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雨季来了。雨下得越来越猛，也越来越频繁，地面变得泥泞难行。日军几乎没有空投力量，只能靠丛林中的小道进行运送补给。在盟军空军掌握制空权的情况下，日军能从缅甸后方运到前线的物资微乎其微，官兵们只好以在当地抢夺来的一些稻谷充饥，居民稀少的地区只能用野菜和逮到的野兽勉强填一下肚子。
为避免盟军飞机的轰炸，日军在天气晴朗时不仅不敢烧火做饭甚至晾晒一下衣物都不敢。蒙巴顿关于“雨季作战有利于盟军”的观点得到了证实：除非日军能在最后的全面出击中大获全胜，否则雨季的阵阵雷鸣将预告他们的彻底失败。他认为，这场挫败了日军企图的大规模消耗战已经接近尾声。蒙巴顿开始制订进攻计划，他不仅要解除英帕尔之围，还准备全歼牟田口廉也的第十五军团。
5月13日，英印军占领了在贾伊尔山上的残余日军阵地。不久，科希马城内的一些日军据点在英军里应外合的攻击下也纷纷被摧毁。盘踞在地堡深处不肯投降的日军官兵被英军坦克的平射炮消灭，一些日本兵从掩体冲出来与英军拼命，结果不是死在枪口下，就是死在刺刀下。
5月15日，英印军发动了第1次主动进攻。英印军第十七师第四十八旅插入日军第三十三师团的后方，并在“铁定-英帕尔”公路上第33号里程碑处修筑了工事。牟田口廉也投入了第三十三师团后方一切可用的部队，甚至后勤部队也参加了战斗。4天以后，日军第十五师团的一部分兵力也加入反击，但还是被击退了。随后，英印军第四十八旅向北推进至莫伊朗，经过激烈战斗，英军在该地设下另一个立足点，威胁着日军第三十三师团的后路。
同一天，蒙巴顿致电英印军第七师师长斯托普福德祝贺该师取得胜利，并提醒道：“日本第三十一师团并没有被完全击溃，他们的士气虽然开始崩溃，但仍在坚持着，我们不能有丝毫懈怠。”
科希马外围制高山脊上长达6千米的阵地，有相当一部分还控制在日军手里，有些地段虽已被英军围住，但日军仍在难以攻破的暗堡里负隅顽抗。
5月25日，日军第三十一师团长佐藤幸德致电第十五军团司令部：“我部已无山炮及重武器，粮食已尽。”
5月31日，佐藤幸德不顾军团司令牟田口廉也的禁令，擅自下令埋葬了阵亡的4000余名官兵，并组织剩下的1800余名还能行走的士兵撤退。后来，佐藤因此事受到军法处分并被撤职。
6月初，日本驻缅甸方面军司令河边正三带病视察了帕莱尔第三十三师团的阵地，听取了师团长田中信男的汇报。河边正三亲自向田中信男宣布了东京大本营将其由少将晋衔为中将的命令。
6月5日，河边正三归途中在东枝会见了第十五军团司令牟田口廉也。河边正三认为英帕尔战役已呈胶着状态，没有什么获胜的希望，继续拖下去只会给日军带来不利，不如撤退。牟田口廉也态度坚决地说：“英帕尔之战关系重大，决不能半途而废。方面军司令官阁下应支持我们继续打下去。”
河边正三最终同意了牟田口廉也把英帕尔战役继续进行下去的请求。帕莱尔在英帕尔的东南方向是牟田口廉也主攻部队的集结出发地。为了扭转战场的不利局面，牟田口廉也决定变更主攻正面，向英帕尔以北迂回进攻。日军通过难行的丛林小道向前推进。
与此同时，佐藤幸德亲自率领第三十一师团主力，带着1500名伤病员放弃阵地开始退却，只留下宫崎繁三郎带一支小部队执行截断英帕尔至科希马道路的任务。留下这点兵力来执行这样艰巨的任务，无非是应付一下牟田口廉也而已。
佐藤撤出科希马战线的行动没有向一直在英帕尔以北至科希马以南地区同第三十一师团背靠背进行作战的第十五师团作出通报，结果致使该师团被英军南北合围。第十五师团师团长山内正文正发疟疾卧病在床，代替他指挥的师团参谋长是个新手，在官兵中威信不高，指挥得也不是很好。这样一来，第三十一师团的撤离将第十五师团推入了绝境。
牟田口廉也得知第三十一师团擅自撤出科希马战线的消息后，急派参谋长久野村赶去制止。久野村在伏米内碰上了撤退途中的佐藤幸德，他指责佐藤擅自撤退违犯军令，同时向其传达军团部的指令：“你部与第十五师团的南翼对接，转而进攻英帕尔。”
佐藤幸德脖子一拧：“在得不到任何补给的情况下，我们难以执行军团部的指令。”说罢，他甩开了久野村，率领第三十一师团残部继续后撤。久野村回去后向牟田口廉也报告，牟田口怒不可遏，当即决定撤销佐藤的职务，由河内槌太郎接任师团长，并决定由柴田卯一接替卧病不能指挥的山内正文任第十五师团师团长。对此，服部卓四郎在其后来的书里这样写道：“之前，第三十三师团师团长柳田中将已被罢免，现在又换了两位师团长。大战期间更换全部师团长这种不祥之事在日本陆军史上还是头一次。”
日军第三十一师团放弃科希马等于断送了日军最后一拼的企图，日军在“英帕尔-科希马”战役的结局自然以大溃败收场了。
当前线的告急电报纷纷到来的时候，牟田口廉也下了死命令：“胳膊断了，就用牙齿战斗；停止了呼吸，就用灵魂战斗！”
英军接到科希马战线的日军有撤退迹象的报告后，立即展开反击，他们盯上了乌科鲁尔。乌科鲁尔是日军第三十一师团撤回缅甸的必经之地，现在由日军第十五师团的部分部队把守。拿下乌科鲁尔，就会卡住这股日军的退路。蒙巴顿下令英军第二师和英印军第七师陆续向马奥集中，然后夺取乌科鲁尔。
在科希马战役中，乌科鲁尔是英军大规模强攻的焦点。此处与科希马和英帕尔的距离几乎相等，原是日军发动英帕尔整个战役的一个兵力集结地。在得知日军第三十一师团撤退消息后，蒙巴顿一声令下，英军部队由科希马蜂拥而下，他们与从英帕尔向前突进的强大部队同时出发，并在预定时刻会师。
6月10日，日军第三十三师团和配属的第十五师团一部与英印军第二十师在丛林里遭遇，随即展开了残酷的拉锯战。日军连续几个月进行行军苦战，大部分驮牛和驮马被累死或当作充饥物吃掉，靠人背肩扛的弹药几乎用尽。在武士道精神的支援下，日军官兵们忍着饥饿在连绵的阴雨中拼死战斗。