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一般来说，美国高等教育的历史是从哈佛学院开始的。1633年，清教传教士艾略特（John Eliot）致函马萨诸塞议会，建议在马萨诸塞湾建立一所学院。1636年10月28日，马萨诸塞议会通过了拨款400英镑兴建一所学校或学院的决议。1638年，新学院的教学正式开始。同年，毕业于剑桥大学伊曼纽尔学院的清教牧师哈佛（John Harvard）逝世，临终前遗赠学院780英镑和260册藏书。为感谢学校的第一位巨资捐助人，1639年马萨诸塞议会决定将学校命名为哈佛学院。
1640年，毕业于剑桥大学麦克达林学院的牧师邓斯特（Henry Dunster）担任了哈佛学院院长，在他的领导之下，哈佛开始向前迈进。当时，哈佛学院在许多方面，都与剑桥大学的学院相类似。它最初规模很小，设施不多，只有三个年级，1655年增设一个年级，仿效欧洲大学的四年制，以获取学士学位。
哈佛学院最初的目标是为社会造就适合的人力，其中主要是培养教会人士。其课程是1642年由邓斯特制订的。他把欧洲教育发展的三种倾向，即中世纪的七艺、文艺复兴时期注重古典作品的人文主义教育，以及体现宗教改革思想的宗教教育归结在一起。课程中六科来自七艺：文法、修辞、逻辑、算术、几何、天文，也包括亚里士多德（Aristotle）的道德哲学（伦理学和政治学）及自然哲学（物理）。在语言上，强调希腊文、希伯来文及东方语言，大多数教科书以及各科讲授，均采用拉丁文。宗教教育强调新旧约和新教神学。显然，哈佛学院开设这样的课程是要维持培养有学问的神职人员这一清教传统。当四年学习结束时，学生通过考试，可获得学士学位。再经过三年文科学习并参加对高于学士水平的问题的公开辩论，可获文科硕士学位。
殖民地时期的美国一共创办了九所高等学府。除哈佛学院（哈佛大学，1636）外，其他八所学院分别是威廉·玛丽学院（弗吉尼亚威廉·玛丽学院，1693）、耶鲁学院（耶鲁大学，1701）、新泽西学院（普林斯顿大学，1764）、国王学院（哥伦比亚大学，1754）、费城学院（宾夕法尼亚大学，1755）、罗得岛学院（布朗大学，1764）、皇后学院（鲁特格斯学院，1766）、达特默思学院（1769）。在这些教育机构里，主要目标是培养为教会和国家服务的经严格挑选的一批基督教绅士。教学是教师的主要职责。基督教派别的影响是强大的，九大学院中除费城学院外，其余都是由各教派创办的。即使是费城学院，创办后不久也落入圣公会的控制之中。与英国略为不同的是，美国学院的教派限制较为宽松。
在课程上，殖民地时期的美国学院基本上是照抄17世纪的英国学院课程，即中世纪的文科、文艺复兴时期的希腊文和希伯来文、宗教改革时期的神学三者的混合，其中古典语言和文学是核心。课程都是严格规定的，不得变更和随意选择。学院模仿英国，实行住宿制。上述状况和特征几乎延续了200年之久。
美国早期学院全部是私立学院，附属于各个不同的教派，以神学和古典课程为重点，严重脱离现实，以致在独立战争期间，许多学院人士对革命战争表现出冷漠甚至敌视的态度，从而受到社会广大人士的抨击，被指责为“非爱国主义”的机构。美国独立后，一些州着手对这些私立学院进行改造。例如，宾夕法尼亚州议会改组了费城学院的董事会和教授会，以使之符合新的政治方向；纽约州改组国王学院，更名为哥伦比亚学院，力图由州政府加以控制。然而，上述努力均以失败告终。
