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（1）肛旁流脓：是肛瘘的主要症状，当瘘管形成后，脓液逐渐减少，一旦流脓停止，局部又出现肿胀、疼痛等炎性反应，如此反复发作，呈周期性变化。脓液量与肛瘘病程长短、管道数量、位置高低及内口大小有关。初发瘘管分泌物较多，味臭而稠厚，日久则分泌物质稀薄，呈间歇性发作。脓性分泌物可自皮肤溃口、肛内流出。
（2）肛周疼痛：若瘘管引流不畅，可出现局部肿痛，尤以排便或活动后加重；若感染加剧则形成瘘管性脓肿，可出现局部红、肿、热、痛，或伴恶寒、发热等全身症状；有些患者感觉肛门坠胀疼痛，且向腰骶部放射，但肛门外观无变化，多见于括约肌间瘘（脓肿）或在齿状线上方的内盲瘘的急性炎症期。
（3）肛周瘙痒：因经常从瘘管流出脓液，刺激肛门周围皮肤而引起肛周炎及瘘管外口组织增生、潮湿、瘙痒。长期刺激可致皮肤增厚，呈苔藓样变。
（4）排便不畅：部分复杂性肛瘘，包括马蹄形肛瘘，因慢性炎症刺激引起肛管直肠环纤维化，或瘘管围绕肛管形成半环状或环状纤维组织增生，影响肛门括约肌收缩而排便不畅。
（5）全身症状：肛瘘患者急性炎症期可有恶寒、发热；结核性肛瘘、克罗恩病肛瘘可出现午后潮热、盗汗、消瘦等消耗症状，或腹泻、腹痛等肠道表现。
（6）其他症状：蛲虫进入瘘管时有蚁走感；瘘管内进入异物时（骨片、鱼刺等），则活动时疼痛；瘘管内形成粪石，有嵌塞绞痛；瘘管在直肠黏膜下有炎症侵及时，则有里急后重、下坠感。