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1945年伊始，伯恩斯坦已是美国最受欢迎的客座指挥家之一，他的经纪人亚瑟·贾德森（Arthur Judson）在那一年给他预订了十四个不同的管弦乐团。
此外，伯恩斯坦与一个好莱坞电影项目有过试探性接触——由他扮演柴可夫斯基，同时担任音乐顾问——不过最终没能达成一致。伯恩斯坦在1945年完成的唯一作品是《帮帮我们》（
Hashkiveinu
）——这是为一段犹太祷告文谱的曲，由男高音、合唱和管风琴完成，是受纽约公园大道犹太会堂的委托而作，并于5月11日在这里进行了首演。这是一首动人的三段式（ABA）曲子，富有多种神韵和生动强烈的冲突。曲子的外围部分以一种类似吟诵的旋律为标志，是通过在管风琴上使用绵延不绝的持续音发出来的，而核心部分则速度更快，体现出了对于节奏更强烈的兴趣。
1945年，伯恩斯坦有了自己的管弦乐团：纽约城市交响乐团。在库赛维斯基的推荐之下，伯恩斯坦接了利奥波德·斯托科夫斯基（Leopold Stokowski）的班。该乐团成立于1943年，在曼哈顿中城的“音乐舞蹈市中心”进行音乐会演出。据小道消息，斯托科夫斯基是获准告假
，不过伯恩斯坦带来的轰动效应太强，让他变得不可或缺。虽然伯恩斯坦是由时任市长菲奥雷洛·拉瓜迪亚（Fiorello LaGuardia）任命的，但该乐团并未获得市政拨款；乐团的预算全靠演出收入来维持。作为总监，伯恩斯坦没有薪水，只为他报销开支。不过，依靠作品的版税，他衣食无忧。
伯恩斯坦在8月25日，即27岁生日当天获悉了自己被任命的消息——这位音乐家认为这样的巧合实属天意。演出季从10月到次年4月，共有12场价格适中的音乐会，安排在周一和周二的时候。伯恩斯坦面试了一个新的管弦乐队，集结了一帮年轻音乐家，只保留了上一季演出阵容的三分之一，并整合出带劲的候选节目单。
10月8日的开箱音乐会汇集了科普兰的《户外序曲》、肖斯塔科维奇的《第一交响曲》以及勃拉姆斯的《第二交响曲》。奥林·唐斯在《纽约时报》上对这场音乐会给予了积极的评价。他承认，尽管该乐团的才华还不算顶尖，但“这些演出提醒人们，技艺上的完美无瑕是次要的。所有的演出都激情澎湃”。唐斯在结尾部分对伯恩斯坦的新工作给予了全然的赞许：“我们相信，伯恩斯坦先生现在来到了一个好地方，能和由像他一样的年轻音乐家组成的管弦乐团通力协作，还有日臻完美的曲目。这才是一位指挥家。”
在接下来的三个演出季中，伯恩斯坦仍带来了一些轰动效应，并且使自己的管弦乐团能够和财大气粗、依旧由罗津斯基领衔的纽约爱乐乐团分庭抗礼。伯恩斯坦为乐团带来了非比寻常的活力，并引领了大胆编排节目的风尚。他在第一季的时候指挥了12场音乐会中的9场，而在另外两季中都指挥满了10场演出。难能可贵的是，在第二季和第三季，每一场音乐会要么会成为一部现代作品在纽约城的首演或第二次演出，要么会有别的噱头十足的作品登场。
比方说，在1946年11月18日得到首次演奏的节目单主要由不为人知的曲目构成，包括亚历克斯·诺斯（Alex North）、约翰·莱塞德（John Lessard）、弗拉基米尔·杜克斯基（即弗农·杜克）[Vladimir Dukelsky（Vernon Duke）]和塞缪尔·巴伯（Samuel Barber）的作品，而这场音乐会是以柴可夫斯基的《第六交响曲（悲怆）》[Symphony no.6（Pathétique）]收尾的。
一周之后，他带来了斯特拉文斯基的六支曲子，其中包括《俄狄浦斯情结》（
Oedipus Rex
）和《火鸟套曲》（
Firebird Suite
）。除了《户外序曲》，伯恩斯坦还指挥乐团在之后的音乐会上演奏了自己的导师科普兰的《钢琴协奏曲》和《声明》（
Statements
），还有马克·布利茨坦的《空中交响曲》（
The Airborne Symphony
）——这是一部战时的戏剧作品，奥林·唐斯对其1946年4月1日的全球首演的评价是“一等一的戏剧”
。
伯恩斯坦与该乐团最后一次同台演出的是布利茨坦的《大厦将倾》的舞台剧版本。第三季的时候，有一些评论家认为演出的水准有所下滑，其中包括《先驱论坛报》的维吉尔·汤姆森（Virgil Thomson）——他一直不喜欢伯恩斯坦充满活力的指挥风格，写了一篇尖锐的评论，在其中质疑伯恩斯坦对欧洲文化的钟情，并且暗示他的职业生涯已经变成了“全然的自吹自擂”
。该乐团一直是小本经营，伯恩斯坦的第三个演出季是靠着美国音乐家联盟的“地方802”捐赠的10000美元才得以实现的，而下一年他们就不会再给了。
伯恩斯坦四处寻找更加稳定的财政保障，希望增加彩排的次数、提高音乐家的报酬以及延长演出季，并且想让总监也能获得薪水。由于“城市中心”的总裁纽博尔德·莫里斯（Newbold Morris）无法满足这些要求，伯恩斯坦就辞职了。这是伯恩斯坦在纽约城市交响乐团的最后一季，此后的十年间他都是一名客座指挥。