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白肋烟育种目标是针对白肋烟产区的生态条件、经济条件以及种植制度而制定的，因此，它是一项包括多方面内容的复杂、细致的工作。对育种工作者来说，要有效地制定出切实可行的育种目标，必须进行深入的调查研究，充分了解当地的自然条件、种植制度、生产水平、栽培晾制技术、品种的变迁历史、生产中的主要病害和不利条件以及市场对烟叶品质的要求等。育种工作者既要了解当前生产上存在的问题，又要把握今后的发展方向，然后通过综合分析，有针对性地制定白肋烟育种目标，同时要确定1～2个在本地区种植面积较大的品种作为对照品种（或称为标准品种），以便在育种选择中进行比较。制定育种目标时，一般要遵循以下几项基本原则。
烟草是一种商品性很强的经济作物，其产品能否满足烟叶原料市场的需求，直接影响到烟农的植烟效益高低和烟叶生产能否可持续发展。白肋烟烟叶生产的目的是为混合型卷烟提供优质原料，因此，其产品必须符合国内外混合型卷烟对烟叶原料的要求。而国内外混合型卷烟对白肋烟烟叶原料的要求集中反映在烟叶品质方面，所以，白肋烟的育种目标应将提高烟叶品质作为首要目标。
由于国内和国际混合型卷烟的风格特点不尽相同，因而国内、国外混合型卷烟对白肋烟烟叶品质的要求也不尽相同。即使在同一个国家，不同厂家对白肋烟烟叶品质要求也不尽相同，例如，有些厂家要求烟叶烟碱含量高一点，有些厂家要求烟叶烟碱含量低一点。此外，作为混合型卷烟原料，白肋烟烟叶还有优质主料烟叶和优质填充料烟叶之别，前者要求白肋烟风格特征突出、香气浓郁，后者要求填充值高、吃味纯净、燃烧性强、配伍性好。由上可见，白肋烟烟叶品质的目标并不是唯一的。因此，在制定白肋烟育种目标时，应充分考虑国内、国外甚至不同厂家对混合型卷烟的不同需求以及主料和填充料之别，制定不同特点的烟叶品质目标，以便选育出具有不同烟叶品质特点的品种，以满足混合型卷烟烟叶原料市场的各种需要。由于吸烟与健康问题日益受到重视，因此，在制定育种目标时，还要考虑烟叶的安全性，应把低降烟碱含量或低烟碱转化率纳入烟叶品质目标。
白肋烟烟叶生产和市场上对品种的要求往往是多方面的。但是在制定育种目标时，对诸多需要改良的性状不能面面俱到，无法要求十全十美，而是要在综合性状都符合一定要求的基础上，抓住主要矛盾，分清主次，突出地改良一、两个限制产量和品质的主要性状。因此，如何准确地抓住影响白肋烟产区烟叶生产发展的主要限制因素，就成为制定育种目标的关键。制定育种目标时，若能准确地抓住影响白肋烟产区烟叶生产发展的主要限制因素，则育种成功的可能性就大。
不同白肋烟产区，由于其在气候、土壤、生物诸方面的各种生态因素以及生产条件不同，因而影响烟叶生产发展的主要限制因素也不同。在制定育种目标时，必须深入生产第一线进行广泛细致地调查研究，在调查的基础上，分析当前该地区烟叶生产对品种的具体要求、当地种植品种的特点以及存在的问题，找出当前种植品种的主要限制因素，将其作为育种中要克服的目标，在保持和发展当地种植品种优良特性的基础上，有针对性地改良其相应表现不足的性状。例如，若在某白肋烟产区，黑胫病、靶斑病、病毒病是烟田主要病害，已成为该产区烟叶生产稳定发展的主要限制因素，则应该把选育高抗这些病害的品种作为育种目标；若某白肋烟产区的烟草青枯病严重，烟草生育前期易出现低温阴雨天气，影响烟叶产量，则应该把选育高抗青枯病、对低温反应不敏感的品种作为育种目标；若某白肋烟产区的植烟土壤贫瘠，烟草生长季节易出现干旱，影响烟叶产量和品质，则应该把选育抗旱、耐贫瘠性品种作为育种目标。在分析寻找主要限制因素时，还应联系长期的栽培经验，找出规律性的东西，集中解决阻碍烟叶生产发展的主要问题，这样育种的效果就会更显著。
制定育种目标只确定一个大方向是远远不够的。如果在育种目标中只是一般化地提出将优质、多抗、适产、广适等作为重点改良的目标，那么，由于育种目标过于笼统，因而不具有针对性和可操作性，致使在育种过程中出现盲目性，这样的育种目标也就不可能起到指导育种工作的作用。鉴于此，育种目标在确定主攻方向的同时，必须对有关的性状进行具体分析，确定改良的具体性状，并明确各具体性状所要达到的具体指标，这样才便于选配亲本和进行育种选择。例如，以抗病性作为主攻目标时，不仅要指明具体的病害种类，而且要落实到具体的生理小种上，同时要用量化指标提出抗性标准，即抗病性要达到哪一个等级或病株率要控制在多大比例范围内；以提高品质作为主攻目标时，不仅要与对照品种相比，指明烟叶外观品质所要达到的评判要求和感官质量所要达到的评判档次，还要对叶片大小、叶片厚度、单叶重、叶质重、含梗率等叶片性状，烟碱、总氮、还原糖等化学成分含量及相互间比值，以及降烟碱含量、群体内烟碱转化株比例等具体性状提出量化指标。
从白肋烟的育种程序来看，育成一个新的品种至少需要5～6年，多则需要10年以上时间。育种周期长的特点，决定了育种目标制定必须要有预见性。所以，在制定育种目标时，不仅要考虑当前混合型卷烟对烟叶品质的要求，还要考虑若干年后混合型卷烟的发展对原料要求的变化；不仅要考虑当前烟叶生产的生态因素、生产因素和社会因素，还要考虑若干年后某些生态因素的变化以及某些生产因素和社会因素的发展。例如，随着“吸烟与健康”问题的提出，卷烟制品将向低毒少害、提高安全性方向发展；某些病害当前初现迹象，以后可能有蔓延趋势等。为此，在制定育种目标时，要充分了解白肋烟品种的演变历史，了解与白肋烟生产相关的生态因素和生产因素的变化历程，同时要对社会和市场的发展变化做全面详尽的调查。不仅要密切注意这些发展对白肋烟生产提出的新内容、新变化，从白肋烟生产现状出发，解决当前生产上存在的主要问题，而且要考虑这些事物的发展速度以及若干年后可能的发展水平。这样才有可能制定出正确的育种目标，育种目标还要随着近期可能发展的农业水平和各种条件的变化形势不断调整，使烟草育种工作有强烈的针对性和预见性，选育出具有发展性的白肋烟新品种。