1816年发生的达特默思学院诉讼案，是美国高等教育史上最重要的事件之一。1816年，新罕布什尔州立法机关通过将达特默思学院改为达特默思大学的法案，并将该校置于州的管理之下。但达特默思学院理事会不服判决，诉之法庭。此案的关键是学院究竟是公立还是私立的问题。新罕布什尔州法院判决学院是公共的、学院理事会应向人民负责，因此，学院整个事务应置于立法机关的管理之下。然而，学院理事会不认同，将此案提交给联邦最高法院。结果，联邦最高法院于1819年撤销了州法院的判决，裁定达特默思学院系“私人的慈善机构”，不是公共机构，不受公众控制。不经理事会同意，学院的特许状是一个不能更改的契约，受宪法保护。
达特默思学院诉讼案的最终判决，保证了私立学院独立行使其职能的权力，推动了私立学院的发展。1820—1860年，教派院校纷纷出现。据统计，1860年美国共有高等院校182所，其中教派院校竟占116所。私立学院的发展，明显地推迟了州立大学的创办。
殖民地时期九大学院都集中在东部少数城市，规模小、容量不足。建国后，随着西部和南部的开拓发展，日益显示高等院校分布的不平衡性，旧有的小型院校也满足不了人们入学的要求。在这种形势下，急需高级建设人才的各州政府，尤其是西南地区各州政府不得不用公款开办高等院校，州立大学应运而生。弗吉尼亚州早在1776年的州宪法中已规定设置州立大学，虽付诸实施稍迟，但影响较大。同年，北卡罗来纳州也开始规划创设大学，三年后获得办学许可证，1795年正式创校，史家称之为“美国第一所州立大学”。此后，乔治亚州于1801年、南卡罗来纳州于1805年、俄亥俄州于1809年、田纳西州于1820年、弗吉尼亚州于1825年、印第安纳州于1824年、亚拉巴马州于1831年，都正式开办了州立大学。据统计，到1860年，美国州立大学已达66所。
早期的州立大学规模较小，入学者寥寥。例如，密歇根州立大学1841年开学时仅有2名教授，6名学生；1843—1844年，仅有教授3人，讲师1人，助教1人，学生53人；1852年，学生有72人；1860年才增至519人。而且，州立大学经费窘迫，常常是入不敷出，因而存活率极低。尽管如此，新型的州立大学仍显示了强大的生命力。由于它们面向实际，注重学以致用，为美国培养了众多的实干人才；由于它们不再受某个教派的控制，因而引进了更世俗的课程体系，古典科目的比重下降，现代科学内容增多。
总的看来，南北战争前美国高等学校课程改革和专业教育有了初步发展，但其步子是迟缓的。早在美国独立前，宾夕法尼亚大学的前身费城学院于1765年开始了医学教学，被认为是美国学院或大学提供的第一个专业训练。此后，国王学院（哥伦比亚大学的前身）于1776年、哈佛大学于1782年、达特默思学院于1798年、马里兰州立大学于1807年、耶鲁大学于1813年也设立了医学院。1816年，大学第一个永久性的法学课程是随着马里兰大学法学院的创办而开设的。随后，哈佛大学于1817年、耶鲁大学于1824年、弗吉尼亚州立大学于1826年也分别创设法学院。1847年，耶鲁、哈佛和密歇根等大学分别设立了理学院，并增设了理学学士学位。在课程内容上，此时学院和大学的课程较之从前更趋多样化和丰富化，引进了新的学科专业，更加面向现实，以适应时势之需。例如，1800年哈佛大学规定一、二、三年级除攻读古典语文外，还要求一年级学习数学，二年级学习代数、几何、三角，三年级学习自然科学，四年级学习伦理学、哲学和基督教义。州立大学虽未完全摒弃古典学科，但其重心已移至现代科学。例如，密歇根大学1843年的课程虽包括希腊文、拉丁文、道德学，但自然科学更受到重视。
