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（1）流脓：流脓是低位肛瘘的主要症状。一般来说，新生成的瘘管排脓较多，脓汁黏稠，色黄，味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成。
（2）瘙痒：肛门部皮肤由于脓液及其他排出物刺激，常感觉皮肤瘙痒，这也是低位肛瘘的症状之一。
（3）疼痛：瘘管通畅无炎症时，一般无疼痛，只有肛门局部略有肿胀感，行走时可加重，若外口封闭，瘘管存积脓液，或粪便进入瘘管，则会使疼痛加重或排粪时疼痛加重。
（4）硬结或条索：瘘管壁及瘘口的反复刺激，使纤维组织增生，在管壁和瘘口形成质韧的结缔组织，常表现为瘘管四周皮肤变色，表皮脱落，凹陷变形。