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在传统的农业社会，乡村实行自给自足的自然经济，以家庭作为传统组织生产单位，同时，在宗族势力的基础上形成的乡绅集团，通过对地方公权或者公共利益的控制，成为乡村治理的权威 。因此，国家或者其他政治权威在乡村社会的影响往往极其有限，难以对乡村社会进行有效整合，造成几千年来中国乡村社会散漫无序的状态，孙中山先生曾痛心疾首地把广大农村比作“一盘散沙”。国民党统治时期，为镇压人民的反抗，实行保甲制度强化其统治。国民党保甲制度通过乡绅集团控制着基层社会的运作，实现了对人民的严密监视和控制，并成为剥削和压迫人民的工具。 早在七届二中全会报告中，毛泽东就明确把当时占国民经济总产值90％的分散的个体的农业经济和手工业经济向着现代化和集体化的方向发展，看作是由新民主主义社会发展到将来的社会主义社会，巩固无产阶级领导权的一项根本举措 。 后来随着实践的发展，他又进一步指出：“为了完成国家工业化，必须发展农业，并逐步完成农业社会化。 ”
新中国成立后，新生的人民政权必须彻底摧毁乡村社会旧有权威，树立人民群众当家作主的新权威，重整乡村社会资源，开展社会动员，完成民主革命遗留的任务，并实现对乡村社会的彻底改造。
中国整个大陆的解放，为在全国范围内确立农村新的基层政权体制提供了根本的政治保障。1949年9月，中国人民政治协商会议通过的《中国人民政治协商会议共同纲领》规定：国家政权机关具有人民性，其组织形式为各级人民代表大会和各级人民政府，后者由前者选举，前者为人民普选出的代表直接或间接选举产生。政权结构具有严密的一体性，各级政权机关一律实行民主集中制。这样，国民党政权的以权制权、议员专职、地方自治等项原则就被完全摧毁，农村基层政权成为新政治制度的有机组成部分。
1949年春季，随着解放战争形势的迅猛发展，人民解放军胜利渡过长江向江南挺进。在此背景下，中国共产党在乡村政权工作方面的重点遂转变为新解放区政权的接管与和平过渡。 《中国人民政治协商会议共同纲领》规定：凡人民解放军初解放的地方，应一律实施军事管制，取消国民党反动政权机关，由中央人民政府或前线军政机关委任人员组织军事管制委员会和地方人民政府，领导人民建立革命秩序 。因此，在初解放的地区，军管会是统一领导军政的最高权力机关，负责对旧政权的接管和改造工作。
在人民解放军进驻广大农村后，通过开展清匪反霸、减租减息、土地改革、打击宗族势力等斗争，初步完成了对旧政权和社会组织的改造。首先在发动群众比较充分、群众觉悟初步提高的地方，普遍建立有广大农民群众参加的、带有半政权性质的农民协会组织，继而建立了民兵、自卫队等群众武装组织，配合乡政府和解放军开展剿匪、肃特运动，承担起维护乡村治安、组织人民群众的社会责任。 1950年7月15日，政务院颁布《农民协会组织通则》，规定全乡农民直接选举出乡农民代表大会的代表，通过乡农民代表大会和由其选举出的农民协会委员会行使农民协会的权力 。通过农民协会，把全国绝大多数的农民充分组织起来，从根本上改变散沙式的传统社会结构。此后，在合作化运动中，长期稳定的农业生产合作社被确立下来，它们在组织农民生产互助、协作的同时，也发挥了把党和国家的方针、政策贯彻到群众中，保障正常社会生活秩序等社会组织的作用。
在农民的政治优势已经确立的基础上，各地陆续废除保甲制度，并同时进行划乡和建立基层政权的工作。各地农民在乡农民协会会员大会或农民代表会议上，民主选举乡人民政府。1950年12月8日，政务院第62次会议通过《区各界人民代表会议组织通则》《区人民政府及区公所组织通则》《乡（行政村）人民代表会议组织通则》《乡（行政村）人民政府组织通则》，具体规定了区、乡人民政权的性质、职能和组织机构。
1953年2月，中央人民政府委员会第22次会议通过《中华人民共和国全国人民代表大会及地方各级人民代表大会选举法》，并于3月1日公布实施。同年，在全国范围内，由人民用普遍、直接选举的办法选举产生基层人民代表大会，逐级选举产生县、省（市）和全国人民代表大会。 到1953年，全国有28万多个乡（村）的人民代表会议代行人民代表大会的职权，选举了乡（村）人民政府委员会 。这样国家政权组织一直延伸到乡村社会的最基层，并通过国家政权的力量对农村社会进行全国性的根本变革，也是中国社会政治结构的一次重大变革，极大地推动了乡村社会与国家政权的契合。把农村社会与国家政权紧密地联系在一起，符合了后现代化国家的发展之路，清除了20世纪初叶以来中国农村社会的大动荡，达到国家对社会高度整合的目标。 从一定意义上说，“要想建立一个完整的国家政治体系，政府就必须以一种前所未有的方式渗入社会的各个角落 ”。同时，随着基层政权体系的建立，党的组织系统后来也在农村广泛建立起来，并实现在乡村治理中的领导核心作用，这些都从根本上改造了农村社会，通过国家政权的下移，前所未有地强化了国家对农村社会的有效控制。