然而，保守势力在学院和大学中仍然顽固地坚守固有的阵地，反对一切革新措施。1828年的《耶鲁报告》就是一篇针对弗吉尼亚大学和哈佛大学1825年课程改革的旧势力的宣言书。《耶鲁报告》起草人是在耶鲁工作69年的校长戴伊（J. Day）和在耶鲁工作50年的拉丁语、希腊语教授金斯利（James L. Kingsley）。该报告提出，大学教育应是文化修养的教育而非专业教育或职业教育；古典语文可以陶冶心灵品质、训练心灵能力，是将来专门研究的基础；大学的全部课程应为必修课，德国式的“教学自由”和“学习自由”对美国大学是不适宜的；大学应对学生进行严格管理，约束其行为。《耶鲁报告》的主旨是不合时代潮流的，实际上维护了古典教育的传统。
除了保守势力的阻碍，客观条件的制约也是决定南北战争前美国高等院校课程改革和专业教育缓慢发展的重要原因，其具体表现是人力和资金的匮乏。在当时的社会条件下，高等教育被看作特殊的奢侈，忙于建设和开发事务的美国人几乎无暇顾及高等教育。直到南北战争后，这种情况才发生根本改变。
早在南北战争之前，美国大学已开始了“现代化”的尝试。1825年，杰斐逊（T. Jefferson）创办的弗吉尼亚大学是美国成立较早的州立大学。在课程上，弗吉尼亚大学设立了8个教授职位或学科，其中包括古典语、现代语言、数学、自然哲学、自然史、解剖学和医学、伦理学和法学等。学生可以自由选择上述任何一个学科，作为专门研究的领域，但一旦选定一个学科，在该学科内别无选择。关于弗吉尼亚大学的意义，美国教育史家布鲁巴克（John S. Brubacher）的评论是较为恰当的。他说：“杰斐逊在弗吉尼亚夏洛茨维尔建立的大学，是美国第一所真正的州立大学。从一开始它的目标就是比已有的学院提供更高级的教学，允许学生专业化和选科自由。当它1825年创办时，其学习课程远比当时其他学院的惯例广泛。它完全是公共事业的机构，而不是私立机构或半公共机构。它早期的方向明显是世俗的和非教派的。总之，它成为19世纪前10年中美国高等教育所具有的革命性的启蒙运动精神的最彻底的体现。” [1]
杰斐逊的好友、留德学生蒂克纳（George Ticknor）1825年在哈佛大学也进行了类似的改革。其内容包括：以系为单位将教师重新组织起来；允许高年级学生选修一定数量的科目；学生可以按自己的能力尽快修完课程；不拿学位的非注册生可以修读部分课程等。但以上措施遭到了保守势力的抵制，最终以流产告终。后来的哈佛大学校长埃利奥特（Charles William Eliot）称蒂克纳是一位“超前时代50年的改革家”。
塔潘（Henry Tappan）在密歇根大学的改革也是南北战争前美国最重要的一次大学现代化的尝试。1852年，塔潘就任密歇根大学校长，着手创设研究生课程。他的改革方案在1855年经表决获得通过。1857年，校董事会正式批准他制订的高深学习方案。这种学习课程将以获得文科硕士或科学硕士为最终目标。然而，当时密歇根大学仅有少数学生参加了新课程的学习。而且1858年的新董事会很快与新思想产生了对抗，使得密歇根大学无法沿着塔潘所设想的方向继续发展。1863年，校董事会解除了塔潘的校长职务。随着塔潘的去职，许多由他增加到课程计划中去的学科停止了教学。
以上的大学现代化尝试虽然都以失败告终，但它们的开拓性意义是值得充分肯定的。正如史家所说：“尽管战前的改革家留下了大量未竟的事业，但他们将改革提到议事日程上来了。” [2]
美国真正的大学现代化运动，始于南北战争之后。南北战争使60万人丧生疆场。它在短期内沉重延缓了美国经济的成长，阻碍了经济现代化的进程。然而从长远看，南北战争为美国资本主义的发展彻底扫清了道路，促进美国社会大踏步迈向现代化。
美国历史学家写道：“1860年，美国是第二流工业国，落后于联合王国，也许还落后于法国和德国。可是到1890年，美国跃居首位，其制造品产值几乎等于以上三个主要工业国产值的总和。”
