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内务府设有七司、三院等五十余个机构，囊括了皇家的吃、穿、住、行等一切事务。七司、三院，皆设郎中、员外郎、主事管理，又设笔帖式以管文字杂务。雍正元年（1723），将总管内务府定为三品衙门。
七司者，即广储司、都虞司、掌仪司、会计司、营造司、庆丰司、慎刑司。
广储司（明代称御用监），主要为宫中提供冠服、装饰物，掌握金银珠宝、各类器物的收藏及出纳总汇。下设六库、七作、二房、三织造处、织染局、绮华馆等机构。
六库分别是银、皮、瓷、缎、衣、茶库。银库负责保管金、银、珠、玉、珊瑚、玛瑙、宝石、朝珠、自鸣钟等物；皮库负责保存皮革、呢绒、象牙、犀牛角等物；瓷库储存瓷器、铜器、锡器；缎库储存纱、缎、绸、绢、布、绫等织物；衣库储存御用冠袍、带履、朝服、便衣及八旗兵丁盔甲；茶库储存茶叶、人参、香、纸张、颜料、绒线等物。
各库开启时，必须经过内务府堂郎中批准，且需库官三人一起进入，不可一人进入。闭库时，则由库官二人共同在锁封上签字，再贴在锁眼上。库房钥匙则统一集中起来，由侍卫保管。库房每日夜间均有人值夜，可谓看管严密。
七作是银、铜、染、衣、皮、绣、花作。二房即帽房、针线房。三织造处即江宁、苏州、杭州织造处，负责制造宫廷及官员所用绸缎等纺织品。
广储司掌握着皇室的经济命脉，在内务府诸多部门中，地位最高。
“都虞”为管理山泽之意，掌管宫廷护卫事宜及所属武职官员的铨选任用，此外还管理打牲捕鱼等事宜。都虞司掌内府兵卫，训练内府护军、骁骑，每岁春、秋二季，由该管官督率操演。都虞司又名“采捕衙门”，因为其府衙距离宫廷较近，将犯人关押在此，可以及时向皇帝汇报审讯结果。相传顺治年间洪亮吉被锁拿收押，就被关押在西华门外的都虞司。
都虞司辖有鹰手营，每年向宫廷内缴纳各种猎物。因为满人喜欢吃甜食，盛京内务府都虞司每年要向北京进贡蜂蜜一万七千余斤。河北省青龙县肖营子地方上的汉军包衣，隶属都虞司，承担“野鸡差”，每年共需交野鸡七千四百二十只。肖营子的野鸡差，一直持续到1924年，溥仪被赶出紫禁城后，方才停止。
都虞司下辖打牲（意为渔猎）乌拉衙门，地处今吉林市西北。乌拉地方物产富饶，水产丰盛，很早就被清廷划为禁区，设立打牲乌拉衙门管理。打牲乌拉衙门主要的贡品是东珠、蜂蜜、松子、鲟鳇鱼等。
顺治朝之前，曾允许王以下、公以上，派遣壮丁到乌拉地区采捕东珠、貂鼠等物。顺治七年（1650）之后，禁止王公前去乌拉采捕，此地从此专属皇室。打牲乌拉衙门本属内务府管辖，因为涉及人口管理，乾隆年间又由吉林将军兼管，但主要由内务府管理。
掌仪司相当于内廷的礼部，凡皇室朝贺、筵宴、嘉礼、祭祀等一切大事，均由其负责。掌仪司的前身是明代司礼监，权势最重。到了清代，不复往日权柄，但地位仍然重要。皇室成员，凡婚丧嫁娶，一切礼仪均由掌仪司操作。内庭的祭祀、祝祷、香供之类事务，也由掌仪司下属的司祝（又称萨满）负责。
掌仪司虽主要负责礼仪事务，同时也掌握果房，因为在祭祀等活动中要大量使用果品。太庙祭祀，每月要使用时鲜，由内务府掌仪司主持，如正月：鲤鱼、鸭蛋、韭菜；二月：鲫鱼、生菜、小葱、芹菜、赤根菜；三月：王瓜、柳蒿、萝卜、芸薹菜、茼蒿菜；四月：笋鸡、樱桃、茄子；五月：笋鹅、香瓜、杏李、桑葚、桃蕨菜；六月：西瓜、苹果、鲜葡萄、杜梨；七月：野鸡、雏莲子、藕菱角、梨、榛仁；八月：野鸭、山药、栗子；九月：雁、柿子；十月：松仁、软枣、蘑菇、木耳；十一月：银鱼、鹿肉；十二月：兔、鲟鳇鱼、豆芽等。
此外，掌仪司还负责考核太监品级。康熙帝平定三藩之后，由掌仪司管理南府与景山（负责戏剧演出）。到了宣统元年（1909），为避溥仪讳，改名掌礼司。
会计司掌京外皇庄之出入，以供宫内祭祀及日常食物。在清代，皇室控制的大量庄园，称皇庄或官庄，包括内务府官庄，盛京户部、礼部、工部官庄，三陵所属官庄等。
