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白肋烟育种的总体目标可以概括为优质、适产、多抗、广适，每一项都对应着诸多具体的性状，涉及对不同烟草病虫害的抗性、烟株发育进程性状、烟株形态性状、烟株经济性状、烟叶品质性状、烟株抗逆性、烟株适应性等诸多方面。对众多的具体目标性状，由于育种本身的特点和育种条件限制，因而不可能笼统地一次性鉴定和选择，必须将其分解，分步实现。
常用的白肋烟育种方法包括系统选育、杂交育种、杂种优势利用等。为了实现育种目标，育种单位的惯常做法是，先在正常地块对初步育种群体或育种试验材料进行农艺性状（包括生长势、株型、株高、叶数、节距等）选择，直到性状稳定并形成稳定品系后，再通过品系比较试验进行经济性状鉴定，然后对通过经济性状鉴定筛选出来的优异品系进行抗病性状鉴定和品质性状鉴定，最后筛选优质抗病品系参加国家区域试验。这种实现育种目标的路线至少存在以下三方面的问题：一是抗病性鉴定世代过晚，致使长期种植不明抗病性的材料，包袱沉重，那些不抗病的材料还避免不了被淘汰，浪费精力、物力和财力。二是育种早期世代常常仅对生长势、株型、株高、叶数、节距等少数性状进行简单选择，而对与适产性和抗逆性相关的烟株发育进程性状和形态性状的观测是在较晚世代的品系比较试验中或品系成型后进行，以作为新品系的植物学特征来对待，并没有把这些烟株发育进程性状和形态性状与育种试验材料的早期选择联系起来。三是对育种早期世代没有进行抗病性的选择以及烟株发育进程性状和形态性状的选择，而仅根据烟株生长势、株型、株高、叶数、节距等少数性状的表现进行选择，一方面，会导致入选的材料数越来越多，所占用的土地面积越来越大，工作量越来越大；另一方面，由于烟株生长势、株高、叶数、节距等烟草农艺性状属于多基因控制的数量性状遗传，故选择效率低下。白肋烟育种时间比较漫长，从组配杂交组合到生产示范，一般要用9～12年，最长的要花15～16年时间，一旦最终入选的品系因抗病性能不好、经济效能低或者品质不良、适应性差而淘汰，则前功尽弃，10余年的努力就会付之东流。因此，为了提高白肋烟育种效率，应根据育种试验材料在各育种世代的表现特点、目标性状的遗传特点及各目标性状实现的难易程度，将白肋烟育种具体目标性状分成实现难易程度不同的梯级，然后从低到高逐级进行选择，最终实现整体育种目标。
根据白肋烟育种中育种试验材料在各育种世代的表现特点、目标性状的遗传特点及各目标性状实现的难易程度，可将众多的具体育种目标性状分成四个梯级，即将育种目标梯级化。
第一梯级目标性状：抗病性。主要是品种对烟草主要病害的抗性，包括对根茎类病害、叶斑类病害和病毒病的抗性。
第二梯级目标性状：烟株发育进程性状和形态性状。主要是与品种抗逆性和适产性相关的烟株发育进程性状和形态性状。
第三梯级目标性状：经济性状。主要包括与优质适产相关的上等烟比例、均价、产量和产值性状。
第四梯级目标性状：烟叶品质性状和品种适应性。主要包括与优质相关的烟叶综合质量评价指标性状，以及与广适性相关的评价性状。
各梯级包含的具体目标性状列于表2-4。
表2-4白肋烟育种目标按实现难易程度划分的各梯级具体性状
根据白肋烟育种目标的不同梯级，将白肋烟育种的目标性状选择过程分成四个阶段，从实现难度低的目标性状到实现难度高的目标性状分阶段逐级进行选择，即实行梯级选择。
第一梯级目标性状选择：在温室或大田病圃采用人工接种诱发病害的条件下，筛选中抗到高抗或高耐不同病害的材料，尽量筛选出多种抗病性的育种试验材料，以整合多种抗病性。