1954年，一届全国人大一次会议通过《中华人民共和国宪法》（以下简称《宪法》）和《中华人民共和国地方各级人民代表大会和地方各级人民委员会组织法》（以下简称《组织法》），为农村基层政权的进一步规范和完善指明了方向，新中国农村基层政权建设就进入了规范化、法制化的阶段。《宪法》明确规定，乡、民族乡和镇是最基层的行政单位 。 《组织法》明确规定了农村人民委员会的建设原则：由乡、民族乡、镇的人民代表大会选举本级人民委员会组成人员，乡级人民委员会可设立民政、治安、武装、生产合作、财粮、文化教育、调解等工作委员会，必要时，可增设文书一人 。这种机构设置存在至人民公社体制出现前。人民公社时期，国家基层政权组织与人民公社组织合为一体。
从1954年至1957年，中国农村基层政权建设是与农业合作化运动紧密联系在一起的。这一时期的农村基层政权建设都是围绕农业合作化运动开展的，加上国家工业化的压力，使合作化运动不断加速，集体化成为必然，这一运动最终影响了中国农村基层政权的设置 。实现社会主义工业化的总路线不仅要求工业经济的高涨，而且要求农业经济也要有一定的相适应的高涨。但孤立的、分散的、落后的个体经济限制了农业生产力的发展，小规模的互助式的农业生产无法满足工业化和广大人民群众改善生活的需要。 1953年12月，中共中央发布《关于发展农业生产合作社的决议》，农民在生产上逐步联合起来的具体道路，就是经过简单的临时互助组和常年互助组，到实行土地入股、统一经营而有较多公共财产的农业生产合作社，到实行完全的社会主义的集体农民公有制的更高级的农业生产合作社 。1954年1月，中央人民政府政务院公布的《第二次全国民政会议决议》提出，要“ 继续加强和健全农村基层政权组织，使之适应农业互助合作运动发展的需要 ”。从互助组、初级社到高级社，国家通过多种渠道逐步完成了对农村的合作化改造，农村的社会结构和社会关系发生了深刻的变化。初级合作社社员依然保持农户对土地和其他生产资料的所有权，社员的土地具有入股分红的含义，社员之间其实依然保持互助合作的关系，只是互助合作的规模比互助组期间来得大（从3～5户扩大到40～50户）。
高级社不仅在所有制程度和规模上大于初级社，性质也完全不同。高级社农户的土地无代价地转为集体所有，不再有土地分红；其他生产资料如耕牛、大农具作价转为集体所有；入社农户允许保留少量的自留地；全社按照统一计划，实行集体劳动，统一经营；全社收入扣除各种费用和提留之后全部按工分制分配，即按劳动量多少分配。而且在管理和组织农村进行经济活动的同时，还要负起对社员进行政治教育、维护农村社会秩序、执行上级行政部门命令、发展农村文化的任务和责任。据1956年底的统计，全国加入农业合作社的农户已达到1.18亿户，占总农户的96.3％。随着高级社的发展和巩固，实现了村社合一，这一组织结构在职能和形式上整合了政权组织、经济组织、社会组织，具有政治、经济与社会三位一体的功能，对实现资源配置、社会整合以及社会动员发挥了重要作用。这一组织结构也成为我国农村基层政权的新基础，为优先发展重工业的社会主义工业化打下了坚实的政治基础，也为后来实行“政社合一”的人民公社化奠定了基础。
农业合作化运动对农村社会管理所产生的作用也许大于它的经济意义。由于实现了合作化，上亿分散的农户被组织了起来。政府为了对农村社会实施有效的管理，传统的乡以下开始形成“行政村”的概念，就是把传统农民聚居的一个或数个自然村落（称为“自然村”）合并为一个个具有社会管理职能的“行政村”。它体现为这一时期国家对于乡村控制能力的变化。农业合作化模式第一次将绝大多数农民集合在跨家庭的集体组织中，根据生产力和生产工具的合理配置来构建组织，创造了把家族共同体组织起来的社会组织形式。这些措施从逻辑上超出了血缘关系，超出了宗族体制，很大程度上削弱了农村家庭的生产功能，从而削弱了维系农村基层社会管理的宗族存在根基。 这就像同时期里国家在城市组织居民委员会一样，出于党和国家巩固政权的需要和实现社会主义的发展目标把行政体系向最基层的社会组织覆盖，制约了城市市民社会的形成 。总之，通过对农村的社会改造，彻底打倒了农村的封建统治势力，维护农民群众的根本利益，改变了乡村社会的权利结构，渗透政党权威，一大批忠诚于党的新的领导阶层获得了权力，成为农村社会新的精英群体，农村的社会风气彻底改变，实现了对农村社会的重构。