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（1）肛旁流脓：肛门周围皮肤的小孔反复流脓，一般不痛。肛门周围的外口处有脓性、血性、黏液性分泌物流出，有时有粪便及气体排出，污染内裤。
（2）肛周疼痛：一般无疼痛，若引流不畅，分泌物堵塞，或反复发炎可引起疼痛。
（3）肛门瘙痒：由于分泌物反复的刺激，使肛门周围皮肤潮湿、瘙痒，有时形成湿疹。
（4）肛周肿块：肛缘硬索状物常为患者的主诉之一。炎症急性发作时若外口封闭，引流不畅时肿块增大。
（5）全身症状：急性炎症期有发热恶寒，长期化脓的复杂肛瘘，可伴有贫血、消瘦、食欲不振等全身症状。