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一般肛瘘常无全身症状，但复杂性肛瘘和结核性肛瘘，因病程长，有的长达数十年，常出现身体消瘦、贫血、便秘和排便困难等症状，如继发感染，再发脓肿时，则出现脓肿的症状。
肛瘘在不同的阶段有不同的临床表现。肛瘘静止期时内口暂时闭合，管道引流通畅，局部炎症消散，可以无任何症状或只有轻微不适。但原发病灶未消除，在一定条件下可以再次发作。在肛瘘慢性活动期，因有感染物不断从内口进入，或管道引流不畅，而呈持续感染状态，有肛瘘典型的流脓、肛门潮湿、瘙痒等症状。肛瘘急性炎症期则是因外口闭合，或引流不畅，而感染物不断从内口进入，脓液积聚所形成，症状、体征似脓肿，有发热，局部红、肿、热、痛等症状，重新溃破或切开引流后，症状缓解。