，指出《福音书》的虚构并非无意识的集体观念，而是作者的有意识的创作，是这些作者自我意识的产物。同时，耶稣也并不是一个历史人物，而是纯粹虚构的文学形象，因此也不可能赋予《福音书》以实体基础。在鲍威尔看来，不是实体，而是自我意识，才是世界历史发展中起决定性作用的力量，“实体只是体现‘自我’的局限性和有限性的转瞬即逝的火焰。运动不是由实体完成的，而是由自我意识完成的，自我意识才是真正无限的，它把实体的普遍性当作自己的本质，包摄于自身”“只有人的自我意识才成为一切，才是一切”
。正因为鲍威尔对自我意识的高度重视，鲍威尔哲学又被认为是自我意识哲学。相较于施特劳斯的实体哲学还与宗教存在着暧昧模糊的距离，自我意识哲学显然更具有革命性，作为“单纯的自为的存在”，自我意识哲学在理论上要求揭露和消除一切现存事物中的不合理性的东西，并且按照自我意识的纯粹的批判否定性要求“最后的无限制的发展”。“在四十年代的最初几年中，自我意识的立场，无疑在德国理论界占有极其重要的地位，对于否定基督教德意志世界的思想解放，产生了举足轻重的影响。”
当时正在大学学习的马克思，也不可避免地受到了这一时期德国思想界的这些思潮的影响。
1835年10月，马克思进入波恩大学学习，一年之后转入柏林大学。在最初，马克思对于黑格尔哲学并不那么认同，在给父亲的信里，马克思写道：“先前我读过黑格尔哲学的一些片段，我不喜欢它那种离奇古怪的调子。”
但是在1837年春天，马克思在柏林郊外的施特拉劳渔村养病期间，他从头到尾读了黑格尔的著作和黑格尔大部分弟子的著作，并在和朋友聚会的时候接触到“博士俱乐部”，这使得马克思不仅加深了对黑格尔哲学的研究，更直接同青年黑格尔派发生了联系。“博士俱乐部”是青年黑格尔派激进分子的组织，马克思在这里结识了布鲁诺·鲍威尔、卡尔·弗里德里希·科本、麦克斯·施蒂纳、莫·赫斯等人，并很快成为“博士俱乐部”的核心成员之一。加入“博士俱乐部”以后，马克思一面参与青年黑格尔派的活动，另一面进行自己的理论研究。尽管马克思的专业是法学，但是他显然对哲学更感兴趣。
对于伊壁鸠鲁学派、斯多葛学派和怀疑论学派的研究兴趣，其实是当时青年黑格尔派共同的研究兴趣。黑格尔在《哲学史讲演录》中，就把包括伊壁鸠鲁学派、斯多葛学派和怀疑论学派在内的后亚里士多德哲学视作一种自我意识哲学，认为这些哲学体现了个体借助自我意识达到自由的思想。可这里黑格尔是从贬义的角度谈论后亚里士多德时代的自我意识哲学的，青年黑格尔派则不然，他们赋予了后亚里士多德哲学更为重要的意义。先前已经提到，鲍威尔的哲学被认为是自我意识哲学，当时的“博士俱乐部”成员大多也和鲍威尔持类似的观点。青年黑格尔派对伊壁鸠鲁学派、斯多葛学派和怀疑论学派的哲学的研究，其实是借由对历史上的哲学的研究来表达这个时代他们自己的观点，进而为他们的政治主张提供依据。马克思在1841年底到1842年初在为《博士论文》起草新的序言的时候曾经说过：“只是现在，伊壁鸠鲁派、斯多葛派和怀疑论派体系为人理解的时代才算到来了。他们是自我意识哲学家”
“这些体系合在一起形成自我意识的完整结构”
。出于这个理由，鲍威尔曾经专门研究过伊壁鸠鲁学派、斯多葛学派和怀疑论学派同基督教之间的关系，科本也在《弗里德里希大帝和他的反对者》当中论述过这三个流派与古代社会的内在联系。当时作为“博士俱乐部”成员的马克思，选择以伊壁鸠鲁哲学作为自己博士论文研究的选题，也是自然而然的事。后来马克思在给拉萨尔的信中曾经回顾自己这一段的研究经历，“在古代哲学家中，我认为他（赫拉克利特）仅次于亚里士多德。[较晚的]哲学家——伊壁鸠鲁（尤其是他）、斯多葛派和怀疑论者，[我]曾专门研究过，但与其说是出于哲学的兴趣，不如说出于[政治的]兴趣。”
从1838年底起，马克思开始为论文的写作着手资料收集工作。1839年，马克思在阅读了大量哲学史相关著作之后，写下了七本笔记。虽然这些笔记后来被统一命名为“关于伊壁鸠鲁哲学的笔记”，但其实笔记的内容囊括了整个古希腊晚期和古罗马时期的哲学，笔记里大量摘录了与伊壁鸠鲁学派、斯多葛学派和怀疑论学派相关的古代作家的著作，也插入了不少马克思自己的观点。在这些笔记里，马克思摘录了第欧根尼·拉尔修、塞克斯都·恩披里柯、普鲁塔克、卢克莱修、约翰·斯托贝、鲁齐乌斯·安涅乌斯·塞内加、西塞罗等作家的著作，内容包括了对伊壁鸠鲁的生平及其哲学的评述和古希腊哲学家亚里士多德、德谟克利特、苏格拉底、柏拉图和毕达哥拉斯等的观点。本来在马克思的计划里，他想要写成一部详尽分析伊壁鸠鲁学派、斯多葛学派和怀疑论学派的哲学及其相互关系的哲学史专著，但是受限于“一些外在的原因”
，他决定缩小选题范围，即将研究内容限定在德谟克利特和伊壁鸠鲁的自然哲学的比较，并于1841年3月写出了以《德谟克利特的自然哲学和伊壁鸠鲁的自然哲学的差别》为题的博士论文。但马克思并没有放弃他本来的写作计划，在《博士论文》的序言当中，马克思表示：“不妨把这篇论文仅仅看作是一部更大著作的先导，在那部著作中我将联系整个希腊思辨详尽地阐述伊壁鸠鲁主义、斯多亚主义和怀疑主义这一组哲学。”
1841年4月15日，马克思凭借《德谟克利特的自然哲学和伊壁鸠鲁的自然哲学的差别》的论文被耶拿大学授予哲学博士学位。耶拿大学哲学系主任卡·弗·巴赫曼教授在推荐书中写道：“学位论文证明该考生不仅有才智，而且知识广博，因此，本人认为该考生完全有资格获得学位。”
《博士论文》完成之后，马克思本来打算在报刊上公开发表这篇论文，为此他专门写作了论文的《序》和《献词》。然而虽然做了很多努力，在马克思生前，《博士论文》并没有得到发表。在马克思和恩格斯死后，经过弗兰茨·梅林的整理，《博士论文》在1902年第一次公开发表于《卡尔·马克思、弗里德里希·恩格斯和费迪南·拉萨尔的遗著》1902年斯图加特版第1卷。在1902年斯图加特版中，梅林删去了大部分的作者注释，附录的残页也被删去。这些内容在《马克思恩格斯全集》1927年历史考证版第1部分第1卷第1分册里的《博士论文》才第一次被全文发表。现存的《博士论文》内容并不完整，它是一份由不知名的缮写者抄录的副本，内有马克思亲笔作的修改和补充，但其中正文第一部分的第四章“德谟克利特的自然哲学和伊壁鸠鲁的自然哲学的一般原则差别”、第五章“结论”都遗失了，附录和作者的注释也没有完整地保存下来。