早在努尔哈赤、皇太极时期，关外就建立了规模庞大的皇庄，为皇室提供生活所需。入关之后，清室大量圈地，逼迫民众投充到皇庄之中，庄园规模日益庞大。内务府皇庄，初期定制每庄壮丁十名，选一人为庄头，每庄给耕地七百八十亩。皇庄中包衣的后裔被束缚在土地之上，世代劳作，严禁逃亡与冒入民籍。如皇庄人口缺失，则另抽调人口补足。除了分给皇庄土地之外，还给予相应耕牛及房舍口粮。
皇庄每年定期缴纳皇粮，进贡各种家禽、米粮瓜果、石灰、木炭、柳条、芦苇等物，清皇室通过皇庄获得稳定的收入和物产。总体而言，清代皇室有自己的收入来源，当有额外开支时，需要经过程序，由户部拨给。如此将皇室开销与国库开销分开，在一定程度上避免了皇室奢侈无度，滥取靡费，这也是清皇室沾沾自喜之处。
营造司初名惜薪司，康熙十六年（1677）始称营造司。营造司下设木、铁、房、器、薪、炭六库，铁、漆、炮三作，掌宫廷修缮事务，凡宫殿及庭园工程，会同工部办理，寻常每年修缮自行承办。营造司由总管内务府大臣管理，设郎中二人，员外郎八人，主事、委署主事各一人，以及笔帖式、书吏等员，又设太监若干，负责带引匠役在内廷工作。
清代内廷大小工程事务，均由内务府大臣掌握，太监不得干涉。如乾隆四十一年（1776）规定，凡紫禁城、圆明园等处，如有需要修整，由总管内务府大臣选派工匠入内，严禁太监私自办理。内务府管理宫中建筑修缮事宜，在开支上加以控制，耗费比明代宫廷减省颇多。康熙三十九年十月，康熙帝看了宫廷杂项修理费用之后，很是满意，自我表扬道：“明季宫中，一月用万金有余。今朕交内务府总管，凡一应所用之银，一月止五六百两，并合一应赏赐诸物，亦不过千金。”
庆丰司掌牛羊畜牧，以供皇室之用。庆丰司在京师西华门外有内牛羊圈，在南苑、丰台等处设有外牛羊圈。此外，在张家口、盛京（今沈阳）、打牲乌拉等地也有牧场，为皇室提供各种牲畜。庆丰司所畜养的牛羊，供给宫廷日常饮食，以及重大祭祀和皇子公主婚嫁仪式之用。皇帝为了表示重农，每年春天都要到先农坛，换上亲耕服，亲自赶牛犁田。皇帝表演时所用黄牛，由顺天府自庆丰司南苑牛圈取来，表演结束后还给南苑。
庆丰司日常所用牛羊，先在西华门外内牛羊圈取用；内圈不足，再到丰台、南苑外圈取用；若再不足用，则到张家口牧场等处取用。庆丰司养殖的牛，如果有死亡的，则将皮张交给武备院使用。死亡的羊和每月御膳房用过的羊皮，则交给广储司。死亡的牛羊肉则交给奉宸苑，供景山等处喂养的老虎、老鹰食用。不需喂食时则将牛肉掩埋，将羊肉对外售卖。
乾隆年间，有一次御膳房很久没有羊肉进上，乾隆帝很是奇怪，追问缘由。御膳房推诿称，羊肉以肥者为佳，今庆丰司所进贡的都是瘦羊，故不敢用羊肉。乾隆帝怀疑其中另有隐情，就命人检查庆丰司所放牧的羊。结果发现，庆丰司所放牧的都是肥羊，“于是尚膳不能用其诈”
。
慎刑司初名尚方司，后改名为尚方院，康熙十六年（1677）更名为慎刑司。慎刑司主要负责审讯涉内务府包衣、匠人、太监以及皇帝交付的案件。凡杖一百以下的一般案件，由内务府自行审理结案；涉及人命或案情重大的案件，则送交刑部审理。一些内务府难以查办的复杂案件，也移交给刑部处理。慎刑司下设监狱，用来囚禁涉案的太监、包衣、内务府匠人。
七司之外，又有上驷院、武备院、奉宸苑，称为“内三院”，以三品官员管辖。
上驷院最初称御马监，十三衙门中即设有。顺治帝去世后，十三衙门撤销，御马监被改为阿敦衙门
，康熙十六年（1677）改称上驷院。上驷院负责皇帝御用马匹的管理，在宫中有御马厩（内马厩），此外在南苑有外马厩，同时管理盛京大凌河、达里岗崖等地马厂。康熙四十七年，皇太子胤礽被废黜后，就被禁锢在上驷院旁的毡帷中。
上驷院的马匹主要来自蒙古王公的朝贡。崇德三年（1638），漠北的喀尔喀蒙古向清廷称臣，献“九白之贡”，即“白驼一，白马八”。喀尔喀蒙古与清廷关系亲密，进贡了较多名马。嘉庆七年（1802），喀尔喀蒙古王公得知朝廷缺马，一次进贡了八千匹良马。上驷院的衙署设在东华门内太和殿左翼门外。东华门是紫禁城东大门，大臣每日早朝时由此门骑马进宫，将衙署设置在此，便于管理马匹。
