近世东西交通关系之大,在于文化,而西方文化之输入,实始基督教士,此不可诬也。基督教之入中华,不自近世始,当唐太宗时,教徒阿罗本已赍经典来长安,太宗许其建寺曰波斯。是为基督教之乃斯脱利安宗,中国名曰景教。乃斯脱利安者,当南北朝之初,基督教中有基督为神抑兼为人之争,乃斯脱利安主兼为人,后其说见摈,其徒因谋为乱,事泄见逐,皆居波斯,凡三万人,故阿罗本自波斯来也。玄宗以其教本出大秦,改寺名曰大秦。德宗时寺僧景净立“景教流行中国碑”,明末出土,可以考见当时景教流行之情形焉。武宗禁佛教,诸异教皆遭波及,景教亦绝。元世兵力抵欧洲,欧人苦其侵扰,欲以神教怀柔之,于是若望高未诺奉教皇之命,以世祖至元二十七年(1290)至大都,世祖许立教堂四,皈仰者逾六千,然多蒙古人,故元亡后绝。元时基督教徒称也里可温,近人陈垣有考。
明世东西航路通后,旧教教士入中国者,当以利玛窦为始。利玛窦之至澳门,事在万历九年(1581),先传教于肇庆,后至南京,交其士大夫。万历二十八年(1600)始至北京,表献方物。明年又至,神宗赐之宅,并许其建立教堂。利玛窦知中国士大夫不易崇信教理,又知形下之学,为中国所乏,乃先以是牖道之。士大夫多重其人,故其传教无阻。万历三十八年(1610),利玛窦卒。未几南京礼部侍郎沈奏攻其教,四十四年(1616)遂遭禁断,教士之居北京者,皆勒归澳门。熹宗立,满洲战事急,召其人造大炮,乃得解,时天启二年(1622)也。会大统历疏舛,而深通天文之汤若望亦来华,遂于首善书院设历局,命造仪器,且译历书。思宗崇祯十四年(1641)新历成。十六年(1643)命以代旧历,事未行而明亡。清人入关,汤若望上书自陈所学,诏名其所造历曰时宪。汤若望及南怀仁并官钦天监,时顺治二年(1645)。世祖没,杨光先疏攻之,汤若望等皆论死,以前劳仅免,各省教士亦多见禁锢。圣祖康熙六年(1667),以推闰失实,乃复黜光先而用南怀仁,在京教堂,仍许设立,然各省之禁止如故也。初波兰人卜弥格以教皇命传教广东,尝于永历四年,清顺治七年(1650)。赍桂王母王、马两太后及教士庞天寿书,致教皇请其代祈天主,保佑中兴。当时两太后及皇后王氏,太子慈烜,大臣瞿式耜、丁魁楚等咸受洗礼。逮清圣祖兴,好尚西学,用西教士益多。圣祖最眷南怀仁,南怀仁又引进徐日升、张诚、安多等进讲西学,外交、制造、测绘等事,亦咸使襄理,各省教堂,虽未解禁,然私设者亦不问。当时广东省有教堂七,江南百余,在他省者亦二三十,信者至数十万人焉。初利玛窦等之传教于中国也,不禁拜孔子,亦不禁拜大祀祖,其说曰,中国人之拜孔子,乃崇敬其人,其拜天,则敬万物之本,祀祖出孝爱之诚,皆非拜偶像求福也。教士咸习华语,通华文,衣食居处,一如华人,其人皆无家室,行坚卓而邃于学,故易起人敬仰之忱,不萌异教畏恶之念,然别派教士有不以为然者,讦之教皇,谓其卖教求荣。康熙四十三年(1704),教皇命铎罗赍密令至中国禁之。铎罗以明年至燕京,知其令与中国不相中,迟至四十六年(1707)乃以己意布其大要,而命教士不从令者皆去中国。圣祖大怒,执铎罗致之澳门,命葡人锢之,后以幽愤死。康熙五十六年(1717),碣石总兵陈昂以天主教在各省开堂聚众,广州城内外尤多,洋船所汇,同类勾引,恐滋事端,乞依旧例严禁。许之。世宗雍正元年(1723),闽浙总督满保请除送京效力人员外,概行安置澳门。各省天主堂皆改为公廨。明年,两广总督孔毓珣以澳门地窄难容,请令暂居广州城内天主堂,而禁其出外行走。乾隆五十年(1785),西人巴亚央等因私行传教,刑部审拟监禁,奉旨以情实可悯释之。又明年,毓珣奏言香山西人丁数已逾三千,乞着为定额,余额者悉令归国,皆从之。先是1718年康熙五十七年。教皇尝发令,处不从1704年之令者以破门之罪,使嘉禄至中国行焉。嘉禄知其不可,别以己意加八条于令后以调和之,教皇不谓然。1721年康熙六十年。及1724年雍正二年。再发令申明1718年令意,于是在华教士不得复顺中国之俗,华人畏恶愈深,川楚教乱后,尤视异教如蛇蝎。仁宗嘉庆十年(1805),御史蔡惟珏疏请严禁西洋人刻书传教,适广东人陈若望为西人德天赐送书函地图至山西,事觉下刑部严讯,德天赐监禁热河营房,陈若望及余任职教会之华人皆遣戍伊犁,教会所刻汉文经31种悉销毁,教禁益严矣。