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秦帝国建立后，很快就崩溃了，但秦朝的遗产却在汉朝继续存在。汉代初期，儒家并没有和皇权体制结合。进入汉代后，帝国体制已不能回到封建制，必须有一个政府，必须有一批能干的公职人员，儒家和皇权才能结合为一。儒家提供了治国的理论，而皇帝制承接了周代的“天命”观念，作为国家权力的合法依据。这个结合最重要的枢纽乃是汉代的察举 [5] 制度，这一部分下文会有更多的叙述。
现在我们要讨论的是董仲舒 [6] 的学说。儒家关心的项目，譬如天命、道、人间的关系，自然界各种事物的关系，人性和人体的关系等，都被董仲舒编织到一个庞大而严密的形而上学 [7] 体系之内。董仲舒的“感应论”是一个多层次的庞大系统，这个系统最大的一层涵盖全宇宙，第二层次在人间，其中，国家是一个层次，社群、小区又是一个层次，甚至连一个人身体之内的五脏六腑以及其他器官都是一个层次。个人在上面所说的每个层次中都有一定的地位。从人体之内的层次到宇宙，每个层次都贯穿上、下层次，每个层次中的各个部门都互相影响与制衡，任何层次中的部门不能太多也不能太少。只有每个部门之间的力量互相呼应，才能得到最好的平衡。同样，层次与层次之间也是互动的关系。于是，在整个庞大的系统之内，人固然无所逃于天地之间，人只是宇宙之间小小的点，但这个渺小的点，却也可能影响整个宇宙的运作。
董氏这种形而上的“系统论”，与今天科学的宇宙结构、物理化学的结构、生物学的细胞结构、社会中人与人的分析以及现代科学的宇宙论，竟有些许相似之处。当然，董仲舒的宇宙论只是形而上的建构，并没有经过科学的验证。董仲舒建构的儒家思想系统渗透在中国文化之中，影响了两千年来中国人的思考。他的学说也使得儒家出身的文官可以持有道德的勇气，也有自觉的使命感，投身“治国”，向往“平天下”。不过倒过来看，两千年来，有多少儒家的文官真正符合上述的理想，又有多少文官不是为了个人的功名利禄而甘心为专制君王服务的呢？
汉代的儒家思想，实际上已经吸纳了春秋战国各国的精神，而又落实在法家实务的范畴之内。汉朝所谓的“外儒内法”，即外部以儒家为装饰，内部则以法家为其专制的内容。在社会层面，经过察举制度，文官系统也产生了自我滋生、自我更新的机制。这种自我完善又能够不断地平衡社会精英群，整体而言，才有足够的力量抗衡皇权。两者既互相依存，也互相制衡。儒家如此的存在，在世界历史上并不多见。儒家的学者不是教士，却有教士一样的功能，他们是权威思想体系的代言人，也是这个权威体系的延续者。
经过这些儒生，儒家体系不断地更新，也不断地吸收更多的思想。东汉以后，佛教进入中国。佛教的思想体系和道家的思想体系确有相当的类似性和兼容性。这两种出世的思想和儒家入世的思想，也构成了辩证的关系，彼此兼容，它们也在中国人人生的不同阶段彼此交替。有见识的人，当有为之年，对应为之事，应当积极进取；在无力的老年，或面对不应为之事，则应宁静淡泊。
儒、道、佛三家思想合一，使得中国文化中的每一个人都受到三家思想的影响：这正是中国文化的精神所在。中国的王朝起起伏伏，不断改朝换代，中国社会的结构也时时发生很大的变化，然而，儒家和与它相应的佛家、道家却长期主宰了中国人的思想。宋、明两朝，程朱理学和陆王心学先后兴起，修改了儒学的内容，它们各自的影响将在别处讨论。儒家对中国文化和社会的影响延续长久，一直到最近两百年来，这一主导力量才慢慢衰退，而目前几乎已经消失。