第二梯级目标性状选择：将通过第一梯级目标性状选择筛选得到的中抗到高抗不同病害的育种试验材料分别种植成株行或株系，通过田间观察和不同株系/行间的比较，进行与抗逆性和适产性相关的烟株发育进程性状和形态性状选择，筛选出具有可接受发育进程性状和形态性状的育种试验材料，以整合多种抗逆性，保证烟株个体与群体的协调发展，实现烟叶产量与品质的矛盾统一。
第三梯级目标性状选择：将通过第二梯级目标性状选择筛选得到的育种试验材料分别发展为品系，通过不同品系比较试验，并与当地大田生产主栽品种进行比较，鉴定各品系经济性状的优劣。通过经济性状选择筛选出具有可接受烟叶外观品质、产量和产值的稳定品系，以进一步保证烟叶产量与品质的协调统一。
第四梯级目标性状选择：对通过第三梯级目标性状选择筛选得到的稳定品系进行多年多点品种比较试验，即增加试验点，扩大试验面积，并与当地大田生产主栽品种进行比较，鉴定各品系的烟叶综合品质和适应性。通过烟叶外观品质、化学成分、物理特性和吸食品质在各试点各年份的综合表现，评价筛选出烟叶综合质量尤其是吸食品质表现突出的品系，同时通过烟叶品质性状和经济性状的基因型×环境互作效应的方差分析，筛选出适应性尽量强的品系。
这样，通过上述四个梯级目标性状的选择，每一阶段的选择都能实现育种目标中的部分指标，进而逐步实现整个育种目标。最后，将第四梯级目标性状选择筛选得到的具有可接受烟叶品质和适应性的品系，推荐参加国家白肋烟品种试验或提请审定。图2-9归纳了白肋烟育种目标梯级选择的程序和方法。
图2-9白肋烟育种目标实现程序及方法
白肋烟育种目标的梯级选择方法，具有如下意义。
（一）节省人力、物力和财力
依据各具体育种目标性状的遗传特点及其实现的难易程度，将白肋烟育种目标分解为依次实现的四个梯级性状，首先对育种试验材料进行第一梯级目标性状即抗病性状的选择，在第一梯级目标性状选择的过程中，利用病害胁迫的选择压力，能够大幅减少育种中后期世代的入选材料数。接着对入选的育种试验材料进行第二梯级目标性状即烟株发育进程性状和形态性状的选择，烟株发育进程性状和形态性状不仅与烟株各部位烟叶生长和成熟时所处的温热条件、雨水条件、通风透光状态密切相关，而且直接关系到烟叶的经济性状和品质性状，通过烟株发育进程性状和形态性状的选择，又可以淘汰掉大量的明显不具有育成品种前景的材料，进一步减少了育种中后期世代的入选材料数。鉴于上述原因，对白肋烟育种目标采用梯级选择方法，可大幅减轻育种人员在育种中后期世代的工作量，并大幅减少了育种试验材料所占用的试验土地面积，大幅节省了人力、物力和财力。
（二）提高白肋烟育种工作的效率
结合育种试验材料在育种世代的表现特点，对育种试验材料依次进行梯级选择，通过第一梯级目标性状的选择能够获得一批抗不同病害的材料，通过第二梯级目标性状的选择能够获得一批烟株发育进程适宜、形态性状理想的具有育成品种潜力的抗病材料，通过第三梯级目标性状的选择能够获得一批抗逆或适产的经济性状突出的且生育期适宜、形态性状理想的抗病品系，通过第四梯级目标性状的选择能够获得优质、广适且稳定性好的综合农艺性状和经济性状突出的明显具有育成品种前景的抗性品系。鉴于上述原因，对白肋烟育种目标采用梯级选择方法，可确保每一阶段的选择都能实现育种目标中的部分指标，以逐步实现整个育种目标，且每个选择阶段入选的育种试验材料均能作为育种中间材料使用，保证多年心血不至于白费，能够明显提高白肋烟育种的效率。