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如果仅从组织内部制度建设来看，高级社已经实现了对农村领域实施大规模控制的可能。一方面，农民已经不再拥有对生产资料的支配权，从而大大降低了国家与农民进行交易的成本；另一方面，高级社的权力结构发生变化，在农村形成了一个对国家负责，并优先保证国家需要的权力体制。因此，高级社“ 已经可以不再升级到人民公社 ”。
从制度变迁的连续性来看，人民公社组织的引入实际上根源于从合作化后期不断升级的对组织规模的片面追求，把所有制的公有化程度和扩大合作社组织规模相等同，并在合作社的大规模和合作社的高效益之间画等号的片面观点和认识。 从高级社内部的制度结构来看，高级社通过对农民生产资料的公有和基层权力体系的建立而加强了国家对农村的控制，但实际上，高级社内部的制度安排仍然是不稳定的。它的集中体现就是高级社的规模虽然很大，却无法阻止农民可能因各种原因而退出合作社，并可能引致高级社制度安排失效 。所以， 正是高级社存在的无法容忍的制度缺陷，即原则上允许农民自由入社和退社，导致高级社必然要向人民公社组织过渡 。与国家加速农业合作化的目的相一致，共和国政权实施从高级社向人民公社组织过渡的最深刻的历史背景，仍然是国家的工业化发展战略。随着1957年“一五”计划的完成，国家也逐渐形成了一定的大型工业产品的生产能力。如果农村不进行进一步的计划控制，就很难让规模较小的500多万个合作社有购买和消费工业所能提供的拖拉机和其他大型配套农用机械的能力。规模更大的人民公社组织的引入，其直接目的除了继续保障国家工业化的农业积累之外，更为受到外部市场严重短缺制约的国家工业产品提供农村消费市场。此外，为大规模的水利工程等群众性生产运动动员劳力，实际上也是促使高级社向人民公社迅速过渡的直接推动力。 珀金斯认为，1958年成立人民公社的一个主要的经济原因“就是使干部能借以动员农村的劳动力参加当地的水利建设” 。
1958年8月6日，毛泽东视察河南新乡七里营人民公社，8月9日又视察山东农村，毛泽东对人民公社给予了肯定。 毛泽东在山东视察时指出：“还是办人民公社好。它的好处是，可以把工、农、商、学、兵合在一起，便于领导。 ”在毛泽东看来，这样的一种人民公社，既是一种生产组织，又具有基层政权的社会管理职能，是一种新型的社会管理模式。正是在毛泽东的倡导下，人民公社化运动由此开始。1958年8月29日，中共中央发布《关于在农村建立人民公社问题的决议》；1958年12月10日，中央颁布《关于人民公社若干问题的决议》。 仅仅两个多月，全国74万多个农业生产合作社就改组成了2.6万多个人民公社，参加公社的农户有1.2亿多户，已经占全国农户总数的99％以上 ，全国农村基本实现了人民公社化。自此，人民公社体制在中国农村施行了二十余年之久。
1956年的农村初、高级合作社仍然不能说是由政府直接管理的。农业合作社对于政府来说，仍然是独立的经济组织，政府的管理仍然是一种外部的干预。 只是到1958年以后，农村实行政社合一的人民公社制度，经济和社会的高度组织化、行政化的体制才在农村普遍建立 。初期的人民公社，是准备向全民所有制过渡的集体经济组织，又是相当于乡一级的政社合一的基层政权。其基本特点是“一大二公”。所谓“大”，就是规模大。 原来一两百户规模的农业生产合作社被合并成拥有四五千户甚至一两万户的人民公社，全国社平均规模为4797户，两万户以上的特大社全国有51个 。所谓“公”，就是公有化程度高。人民公社化运动试图在生产力不发达的基础上就建立一个普遍平等、平均的理想社会，这是超越社会发展阶段而无法实现的。很快，中央发现人民公社化运动的严重混乱，“浮夸风”“共产风”“瞎指挥”“一平二调”等现象盛行。
1959年2月，中央政治局郑州会议着手对人民公社组织进行调整。会议通过的《关于人民公社管理体制的若干规定（草案）》中具体划分了公社、生产大队和生产队的职权范围，特别指出，相当于原来高级农业生产合作社的生产队是人民公社的基本核算单位。 1962年2月13日，中共中央发布的《关于改变农村人民公社基本核算单位问题的指示》指出：“在我国绝大多数地区的农村人民公社，以生产队为基本核算单位，实行以生产队为基础的三级集体所有制。 ”1962年9月27日，中共八届十中全会正式通过《农村人民公社工作条例修正草案》，规定：“生产队是人民公社中的基本核算单位。它实行独立核算，自负盈亏，直接组织生产，组织收益的分配。 这种制度定下来后，至少三十年不变。 ”至此，“三级所有、队为基础”的一套基本制度得以确立，并一直实行到家庭联产承包责任制出现之前。
1962年9月中共中央通过的《农村人民公社工作条例修正草案》规定：“农村人民公社是政社合一的组织，是我国社会主义社会在农村中的基层单位，又是我国社会主义政权在农村中的基层单位。” 公社管理委员会“在管理生产建设、财政、粮食、贸易、民政、文教卫生、治安、民兵和调解民事纠纷等项工作方面，行使人民委员会的职权 ”。人民公社既是农村合作经济组织，又是国家基层政权组织，还是农村社会组织，人民公社这一政治形式既是政企重合，又是国家与社会重合。通过人民公社，国家把权力深入农村，控制了农村两大基本生产要素——土地与劳动力，对农村社会实行较高的组织化和超强控制。集体之外无土地，公社之外无农民，人民公社既可以用行政手段来管理经济，又可以用“经济手段”来管理社会，同时通过强化阶级斗争等“超经济强制”手段实现对农村社会的超强控制。
以人民公社体制为核心的乡村治理模式，是计划经济条件下的产物，是适应中国工业化发展战略需要的产物。这一模式下的农村基层组织，精干、高效、成本低廉，具有极强的动员能力，能够在高积累、低消费水平下，通过制定和推行农村合作医疗制度、“五保户”制度、义务教育制度、烈军属安置制度、农村人口管理制度、日用品配给制度等一系列制度，维持中国农村的稳定和基本运行秩序，为中国工业化的快速发展提供最大的农业支撑。 其不足是，这种农村基层组织高度一元化，缺少活力，严重影响了广大农民积极性的发挥，制约了社会生产力的发展 。