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有机化学实验必须使用清洁的玻璃仪器。
实验用过的玻璃器皿必须立即洗涤，这应该养成习惯。由于污垢的性质在当时是清楚的，用适当的方法进行洗涤是容易办到的。若日子久了，会增加洗涤的困难。
洗涤的一般方法是用水、洗衣粉或去污粉刷洗。刷子是特制的，如瓶刷、烧杯刷、冷凝管刷等，但用腐蚀性洗液时则不用刷子。洗涤玻璃器皿时不应该用砂子，它会擦伤玻璃乃至龟裂。若玻璃器皿难于洗净，则可根据污垢的性质选用适当的洗液进行洗涤。如果是酸性（或碱性）的污垢用碱性（或酸性）洗液洗涤；有机污垢用碱液或有机溶剂洗涤。下面介绍几种常用洗液：
（1）铬酸洗液这种洗液氧化性很强，对有机污垢破坏力很强。倾去器皿内的水，慢慢倒入洗液，转动器皿，使洗液充分浸润不干净的器壁，数分钟后把洗液倒回洗液瓶中，用自来水冲洗。若壁上粘有少量炭化残渣，可加入少量洗液，浸泡一段时间后在小火上加热，直至冒出气泡，炭化残渣可被除去。若洗液颜色变绿，则表示洗液已失效，应该弃去而不能倒回洗液瓶中。
（2）盐酸用浓盐酸可以洗去附着在器壁上的二氧化锰或碳酸钙等残渣。
（3）碱液和合成洗涤剂配成浓溶液即可，用以洗涤油脂和一些有机物（如有机酸）。
（4）有机溶剂洗涤液当胶状或焦油状的有机污垢采用上述方法不能洗去时，可选用丙酮、乙醚、苯浸泡，要加盖以免溶剂挥发，或用NaOH的乙醇溶液亦可。用有机溶剂作洗涤剂，使用后可回收重复使用。
若清洗用于精制或有机分析用的器皿，除采用上述方法处理外，还必须用蒸馏水冲洗。
观察玻璃器皿是否清洁的标志是：加水倒置，水顺着器壁流下，内壁被水均匀润湿并有一层既薄又均的水膜，不挂水珠。
有机化学实验经常要求使用干燥的玻璃仪器，故要养成在每次实验后马上把玻璃仪器洗净和倒置使之干燥的习惯，以便下次实验时使用。干燥玻璃仪器的方法有以下几种：
（1）自然风干自然风干是指把已洗净的仪器放在干燥架上自然风干，这是常用和简单的方法。但必须注意，若玻璃仪器洗得不够干净时，水珠便不易流下，干燥就会较为缓慢。
（2）烘干把玻璃器皿按顺序从上层往下层放入烘箱烘干，放入烘箱中干燥的玻璃仪器，一般要求不带水珠。器皿口向上，带有磨砂口玻璃塞的仪器，必须取出活塞后（注意活塞不要搞乱），才能烘干。烘箱内的温度保持在110℃左右，时间约0.5h，通常需要待烘箱内的温度降至室温时才能取出。切不可把很热的玻璃仪器取出，以免破裂。空气中的潮气也可能在热的玻璃表面凝结，降低烘干效果。
当烘箱已工作时，不能往上层放入湿的器皿，以免冷的水滴下落，使热的器皿骤冷而破裂。
（3）吹干有时仪器洗涤后需立即使用，可将其吹干，即用气流干燥器或电吹风把仪器吹干。首先将水尽量沥干后，加入少量丙酮或乙醇摇洗并倾出，先通入冷风吹1～2min，待大部分溶剂挥发后，吹入热风至完全干燥为止，最后吹入冷风使仪器逐渐冷却。