就煤而言，美国1860年的采掘量为1400万吨，1884年升至1亿吨。就钢铁而言，美国1860年的产量不足100万吨，1900年则达到1370余万吨，仅卡内基钢铁公司就达300万吨。钢的产量在1870年尚远不及英法，1890年已超过英法；1900年钢铁工业已在美国工业领域中居于领先地位。就石油而言，1859年在宾夕法尼亚州发现油田，1895年已年产1亿桶之多。重工业如此，轻工业也同样发达起来。19世纪末美国已由原料输出国变成工业制成品输出的国家了。1890年，美国工业产品总值已超过农业，10年后更两倍于农业产品总值。至此，美国已成为一个高度工业化的国家。到1913年，美国的工业产量已超过英、法、德、日四国的总和，成为世界头号工业强国。
在农业方面，工业化促进了农业生产的飞跃发展。从1850年到1900年的50年中，美国耕种面积由29300万英亩扩大为83800万英亩
；农场由144.9万个增加为573.7万个。从1850年到1900年，农产品大约增加了3倍，其总值从16亿美元上升为47.7亿美元。1900年，美国的小麦产量竟占世界小麦产量的23%。
工农业的飞跃，加速了美国社会的城市化，新兴城市不断涌现，城市人口迅猛增长。从1800年到1890年，全国人口增加11倍，而在此期间，城市人口却增加86倍。1800年，8000人以上的城市只有6座，1860年有141座，到1890年增至448座。到1900年，美国已拥有6座人口超过50万的大城市，其中3座城市人口逾百万，纽约人口更是达到了500万。美国城市化的速度是欧洲国家所望尘莫及的。
与工农业飞跃发展互为促进的还有铁路和通讯的发展。19世纪60年代，由于南北战争，铺设铁路的进度有所减慢，铁路长度只从3.1万英里增加到5.3万英里
；70年代，尽管出现经济萧条，但仍铺设了4万英里新轨道；80年代，铁路长度从约9.3万英里增至16.6万英里；到1900年，美国铁路总长度已达19.3万英里，超过欧洲铁路长度的总和，约相当于当时全世界铁路总长度的一半。反之，铁路的发展又为工农业和商业贸易的腾飞创造了条件。几乎与铁路同时发展起来的是电话，极大地便利了人们的交流活动，难怪史家称：“没有哪一项发明的重要意义能与电话的重要意义相匹敌。”
工业化也为美国带来了数以千计的百万富翁。南北战争前美国的百万富翁凤毛麟角，而1892年的调查表明，美国已有4047名百万富翁。这些新富豪的财富绝大多数是以工业、贸易和铁路为基础的，仅有84人经营农业，而其中大多数又是牧牛大王。史家说：“新富豪是使美国社会面貌大为改观的经济革命的大师和导演。”
许多百万富翁捐资高等教育，客观上加速了美国大学现代化运动的发展。
南北战争后美国工农业生产和经济的飞速发展，对教育提出了新的要求。为适应新的形势，传统教育不得不改弦更张。在高等教育上，旧的传统保守的英式学院模式已不能适应形势发展之需了，从而促使美国高等教育开始面向工农业实际，培养实干人才。于是，建立了大学研究生院，颁布了《莫里尔法案》，产生了服务于社会的农工学院和州立大学。
在南北战争后开始兴起的美国大学现代化运动，集中体现在以下几个方面。
从1636年开始的约200年中，美国学院和大学效仿英国，基本上是固定课程和古典课程。《独立宣言》的起草人杰斐逊是最早尝试选修制的人，此后，蒂克纳在哈佛大学、韦兰（Francis Wayland）在布朗大学、塔潘在密歇根大学都曾进行过选修制的试验。然而，这些试验都以失败告终。
美国大学真正的选修制是在南北战争后开始的。哈佛大学是选修制的发祥地，其校长埃利奥特是选修制最积极的倡导者。从1869年就任哈佛校长后的40年间，他不遗余力地倡导和推行选修制。到1897年，整个哈佛大学的规定课程只有一年级的一门修辞学，其余全部选修。
