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强大的德军于6月22日对苏联发动了突然袭击，苏军措手不及，遭受巨大损失。在仓皇后撤时，苏军的一些精锐部队屡屡陷入包围，并被歼灭。前线的捷报如雪片般飞向希特勒的最高统帅部大本营，一连串的巨大胜利令希特勒本来发热的大脑，越发滚烫起来。他眼中的苏联是不堪一击的，斯大林及其将领是一群无能之辈。
希特勒显然低估了斯大林和苏联人民的决心，更低估了神秘的苏联所蕴藏的巨大能量。战场的实际情况是，从7月起，苏军已经开始进行德军从来没有遇到过的抵抗。在德国陆军参谋总长哈尔德的日记中，在有“德国装甲教父”之称的第二装甲集群司令古德里安以及像他那样的前线指挥官的报告中，开始频繁地记载苏联红军的殊死抵抗与反攻，以及除苏军以外德军也遭到惨重损失的情况。
第四集团军参谋长布鲁门特里特在战后写道：“即使在（笔者注：明斯克战役）第一次战役中，苏联军队的表现也与波兰军队和西方盟军失败时迥然不同。苏联军队即便深陷重围，仍然坚守阵地，顽强战斗。”
苏军人数之多、武器装备之好，是希特勒做梦也想不到的。苏军的新编师源源不断地投入战场，德国的情报机构事前对此竟毫无察觉。哈尔德在8月11日的日记中写道：“现在越发清楚，我们不仅低估了苏联的经济力量和运输力量，最重要的是低估了他们的军事力量。我们最初估算他们大约有200个师，现在已经查明番号的就有360个。十几个师被消灭，马上就又投入十几个师。我军战线由于分布太广，显得过于单薄。我们的战线没有纵深，结果是敌人在连续进攻后，常常得逞。”
龙德施泰特在战后向盟军提审人员直率地供认：“在发动进攻后不久，我便发现以前所写的关于苏联的一切都是胡说八道。”古德里安、布鲁门特里特和狄特里希等人在他们的报告中，都对初次碰到苏军的T-34型坦克表示惊讶不已，他们对T-34型坦克事前毫无所闻。这种坦克装甲很厚，德国的反坦克炮弹打上去又被弹了回来，坦克则毫无损伤。
布鲁门特里特后来说，这种装甲车的出现，标志着后来“坦克恐怖”的开始。战争开始以来，德国人在以空军保护地面部队和进行战前侦察方面一直占有压倒性的优势，现在却第一次失去了这种优势。苏联的战斗机，尽管在战争爆发的第一天在机场上遭到轰炸，在战争初期的战斗中也受到重大损失，但是和那些新的师团一样，仍然不断涌现，都不知道是从哪儿来的。另外，德军进军太过迅速，加上苏联没有适宜的机场，德国空军基地距离太远，无法有效地掩护前线作战。第一装甲集群司令克莱斯特在报告说：“有好几次挺进时，我的装甲部队由于没有飞机的掩护遇到很大麻烦。”
战争初期，德国人对苏联有一个估计上的错误，其实不只是德国人，绝大多数西方人士也有同样的错误估计。克莱斯特说：“我们把胜利的希望寄托在入侵必然导致苏联发生政治混乱这种设想上……我们把过高的希望放在这样的信念上：斯大林一旦遭遇重大失败，必然被国内人民推翻，这种想法是元首的政治顾问们提出的。”希特勒确实对他的高参约德尔说过：“只要在门上踢一脚，整个破房子就会倒下来。”
苏联的指挥机构并没有像希特勒想的那么脆弱，在德军疯狂的进攻面前，苏联最高统帅部仍然在正常运转，并且随着战争的进程在不断调整，其效率越来越高。
6月22日，战争爆发当天，苏联军事委员会即改组了西部各军区。波罗的海特别军区改组为西北方面军，西部特别军区改组为西方面军，基辅特别军区改组为西南方面军，敖德萨军区改组为第九集团军。
中午12时整，苏联外交人民委员莫洛托夫通过广播发表了关于德国背信弃义入侵苏联的演讲。他略显沙哑的嗓音飘荡在莫斯科红场及街头。
今天，就在今天，凌晨4时，法西斯德国的军队不宣而战对我国的边防线发动了突然袭击。德国人从许多地方侵入了我们国境，还派出飞机轰炸了我们的城市，我们伟大的人民已经不是第一次面对凶残的敌人了。我们的英勇的人民用卫国战争回敬了拿破仑的进攻并将其击败。如今，我们又要面对凶残的法西斯分子的野蛮入侵。我们英勇的红军和全体人民一定要把保卫祖国、保卫幸福、保卫自由的卫国战争进行到底。我们的事业是正义的，敌人必败，胜利一定属于我们！
莫洛托夫的广播演说震惊了莫斯科市民，他们万万没有想到300万德国军队如饥饿的狼群正向他们猛扑过来。他们还不知道，大量优秀的红军士兵没来得及拿起枪就被德军的钢铁战车压碎了生命。但是他们知道，自己的生活会发生一些变化，要准备好随时为了祖国而献出生命，或是献出亲人。