“皇上出警入跸，内廷备用什物，装载冠袍带履”，均需要上驷院提供所需畜力。入关后，清室一直重视骑射，将其视为“满洲本业”，而马匹在骑射中占据了重要地位。康熙帝在热河设立围场，每年带领子弟前去行猎，既与蒙古王公交往，也培养皇室子弟的骑射功夫，称为“木兰秋狝”。每遇秋狝，上驷院都要提供马匹。在每年例行的祭祀活动，如祭祖，祭天坛、地坛、先农坛时，上驷院也要提供礼仪用马。在皇帝阅兵、婚丧嫁娶等皇室活动中，均由上驷院选调马匹备用。
清代武备院设在紫禁城东华门外北池子路西，靠近紫禁城，掌御用军需。顺治十八年（1661），兵仗局改为武备院，康熙五年划归内务府管理。清代宫廷武器主要由武备院、造办处两处负责制造，所制作的兵器称为“御制”和“院制”，工部制作的宫廷兵器称“部制”。武备院下设四库，分别是甲库、毡库、北鞍库、南鞍库，制作各种礼仪场合使用的器物。甲库制作甲胄刀枪，毡库制作弓箭，北鞍库制作御用鞍辔、伞盖、账房、凉棚等，南鞍库制作各种皮具用品，如雨缨、绦带等。
京城防卫士兵所用箭枝、腰刀、撒袋等项，分别由武备院、造办处制造。“箭枝撒袋交武备院制造，腰刀交造办处制造。”
造办处在康熙初年设置，除了制造兵器外，还制作各种皇家御用器物，设有六十多个作坊。造办处制造各种刀剑、鸟枪、甲胄、弓箭等兵器，其中部分给皇室使用，部分给宫廷侍卫使用。造办处在宫中、景山、圆明园等处都有作坊，此外，还从全国各地选调能工巧匠至造办处，制作各种皇室器物。舆图房也隶属养心殿造办处，中外臣工所进图式均存贮于此地。
奉宸苑初名尚膳监，负责管理景山、瀛台事务，康熙十年（1671）归内务府管理，康熙十六年并入都虞司。康熙二十三年，正式设置奉宸苑。奉宸苑管理畅春园、圆明园、颐和园、御船处、热河行宫等处的修缮事宜。奉宸苑署在西华门外西苑门之旁，杂务颇多，如每年四月要修鱼池、换新水；到了九月，要培育葡萄、搭建葡萄架等。每月庆丰司倒毙牛羊肉，通过奉宸苑交景山、畅春园、圆明园等处，用来喂虎或喂鹭鸶。
内务府所辖部门众多，林林总总有五十余个，除了七司、三院外，还有御茶膳房、御药房、太医院、内管领、关防处、官三仓、武英殿修书处、御书处、造办处、御鸟枪处、官房租库、总理工程处、景山官学、咸安宫学等。景山官学始于康熙二十四年（1685），以北上门两旁官房三十间，设立满汉官学，简选三百六十名内务府幼童作为官学生，以内务府所属司员五人管理学务。景山官学从内务府上三旗佐领、管领下子弟中挑取幼童。“凡内务府人等，有家贫不能读书者，听其入学肄业”，使其具备了义学的性质。
雍正七年（1729），创设咸安宫官学，“于内务府佐领、管领下幼童及景山官学生内，选其俊秀者五六十名，或百余名”。咸安宫官学除了选拔内务府的幼童外，还在景山官学进行二次选拔，以培养精英人才。自创办之日起到雍正末年，咸安宫官学一直没有人考中进士或举人。
乾隆元年（1736），为提升咸安宫官学学生素质，在科举上取得突破，招生对象从内务府上三旗扩展到整个八旗，一些有功名的八旗贡生、监生也被招入以培育八旗精英。经过努力，乾隆朝时，咸安宫官学总算出了一批进士、举人、贡生，很多学生日后在官场上叱咤风云。大名鼎鼎的和珅，就是咸安宫官学的优秀毕业生。
景山官学创办之初，从教习到学务，都能认真工作，无甚流弊。时日一长，景山官学沾染了内务府的各种陋习，弊端丛生，杂糅不堪。其中的首要问题在于录取的学生多半是冒名顶替而来，其次是教习不大到学宫教学，再次是教学应用之器物缺损。官学经费大半被中饱私囊，致令学舍倾颓，墙壁不具。
咸安宫官学被寄予了厚望，“咸安宫为天下学校之领袖，八旗人材之渊薮”，培养出了一批八旗人才。自道光朝以后，财政吃紧，用度不足，官学经费也被削减。道光、咸丰年间，各地征战频仍，外放任官机会也少。咸安宫官学中师徒怠散，弊端丛生，仅存虚名。