哈佛大学的选修制实验引起了广泛的注意，产生了全国性的影响，其意义逐渐为越来越多的人所认可。到19世纪末20世纪初，美国大部分高等院校都或多或少地实施了选修制。
选修制虽然在实践中出现过各种问题或偏差，但它的意义是不可低估的。它打破了传统课程的垄断，大大增加了新课程的数量，特别是科学技术课程的数量；它有助于摆脱保守的控制和束缚，维护学术自由的权利。实际上，选修制已成为南北战争后美国高等教育现代化的重要标志之一。
拥有柏林大学的德国是最早实现高等教育现代化的国家之一，其主要做法是奉行学术自由的原则和重视科学研究。德国高等教育的这一经验，对美国大学的现代化影响甚大。
从1815年滑铁卢战役到第一次世界大战爆发，共有1万名美国学生或学者到德国留学，其中许多人不仅在德国大学学到了有关的科学知识，而且深受德国大学办学思想和办学经验的影响。这些人回国后，大多成为德国大学的热心宣传者。有些人还担任了美国重要大学的校长，例如，密歇根大学校长安吉尔（J. B. Angell）、康奈尔大学第一任校长怀特（A. D. White）、约翰斯·霍普金斯大学第一任校长吉尔曼、哈佛大学校长埃利奥特、哥伦比亚大学校长巴纳德（F. A. P. Barnard）等，都是在德国大学受过训练的佼佼者。在众多留德回国的学者和高等教育界的领导人的影响或主持下，从19世纪中期以后，美国的一些大学也逐渐根据美国社会的需要和高等教育发展的要求，提倡学术自由，重视开展科学研究，从而确立了高等院校的科研职能，提高了大学的学术水平，促进了美国高等教育现代化的进程。
直到1800年前后，美国学院几乎完全是本科教育机构。有少许学士不时留下来，生活在校园中，被称为“常驻毕业生”。硕士学位无须经过什么特殊的高深学习，只要取得学士学位继续交纳三年学费即可获得。南北战争前，哈佛大学、密歇根大学、哥伦比亚大学、密西西比大学都曾尝试过研究生教育计划，但均未能实现。南北战争后，研究生教育逐渐开展起来，耶鲁大学自1861年授予了美国第一批哲学博士学位后，又于1872年创办研究生院。1872年，哈佛大学也成立了文科和科学研究生院，并于次年开始授予博士学位。然而，直到1876年约翰斯·霍普金斯大学开办前，美国研究生教育一直处于初级阶段，规模小、人数少、水平低、发展缓慢。教育史学者将其原因归于当时的美国尚不具备超出学院年限之上的高深学习的条件。
1876年，在美国独立100周年之际，约翰斯·霍普金斯大学正式开学。曾在柏林大学学习过的吉尔曼校长宣布研究生教育和高一级教育是该大学最重要的使命。这所新大学以科学研究和创造性的学术成就作为自己的目标和特征。在早期53名教学人员中，绝大多数有过留学德国的经历，13人获得过德国大学博士学位。为了刺激教授们的进取心，约翰斯·霍普金斯招收了最优秀的学生。于是，约翰斯·霍普金斯大学的名字逐渐有了一种享誉世界的意义，象征着美国高深的学术和教学的发展。
约翰斯·霍普金斯大学是典型的研究型大学。它代表了南北战争后美国高等教育向高深的学术进军的趋向，史家称之为“美国第一所真正的大学”，其对美国大学现代化的影响十分深远。正是在它的刺激和鼓励下，哈佛、哥伦比亚、耶鲁、普林斯顿这类老的文理学院，开始转变成为真正的大学；与此同时，以它为榜样的新大学也纷纷成立。到19世纪末，大多数美国主要大学都在本科教育之上设立了研究生院。
1850年，布朗大学校长韦兰曾说：美国有20所学院、47所法学院、42所神学院，却没有一所培养农学家、制造商及机械工或商人的学院。即使到了1862年，美国专供实用学科研究的“高级”学校也只有6所。 [3]
南北战争后，美国大学一方面朝着高深的学术方向发展，另一方面朝着为工农业生产服务的方向迈进，最终两者殊途同归，奠定了美国大学现代化的基石。
