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经长期临床观察，绝大多数肛瘘不会癌变，但极少数肛瘘如果长期不治是可以发生癌变的。1934年Rosser首次报道肛瘘癌变，1985年高野正博报道19例深部复杂性肛瘘中癌变者2例。肛瘘癌变在临床上是十分少见的，可以说慢性肛瘘癌变的概率是很低的，有一种统计认为肛瘘发生癌变的概率是0.1%，所以患者们大可不必过分紧张。一般而言，大多数肛瘘可恶变为黏液腺癌，少数可见腺癌、胶样腺癌、鳞癌等。硬结形成、黏液分泌增多及疼痛加剧常为癌变的先兆。尽管肛瘘的癌变率较低，但其危害极大。病史在10年以上的肛瘘患者，对癌变这一点应引起高度重视。