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结核性肛瘘的特点是病程较长，起病、发病较缓慢，局部疼痛不剧烈，较长时间才破溃；瘘管外口较多，边缘常凹陷，流出的脓液稀薄、色白；内口较大，边缘不整齐；瘘管分支较多，情况较一般肛瘘复杂；创面多苍白水肿，在光照下看上去有些发亮。原发性结核性肛瘘比较少见，一般多继发于肺结核或其他结核后，故常伴有全身症状，如低热、消瘦、贫血、纳差、乏力、盗汗、咳血等。
结核性肛瘘的特点是创面愈合特别慢，甚至不能愈合，需进行全身抗结核药治疗，如雷米封、链霉素等，故一般建议先进行正规的抗结核治疗，半年至1年后再进行手术治疗，效果与一般非特异性肛瘘治疗相近。