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在赫布里底群岛附近海域，U-30潜艇艇长林普少校发现在海上航行的船队中有一艘船离开船队通常运行的航线，不但没发出规定的信号灯，反而采用“之”字形路线航行，由此可判断出它是一艘军队运输船。
林普果断下令攻击。鱼雷命中了，该船与船上的128条生命一同沉入海底。后来得知，这艘船不是什么军队运输船，而是由伦敦开往美国的“雅典娜号”客轮，死者大部分是平民百姓，其中有22名美国人。
英国人愤怒了，美国人更加愤怒！他们一起指责德国无视国际法，挑起无限制的战争。德国政府否认了这件事。
由于担心美国借口参战，希特勒矢口否认是德军潜艇所为。邓尼茨指令林普把当天的航海日志撕掉，换上了不曾记录这件事的另外一张日志。艇员们个个信誓旦旦，答应严守秘密。
德军潜艇在大西洋击沉“雅典娜”客船的事件使英国海军大臣丘吉尔感到不安：该事件预示着德国海军总司令雷德尔将派他的战舰和潜艇到大西洋猎杀商船。
德军潜艇击毁英国“雅典娜号”客轮
9月4日晚，英国海军大臣丘吉尔召开海军高级将领会议。会议研究的内容主要是：（1）战争初期，如果日本保持中立，意大利保持中立，那么德军的主要攻击目标可能是大西洋上的航道；（2）必须尽快建立护航编队。
由于具有战斗力的护航舰艇无法临时征调，战争初期护航舰大部分是拖网渔船和其他小型船只匆匆改装上武器的，它们不适应所承担的重任。当时，英国的声呐使护航舰拥有了水下探测装置。经验丰富的声呐兵可以在1372米以内测出水下潜艇的方位和距离。
这次会议做出了恢复英国商船航行护航体制的决定。护航运输队是指由战列舰、航空母舰、巡洋舰和护航军舰护送的远洋商船队。战争伊始，英国海军就和加拿大海军组成联合护航运输队。在蒙特利尔、魁北克、哈利法克斯、锡德尼和圣约翰等地组建了海上运输指挥部。
为了能够在战时随时收到信息、指挥部队和做出决策，丘吉尔搬进了海军部大楼，同1913年一样，还是占用了一个套间。他还在宿舍的隔壁设立了一间高级作战室，里面各种地图一应俱全。
9月11日，德军潜艇司令邓尼茨收到第二航空队的一份补充情报，他们拍摄了斯卡帕、弗洛塔以北地区、绥萨与里沙之间海峡内的轻、重型英国军舰。此外，他又从U-16号潜艇获悉关于巡逻、灯塔和海流的情报。U-16号艇长建议，最好从霍克沙海峡乘启闸之机闯进斯卡帕湾。邓尼茨下令第二航空队设法拍摄关于该港各入口设防情形的照片。
邓尼茨经过仔细分析后，得出两条结论：（1）穿越霍克沙海峡是不可能的，穿越绥萨海峡和克勒斯特朗海峡更是难以做到。（2）沉船完全阻塞了霍姆海峡。在其南面直到兰勃·雷姆只有一条15米宽、1米深的水道，两旁较浅，两岸没有居民。邓尼茨认为当水势缓慢时趁夜由水面穿越是可行的，于是他决定让U-47号潜艇艇长普莱恩少校执行这一任务。
这一天，美国总统罗斯福给丘吉尔发来一封祝贺电报，除了祝贺他就任英国海军大臣外，还表示愿意与他建立秘密的通信联系。罗斯福在电报中说：“如果你愿意同我保持联络，并把你希望让我知道的任何事情通报给我，我将感到荣幸之至。”
丘吉尔立即回电，表示愿意接受罗斯福的建议，电报署名“海军人员”。从此，两人开启了富有历史意义的电报往来。丘吉尔就任英国首相后，将署名改为“前海军人员”，罗斯福也喜欢这样称呼他，两人的通信联系一直保持到罗斯福去世。丘吉尔给罗斯福发出的函电有950封，收到回电约800封。
美国总统罗斯福
