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清代在政治机构上有诸多创新，如内务府、军机处、理藩院、总理衙门等。其中，服务于皇家，为皇帝心腹的内务府，堪称最特别的一个。
关于内务府，还得从女真人在关外时期的历史说起。明代女真部分为海西女真、建州女真、野人女真三大部，分布在黑龙江、松花江流域，以游牧、渔业为生。三大部中，建州女真在明永乐元年（1403）被招抚，并设置建州卫，以牵制其他女真二部。建州女真与明王朝之间保持着进贡关系，女真定期进贡，明朝则给予赏赐。女真人骁勇善战，曾被明成祖征调从军北征，立下军功。
建州女真部的首领王杲实力最强，桀骜不驯，屡屡犯边。努尔哈赤的祖父觉昌安和父亲塔克世依附于王杲，双方家族结下了政治婚姻。努尔哈赤十岁丧母，继母对他也不好，于是他时常到王杲家中生活，与外祖父王杲感情深厚。
后来觉昌安、塔克世背叛王杲，投靠了大明王朝。这对父子时而投降，时而背叛，让辽东总兵李成梁很不放心，就将努尔哈赤留在家中作为人质。十六岁时，少年努尔哈赤结束了人质生活，返回建州。在继母的唆使下，父亲与他分家。据说，努尔哈赤分家后生活很艰难，不得不入山采人参、松子之类，运到抚顺贩卖以维持生计。没过多久，努尔哈赤就去投奔了王杲，在外祖父羽翼之下，衣食总算无忧。
王杲不时出兵与明军作战，成为大明王朝的外患。万历二年（1574），辽东总兵李成梁出动大兵围剿王杲。王杲守卫的古勒城被攻破，不过他侥幸逃脱。此次战役中，正在王杲家中生活的努尔哈赤与其弟弟一起被俘。努尔哈赤与李成梁也很熟，作为俘虏的努尔哈赤表现出“抱成梁马足请死”的态度。请死是假，乞活是真。李成梁动了情，“不杀，留帐下卵翼如养子”。靠着以前做人质时结下的交情，努尔哈赤活了下来。
再回到李成梁身边后，努尔哈赤先在军中做杂役，后从军参战。努尔哈赤表现积极，“自媚于成梁”，以此获得李成梁的好感，以便于日后脱身。李成梁也想培养努尔哈赤，以便控制女真各部。努尔哈赤在李成梁家中受到了良好的教育，能读书识字。
万历三年春，王杲带领部众四处劫掠，被明军围剿，王杲再次侥幸逃脱。明军悬赏重金，以求抓捕王杲。觉昌安、塔克世站在了明军一方，多次为明军带路捉拿王杲。塔克世最为卖力，他担任向导，出奇兵，往返八日，擒获了王杲。
王杲被擒获后，在李成梁帐下的努尔哈赤亲眼看见外祖父王杲的悲惨状况。可他此时自身难保，只能隐忍不发，更加卖力地做事。王杲被送到北京后遭凌迟处死。塔克世、觉昌安在擒获王杲中的巨大作用，改善了努尔哈赤的处境。万历五年，十九岁的努尔哈赤结束了俘虏生活，返回了建州。
努尔哈赤返回建州后，入赘世代经商、富甲一方的佟佳氏。婚后，努尔哈赤一度到李成梁帐下再次从军，四处征战，提高了自己的军事素质，为未来的征战打下了军事基础。
到了万历十年（1582），深得李成梁信任的努尔哈赤突然从李成梁身边离开。有一种说法是努尔哈赤与李成梁的小妾私通，李成梁发觉后虽未追究，但努尔哈赤无脸再在李成梁身边。不过，这一走，努尔哈赤反而开创出了新的局面。
万历十一年，李成梁领兵围攻王杲的儿子阿台。努尔哈赤的祖父觉昌安、父亲塔克世也随同明军参与了战斗。此战极为惨烈，阿台、觉昌安、塔克世均死于战役中。后两人之死扑朔迷离，一种说法是，李成梁于此战之中，乘乱杀掉二人以除后患。觉昌安、塔克世死后，努尔哈赤起兵反明，确立了八旗制度，先主辽东，后一统东北，成为大明王朝的巨大威胁。
八旗制度的雏形，乃是牛录制度。
乾隆年间的军机大臣阿桂在《满洲源流考》卷十六《国俗》中云：女真人早先出动打猎时，各随族、党、屯、寨而行，每人各出一矢，十矢设一长统领，称为“牛录”（牛录系箭之意）。
各队之中，由精于射术者统领，此即“一个善射，十拙随之”。每十人出一支箭，意味着共同作战，共同分享战利品。
