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二战期间，日本与美国和盟军的战斗持续了近四年时间，无论对人类生命还是经济财产都造成了巨大的破坏。第3章将讨论日本经济遭受的损失，以及盟国强制日本实施的经济改革和美国的大力帮助，如何使日本经济最终得以恢复。在本节中，我们考察日本经济制度在战争期间经历的重大变革。许多变革在日本被盟军占领时期（1945—1952年）的经济改革中被保留下来，并发展成为战后日本经济制度的标志性特征。
二战中亚洲战区的太平洋战争是一场全面战争，不仅涉及军队，许多相关国家的普通民众也被卷入其中。日本和美国都努力动员尽可能多的资源，以赢得这场战争。对日本而言，付出的代价更大，因为日本的军事能力和经济能力都比美国弱小。日本政府成功地将直接控制扩大到经济的几乎所有方面。中央计划被认为是为赢得战争而动员资源的更可靠方式，而不是由市场来动员资源。苏联经济取得的明显成功启发了许多试图建立计划经济的日本政府官员。
我们可以列举日本经济在战争期间发生的许多变化，这些变化甚至在战后也产生了持续的影响。首先，制造业从轻工业迅速转向重工业。正如将在下一节看到的，在经济发展过程中，我们总是能够发现一个国家产业结构的重大变化。然而，由于战争的原因，日本从轻工业向重工业的转型显著加快了。这一转型一直持续到战后时期。
正如我们将在第5章和第9章中讨论的，战后日本金融体系的特征之一就是银行和企业之间的密切关系，这是战时经济的另一个结果。政府指定那些被认为对战争至关重要的企业为“军需品公司”。每家这样的企业都与一家银行相匹配，这家银行被认为应当借助于1944年的《军需品公司指定金融机构法》，满足该企业所有的财务需求。这种银企配对开启了日本银行和企业之间的长期关系，被称为“主银行制”。
另一项战时政策创建了精心设计的分包系统，允许大型制造商将零部件生产分包给规模更小的企业。这种模式后来发展成为纵向的经连会制度（keiretsu），第9章将讨论这种制度。
我们还将在第9章讨论产业政策的基础，这也可以追溯至战时经济。政府官员开始控制战时经济中的主要产业，并发展出一种由他们控制产业构成的官僚结构。就本质而言，同样的结构由战后的政府官僚机构继承，并应用于实施产业政策。许多控制协会（control association）是私人机构，负责战争期间政府和主要行业之间的联络，这为战后时期的行业协会奠定了基础。
我们将在第10章研究战后日本的许多用工方式，它们也同样源自战时控制经济。例如，20世纪20年代，企业为了留住技能工人而相互竞争，重工业企业开始实行年功序列工资制。随着政府在战时经济中引入反映年功序列的薪酬体系，这种做法扩展到了经济中的其他部门。同样，以企业为基础的工会也源自战时经济。虽然在战争期间工会是被禁止的，但鼓励企业组织爱国产业俱乐部，这包括了同一公司的管理人员和工人。俱乐部誓言要为战争努力奋斗。当战后工会禁令被废除后，许多这类俱乐部成为工会的基础。
全民医疗保健制度同样可以追溯至战争时期。此外，在战争期间还实行了粮食管制制度，向稻米生产者而非地主提供补贴，以鼓励农业生产，并控制稻米的分配。这一制度一直持续到1995年，几乎没有什么变化。