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随着第一个五年计划的完成，大规模的有计划的经济建设实施，高度集中的计划经济体制逐步形成。为了更好地领导大规模的经济建设，中央政府高度集权的社会组织结构逐步形成。
在1957年的反右派斗争中，进一步加强了党对社会的控制，国家政权机关的职能进一步向党的系统转移。1957年7月，毛泽东在《一九五七年夏季的形势》一文中强调：“在不违背中央政策法令的条件下，地方政法文教部门受命于省市委、自治区党委和省、市、自治区人民委员会，不得违反。 ”这一指示在贯彻中实际超出了毛泽东所说的“地方文教政法部门”，而扩展至中央政法部门以及其他国家政权机关。
1958年6月10日，中共中央发出《关于成立财经、政法、外事、科学、文教小组的通知》，通知规定，“大政方针在政治局，具体部署在书记处。”“大政方针和具体部署，都是一元化，党政不分。具体执行和细节决策属于政府机构及其党组。”作为国家最高行政机关的国务院成为中共中央的执行机关，直接受中共中央的领导，大政方针的具体部署，也从国家权力机关转移到党的系统。相应地，省、县（市）以至乡的人民委员会，也均直接受省、县（市）、乡党委领导。为了适应国家权力机构的变化，中共中央开始设立与政府部门相对应的机构，即在政治局和书记处之下设立财经、政法、外事、科学、文教五个小组，直接领导国务院五个大口的工作。同时，地方各级党委也设立了政法、工交、财贸、农林、文教等工作部，统管同级政府主管部门的工作。伴随着机构设立的变化，各级党委的职能也由主要实施监督和管理相应政府部门中党的干部，扩展为包括管理相对应的政府部门的一切业务工作，党政不分的现象快速发展起来。
从此，党对国家机关事务进行全面领导，对国家经济社会事务的分口领导成为一项制度。有关政治、经济和文化等方面的社会事务的决定和指示，由中共中央直接发文或者与国务院联合发布。党组织完全处于行政工作第一线，政府机构的所有工作都要经过党委决定。司法工作中，党委审批案件的制度继续实行，并且强调不能因为有了法律程序就废弃这一制度。 1959年，司法部被撤销。不久，公检法合署联合办公，党对司法工作的直接干预进一步加强。1960年以后，在各级党委内部分设了政法书记，司法工作中的一切重要问题，都必须由党委和政法书记最终决定 。从此，原来向人民代表大会负责的立法、行政和司法机关，改向党的各级机关负责，中央政府实际上成了中共中央的具体执行机关，其基本职能是贯彻执行党的决定，党的组织开始国家化、行政化的进程。
随着政府权力集中到党组织，各级党组织的权力开始集中于书记，特别是第一书记。1958年1月21日，毛泽东在南宁会议上提出，党的领导原则是“大权独揽，小权分散；党委决定，各方去办；办事有决，不离原则；工作检查，党委有责。”并对此做了说明，“大权独揽”指的是主要权力应当集中于中央和地方党委的集体，用以反对分散主义，毛泽东指出，“ 集中，只能集中于党委、政治局、书记处、常委，只能有一个核心 ”。此后，大权独揽和第一书记挂帅便贯彻全党。党的各级组织和领导干部走到国家政权的前台，对政府工作和社会生活实行一元化领导。
20世纪60年代中期，党委领导下的行政首长负责制推行到地方各级政府部门和所有企事业单位。各部门、各单位在行政事务、生产经营、教学科研等业务上的一切重大问题，均由党委讨论并做出决定，然后交给行政负责人具体执行。 而在实际工作中，“一切重大问题”往往又变成“一切问题”，结果党委不分巨细包揽了所有事务的决定权，行政组织的职权因被党委取代而成为党委的执行机构 。人民公社时期，国家基层政权组织与人民公社组织合为一体。人民公社管理机构为公社管理委员会，受县政府及其派出机关的领导，设社长、副社长及管委会委员，人民公社管委会由公社社员代表大会选举产生。人民公社负责本行政区域内的生产经营活动，组织、领导各级农业生产活动；接受上级政府的领导，对本行政区域内的行政事务实施管理。1962年之后，人民公社调整并确立为公社、生产大队、生产队三级组织架构，公社集体生产资料由公社、生产大队和生产队三级共同占有，生产队为组织生产、劳动和收益分配的基本单位。人民公社实行中国共产党的一元化领导，公社设党委，大队一般设党支部，生产队则设党小组。 公社党委和大队支部是各自区域的领导和决策机关，一切重大事务，包括生产和分配，招工、招干和参军，救济粮款的发放等，都由党组织决定。书记在党委、支部中居于核心地位，发挥举足轻重的作用 。
1966年开始的“文革”，将一元化的国家管理体制推向了极端， 革命委员会 集人大和政府权力于一身，是党政高度合一的机构。革命委员会是“文革”时期中国各级政权的组织形式，简称“革委会”。从1967年上海“一月夺权”至1968年9月5日西藏自治区和新疆维吾尔自治区革命委员会同时宣布成立，全国29个省、市、自治区（除台湾省外）全部成立了革命委员会，出现了“全国山河一片红”。与此同时，国家机关各部委革命委员会的建立工作也在进行。到1968年底，共有18个部级单位被军管，包括军队单位总政治部。一些未被军管的部门也派进了军代表，掌管主要工作，在此基础上陆续成立革命委员会。 至1970年6月22日，据中共中央批准的国务院《关于国务院各部门设立党的核心小组和革命委员会的请示报告》，各部委由90个精简为27个，人员编制仅占原来的18％ 。革命委员会实行“一元化”的领导，打破重叠的行政机构，组织起了一个“革命化”的联系群众的领导班子。毛泽东这样阐释“一元化”之内涵：“东西南北中，党政军民学，党是领导一切的。”1973年8月，周恩来在中国共产党第十次全国代表大会上所做的政治报告中也指出：“工、农、商、学、兵、政、党这七个方面，党是领导一切的。”摩西·莱文（Moshe Lewin）曾说：“在苏联有两个三位一体：‘国家-经济-党’和‘权力-意识形态-文化’。那么，在中国，则为‘党-政-军-法-经济-意识形态-文化’的统一整体。”
1975年1月，四届全国人大一次会议通过《中华人民共和国宪法》，规定：地方各级革命委员会是地方各级人民代表大会的常设机关，同时又是地方各级人民政府 。这表明我国“文革”期间新建立的政权形式革命委员会，在建立8年以后，通过立法程序将其作为一种政权形式确定下来。同时，革命委员会也是党政高度合一的机构，一般各省、市、县的党委第一书记同时兼任革命委员会主任。 1979年，全国人大常委会通过决定：取消革命委员会制度，恢复地方人民代表大会和人民政府制度。革命委员会存在了12年之久 。由于革命委员会的人员大大减少，又存在着尖锐的内部矛盾，革命委员会的工作效率较之“文革”前的党政机构是个倒退。尽管如此，革命委员会的成立有利于结束“文革”前期国家地方权力出现真空的状态，在一定程度上控制了全面内乱的混乱局势，从而肩负起维持工农业生产的重任，使国家逐步走出了“文革”初期极端混乱的阶段。以后，随着部分被打倒的领导干部逐步得到解放，他们参加领导工作，这也有助于抵制“文革”的极左错误，使“文革”时期经济建设在总体上仍然得到一定的发展。