到了努尔哈赤时期，又对牛录制度进行了改革，以十牛录合一，给一令箭，参与围猎。围猎时，十牛录的人应在同一地方行动，共同协作，不准擅自脱队。在打猎过程中，努尔哈赤部众得到了战术训练，强化了纪律，提高了战斗力。
箭，在女真部落中有着重要的政治含义。女真族的祖先肃慎人，曾不远千里向周朝贡献“楛矢石弩”
。进贡弩箭，意味着肃慎人臣服中央政权。此后每逢部落结盟时，都以箭作为信物，“插箭发誓”。遇到军事行动，在请联盟部落帮忙作战时，将箭作为信物，“传箭请兵”。在战事中，则以箭作为信物，号令诸将。后吴三桂向多尔衮投降时，双方以白马祭天，乌牛祭地，折箭为誓。
万历十二年（1584）是努尔哈赤起兵的第二年，他亲率五百兵攻打其他部落。在返回途中，努尔哈赤应王甲部酋长之邀攻打翁科洛城。酣战之中，努尔哈赤被敌兵鄂尔古尼和洛科射伤，血流如注。养好伤后，努尔哈赤再攻翁科洛城，俘获射伤他的鄂尔古尼、洛科二人。众将请斩二人，努尔哈赤却道：“二人射我，乃锋镝之下各为其主，孰不欲胜？吾今释而用之。”于是将二人释放，提拔为牛录额真，将城中的降民编为二牛录，由其统辖。
初期牛录的成员，主要是建州女真、海西女真和东海女真，族群比较单一，牛录还保留着狩猎时临时组合的影子。随着努尔哈赤实力的扩张，牛录制度发展成熟，并成为一种国家制度。努尔哈赤起兵初期，有领兵过来投奔者，就任命其为牛录额真，统领其部众。
万历二十九年，努尔哈赤在牛录的基础上创设四旗。以每三百人为一牛录，每个牛录设牛录额真（佐领）一人。凡年满十八岁或身高五尺者，即为壮丁，牛录成员就是从壮丁中挑选出来的。将各部混编在一个牛录之中，削弱了原先以血亲为基础、临时拼凑的牛录组织，增强了努尔哈赤的控制力。清代查慎行《人海记》中载：“佐领即牛录也，秩如明朝千户，专管户籍。秩虽卑，凡位居公侯伯者并俯听其派拨，亦犹县令之辖乡绅。”
牛录是旗的基础，以五个牛录为一甲喇，五个甲喇为一个固山（汉语译为“旗”）。初期分正黄旗、正白旗、正红旗、正蓝旗。最初努尔哈赤曾使用过黑旗，但黑旗在作战指挥时不够醒目，故改用黄、白、红、蓝四旗。四旗由努尔哈赤、努尔哈赤同母弟舒尔哈齐、努尔哈赤长子褚英和次子代善四人分领。
万历四十三年（1615），由于四旗人员的增加，又增设镶黄、镶白、镶红、镶蓝四旗，合称满洲八旗。每个牛录三百人，每个甲喇一千五百人，每个旗七千五百人，八旗合计六万人。此时八旗旗主世袭，旗兵是旗主的私兵。
在此后的征战中，八旗人数越来越多，牛录不断增加，但旗数一直保持八旗。努尔哈赤属下大量的蒙、汉民众，也被编入满洲八旗。
万历四十四年，努尔哈赤建元天命，定国号为“金”，史称后金。努尔哈赤以子侄八人，分别统辖八旗，封为和硕贝勒（也称固山贝勒或固山王）。在八旗制度下，旗主支配牛录，进而支配旗。努尔哈赤第一次立褚英为储君，结果父子爆发冲突，最后褚英被杀。第二次立代善为储君，代善失宠后又被废黜。经历了两次立储失败的教训后，天命七年（1622），努尔哈赤决定以八和硕贝勒共议的形式共治国政，八大贝勒可拥立、罢免汗王。在努尔哈赤看来，八王同议，可以集思广益，必然无失。
在努尔哈赤时期，大量汉人被俘获。这些汉人之中，不少原明军将领被置入八旗之中得到重用，而多数汉人却成了奴隶。天命末年，关外汉人起义反抗，被努尔哈赤残酷镇压。到了天聪年间，皇太极才出于诸多考虑，独立设置汉军旗。
在与明军的战斗中，努尔哈赤所辖军队长于野战，却在攻打城池时处于劣势。大炮是明军守卫城池乃至发动攻势时的犀利武器，后金军中则大炮稀少。努尔哈赤时期，虽然有“操炮汉兵”，但力量薄弱。努尔哈赤自己就在攻打宁远的战斗中被明军炮火击中受创，退回沈阳后不治而亡。努尔哈赤死后，经过八王推选，皇太极成为汗王。
当时，皇太极、代善、阿敏、莽古尔泰四大贝勒辅以诸贝勒共同处理军政事务。皇太极继位后，八王共议重大政务，三大贝勒与皇太极权力几乎同等，在朝堂之上与皇太极并坐。