莫里尔（Justin Smith Morrill）是来自佛蒙特州的国会众议员。他于1859年提出“赠地学院法案”，要求联邦政府根据各州国会议员的人数，每人拨给2万英亩土地，由州设置传授工农业科目的学院，然而由于南部各州的反对，该提案被布坎南（J. C. Buchanan）总统否决。1861年，随着南方退出联邦，莫里尔旧案重提，并稍作修改。1862年7月2日，林肯（A. Lincoln）总统正式批准《莫里尔法案》。
《莫里尔法案》是美国联邦政府在整个19世纪所采取的一个最重要的行动。法案通过后，农工学院迅速发展，形成“土地赠与运动”。各州情况不同，设校方式各异。其中有28个州单独设置了农工学院；宾夕法尼亚、密歇根、马里兰等州则把土地拨给原已设置的农业学校；伊利诺伊州则成立了工业大学，不久改为州立大学；另有15州是在州立大学内添设农工学院。康奈尔大学是一所私立学校，领取补助后发展成为著名的农业高等学府；马萨诸塞州于1865年将部分拨地补助给了一所私立学院，后来发展成为享誉世界的麻省理工学院。
1890年，联邦政府通过第二个《莫里尔法案》，规定联邦政府对农工学院进一步提供补助。
农工学院是美国人的独创，体现了高等教育民主化和大众化的精神。农工学院通过培养大批实用的经济发展所急需的科学技术人才，为美国工农业现代化做出了卓越的贡献。
从南北战争后到第一次世界大战期间，初级学院正是在研究生院的兴起和农工学院的发展这两股力量的推动下形成的。
初级学院最早的倡导者是几位从德国留学回来的美国大学领导人，例如，埃利奥特、塔潘和福韦尔（William W. Flwell）等人。他们认为美国学院的水平仅相当于德国的文科中学，至少前两年是中等教育性质，建议将这两年的任务交给中学。塔潘建议一些水平低的四年制大学与其浪费时光和钱财，不如改成两年制的初级学院，以缓解中学膨胀带来的压力。1892年，芝加哥大学校长哈珀（William Rainey Harper）综合了前几人的思想，将大学分为一、二年级和三、四年级两部分，前者称为“基础学院”，后者称为“大学学院”。1896年，又将两部分改称为“初级学院”（junior college）和“高级学院”（senior college），这是美国高等教育史上首次使用“初级学院”一词，哈珀因而被誉为“初级学院之父”。1899年，芝加哥大学决定设置副学士学位，以授予完成初级学院学习的学生。当时，初级学院学生的主要任务是升入高级学院。
芝加哥大学的改革措施，使继续升学的学生和中途停学的学生可在二年级结束时分流，既可集中精力办好大学三、四年级教育和研究生教育，又便于那些想放弃继续攻读学士学位的学生能在获取副学士学位后自然地、体面地离开学校，实为一举两得之事，获得众多的称赞。哥伦比亚大学校长巴特勒（Nicholas M. Butler）在影响较大的刊物《教育评论》上曾撰文指出：“在大学头两年学业结束时授予一个称号，这是芝加哥大学采取的具有全国重要意义的一步。”
在芝加哥大学的带动下，其周围地区很快建立了一批初级学院。一些本科学院砍掉了三、四年级，改办初级学院；伊利诺伊州乔利埃特教育委员会于1902年在中学附设十三、十四年级，创办了全国第一所公立初级学院。
据统计，到1915年，美国已有74所独立的初级学院，其中公立19所，私立55所，学生1万多人。由于初级学院的办学目的主要在于连接中学与新大学，所提供的是转学教育，因此有人称初级学院为“高中的延伸”。总之，这一时期的初级学院虽然规模尚小，但已确立了它在高等教育中的地位，使美国高等教育制度产生了深刻的变化，形成了由专科、本科和研究生教育所构成的三级高等教育系统以及由副学士、学士、硕士和博士所构成的四级学位制度。这标志着美国现代高等教育制度的建立。