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法农于一九二五年出生于马提尼克岛的法兰西堡，来自一个富裕的小资产阶级家庭，手足众多，成长在一个老殖民世界里，还没开始对奴役的现象提出质疑。不过，法农倒是在十分年轻的时候，便参加了“第五部队”——由戴高乐主义力量整编的加勒比籍自愿军。参与这个活动的过程，培育了他的反抗意识，但也让他体验到层出不穷、无所不在的种族歧视。复员之后，他于一九四五年戴着十字勋章返回马提尼克（颁给他勋章的人就是后来的萨朗将军，他后来常说这是他和对方唯一有过交集的东西），通过高中会考并经常与埃梅·塞泽尔（Aimé Césaire）往来（他十分欣赏塞泽尔，不过当时已经很不认同对方的政治观点）。彼时，塞泽尔选择把马提尼克视为属于法国的一个省份。
很快，法农来到法国，于里昂攻读医学。除了这门科目之外，他也非常热爱哲学、人类学与戏剧，并且很早就投入精神医学专业。与此同时，他虽没加入任何党派，却参与了所有反殖民主义的运动，还编辑了《达姆达姆报》（ Tam Tam ）——一份属于殖民地留学生的小期刊。特别是，一九五二年他在《精神》（ Esprit ）杂志发表了第一篇文章《北非症候群》（ Le syndrome nord-africain ），探讨的是来自北非的劳工：这些人离乡背井，承受着“每天每日都死去活来”的痛苦，和自己的家乡切断了联系，与他们的终极目标相距甚远，成了一件给乒乒乓乓扔掉的东西。
他在圣亚尔邦（Saint-Alban）精神病院待了十五个月，并认识一个很重要的人：托斯克尔（François Tosquelle），原籍西班牙的精神科医师，也是一位反佛朗哥派的斗士。这对法农之所以走上精神医学这条路，以及他后来对于政治的投入，都是个关键性的过程。他在这里得以从各个层面研究精神疾病，这里是精神与肉体、历史与社会结构的交会之所。一九五三年，他通过精神科医师资格考，接着被派往阿尔及利亚的卜利达（Blida，阿尔及利亚卜利达省省会）精神病院。不过早在一九五二年，在弗朗西斯·让松（Francis Jeanson）的奔走下，法农的第一本著作《黑皮肤，白面具》已由法国门槛出版社出版。
在阿尔及利亚，他不仅发现自己与院方的传统精神医学格格不入，同时也不太认同阿尔及尔学派那些精神医师对于“土著的原始状态”的理论。他逐渐洞悉当时阿尔及利亚作为一个殖民地的现状，随即全力改造院里的精神科，并负责引进他与托斯克尔共同实行的“社会治疗法”。他因而不停修正医护人员与精神病患之间的关系，他不仅和欧洲人，同时也和信奉伊斯兰教的那些“土著”一同试图恢复他们的本土文化、他们的语言、他们的社会生活组织，亦即所有能够形成意识的东西。这一场小型的精神医学革命，获得了医护人员的赞同（他们绝大部分都很关心政治），同时也得到当地政治活动分子的认可。法农的名声从此远播。当时是一九五五年，阿尔及利亚独立战争已然开打。
面对阿尔及利亚人追求独立的希求，法国社会党政府竟视若无睹，让法农感到相当不解；此后他的反殖民立场愈来愈闻名。后来“阿尔及利亚之友”的运动找上了法农：这是一个对政治犯家属提供物质协助的人道主义协会，领导者是主张国家主义的政治活动分子，与占领卜利达附近那些基地的游击分子有所联系。他们对法农的第一个请求，是要他负责医疗那些饱受精神错乱之苦的游击队员。
就这样，在精神医学及政治活动的交替作用之下，法农投身于阿尔及利亚追求独立的奋战之中。一九五六年年底，在一封写给总督罗贝尔·拉科斯特（Robert Lacoste）的公开信里，他辞掉了精神科医师的职务；他在信中写道，他已经无法解救某些人，“使他们等到应有的待遇，这是一个把剥夺人权及不平等和谋杀当成合法原则的国家，当地人在自己的国家里永远都是疯子，生活在一种完全没有人格的状态下。”于是法农被赶出了阿尔及利亚。
接着，一九五七年的第一季，他在法国度过三个月的时光；虽然他坚信阿尔及利亚的独立已然势不可挡，然而旅居法国这段期间，这样的立场却没获得任何回响。在阿尔及利亚民族解放阵线（FLN）法国总会的帮助下，法农得以前往突尼斯——那里是民族解放运动境外组织设置的地点。与法国正式决裂。
法农在突尼斯同时从事精神医学及政治这两种活动。后来他成为民族解放阵线的刊物《斗士报》（ El Moudjahid ）工作团队的一员。他从内部亲眼目睹民族解放阵线的所有矛盾之处，其中包括了政治代表和军队之间愈来愈严重的争执。尽管经常大失所望，他仍旧继续支持阿尔及利亚的解放运动，同时也是一位不断创新的精神科医师。他对撒哈拉以南的非洲愈来愈感兴趣，并于一九五九年年底由阿尔及利亚共和国的临时政府任命为黑色非洲的巡回大使。那是非洲各国争取独立的年头。法农成为一个货真价实的巡回大使，尽心尽力从加纳赶至喀麦隆，从安哥拉赶至马里，为真正的独立而鼓吹战斗。他甚至还想出一条可行的路线，由马里出发，穿越撒哈拉沙漠去和阿尔及利亚的反抗分子会合。
然而一九六〇年十二月，法农于旅居突尼斯期间，发现自己罹患骨髓性白血病。他仅存一年的生命，并于这段时间写了《大地上受苦的人》这本书。