9月14日，英军航空母舰“皇家亚克号”航行在苏格兰西北部的赫布里底群岛附近海面。德军U-39号潜艇正好在此与它相遇。按规定，敌国航空母舰属于潜艇的主要攻击目标之一，因此艇长格拉斯少校立即下令发射鱼雷。鱼雷提早爆炸，对航空母舰打了个“擦边球”。1艘担任护航任务的驱逐舰及时赶来，投下深水弹炸沉了U-39号潜艇，并俘虏了艇上的全体乘员。
9月17日，德军U-29潜艇静静潜伏在英吉利海峡西侧海域，潜望镜探出海面四处张望。不久，1艘万吨级客轮出现在潜望镜中，同时出现的还有1架护卫飞机，正在客轮的上空盘旋。艇长修哈尔德少校下令跟踪这艘客轮。这时，客轮突然改变了航线，速度很快。由于在水中航行速度缓慢，U-29号潜艇被远远地甩开了。修哈尔德准备命令潜艇浮出海面，全速前进跟上客轮。正在这时，修哈尔德在潜望镜的左舷水平线上发现了一个小黑点。仔细一看，竟然是1艘庞大的航空母舰。他兴奋得发抖，早已忘掉了正在追踪的客轮。
二战时期的英吉利海峡
德军潜望镜中出现的小黑点原来是英国皇家海军的“勇敢号”航空母舰。U-29号潜艇小心翼翼地尾随在“勇敢号”后面。2个小时之后，“勇敢号”航空母舰进入U-29号潜艇鱼雷有效射程之内。这个时候，“勇敢号”航空母舰突然改变了航线，在U-29号潜艇的眼前暴露出长长的侧腹，这正是U-29号最好的攻击角度。U-29号潜艇对准“勇敢号”航空母舰连发3枚鱼雷，随后紧急下潜，以防护卫舰的攻击。水下的潜艇乘员们连续听到了3次爆炸声，紧接着，又陆续传来一阵爆炸声。U-29号潜艇艇长修哈尔德判断，一定是“勇敢号”被击沉了。
二战时期英国皇家海军的“勇敢号”航空母舰
的确如此，U-29号潜艇的3枚鱼雷都命中了“勇敢号”航空母舰，518名英军官兵连同舰船一同沉入海底。随后赶来的英军护卫舰展开了报复行动，用深水炸弹猛轰U-29号潜艇。一枚接一枚的深水炸弹在U-29号潜艇附近爆炸。潜艇猛烈地左右摇晃，但没有受到严重损害。德军的U-29号潜艇最终平安返回基地，邓尼茨终于可以扬眉吐气了。U-29号潜艇的告捷，使德国军政要员们认识了潜艇的真正价值。邓尼茨决定把下一个目标对准英国皇家舰队的斯卡帕军港。
斯卡帕湾位于苏格兰北方的奥克尼群岛，四周群山环抱，是一片面积为340公顷的深水良港。它的东面与北海相通，西接大西洋，地理位置非常重要，是一个富有战略意义的锚地。斯卡帕湾内的斯卡帕军港是英国海军的主要基地之一。对于德国海军来说，斯卡帕湾是一个耻辱的象征。一战时，德军潜艇曾2次攻击斯卡帕军港，均以失败告终。1918年，德国战败。1919年，德国海军的舰只被全部困在港内，后一道自沉。
这次，邓尼茨要洗刷德国海军的耻辱。鉴于德国在一战时有过2次失败的教训，他一时不敢贸然行事，把重点放在掌握有关斯卡帕军港的情报上。英国的斯卡帕军港易守难攻，袭击的难度非常大。斯卡帕湾的海流湍急，在彭特兰湾流速达10节。由于潜艇的水下最高速度仅有7节，这意味着潜艇无法逆流而进。另外，斯卡帕军港入口处戒备森严，整个军港的防卫十分周密。
9月28日，在德国海军总司令雷德尔的一再请求下，希特勒允许击沉那些已被下令停止航行，但仍使用无线电与陆地联系的商船。
9月29日，在雷德尔的鼓动下，希特勒取消了不能攻击法国船队的命令。自此之后，德国对潜艇作战的限制措施逐一被取消：9月30日取消了对北海作战的限制；10月2日取消了对英、法海岸作战的限制；10月17日，凡是被认为属于敌人的舰只，潜艇可以随心所欲地将它们击沉；10月19日，凡是在西经20°海域以内实行灯火管制的船只，潜艇可以完全不顾战时攻击舰只的规定予以击沉。