天聪元年（1627），在宁远锦州的战斗中，皇太极所部遭到明军炮火攻击，不得不收兵，皇太极对此耿耿于怀。此后在与明军的战斗中，后金军掳回一些具有造炮技术的汉人，利用他们制造大炮。天聪五年，依靠汉人铁匠，造出“红衣大将军炮四十”。此年皇太极在颁发行军令时，特意强调“俘获之人，勿离散其夫妻父子，勿裸取其衣服”，以笼络汉人，使其为己所用。
此外，在皇太极登基之后，努尔哈赤确立的八王共治制度让他的权力受到一定限制。上朝时，代善、阿敏、莽古尔泰与他并坐，在重大事务上互相掣肘，让他心怀不满。皇太极决定集中皇权，通过分立汉军，他打造了一支忠于自己的军队，获得有力臂助。
满八旗创设后，初期曾将俘获的汉人兵丁、掠夺来的汉人壮丁编入八旗内，为汉人牛录，共十六牛录，由满洲大臣统领。被编入牛录的这些汉人，均具有独立身份，与身为奴隶的包衣不同。这些汉人虽然独立，但仍被满洲大臣当作奴仆使唤，心中大为愤懑，从而影响了战斗力。皇太极看到了此弊端，就做了一些调整。
天聪五年（1631），皇太极颁布《离主条例》。条例规定，主人有私行采猎活动，私自藏匿战利品，擅自杀人，强奸属下妇女，冒领战功，威胁阻止告发主人等不法行为，准奴仆告发。若所告属实，则脱离主奴关系，可以离开主人家。
天聪七年，皇太极将满洲八旗中的汉人独立编为一旗，“诏于八旗满洲佐领（牛录）分出汉人千五百八十户”，此即八旗汉军之始。在此基础上，经过不断扩充，天聪八年，皇太极宣布将旧汉兵改为“乌真超哈”（汉语意为“炮兵”），此时汉军独立成一旗。在后金（清）军之中，满洲、蒙古八旗不使用火器，只有乌真超哈使用火器。汉军一旗，建立在“六甲喇”基础上，一甲喇为五牛录，此时汉军旗拥有三十牛录。
天聪六年元旦，皇太极改变朝仪，独自南坐。为庆贺此举，各旗分别设宴，每旗十席，用鹅五只。总兵官职诸员设席二十桌，鹅二十只。八旗加总兵席共一百桌，备烧酒一百大瓶，煮兽肉宴之。兽肉颇为丰盛，有虎、熊、狍、鹿、兔等。
天聪九年，皇太极给代善定下了四条大罪，剥夺了代善的大贝勒称号。在此之前，阿敏、莽古尔泰已先后被他剥夺权力。此时皇太极面南而坐，军政大权独揽。
汉军自编为一旗后，在与明军的战斗中，发挥了重大作用，而红衣大炮则被频繁使用，屡建奇功。努尔哈赤时期，被编入牛录的汉人受到很多限制，如不得骑马、不能获得丰腴田地等。皇太极时期，这些限制被取消，汉军旗的地位提高，增加了其归属感与忠诚度。
此后，在蒙古牛录、汉军牛录的基础上，皇太极于天聪九年（1635）编设“八旗蒙古”。崇德二年（1637），汉军分建二旗，两年后分建四旗。明崇祯十五年（1642，也是清崇德七年），皇太极编设八旗汉军。之所以此时编为八旗汉军，是因为在前一年的锦州、松山之战中，十三万明军被击败。此战中，蓟辽总督洪承畴被俘，祖大寿、祖大乐、祖大名等将领投降，俘获的明军数量惊人。
自从创设八旗制度，牛录也在不断扩张。编入八旗的，不但有汉人、蒙古人，还有索伦、锡伯、鄂伦春、达斡尔等各民族人口。此外，牛录中还有俄罗斯牛录、高丽牛录等。如清末陕西巡抚升允的祖先就隶属于俄罗斯牛录，清末大学士世续的先人则隶属于高丽牛录。
凡在努尔哈赤时期被编入八旗的，不管是女真人还是其他族人，都被称为“老满洲”。在皇太极时期被编入满洲八旗的，被称为“新满洲”。天聪九年，皇太极宣布废除女真、诸申等各种称谓，统一改称“满珠”，有吉祥之意。“以国书考之，‘满洲’本作‘满珠’，二字皆平读。”
此后又演变为“满洲”之称。
在八旗之中，平民主要由两部分人组成，一是原女真各部部众，二是归降的兵民及部分俘虏。平民负有从军义务，每逢战争，都要随军作战，作战时俘获的战利品，集中之后再行分配。由于打仗能发财，每次出战，旗人无不欢呼雀跃，“其妻子亦皆喜乐”。
牛录从以血缘为主、服务于射猎的一种组织，渐渐地发展成为八旗军事组织的重要一环。入关之后，八旗作为军事组织，一直存续到清末。