同一天，苏联最高苏维埃主席团在全国12个州发布了《关于战时状态的命令》，命令决定从6月23日起在中亚军区、外贝加尔军区和远东军区以外的14个军区，对1905—1918年出生的具有服兵役义务的人进行动员，还对部分地区进行军管。该命令还具体规定了所有公民的劳动义务，征用大量的运输工具，增加各级政府和企业的工作时间，对公民生活用品进行定量供应。
入侵苏联时，纳粹德国制订了经济掠夺的详细计划。为粉碎德国的阴谋，苏联政府采取了强制措施，转移了西部地区的居民和财富。此次转移规模庞大，时间紧，任务重。
6月23日，根据苏共中央政治局的决议，苏联成立以国防委员铁木辛哥为主席，斯大林、朱可夫、莫洛托夫、布琼尼、伏罗希洛夫和库兹涅佐夫参与的苏联统帅部，指挥全国的军队，总参谋部和国防委员部为其办事机构。
同日，苏联实行弹药总动员计划，苏联扩大了飞机和坦克的生产规模。苏联政府要求各有关企业和工厂根据所承担的动员任务，制订新的生产工艺流程和大量制造弹药所需的工具及其配件，尽快补充生产弹药所需的原材料和半成品。为保证弹药计划的实现，苏共中央派出中央委员会工作人员或者指令各军区、州党委书记直接负责该计划。
与此同时，苏共中央机关报《真理报》发表社论《苏联人民的伟大卫国战争》，该社论论述了苏联正面临着严重的危机，呼吁苏联人民都要承担起反抗德军的重任。苏联政府把《苏联人民的伟大卫国战争》印成100万本小册子，作为重要文件散发各地。
6月24日，苏军列宁格勒军区改组为北方面军。另外，还组建了南方面军，驻扎在普昏特河一带。苏联统帅部在指挥苏军抗战方面起到了一定作用，但铁木辛哥没有决策权，任何事情必须征求斯大林的意见才能决定，因此经常贻误战机，给前线部队作战带来了许多损失。
同日，苏共中央、苏联人民委员会作出决定，成立苏联新闻局，负责报道苏军在战场上的战斗情况。苏联新闻局刊登苏军战报，并为外国报纸、电台提供新闻材料等。苏共中央政治局成立国家疏散委员会，主要负责工厂企业的搬迁和调拨运输车辆等任务，还在相关部门、主管部门和地方政府机关中成立疏散委员会或者办事处。疏散委员会的成立，使苏联有力地领导了西部地区的企业、人员、物资和设备的转移工作。
为进一步加强对军队的宣传和对纳粹德国及其附属国的反宣传，6月25日，苏共中央政治局成立了军事政治宣传局。
6月27日，苏共中央和苏联人民委员会联合下发《关于人员和贵重物资转移与安置办法的决定》。决定强调在转移工厂和企业时，必须优先转移生产军工产品和冶金、化工产品的工厂和企业。
同一天，苏共中央政治局通过《关于选派共产党员加强部队中党的政治影响的决议》和《关于吸收战功卓著的军人入党以保障军队党组织不断扩大的决议》。在战争开始的半年里，苏共中央给作战部队输送了6万名优秀共产党员和4万名优秀共青团员，其中党的领导干部8800名，几乎有一半委员担任军事工作。苏联陆海军中的共产党员队伍也在不断扩大。1941年7月1日至1942年1月1日，共产党员的人数由563503人猛增到1234373人，增长了一倍多。1941年7~11月，吸收的预备党员达11万名。
6月29日，苏共中央和苏联人民委员会向战场附近各州的党组织和苏维埃政府发布指示，要求他们为了战争的胜利，动员所有力量和采取一切手段抵御德军，将国家变为统一的抗战力量，保卫国土。苏联人民在德军占领区建立游击队，与德军开展游击战。
战争对苏联政治工作提出了很高的要求。为适应战争形势的变化，苏共中央还提出了党的政治新方针，决定改组政治机关和党组织，目标是改变政治机关和党组织活动的方式。
6月30日，苏共中央、苏联最高苏维埃主席团和苏联人民委员会联合决定，成立苏联国防委员会。国防委员会以斯大林为主席，莫洛托夫为副主席，伏罗希洛夫、马林科夫为委员。国防委员会是苏联战时拥有全权的特设最高国家机关，苏联党、政、军机关必须执行国防委员会的决议。国防委员会领导国家的一切部门和机关的活动，可以调动国家的一切物力、人力以战胜德军。它拥有调整经济、动员国家资源满足前线需要、为军队和各部门培训备队和干部等许多权力。为检查命令的执行情况，国防委员会在各军区、各州、各军事人民委员会、各企业基层工程单位派驻代表。国防委员会建立后，统一了前线和后方的指挥，有效地促进了国家、经济和军队之间的配合，保障了国家对武装斗争的集中领导。
同日，苏共中央政治局决定在苏联人民委员会内设立劳动分配委员会，其职能主要是：根据防御作战的需要，正确分配劳动力和额外吸收更多的人参加劳动。苏联人民委员会为了使各加盟共和国人民委员会、边疆区（州）执行委员会拥有更大的调节能力，又作出了《授予各加盟共和国人民委员会、边疆区（州）执行委员会调动职工工作的权力》的决定。