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1603年，德川家康在江户（1868年改名为东京）组建了政府。尽管当时所有的政治和军事权力都掌握在德川家族手中，但是从表面上看，仍是天皇任命德川家康为“将军”。事实上，居住在京都的皇族只有形式上的政治权力，德川家族才拥有实际权力。皇族受尊敬是因其代表了文化传承，德川家族则是因其经济和军事实力。德川家族统治日本超过250年，并且没有发生过任何重大的政治危机。
德川时代的社会结构以江户锁国（Sakoku，与外国隔绝）、四民制度（Shinō-Kōshō，一种类似于种姓的制度）和参勤交代（Sankin Kōtai，地方领主交替陪侍）为标志。锁国政策于1639年开始实施，并于1854年废除。它禁止与外国人进行任何贸易和接触，但长崎附近的出岛除外。在那里，荷兰和中国的商人被允许从事贸易活动。如果一个日本人被发现曾经出国，然后又回来了，他极有可能被处决。这一政策对于维持政治稳定可能是有效的，但是这导致了日本的技术落后于西方国家。至于为何要采取锁国政策，有两个假说。两者都假定德川幕府知道西方国家先进的军事技术。其中一种观点认为，德川幕府担心地方领主可能会从国外得到帮助，从而推翻德川幕府。另一种观点认为，德川幕府害怕来自外国的直接威胁，而这些国家已经入侵了中国和菲律宾的部分地区。
四民制度将民众分为武士（shi或samurai，即士或武士）、农民（nō）、工匠（kō）和商人（shō）四类，以及底层贱民（eta或hinin，即秽多或非人）。农民阶层占日本全国人口的70%～80%，他们生产的水稻足以供养全国人口。这一阶层又被官方划分为地主和佃农。根据地区的不同，10%～30%的土地由佃农耕种。佃农不得不以稻米的形式向各地的领主（Daimyō，即大名）缴纳税款，同时还要向地主缴纳土地使用费（地租）。据估计，在江户时代晚期，“大约37%的收成用于缴税，20%～28%用于缴纳地租，35%～43%归耕种者所有”（Nakamura，1971，第49页）。一些征缴的大米在市场上出售，从而为地方领主提供资金。大阪成为商业贸易中心，尤其是大米贸易。平均而言，市场上四分之三的大米来自地主，四分之一来自佃农。大米市场运转良好，甚至存在一个附带清算所的大米期货市场（本章附录2A对此做了讨论）。
日本的各个领土都是由大名统治的。亲藩大名（Shinpan）是幕府家族的亲属，负责统领江户附近的领土；谱代大名（Fudai）是既有的盟友，负责重要的战略地区；外样大名（Tozama）是1600年战役之后才形成的盟友，也是之前的对手，负责边疆地区。大名被要求每年在江户和自己领地之间交替居住，而他的家眷则被要求一直在江户生活。这一被称为参勤交代的制度于1635年推出，以防止大规模叛乱，并且确实奏效了。当大名在江户的时候，幕府密切关注他们的行为。此外，大名不得不在交通方面花费甚多，这使他们很难积累足够的财富用于叛乱。要求大名把家眷留在江户，也阻止了他们阴谋叛乱。参勤交代制度还产生了意想不到的效果，即促进了全国公路系统的发展，这是一项重要的基础设施。
一位理想的武士应该受过很好的教育，具有忠诚正直、行为规范等儒家美德，并能忍受物资匮乏。因此，武士尽管享有统治阶级的特权，但并不会积累物质财富。另一方面，工匠和商人在德川时代积累了大量资本，经常投资于子女的教育。商人的资本将成为明治时代实现现代经济增长和工业化的关键。