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肛瘘是大便进入齿状线上的袋状肛窦里，使肛窦受到大肠杆菌等细菌的侵袭后出现炎症，进而引发的一系列疾病。
肛管里分布着8～12个小孔，称为肛窦，是肛门腺的开口处。虽然排便时会有大便进入肛窦，但在局部免疫力的作用下，一般不会出现炎症。但是，如果排便时用力过度，或者腹泻时的水样便冲击肛窦，大便就会在压力下进入肛门腺。如果这个时候由于精神压力较大或身体疲劳等原因导致免疫力较弱，肛门腺就会抵挡不住细菌的侵袭，出现炎症并化脓。
肛门腺化脓后，脓液向肛周皮肤蔓延，使肛门周围的皮肤红肿，并伴有剧烈的疼痛感，形成“直肠肛管周围脓肿”。
患上直肠肛管周围脓肿后，肛周会有肿胀、疼痛的感觉，并伴有发热等症状。此时用手术方法切开患处，排出脓液，症状就会得到缓解。如果置之不理，则会出现肛窦（内口）→肛门腺→瘘管→皮肤上流脓的开口（外口）这样一条感染性管道。仅排出脓液不能使肛瘘完全治愈，如果不切除被感染的肛门腺和肛窦，肛瘘就非常容易复发。
如果任由肛瘘的病情发展而不及时做手术，会导致炎症长期得不到缓解，出现很多条瘘管，少数肛瘘还会恶化成癌症。
另外，排便的时候容易使肛管后正中部位受到较大压力，所以这个部位最容易患肛瘘。